以儒炉熔百家的新儒学
汉代建国之际，高祖刘邦不喜儒学，虽然政治上仍设有承袭秦朝的博士制度，但博士的人数不多，很难在传授文化方面起到大的作用。对于这一时期而言，儒家的学术源流几乎断绝了。秦始皇曾在焚书时颁布一项法令，规定除了允许官府有关部门藏书外，民间和个人一律不得藏书，这就是“挟书律”。汉承秦制，也沿用了这项“挟书律”。直到汉高祖之子汉惠帝废除“挟书律”，诸子学说才得以复苏，儒、道两家逐渐声势变大。
在之前较为沉闷的学术思想的低潮时期，统治者提倡道家的黄老无为思想。黄老思想是居于支配地位的主流思想，不问流派的思想家也都乐于称说黄老之言。文帝、景帝时期出现了由无为到有为、由道家到儒家的嬗变趋势。学者伏生在墙壁中得《尚书》二十八路，汉文帝派出当时著名的思想家和政治活动家晃错向伏生学习。这一时期的博士数量有所增加，已有70多人，他们杂陈百家，其中以崇尚儒家者为多。儒家经典《诗》《书》《春秋》，以及《论语》《孝经》《孟子》《尔雅》等都有博士，其中《诗》博士更有齐、鲁、韩三家，《春秋》博士有著名的胡毋生、董仲舒二家。这些都为汉武帝独尊儒术准备了条件。
汉武帝早有儒学倾向。他曾采纳时任丞相的卫绾的建议，罢黜治申不害、商鞅、韩非、苏秦、张仪等法家之言的贤良。此举引发了颇好黄老的窦太后的强烈反对，她以刑狱之灾打压了相关的大臣，儒家的发展暂时受挫。建元5年，即前136年，汉武帝设置了《五经》博士，儒家经学在官府中愈加完备了。建元6年，窦太后离世，汉武帝的施政不再受外戚的强行干扰，儒家也在他的主张、提倡下逐渐发展壮大。董仲舒在应对汉武帝的举贤良对策中建议，凡是不在六艺之科、孔子之术的各家学说，都要从博士官学中排除出去。汉武帝对此很是欣赏。他依此在朝中进行了一次大规模的官员调动，将不治儒家《五经》的太常博士一律县黜，提拔布衣出身的儒生公孙弘为丞相，优礼延揽儒生数百人等。“罢黜百家，独尊儒术”之后，朝廷官员主要为儒学出身，儒家的发展势头可想而知。
“独尊儒术”之“儒”，早已不用于孔孟之儒，而是一种新儒学。
在汉初黄老之术造就的安定、繁荣的表象下，董仲舒面对汉家王朝大一统的政治需求，加工、制造出了独具特色的儒学思想。他以儒家的仁道义理架构为基础，以《春秋》公羊学的微言大义为依据，吸收法家、道家和阴阳家学派思想，又将宗教天道观和阴阳、五行学说相结合，建立起了一个前所未有的、兼容百家的新儒学体系。这是适应社会政治、经济、文化发展需要的一种极具包容性，又独具时代特色的政治儒学。这种新儒学对当时的一系列政治、社会问题给出了较为系统的、有效的应对和对治性回答。
《春秋》公羊学的儒家义理体系是董仲舒新儒学的立学之基，而大一统的王道政治则是新儒学的实质所在。为了实现“正而天下和美”的政治理想，董仲舒将儒家的天命论、天道观与阴阳、五行思想结合，建立了一套“天人感应”的神学哲学体系，而“三纲”“五常”是基本的政治伦理原则。“天”是最高的哲学范畴，是主宰人世命运的人格神，天体运行是一种道德意识和目的的体现，自然现象是神有意识、有目的的活动，是为“君权神授”“灾变谴告”。统治者若想长久地掌有天赐予的“权”,就需要承天更化、养士求贤和尊儒一统。
经学化、伦理化、神学化和权威化，是董仲舒新儒学的四大特点。新儒学保留了儒学的人文精神和义理内核，其以“五常”为核心的价值观强化了儒学的实践性、生活性和经世致用性，吸收入儒学的阴阳、五行、宗教天命等思想，既实现了学术思想的强强联合，又体现了此时儒者的开阔胸怀。董仲舒之儒学是适应封建大一统而生的新儒学，它取得独尊地位，成为官方意识形态是历史的要求和必然。
汉武帝采纳董仲舒理论，第一次真正将儒家思想运用于政治实践。儒学成功地解决了西汉初期的政治合法性问题，维护了封建政权的统一和稳定，开启了汉唐盛世的序幕。此外，儒家思想对抑制王权、限制官僚特权、保障民权、缓解社会矛盾和维护社会稳定起到了积极的作用。西汉社会在儒家思想下的成功经营，为中国古代的政治文明建设提供了成功的范例。儒学自此正式成为中国近两千年的封建社会的主流意识形态，为王朝的政治治理和礼乐教化无私地贡献着智慧和力量。
