对科学进行诠释学的分析并非萌发于对当代科学的反思，从西方分析的科学哲学占主流地位开始，就已经有学者对科学的客观性提出质疑，并且有从诠释学层面对科学进行解读的趋势。到了20世纪初期，对科学进行诠释学域面上的定义就已经广泛传播开来。例如哥本哈根学派（主要成员包括玻尔、玻恩[Born]、海森堡[Heisenberg]、泡利[Pauli]及狄拉克[Dirac]等人）对量子力学做出的诠释被誉为量子力学的“正统解释”，其一表现在海森堡不确定性原理（即测不准关系）的提出——海森堡认为经典物理学的意向对象外在于认识主体，物理客体服从因果律、具有程度上的经验可观性。而量子力学中的自旋、不相容原理等与经典物理学不同，所以他采用了与经典物理学不同的意向性结构；作为私人意向性行为的观察可以改变实在的物理呈现。对微观客体的行为和特性做出实验观测进而得出观测结果之间关系的规律需要依赖人工的帮助，这个过程中无法排除主体的干扰及主观成分的介入。因此量子理论是主客观要素的结合体，量子现象具有主体与客体的不可分性，人们观察到的并不是微观客体本身的行为，而是从宏观仪器上呈现出来的实验观测结果推断出来的结论。其二在于该学派提出的量子跃迁及其在哲学意义上的扩展——互补性原理和互补性的意向性结构。量子跃迁是量子物理的基本概念，微观粒子的运动是不连续性使得测量两个彼此相连的变量遵循测不准原理，同时精确测量这两个变量就不可能；描述微观粒子的波函数是一种几率波，在宏观领域中成立的因果定律和决定论在微观领域不成立。从实验中所观测到的微观现象只能用通常的经典语言做出描述，微观粒子呈现波粒二象性佯谬是用经典语言描述的结果，因此经典语言描述的微观现象既是互补的又是互斥的。

现在，人们对于量子力学基于诠释学视角下的分析已经司空见惯，而在20世纪，这样的解读是具有开创性意义的。量子力学最大的特征就是其反直觉与反日常经验的，不确定性与非决定性、偶然事件或突发事件也会对研究的进程造成极大的影响。戴维·玻姆对量子力学的量子势因果解释就是对于量子理论的本体论说明。而自然科学的诠释学分析不仅体现在量子力学领域，在生物科学中也可以找到很好的自然科学诠释学的适用。[160]

20世纪之后的科学研究呈现了多元化的发展趋势，生物科学的蓬勃发展及新兴观点成为科学诠释学应用的最佳体现。物理学和生物学交叉的必然性也反映出人们对20世纪末期科学协同作用的普遍接受。生物科学的众多范例也可以很好地使人们理解科学诠释学在多元背景与旨趣下对研究对象（文本）的科学分析，与生物科学相关的生物物理学及生物化学等新领域的探索促进了生命活动的物理及物理化学过程研究，例如对生物大分子及大分子体系结构分析就解释了生命活动过程中活跃地作用于大分子之间的甲基、酰基这样的基团、水分子和金属离子，在生物大分子相互作用时，不仅引发大分子的构象变化，并且自身参与其中。另外物理学在生物学领域中的应用，不仅包括物理学技术/实验方法的应用，还包括物理学理论和物理学思维方式的应用。

诠释学分析在以往生物科学研究中的缺失就是由于没有考虑到诠释学在生物科学中所扮演的重要的角色，诠释学并不局限于生物学的研究工具，而是实际地存在于生物科学之中。其实，诠释学因素相伴于生命肇始之时，生物科学的研究都可以认为是建立在诠释学分析的基础上，尽管该学科可能并未意识到诠释学在学科中的应用。对在生物学中的诠释学分析基于以下两点考虑：一是人类交往、语言与文化中符号的使用；二是这种生活符号学是科学诠释学的一种形式，生物学中对于生命的阐述是基于物理化学方法论的实验室产出，在庞大的原有概念系统覆盖下的有关基因的论述。[161]

如果考虑生物学中的诠释学因素，势必对朴素的唯物主义造成批判，而这种批判并非源自诠释学而是其内部领域。尽管听起来有些匪夷所思，但确如其实。例如群体遗传学的研究就是针对生物群体的遗传结构及其变化规律的科学，它的开创者之一霍尔丹（J.B.S.Haldane的科学思想之一就是使用了统计学的方法研究生物群体中基因频率的变化规律，包括带来这些变化的选择效应与遗传突变作用、迁徙等因素与遗传结构之间的复杂关系，从而对达尔文的自然选择理论进行重构，不仅补充和发展了达尔文遗传学说，并且促进了当代生物演化理论的发展。

宏观地说，遗传信息并不是只以物理的方式出现，而是以语境调制（contextual modulations）的主体形式出现，甚至最基础的代码系统也被认为是与生命过程相关，把其自身当成积极参与该过程的生物学产物。[162]例如，线粒体中存在的交替遗传代码组提供了生物学与控制信息之间的相关性，这种遗传机制在今天仍旧被看作是重要的动态现象而不是作为简单的结构性质。坎姆比斯将其命名为“分子诠释学”（molecular hermeneutics）旨在表述在生物学的某些现象。例如遗传工程中，生物复合体的结构从属于功能。在一些特殊的刑事案件使用生物技术手段的过程中，通常也存在着后天条件对先天个体的影响。例如同卵双胞胎的DNA相似度非常高，在区分上有很大困难，这种情况下，可以通过“抗体库基因差异法”进行区分。因为哺乳动物在出生之后，由于生活在一定的环境中，即便是同卵双胞胎，由于后天生活环境的差异也会导致个体随着环境形成自己特有的抗体库基因。除此之外，大量研究表明，DNA甲基化（DNA methylation）能引起染色质结构、DNA构象、DNA稳定性及DNA与蛋白质相互作用方式的改变，从而控制基因表达，是最早发现的修饰途径之一，“甲基化修饰”广泛存在于人体细胞基因组的各个片断，从而决定该基因的表达情况。

