针对法院的这一裁定结果，美国司法部和20个州联合起来，于1998年5月18日对微软提出了新的指控，控告微软利用计算机市场上的垄断地位来打击对手，阻碍行业之间自由的竞争。而且，司法部还搜集和掌握了微软的大量证据，用来指控微软违反了美国的反垄断法。

于是，美国政府对微软公司展开了垄断诉讼。这次的诉讼不仅引起了全世界的关注，而且在全球范围内针对这个案件展开了一场大争论。这个情况对于比尔·盖茨来说是非常有利的，因为它吸引了全球人们的注意力，使得法院不得不慎重考虑对微软的最终判决。

虽然这个诉讼案看起来很简单，但是深究下去却十分复杂。在案件的诉讼过程中，比尔·盖茨又显示出了他天才的法律头脑。在法庭上，他总是会利用自己超强的逻辑思维来为自己辩解或回避问题。面对着他人指责微软是垄断行为时，盖茨回答说：“微软公司的产品只占软件产业的百分之四，怎么能算是垄断呢？”盖茨的这种说法竟让人无从反驳。

因为反垄断法是在100多年前制定的，那时是工业革命时代，产品的规模数量起着关键作用，即那时定义的垄断是指独占、专卖、产品在全国市场上占有大部分的份额，所以这就可能判定妨碍自由竞争和贸易的企业为垄断企业。可随着社会的进步、科技的发展，尤其在软件行业，产品种类和数量繁多，已经不能单纯从公司的规模大来判断其是否是垄断企业了。虽然从表面看，微软的软件种类和数量在全行业来说占有率并不高，但是微软却掌握和独占着软件行业的最关键部分——计算机操作系统。而所有软件的开发都必须基于操作系统。如果微软并没有滥用这种垄断权力从事不公平竞争的话，司法部就不会对微软进行起诉。而在这次提交的诉状中，正是因为微软利用其在操作系统的垄断地位，强迫他人安装微软的浏览器软件等，涉及到了不公平竞争的商业行为，所以司法部才对微软进行起诉。

1999年正在审理此案的关键时期，一个关键人物出现在了法庭上，指控微软，微软差点因此一分为二。这个关键人物就是斯特凡妮，微软的一个雇员。25岁的斯特凡妮长得十分漂亮，身材也很诱人。从商学院毕业后，进入微软担任营销部的经理。盖茨看到斯特凡妮后很快就爱上了她。在盖茨的追求下，斯特凡妮很快就成为了盖茨的情人。于是，他们经常出入于豪华酒店和酒吧之中。渐渐地，盖茨对斯特凡妮更加迷恋，对她非常信任，甚至还让她参加微软公司的机密会议。一次，在董事会上经理们讨论了有关如何用非法手段挤垮竞争对手的问题。而这次会议却让斯特凡妮感到有些不寒而栗。于是，她决定和盖茨划清界限。1999年在美国司法部对微软公司垄断案进行调查时，在法庭上斯特凡妮毅然站在了比尔·盖茨的对立面，指控微软公司利用非法手段竞争。当时，她的证词给了微软公司一次致命的打击。消息传出后，很多人都纷纷抛售微软的股票，使得比尔·盖茨因此损失了80亿美元。

而网景公司也向法院作证，在他们拒绝和微软瓜分网络浏览器的建议后，微软公司便对其封锁了视窗操作系统的技术细节，导致他们的浏览器被迫推迟上市。而且网景公司还说微软将自己生产的浏览器与视窗操作系统捆绑销售，并不是微软所说的技术上的原因，其目的是为了对他们公司进行致命打击，让他们永远得不到机会。

苹果公司则向法院证实，在苹果公司准备把网景公司的浏览器作为默认浏览器时，比尔·盖茨曾威胁说将取消对苹果公司配套软件的供应。最后，苹果公司被迫采用了微软的软件作为苹果电脑默认的浏览器。而康柏公司和英特尔公司都遇到过类似的问题。

