《明儒学案》是一部记述明代学术思想及其流派的学案体学术史著作，成书于康熙十五年（1676），是黄宗羲的力作之一。全书62卷，卷首有《师说》一篇，胪列方孝儒、陈献章、王守仁等人，以为总纲。以下略按时间先后及学术流派编次崇仁、白沙、河东、三原、姚江、浙中、江右王门、南中王门、楚中王门、北方王门、粤闽王门、止修、泰州、甘泉、诸儒（上、中、下）、东林、蕺山学案，凡17目、19篇。其中，属明前期的，崇仁学案4卷，列吴与弼等10人；白沙学案2卷，列陈献章等12人；河东学案2卷，列薛瑄等15人；三原学案1卷，列王恕等6人。属明中期的，姚江学案1卷，独列王守仁1人，附录2人；浙中学案5卷，列徐爱等18人；江右学案9卷，列邹守益等27人，附录6人；南中学案3卷，列黄有曾等11人；楚中学案1卷，列蒋信、冀元亨2人；北方学案1卷，列穆孔晖等7人；粤闽学案1卷，列薛侃、周坦2人；以上为王学各派。同时别立止修学案1卷，列李材1人；泰州学案5卷，列王艮等18人；甘泉学案6卷，列湛若水等11人；诸儒学案3篇共16卷，列方孝儒、罗钦顺、李中等43人，以叙诸派以外学人。属明晚期的，东林学案4卷，列顾宪成等17人；蕺山学案1卷，独举刘宗周1人。以上，总叙明代学者200余人。作者于每一学案，首先撰一小序，略述其学术渊源及论学要旨；其次则为每一学人撰一小传，略述其生平、著作、师承，而于小传之后摘录其主要学术见解及与之相关的评论，间或撰有按语。全书脉络清晰，结构严谨，是一部具有独特形式的学术史专书。

黄宗羲撰《明儒学案》，意在阐明有明一代学术思想史上各派的“宗旨”。关于这一点，他在此书的凡例中反复加以阐说，指出：“大凡学有宗旨，是其人之得力处，亦是学者之入门处。天下之义理无穷，苟非定以一二字，如何约之，使其在我。故讲学而无宗旨，即有嘉言，是无头绪之乱丝也。学者而不能得其人之宗旨，即读其书，亦犹张骞初至大夏，不能得月氏要领也。”讲学贵有宗旨，读书也贵在能得其宗旨，黄宗羲正是以这样的认识来看待明代学人的学术思想，也是以这样的认识来撰述此书的。因此，他对于每一学案、每一学者的学术，都努力揭示其宗旨。为了达到这个目标，他力戒旧弊，在撰述上给自己提出了严格的要求。他说：“每见钞先儒语录者，荟撮数条，不知去取之意谓何。其人一生之精神未尝透露，如何见其学术？是编皆从全集纂要钩玄，未尝袭前人之旧本也。”这就是说，必须从“其人一生之精神”中，才可“见其学术”，才可“纂要钩玄”，揭其宗旨。没有这种严谨的精神，则所谓“宗旨”云云，就会成为空论。《明儒学案》之成为古代学术史著述的杰作，其真谛即在于此。在编纂思想上，黄宗羲还重视各家的自得之学。他在凡例中指出：“学问之道，以各人自用得着为真。凡倚门傍户，依样葫芦者，非流俗之士，则经生之业也。此编所列，有一偏之见，有相反之论，学者于其不同处，正宜着眼理会，所谓一本而万殊也。”[14]正因为他有这种开阔的认识，才能超乎于一派一家之上而综论有明一代的学术。黄宗羲的这一编纂思想，在乾隆四年（1739）郑性为此书所撰的序文中得到了进一步发挥。概括说来，黄宗羲研究明代学术史的方法论是：“分源别派，使其宗旨历然，由是而之焉。”[15]

