慈禧在奕集团的紧密配合下，击败了肃顺集团，取得了决定性的政变胜利，掌握了国家的最高权力，接下来是如何稳定人心，控制大局，奖励功臣，惩罚政敌。

控制大局的第一步是尽快组成新的领导班子，以免造成权力真空。新的领导班子的组成和奖励有功之臣是结合在一起的。

首先要奖励的是恭亲王奕。奕在这次政变中，运筹帷幄，弛张有度，上下联络，左右周旋，是个掌握政变进程的核心人物。而慈禧初涉政坛，缺乏经验，但她慧眼识人，胆略兼备，对奕，她用而不疑，付以重托，使奕放开手脚地去谋划，终使政变成功。这次政变，慈禧设谋在先，慈安听命于后，萧一山评道：“凡此皆那拉氏之谋，而元后但赞成之而已。”慈禧与奕，配合之默契，堪称珠联璧合。因之，对奕，十月一日连发两道谕旨，一是授予议政王兼军机大臣，一是补授宗人府宗令。十月二日又连发两道谕旨，一是补授总管内务府大臣，一是著管理宗人府银库。两天之内，连发四谕。奕得到了除两宫太后和幼帝之下以外的几个最重要的职务。其中尤其是议政王这一头衔，使他明显地凌驾于其他诸王之上，成为两宫太后和幼帝之下的第一人。而宗人府位居内阁、六部之上，宗令是宗人府最高长官，是管理皇族内部事务的要职。宗令有权赏罚皇族成员。这就赋予了奕明正言顺地处分载垣、端华和肃顺的特权。总管内务府大臣是管理宫廷事务的最高长官，因接近皇帝，掌握实权。

其次要奖赏的是这次政变的有功人员。发布上谕，任命大学士桂良、户部尚书沈兆霖、户部右侍郎宝，均著在军机大臣上行走。原为军机大臣的户部左侍郎文祥，仍在军机大臣上行走。而在这次政变中功劳卓著的鸿胪寺少卿曹毓瑛，著在军机大臣上学习行走。这样以恭亲王奕为首的新的军机处组成了。

控制大局的第二步是处罚肃顺集团的有关人员。当时有位少詹事许彭寿上一奏折密陈查办党援。他提出应做的四件事，一是门禁宜加严也，二是产业宜从速查抄也，三是党援宜严密查办也，四是狱囚宜省释也。其核心思想是从严查办肃党的有关人员，从速查抄肃党的家产。但是，慈禧和奕并没有采纳他的奏折中的一切从严的指导思想，而是分清情况，区别对待，宽严结合，不兴大狱。

对首要分子肃顺从严处理。十月二日和三日连发两道上谕，查抄了肃顺在热河和在北京的所有家产。同时慈安和慈禧传下谕旨，命恭亲王奕会同大学士、六部、九卿、翰、詹、科、道会议，对载垣、端华、肃顺如何处置，分别轻重，秉公具奏。因载垣等三人是皇族，要依宗人府条例处置。而宗人府有一条优待皇族的法律，即自王以下至宗室，非叛逆重罪，不拟死刑，不禁刑部，这就是给处置载垣等三人带来了困难。因此久议不决。甚至如奕集团的谋士之一李慈铭者，反而趋向减轻对三人的处罚，并劝潘祖荫代为上书，潘祖荫拒绝了他的提议。在这种情况下，熟谙刑律的刑部尚书赵光和其他一些御史抗论，坚决主张以大逆谋反罪，对三人处以极刑。李慈铭记道：“主原议者，刑书赵光，及诸御史也。”这样经几天争论，便统一了认识，于十月六日诸王公大臣共上一道奏折，当日便发下一道谕旨：