清末新政与儒家体制的崩溃
1840年，中国紧闭的国门被西方列强的坚船烈炮强行开启。原本沉浸在“天朝上国”迷梦之中的清王朝统治者，渐渐地在赔款、割地的屈辱和愈作愈响的侵略炮声中醒来。1900年6月，八国联军侵华战争爆发。1900年8月14日，八国联军占领清王朝都城北京，慈禧太后和光绪皇帝仓皇出逃，开始了所谓的“西狩”。逃亡路上的王朝统治者收获了最后迟到的清醒：自己早已不再是世界秩序的维护者，而如今这王朝的统治要如何维持和延续？
变法图强的倡议早已有之，1898年的戊戌变法在顽固派的阻挠下昙花一谢。这一次，包括当初顽固派在内的清朝上层却主动“变法”，颁布了“新政”。1901年1月29日，清朝发布变法谕旨，“新政”序幕正式拉开。历经了将近两千年风雨的儒家体制早已身老形残，更在西方文明的进攻下增添了不少新伤，此时的“新政”就像是给尚在苟延残喘的儒家体制注射的一剂安乐药。
以改革科举为核心的教育制度改革，是清末“新政”的开场戏。改革的具体措施一为“设文武学堂”，建立由小学、中学和大学构成的现代教育体系，毕业后授予相应的功名；二为“酌改文科”，即改革考试内容，“四书”“五经”比重大减后，以实用性科目为主要考试内容，同时逐年减少科举取士名额，扩大学生出身名额，将科举和学堂合流，以十年为期废除科举制，以“生员、举人、进士皆出于学堂矣”为目标；三为“停罢武科”，改变军事人才的培养模式；四为“奖励游学”，派遣优秀学生出国。这一系列改革措施在措施施行的同一年受到了良好的效果。清廷不久后又出台了会试科目的调整办法，下令要求多设大小学堂，并特别指出除四书五经外一律不准用八股文。
1905年9月2日，清廷面对日益深重的内外危机，接受权臣奏请，正式下令停止科举制度。延续了一千多年的科举取士走到了尽头，这条以儒家为标准的选官之路阻断了，儒家与国家权力的联系也就此中断了。
“新政”开始之后，办学堂成为一种风尚。另一方面，由于科举的废除和新的教育管理机构和规则的出台，规定了学堂毕业、特别的留学归国人员可以获得相应的功名。因此在新的官员选拔制度出台之前，学堂和留学成为新的晋升之阶。兴学和出洋留学成为人们趋之若鹜的对象，学堂数量和入学人数取得了迅速的增长。废除科举前后的1905和1906年，学堂数量后者较前者增长了两倍，学生数也将近翻了一番。这一现象对于现代教育事业而言或许是件值得高兴的事，对于儒家而言，却绝对不是幸事一件。
中国封建社会缺少完整的公共教育体系，教育事业的实现主要靠家庭或家族。社会设置教育机构的主要功能，就是组织科举考试、举行祭孔仪式，以网罗民间人才和推行儒家教化。即使是相对独立的书院，也会逐渐演变为科举的“培训班”，这一现象以清朝为显。尽管清廷号召在学堂中仍要学习中国经史之学，仍以“忠君、尊孔、尚公、尚武、尚实”为教育宗旨，儒家的容身之处还是一天天地越变越狭窄。新的教育制度和社会流动机制，决定了作为上升性流动的主要标准是科学，而非儒学。儒家观念的传播也就日益丧失了合适的渠道，没有了渠道，也就无所谓流传和发展了。
除了儒家体制在人才选择和教育制度方面的崩溃，清末“新政”立宪和新法律的实施又加速了儒家体制的瓦解。仿行宪政的实施加大了儒家与中国政治制度的分离。《钦定宪法大纲》以维护皇权的至高性为基础，对皇帝的权利作了逐条的阐述，规定皇帝的权力必须“以宪法规定为限”，重大决策必须由国会作出，皇帝只是象征性地发布。皇权的合法性基础被摧毁，皇权的神秘感被彻底消除。“新政”一系列的新法律的制定，颠覆了儒家传统的秩序观念。儒家一直主张将法律作为礼教的补充，只会在“礼”不及之处运用法律，这样的法律要维护的，无非是儒家的亲亲、尊尊的社会秩序，而法律的本原就是儒家经典。而西方法律不以家庭或家族为基础，其核心价值是个人的平等和自由。这必然与儒家的“礼”“法”之道相背。