按理说攻下金陵，灭了太平天国，战功赫赫的曾国藩应该高兴才对，可是他却日夜不安，忧心忡忡。金陵未攻克之前他就多次写信给曾国荃，反复告诫他一定要在鼎盛时期稳住气，千万不可居功自傲，要随时准备急流勇退。他教育曾国荃的同时也是在提醒自己一定要自勉自惕，时时回头看看，及时后退。而且，他还不断考虑自己与清政府的关系将如何处理，他知道历史上有不少功高盖主的大臣的下场都是“兔死狗烹”。而每次想到这些，他心里都不寒而栗，再也不敢想下去。

同治三年（1864年）六月十八日夜，当曾国藩接到攻克天京的消息时，内心十分激动，他用颤抖的手打开信，看后既是一番惊喜又是一种恐惧。天京终于攻克下来了，太平天国终于灭亡了，但他的心情却愈加沉重了。他担心清政府会不会也是让他落得个“兔死狗烹”的下场？

朋友们每天都来向他祝贺，或是当面祝贺，或是写信祝贺，唯独一姓窦的朋友提醒曾国藩说：“大功成矣，意中事也，而可喜也。顾所以善其后者，于国何如，于民何如，于家何如，于身何如，必筹之已熟，图之已预矣。窃尝妄意：图下所以为民者，欲以‘退让’二字保全晚节。此诚忧盛明之定识，持盈保泰之定议也。”曾国藩看后冒了一身的冷汗。由此，他更是常思如何退让、如何保全晚节了。

天京攻克之后，他根据曾国荃写的攻城、杀敌的信件向皇帝拟了《报捷折》，等待着皇帝的批复。曾国藩虽然未身临其境，但曾国荃每天都用书信向他汇报情况，所以他对攻破天京的情况也了如指掌。

六月二十四日，曾国藩在忐忑不安中接到了上谕，上谕赏曾国藩太子太保，赐封一等侯爵，赏戴双眼花翎。接到圣旨之后的曾国藩当天就赶往天京，了解攻城后的具体情况、亲自审问李秀成，同时他也要劝说曾国荃要闯过“功高盖主”这一关。

经过一番审讯，曾国藩大吃一惊。李秀成说的和曾国荃所上报的完全不一样，曾国荃说天京城内的十万太平军全被湘军杀死，其实只有一万太平军；曾国荃说太平天国的幼主已被大火烧死，其实幼主趁湘军的乱抢乱杀一片混乱之际已逃出天京；曾国荃没上报关于“圣库”、金银财宝的事情，其实天京城内藏有大量的金银财宝。曾国藩听完后吓了一身冷汗，如果这些情况被清政府知道了，他和曾国荃将是“欺君罔上”，脑袋便不保了。为了保住性命，他宁可违背旨意，也不能将李秀成押往京师，让他和皇帝见面。为了掩盖他们谎报军情及湘军抢夺财物的罪证，七月六日，曾国藩私自下令杀害了李秀成，并对李秀成的自述进行了大量的涂改。

曾国藩亲眼见了天京的惨状，见了湘军官兵在继续搜寻财物，见了湘军抢掠来的大量财物，见了湘军私藏的大批妇女。

湘军的龌龊行为让他感到无地自容。在他看来，这不像是他一手训练出来的湘兵，简直就是一伙无恶不作的强盗，而这伙强盗的首领却正是自己的亲弟弟。这致使曾国藩的心情更加沉重了。

当天京城的大火还在燃烧时，曾国荃和他的湘军将领们就接到了清政府的上谕——曾国荃及攻城的将领们一一得到了封赏。曾国荃被封为太子少保，一等伯爵。李臣典、萧孚泗分别被封分子爵和男爵；朱洪章、刘连捷、张诗日、彭毓橘被封为骑都尉或轻车都尉。除此之外，彭玉麟、骆秉章、左宗棠、李鸿章等人也都得到了封赏，且封赏都不比曾国荃低。

为此，曾国荃很生气，对于自己的封赏很是不满意。正当他满腹牢骚时，皇帝又下了一道谕旨，正是这道谕旨让曾国藩出了一身冷汗，一时不知所措。上谕指责曾国荃的指挥失误，造成太平天国幼主及一千人逃跑，并指责曾国藩在幼主被火焚烧之事上汇报有误，命令他惩罚相关人员，而且还让曾国藩查清天京城内的金银财宝，上交国库。让曾国藩感到最为沉重的是这句话“曾国藩以儒臣从戎，历年最久，战功最多，自能慎终如始，永保勋名，惟所部诸将，自曾国荃以下，均应由该大臣随时申儆，勿使骤胜而骄，庶可长承恩眷。”

曾国藩担心的事情终于出现了，谎报幼主的事，追查金银的事，追究相关责任人的事，所有的一切压得曾国藩喘不过气来。如果他做不到这些，就难以“永保勋名”了，自然也就不能“长承恩眷”了。这一道上谕压在曾国藩的心中，让他感觉到从未有过的沉重。