“咸丰十一年十月初六日，内阁奉上谕。宗人府会同大学士、六部、九卿、翰、詹、科、道等定拟载垣等罪名，请将载垣、端华、肃顺照大逆律凌迟处死等一折。载垣、端华、肃顺朋比为奸，专擅跋扈，种种情形，均经明降谕旨，示知中外。至载垣、端华、肃顺于七月十七日皇考升遐，即以赞襄政务王、大臣自居，实则我皇考弥留之际，但面谕载垣等立朕为皇太子，并无令其赞襄政务之谕。载垣等乃造作赞襄名目，诸事并不请旨，擅自主持，即两宫皇太后面谕之事，亦敢违阻不行。御史董元醇条奏皇太后垂帘等事宜，载垣等非独擅改谕旨，并于召对时有伊等系赞襄朕躬，不能听命于皇太后，伊等请皇太后看折，亦系多余之语。当面咆哮，目无君上的情形，不一而足。且每言亲王等不可召见，意存离间。此载垣、端华、肃顺之罪状也。肃顺擅坐御位，于进内廷当差时，出入自由，目无法纪，擅用行宫内御用器物，于传取应用物件，抗违不遵，并请分见两宫皇太后，于召对时，词气之间，互有抑扬，意在衅。此又肃顺之罪状也。一切罪状，均经母后皇太后、圣母皇太后面谕议政王、军机大臣，逐款开列，传知会议王、大臣等知悉。兹据该王、大臣等按律拟罪，请将载垣、端华、肃顺凌迟处死，当即召见议政王奕、军机大臣户部左侍郎文祥、右侍郎宝、鸿胪寺少卿曹毓瑛、惠亲王绵愉、??亲王奕、醇郡王奕、钟郡王奕诠，孚郡王奕、睿亲王仁寿、大学士贾桢、周祖培、刑部尚书绵森，面询以载垣等罪名，无一线可原。据该王、大臣等佥称，载垣、端华、肃顺跋扈不臣均属罪大恶极，于国法无可宽宥，并无异词。朕念载垣等均属宗支，遽以身罹重罪，悉应弃市，能无泪下？惟载垣等前后一切专擅跋扈情形，实属谋危社稷，是皆列祖、列宗之罪人，非独凌朕躬为有罪也。在载垣等未尝不自恃为顾命大臣，纵使作恶多端，定邀宽宥。岂可知赞襄政务，皇考并无此谕，若不重治其罪，何以仰付皇考付托之重，亦何以饬法纪而示万世？即照该王、大臣等所拟，均即凌迟处死，实属情真罪当。惟国家本有议亲贵之条，尚可量从未减。姑于万无可贷之中，免其肆市。载垣、端华均著加恩赐令自尽，即派肃亲王华丰、刑部尚书绵森，迅即前往宗人府空室传旨，令其自尽。此为国体起见，非朕之有私于载垣、端华也。至肃顺之悖逆狂谬，较载垣等尤甚，极应凌迟处死，以伸国法而快人心。惟朕心究有所未忍。肃顺著加恩改为斩立决，即派睿亲王仁寿、刑部右侍郎载龄，前往监视行刑，以为大逆不道者戒。至景寿身为国戚，缄默不言，穆荫、匡源、杜翰、焦佑瀛于载垣等窃夺政柄，不能力争，均属辜恩溺职。穆荫在军机大臣上行走最久，班次在前，情节尤重。该王、大臣等拟请将景寿、穆荫、匡源、杜翰、焦佑瀛革职，发往新疆效力赎罪，均属咎有应得。惟以载垣等凶焰方张，受其钳制，均有难与争衡之势，其不能振作，尚有可原。御前大臣景寿，著即革职，加恩仍留公爵并额驸品级，免其发遣。兵部尚书穆荫，著即革职，加恩改为发往军台效力赎罪。户部左侍郎匡源、署礼部右侍郎杜翰、太仆寺卿焦佑瀛，均著即行革职，加恩免其发遣。钦此。”

这道谕旨，首先昭示了以载垣、端华、肃顺为首的赞襄政务八大臣的几大罪状，其次说明了对八大臣定罪的过程，最后公布了对八大臣惩处的决定。这是两宫太后和奕集团对肃顺集团主要政敌组织处理的最高的也是最终的决策。谕旨的公布说明了对顾命八大臣处理已经基本结束。

罪状分两部分，一部分是载垣、端华、肃顺三人共同的。有三条：

第一条，假传谕旨，造作赞襄名目，并无令其赞襄政务之谕。

第二条，诸事并不请旨，擅自主持，不遵两宫太后之面谕。

第三条，反对垂帘，当面咆哮，目无君上。且言不可召见亲王。

这三条，以第一条为最严重。但是，这不是历史事实。当时咸丰帝确实曾传谕旨命载垣、端华、肃顺等八位王大臣“尽心辅弼，赞襄一切政务”。档案记载，言之凿凿。后来御史钟佩贤请将载垣等所谓伪造擅改的谕旨尽行销除。但两宫太后担心如果一旦销毁，“又恐无以示将来而惩罪案”，因此，原件保留了下来。至于抗拒垂帘，是合乎清代祖制的。“因清代家法，不许母后专政，凡冲主御极，若顺治时之摄政王，康熙时之辅政大臣，均未有垂帘之事。”所以，顾命八大臣反对两宫太后垂帘不应构成罪状。以上两条，全是罗织罪名，以置载垣、端华、肃顺于死地。

另一部分罪状是单指肃顺。所谓擅坐御位，擅用御物，出入自由，挑拨两宫等罪状，其实是欲加之罪，何患无辞？这是鸡蛋里挑骨头，是必欲置肃顺于死地而后快。

当天，载垣、端华自缢而死。肃顺也被押赴刑场。薛福成记道：肃顺以科场、钞票两案，无辜受者尤多，都人士闻将杀肃顺，交口称快。其怨家皆驾车载酒，驰赴西市观之。肃顺身肥面白，以大丧故，白袍白靴，反接置牛车上。过骡马市大街，儿童欢呼曰：“肃顺亦有今日乎！”或拾砾泥土掷之。顷之，面目遂模糊不可辨云。将行刑，肃顺肆口大骂，其悖逆之声，皆为人臣下者所不忍闻。又不肯跪，刽子手以大铁柄敲之，乃跪下，盖两胫已折矣。遂斩之。这三人成了这次政变的牺牲品。

