太平天国被镇压以后，捻军也军心大失，处于瓦解状态。借此时机，清政府派僧格林沁和官文一路追杀，终于把捻军的主力部队歼灭，而剩下的两小股势力在赖文光的带领下来到湖北、河南等地，仍四处活动，搅得清政府日夜不安。

赖文光文武兼备，他在极其困难的条件下，仍组织了一些力量，并吸纳了兵败后的一些太平军将领。显然，这样捻军的队伍就壮大了，而且他们发誓要为恢复太平天国而战。改编后的捻军不断和清军作战，并从清兵处获取了大量的装备及物资。久而久之，他们练就了一支精锐的骑兵部队，而且这支部队比太平军更胜一筹。他们在战略上也不同于太平军，是以大规模运动战打击清军；他们的作战灵活机动，以精锐骑兵袭击清兵；他们作战时急如狂飙般将清兵包围，往往清兵还没想好如何应战就被打死。无疑，这样的一支捻军自然会搅得清政府头昏脑涨。

当年太平天国起义时，这支捻军也曾在中原起义响应太平军，但被蒙古亲王僧格林沁率兵镇压。后来陈玉成牺牲后，僧格林沁便趁机发动进攻，围剿了捻军在安徽的根据地，并将当时捻军的领袖张洛行杀害，其他的捻军也大部分被杀死，只有少数逃亡。僧格林沁以剿捻有功，被清政府提升为亲王，并多次被授奖。僧格林沁率领的蒙古骑兵受到了清政府的重用，也是清政府用来对付湘军的唯一一支武装力量，因为八旗及绿营兵均被太平军摧毁。僧格林沁原本就心高气傲，加上清政府对他的重视，所以他从心底瞧不起湘军和后来兴起的淮军。在共同对付太平天国的军队时，他就经常欺压湘军，背地里向清政府状告湘军将领。而实际上，大多明明是他的错，他却推在湘军身上，而曾国藩明知这些事情，但也无能为力，因为清政府看重的是僧格林沁而不是身为汉人的他，所以他只能一忍再忍。当湘军拿下天京时，清政府之所以向湘军施加压力，也是因为有僧格林沁这支部队作为依靠。

当集智勇于一身的太平天国将领赖文光重整捻军时，清军为了彻底消灭这支义军，派僧格林沁率部围攻。骄傲自满的僧格林沁以为很快便能将捻军消灭，对捻军实施穷追猛攻。而捻军作战灵活，神出鬼没，采取各种战术，打得僧格林沁是措手不及，怒火中烧，只能跟在捻军屁股后一路狂追。而赖文光正是抓住了他的缺点，不断地给予猛击。同治四年，僧格林沁一路追杀捻军，从河南追到山东，此时他的人马已筋疲力尽，只有少数骑兵追上来，主力部队被远远地甩在后面。没想到这支曾经威风凛凛的骑兵陷入了捻军的埋伏之中，在同治四年（1865年）四月二十四日，这支骑兵被捻军消灭。

僧格林沁剿捻的屡屡失败，让清政府很是失望。本来清政府希望僧格林沁以剿捻提高清政府贵族的威望的，但是结果却未能如愿。后来，清政府不得不派湘军和淮军去助战，让僧格林沁坐收渔人之利。早在同治三年（1864年）九月，赖文光就打败了在湖北蕲水的清军，然后包围了清军将领成大吉于蕲北。清政府闻讯，命曾国藩前去援救。

当时湘军正面临裁撤，军心动**，人心混乱，曾国荃也被开缺，面对清政府对湘军施加的压力，这个时候的曾国藩是有心而无力。他上奏清政府，目前军心大乱，自己也难以担当胜任此重任，即拒绝前往剿匪。时隔不久，清政府又命令湘军刘连捷、淮军刘铭传去河南协助僧格林沁，并听命于他。曾国藩又上奏清政府，刘连捷、朱洪章、朱南桂三军正在遣散之中，无法支援。所以，清政府只好让淮军刘铭传去河南。曾国藩自然再无理由可辩，但僧格林沁却说湘淮两军“皆不能战”，不要任何援助。闻此，曾国藩窃喜，让正准备出发的刘铭传收兵。

