大业五年(609)春三月，闲不住的隋炀帝又开始了第二次巡游江都，但他为这次巡游先做了充分的准备工作，大业五年就大兴土木建筑了江都宫，而其随从队伍和排场也肯定不会亚于第一次，龙舟船队又是绵延几十里，两岸车马簇拥而行。隋炀帝写了一首《早渡淮诗》:

平淮既淼淼，晓雾复霏霏；淮甸未分色，泱潇共晨晖。晴霞转孤屿，锦帆出长圻；潮鱼时跃浪，沙禽鸣欲飞。会诗高秋晚，愁因逝水归。

大概就是这次巡行路上写的。

这次巡行江都和大业元年(605)首巡相距已有五年，五年中隋炀帝威服四夷，被突厥尊为“圣人可汗”,威加四海，春风得意。

在江都宫，隋炀帝适时地把注意力用在了对南方蛮俚等少数民族的抚慰上。由于民族融合进展缓慢，南方湿热，北方人不适应其气候，如贝州配防岭南的罪徒千人，至岭南后， “遇瘴疠死者十八九”。不服南方水土使北方关陇人士把岭南视为畏途。而江南腹地的蛮、僚、俚、越各族人民入隋后仍不断反隋。

大业四年(608),黔安郡(治今四川彭水县)蛮人向思多起义，杀隋将鹿愿，围攻太守萧造，隋炀帝派左武卫将军周法尚、加右武卫大将军李景分路进讨，双方激战于清江，向思多战败，造反者被杀死三千余人。黔安郡前称黔州，与鄂西清江郡(治今湖北恩施)接近，清江统县五：盐水、巴山、清江、开夷、建始，有户二千六百五十，乃今土家族先民聚居区。向思多起义失败后不久，又爆发了黔安夷酋田罗驹领导的起义，他们沿清江设防，夷陵诸郡民夷多响应，隋炀帝又派郭荣率重共前往进剿，几经努力才将义军打败。大业六年(610)十二月，珠崖(海南岛)人王万昌发动俚人起义，时海南岛上的珠崖郡统有十县，有编户两万多为土著俚人。这时，隋炀帝正在江都，即遣从驾的陇西太守韩洪前往镇压，王万昌被镇压后其弟王仲通又举起义旗，隋炀帝再次诏韩洪征讨。他在江郡发布命令，将珠崖郡析为珠崖、儋耳、临振三郡，以加强对海南岛的政治控制，使海南岛与内地的联系进一步密切了。为了镇抚俚越，隋炀帝还特地将曾任桂州总管十七州诸军事、任上使“民夷悦服”的侯莫陈颖再调往岭南，出任南海太守。

为了加强对江南的统治，隋炀帝又将江都的行政地位提高一级。大业六年六月甲寅(二十四), “制江都太守秩同京尹”。这使江都具有陪都的地位，成为隋在南方统治的政治中心，隋炀帝本人此次在江都一住就是一年，在江南现场视事听政。

这一年，隋炀帝虽没有将龙舟驶向蔚蓝色的大海，但却在对江南水乡交通状况大量调查研究的基础上，于大业六年十二月下敕开挖江南运河，使大运河向长江以南延伸至钱塘江，可直通龙舟。隋炀帝欲东巡会稽(今浙江绍兴),并建置了驿宫。但他并没有寄情于山水之间，而是公务繁忙日夜处理着国内外大事。

隋炀帝于是竭力拉拢南方籍的将领，他将名将江都人来护儿带在身边，赐牛酒让他回家宴乡里父老，谒先人墓，并令三品以上官“并集其宅，酣饮尽日，朝野荣之”。又召远镇武威的庐江人樊子盖来江都，当众夸耀说： “富贵不还故乡，真衣绣夜行耳”。于是敕庐江郡(治今安徽合肥)设三千人大会，让樊子盖谒先人墓宴故老。隋炀帝让南方籍将官衣锦还乡，炫耀功名，营造出一种南北一体的气氛。大业六年四月丁未(十六日),炀帝在江都宫“宴江淮已南父老，颁赐各有差”,对南方社会各界展开政治抚慰。这些做法，应该说都是深谋远虑的。