《明儒学案》中，黄宗羲以崇仁、白沙两学案阐述明代学术的由来和去向。《崇仁学案》小序谓：“康斋（吴与弼——引者注，下同）倡道小陂，一禀宋人成说。言心，则以知觉而与理为二，言工夫，则静时存养、动时省察。故必敬义夹持，明诚两进，而后为学问之全功。其相传一派，虽一斋（娄谅）、庄渠（魏校）稍为转手，终不敢离此矩矱也。白沙（陈献章）出其门，然自叙所得，不关聘君（指吴与弼），当为别派。于戏！椎轮为大辂之始，增冰为积水所成，微康斋，焉得有后时之盛哉！”[16]这是指出了吴与弼一派学人上承宋人学术之余绪，下开明代学术之先河的作用，而其转机则是吴门弟子陈献章。故《白沙学案》小序称：“有明之学，至白沙始入精微。其吃紧工夫，全在涵养。喜怒未发而非空，万感交集而不动。至阳明（王守仁）而后大。两先生之学最为相近”[17]，所谓“至阳明而后大”，这是指出了明代学术由此而形成了主潮。《姚江学案》小序进一步强调说：“有明学术，白沙开其端，至姚江（指王守仁）而始大明”，“无姚江，则古来之学脉绝矣”[18]。于是阳明学术盛行，“说元说妙”，诸派林立，是主潮之中，也醇疵互见。黄宗羲以《蕺山学案》专叙其业师刘宗周，其小序说：“今日知学者，大概以高（攀龙）、刘（宗周）二先生，并称为大儒，可以无疑矣。”接着指出了在批判佛学上，高是“大醇而小疵”而刘则是“醇乎其醇”的区别。[19]《蕺山学案》辑录了刘宗周的许多学术见解，在全书中占有突出的位置。所有这些，反映了黄宗羲对于业师的崇敬。而他把东林学派的领袖人物之一高攀龙与刘宗周并称两大儒，同样也包含着他对于东林人物景仰之情。《东林学案》小序意在批判“以为亡国由于东林”的种种谬说，黄宗羲的激愤之情，流于笔端，写道：“数十年来，勇者燔妻子，弱者埋土室，忠义之盛，度越前代，犹是东林之流风余韵也。一堂师友，冷风热血，洗涤乾坤，无智之徒，窃窃然从而议之，可悲也夫！”[20]黄宗羲的父亲黄尊素于天启年间官御史之职，亦为东林名士，因弹劾魏忠贤而被阉党所害。黄宗羲对东林士人的浩然正气和历史影响有深刻认识，绝非偶然。

《明儒学案》当黄宗羲在世时，已有刻本流传，为世人所重。此书不载李贽，亦可谓大醇小疵。

黄宗羲在撰述《明儒学案》后，于晚年着手著《宋儒学案》、《元儒学案》，“以志七百年来儒苑门户”[21]，未及成编而卒。临终前，命其子黄百家继续纂辑。黄百家在其父已撰成17卷的基础上，增撰了十几个学案，未能续成父业而卒。此后，此书的纂辑由全祖望继承下来。

全祖望（1705—1755）是浙江鄞县人，字绍衣，号谢山，自署鲒埼亭长、双韭山民，学者称他谢山先生。全祖望年轻时以才识见称，宦途受挫后即以讲学、著述为业。他推重黄宗羲的学术，自称是黄门私淑弟子，决心完成黄氏父子未竟之业。全祖望自乾隆十年（1745）起，续撰《宋元学案》，经历10年工夫，包括对黄氏父子旧稿的订补和他的续作，共得86卷，完成了全书的绝大部分。这距全祖望手订《序录》所包含的百卷之数，尚缺14卷，他也未能终编而辞世。道光十八年（1838），王梓材、冯云濠以黄氏后人所编次的86卷及全祖望旧稿，据《序录》的宗旨、规模，整理补充，乃成百卷之数。《宋元学案》从黄宗羲创始，经过几代人的纂辑，历时近一个半世纪，终于撰成，这在中国史学史上是一件值得称道和纪念的事情。

《宋元学案》的体例大致与《明儒学案》相仿，但也有所发展。第一，《宋元学案》于每一学案增设一表，这是因为宋代学派林立，师弟子传承相继而起，头绪纷繁，列表便于观览。学案表为黄、全所创，大部分出于王、冯所补。第二，《宋元学案》有《序录》一篇，出于全祖望之手，这是仿《史记·太史公自序》的体例，唯不记作者本人家世。《序录》确立了全书百卷的规模，也指示出每卷的内容和主旨，具有发凡起例的性质。第三，《宋元学案》于每一学案之后，多载时人或后人评论，以明其主旨与得失。从学案体史书的发展来看，它在体例上比《明儒学案》更加完备了。

《宋元学案》的最后5卷是：《元祐党案》和《庆元党案》，撰者谓“此两宋治乱存亡之所关”者；《荆公新学略》、《苏氏蜀学略》、《屏山鸣道集说略》。作者认为王安石、苏洵父子“杂于禅”，李纯甫则“雄文而溺于异端”，故不以学案为名，置之书末，以示区别，这是作者治学案而“不可不穷其本末”之意。

以上两部学案体史书各有长短：在突出宗旨和取材精审方面，《明儒学案》优于《宋元学案》；在立论公允、体例完备、内容丰富方面，则《宋元学案》优于《明儒学案》。它们有一个共同的特点，即都显示了作者在总结学术史的同时，也表现出对于政治的关切。《明儒学案》中的东林学案和《宋元学案》中的元祐、庆元两党案，可以证明这一点。尤其是《东林学案》同黄宗羲在《明夷待访录》中所洋溢的历史批判精神，是完全一致的。