在IBM公司的号召下，美国多家电脑和软件企业组成了一个反微软公司的联盟，为法院多次提供证词和出示证据，证明微软公司利用自己的垄断权利，为其公司的利益服务。

经过哥伦比亚地方法院多轮的听证、辩论和审理，1999年11月5日负责此案的法官公布了事实认定书，认定微软公司属于垄断公司，其行为在一定程度上压制了市场的自由竞争，损害了消费者的利益，并且指出微软公司利用它在计算机操作系统市场占有的统治地位，在竞争中伤害了其他有创造性的公司。认定书虽然不是正式判决，但正式判决都是以认定书作为依据的。即是说，事实认定书的公布基本决定了微软在此案中的命运。

1999年11月19日，法院对双方进行调解，希望促使双方能达成和解。但是由于双方意见分歧过大，经过四个月的调解后，以失败告终。2000年6月7日，哥伦比亚地方法院的托马斯·杰克逊法官对此案作出了正式判决，将微软公司一分为二，成为两家公司，一家公司专门负责生产和销售视窗操作系统，另一家公司则生产和销售应用软件和其他产品。后来法院还对微软公司的行为作出了规定和限制，包括严禁微软公司对其他竞争公司进行报复，要求微软视窗操作系统要实行统一定价，并且禁止微软公司在销售视窗产品时捆绑销售浏览器或其他产品等。

这个消息传出后，最兴奋的无疑是网景公司。在判决的当天，网景公司总裁巴克斯代尔说：“今天是值得整个计算机业界庆祝的日子。”

比尔·盖茨对此作出了迅速的反应，他召开记者发布会为自己的公司辩护说，微软公司取得成功是因为微软能够不断通过技术创新来满足消费者的要求。微软公司一直遵循着美国的价值观，为消费服务，重视产品质量，进行着公平的竞争。而且，比尔·盖茨还发表了公开信，来寻求人们广泛的支持，以求得到人们舆论上的支持。

与此同时，比尔·盖茨继续上诉，并且要求法院延期执行对其的判决。2001年11月2日，微软公司和司法部达成和解协议，协议的主要内容包括：微软将向其他软件开发商提供必要的技术支持，便于其他开发商在视窗操作系统上开发软件；要求微软签订为主要的电脑制造商提供五年的视窗操作系统的协议，并且禁止微软对制造商支持微软竞争对手的软件而对其实施报复；为了确保微软按协议要求完全得到实施，将组成一个监督小组进驻微软，对其进行监督。这项和解协议的期限是五年，如果微软在这五年中违反了协议中的任何条款，协议都将自动延长两年。

比尔·盖茨虽然与美国司法部和九个州达成了和解，但是其他九个州并不同意这一和解协议，他们认为这次制裁力度不够大，希望法官能够对微软采取更严厉的制裁措施，要求微软公开视窗操作系统的技术升级以及浏览器的原始程序等。

2002年4月22日，作为微软的创始人，比尔·盖茨还亲自出庭为微软进行了辩护论证。1998年盖茨曾经通过录像在法庭上作证，当时他的表现给法官留下了回避法庭质询的印象，而且其言语还给法官留下好斗的印象。而在这次作证中他的表现却非常出色——身穿深蓝色西服正装而不再是以往的休闲装束出现在法庭上，用言简意赅，甚至还利用电脑幻灯片向法官介绍了有关微软视窗操作系统的发展历程，并且指出浏览器对视窗操作系统的重要性和作用。拒绝接受微软利用非法垄断而妨碍自由竞争的这一指控。比尔·盖茨表示，他们的这些要求将威胁到微软公司的生存，而且伤害了微软创新的动力，致使微软不敢有任何新的创造。

在这次微软和司法部的垄断案中，最终以微软作出让步而告终。比尔·盖茨说：“虽然协议的内容有些超出了微软设定的范围，但是还是值得做的。这个协议在目前这样的困难时期，将有助于增强美国的经济，确保软件产业向市场继续提供创新性的产品。微软公司呼吁其他指控微软的各州能够接受这一协议。”

2002年11月，美国联邦法院批准并支持微软公司在一年前与美国政府达成的和解协议，驳回了其余九个州要求对微软实施更严厉制裁的申请。