除分子诠释学之外，生物学研究中的诠释学因素还体现在其他方面。比如，细胞逻辑与免疫系统等之间的自我修正与复制以及生物的进化都可以理解为一种循环过程。传统生物进化论认为生命的繁衍是自然与有机生命体之间单向性的交流，是自然选择的结果。如今，这种理论已经被协同进化论所取代，自然选择只是物种进化的一个方面，它只能使生物适应当前环境，而进化功能则是潜在的适应能力。协同进化的观点是说生物个体的进化过程在其非生物因素和其他生物的选择压力下进行，因此某一物种的进化必然会对其他生物的选择压力产生作用，从而使其他生物发生变化，反之又会受到变化的其他生物的影响。两个或多个单独进化的物种相互影响从而形成一个相互作用的协同适应系统。美国科学家在对帝王蝶（monarch butterfly）生命及季节性长途迁徙周期的观察与研究之后，宣布破获了帝王蝶的基因组序列，从而揭开帝王蝶长途迁徙识别方向之谜。不仅如此，作为首个长途迁徙标志性基因组成果，科学家在掌握帝王蝶基因、行为与生理适应性等因素之后，试图将其研究成果作用于人类生物学及与人类类似的生物群体研究中，期待可以解决时空变化对人体产生的影响，利用新的理论解释生物钟基因突变导致的其他疾病发生的病理研究。

从生物科学的视角来观测与其相对应的诠释学整体与部分之间的关系：主观方面，人类的每一行为必须根据它们的整体性，按照它们的相互影响来解释；客观方面，解释对象的整体可以被设想为所要解释的对象所隶属的文化体系，理解只有在逐步地解释的程序中被拓宽和确证。

生物科学研究诠释学分析的他显建立在生物学研究受外源性因素的操控之上。我们知道，转基因技术是利用现代分子生物技术，将人工分离和修饰过的基因导入到生物体基因组中，改造生物的遗传物质，使其性状发生转变，该项技术的研发在解决人口膨胀及粮食与资源紧缺问题的同时，也存在安全隐患和技术弊端。2012年9月法国凯恩大学科学家Gilles-éric Séralini在经过两年的实验后指出，用某公司研制的转基因玉米（NK603）喂养的实验鼠长肿瘤的数量与几率都非常高。导致此结果的原因，推测为转入基因的过度表达导致了玉米蛋白组织的改变，影响了实验鼠的内分泌环境，使实验鼠生化紊乱。由此得出结论，对转基因食品的使用、农药的制定须慎重，并且须经过仔细评估与长久的研究，从而权衡转基因食品的利弊。这种说法遭到众多学者的质疑，例如研究者质疑该实验对照组数量太少，没有合适的统计分析，无法成为有效的证据，并且指出这个大鼠品系本来就很容易染上肿瘤，甚至该结果的产生可以用随机误差来解释。该事件的发生不仅引出转基因食品安全性的争议，更说明当代科学研究受到众多外源性因素的影响，包括政治的、经济的，甚至是某些利益集团以宣传为目的的操控。

从自然科学角度来看，富含意义的人类交流是与自然相互作用的结果。自然科学家认为诠释学对事物的描述只有一种方式，当对人类活动采用诠释学的方法时，人们必须将诠释学作为一种解释性的语言，以此来稳妥地描述那些诠释学与自然科学之间的相互作用——也就是说，如果人们想使用诠释学语言或是其他非物理学的语言，必须讲清楚必须这样做的基础性外部条件。与生物学学科同样获得大量研究成果的领域都迫切希望拥有自己独立的语言，从旧机体生物学理论到模型概念的改进再到生物符号学理论的建立等。有些学科采用循环适用的方式，有些学科则开发了非正式的专业术语。[163]生物学整体论就有很多独立性很强的理论。甚至一些已经意识到自然科学存在诠释学因素的哲学家（休伯特·德雷福斯与查尔斯·泰勒）从海德格尔的实践整体论与蒯因和戴维森的语义整体论之间的差异中，寻找出自然科学与社会科学不同的知识论与政治学立场，试图以此区分自然科学与社会科学诠释方式与旨趣的不同，以此回归到狄尔泰对自然科学与社会科学之间的划分。[164]

“分析哲学与诠释学在回溯（atavistic）倾向方面是相似的，这种回溯倾向是为了建构一种规范的方法论以便说明意义和理解的观念。”[165]以上论述可以表明，尽管分析哲学在方法论上取得了巨大的成功，但对于生命科学的复杂性是无法通过物理学的语言详尽地描述的。诠释学作为方法论的出现，使得诠释学的自我反身性解释能够为理解生物学研究提供详实的解释基础。比如反身性能够阐明认知学家丹尼特生物体感官意识，[166]或是像诠释学一样直接用主体间性来讨论一种现实的主体而不是反思式的逻辑的主体。