御前大臣景寿，著即革职，加恩仍留公爵并额驸品级，免其发遣。兵部尚书穆荫，著即革职，加恩改为发往军台效力赎罪，吏部左侍郎匡源、署礼部右侍郎杜翰、太仆寺卿焦佑瀛，均著即行革职，加恩免其发遣。对这五人，基本上是从宽处理的。

此外，又处分了吏部尚书陈孚恩、吏部右侍郎黄宗汉。陈孚恩与肃党关系密切，咸丰帝死后，在京城汉大臣中只命陈孚恩一人赴热河奔丧。查抄肃顺家产内，发现不少陈孚恩亲笔书函，中有暗昧不明之语。可见，陈孚恩是肃顺一党的心腹。黄宗汉在咸丰帝召见时力阻回銮，咸丰帝梓宫回京时，他又力阻，意在迎合载垣等。因此，谕旨将陈孚恩、黄宗汉均予革职，永不叙用。同时查抄陈孚恩的家产，将其发往新疆效力赎罪，并收回道光帝赐陈孚恩的御书“清正良臣”匾额，收回咸丰帝赐黄宗汉的御书“忠勤正直”的匾额。侍郎刘昆、侍郎成琦、太仆寺少卿德克津太、候补京堂富绩，因与载垣等或来往密切或由其保举为官，或拜认师生，因此均行革职。

此外，又处置了同肃顺交结较密的总管太监杜双奎、袁添喜、王喜庆三人及太监张保桂、刘二寿等。

这时北京的气氛相当紧张。与肃顺等有正当来往的王公大臣们也感到压力很大。甚至连睿亲王仁寿和醇郡王奕也连忙上一奏折，意在表明自己清白。十月二十一日，睿亲王仁寿和醇郡王奕等七位王大臣上一《奏前议郊祀配典并非附会载垣之意折》，说明了他们前一奏折和现在奏折有矛盾之处是受陈孚恩的蒙蔽，并不是有意附会载垣。从中不难看出，当时查办之激烈，气氛之紧张，甚至连仁寿、奕这样的奕党人也要加以剖白了。当然，这是他们的多虑。事实上，慈禧在谕旨中一再申明要讲政策，不兴大狱，十月七日谕旨对载垣等三人所属诸臣说明：“何能与绝无干涉，以后朕惟以宽大为心，不咎既往。尔诸臣亦毋许再以查办党援等事纷纷陈奏，致启讦告诬陷之风。”在十月十八日的从重惩办太监杜双奎的谕旨上再次申明：“此处自无庸再事诛求，以昭宽大。”

而最得人心之举是烧毁从肃顺家中查抄来的帐目及书信。十月二十九日谕旨再次申明：

“因思载垣、端华、肃顺权势薰灼，肃顺管理处所尤多，凡内外大小臣工赠答书函，均恐难与拒绝，当兹政令维新，务从宽大。自今以后，诸臣其知涤虑洗心，为国宣力。朕自当开诚相待，一秉大公，断不咎其既往，稍有猜疑。所有此次查抄肃顺家产内账目书信各件，著议政王、军机大臣即在军机处公所公同监视焚毁，毋庸呈览，以示宽厚和平，礼待臣工至意。”

这一出人意料的举动产生了极大的反响，变人人自危为人人感恩。两宫太后，尤其是慈禧的大政治家风度可见一斑。

总之，这一大政变，处理得十分圆满。原顾命八大臣，处死三人，处分五人；与其关系密切的处理了陈孚恩等六人，太监五人，共计十九人。这与肃顺办理戊午科场案动辄处分牵连数百人，不可同日而语。政变从发动到处理完毕，也只约一个月时间。时间之短促，也足令人吃惊。《慈禧外纪》评：“慈禧恢廓大度，出之以宽恕。训政之初，即定为首者之罪，其余一概不问，以免株连，因之人人称颂，以得宽大美名。”这是符合当时实际的。又说：“揣太后之意，苟己之目的达，地位固，则不妨示以宽容。即如载垣一案，太后深知载垣不得京中大员之助，决不能如此胆大。但太后虽明知同谋者多，苟非罪状大著，公然抗逆，则宁藏铁腕于剪绒手套之中，而不施行于外。因之遂得仁慈圣母之名，京中人民，尤称颂不已。太后性情，宽严并施，此等美称，实非溢益也。”慈禧因处理得法，得到了朝野的称颂。她一箭双雕，既夺得了大权，又博得了美名，她的真实的面孔被姣美的外貌暂时掩盖起来。