拒绝任何援助的僧格林沁经过几次战斗之后，被捻军杀死。清政府得知此事后极为震惊。他们没想到捻军的力量如此强大，所以当下只好再派曾国藩出马了。这次，清政府给予了曾国藩指挥河北、河南和山东三省八旗、绿营军的大权，催他快快起程。由于清政府担心捻军在击毙僧格林沁后会威胁到北京，而当时北京方面也是一片慌乱，所以清政府让警卫部队随时作好战斗准备。

曾国藩此时早无争战之心，毕竟已是五十四岁高龄了，也经不起战场上的折腾了。但他不敢违旨，只得极不情愿地赴前线作战。曾国藩不愿出战有两个方面的原因：一是他恨清政府对他太过分，用他的时候把他扶起来，不用他的时候恨不得将他打倒。逼迫他裁撤了湘军，手中没有勇兵怎能作战——那些八旗、绿营兵根本打不了胜仗。二是不久之前慈禧和恭亲王发生过一场激烈的争吵，就是因为曾国藩。恭亲王想重用像曾国藩、刘蓉、李元度这样的汉官，而慈禧却想罢免曾国藩等汉官的官职。于是二人就争吵起来，慈禧便亲自拟旨，召集军机大臣们，革去恭亲王的“议政王”号，不许他参与政事。没想到这遭到了军机大臣们的反对，慈禧只好把他的“议政王”号革除，保留了他的总理各国事务衙门大臣的职务。因为这些，曾国藩十分痛恨慈禧，更是不想为清政府卖命了。

在清政府的多次催促下，曾国藩拖着带病的身体出发了。出师前他认真研究了捻军的特点及僧格林沁的战略战术，总结出捻军是以骑兵为主，善于流动作战和游击战。针对捻军的特点，曾国藩提出了“重镇设防”、“布置河防”和清查户口的方法来对付捻军。

尽管曾国藩想尽一切办法对付捻军，可最终也没收到几分成效。1866年9月，捻军在河南会师，摧毁了曾国藩苦心经营一年的河防，而这也意味着曾国藩的剿捻失败。

清政府见曾国藩连战无功，便对他严加指责。曾国藩便上书请求辞职，清政府怕他再一次强大起来，便同意了他的请求，让他继任两江总督，而命李鸿章接替了曾国藩的职务，全力剿匪。

其实，曾国藩剿捻的失败并不在于他的战略有误，而是在于参战的兵将问题，这使此时的他十分怀念曾经的那十万湘军。但湘军的辉煌已成历史，现在他手上的湘军只有刘松山、易开俊率领的两千余人，而这些人一听说北上开战，都纷纷摇头，毕竟经历了无数生死才换来了一时的安宁，谁也不想再去送死。刘松山只好杀了几个带头反对的湘兵，这些人才勉强出发，但一路上还不断地有人逃跑，以致过了黄河故道后，已逃跑了大部分人马。湘军的士气已一去不复返了。而主要兵力是李鸿章的淮军，他们只听命于李鸿章，对于曾国藩的命令只当成耳旁风，这也是曾国藩剿捻失败的主要原因。湘军腐败，加上淮军不受调遣，曾国藩此次自然必败无疑。虽然淮军表面上听从曾国藩的调遣，但实际上却受李鸿章的支配。曾国藩对他们下达的命令，他们又背后写信给李鸿章，要求这要求那。李鸿章又写信给曾国藩进行干预，最后，曾国藩不得不把将要下达的命令写信给李鸿章，李鸿章再给淮军下命令。如此一来，贻误战机，就造成剿捻失败了。

事实上，曾国藩的决策没有错——李鸿章也正是利用了曾国藩的策略才打败捻军的。李鸿章接到清政府的命令之后，负责剿捻，他也采取了曾国藩的战略方针，执行了曾国藩的河墙战法，将捻军聚在一地进行歼灭的。由此看来，战略再好如果没有得心应手的军队也无济于事，而曾国藩正是因为没有实际的军队指挥权才失败的。