历史的变迁引发了价值重心的转换，价值体系的某些方面由此而被提到了突出的地位。然而，儒家价值体系在其演进过程中毕竟形成了相对稳定的问题域，天人关系便是其基本的价值问题。作为儒学的认同者，明末至清代的诸儒对此同样予以了自觉的关注。

就人与天地万物的关系而言，诸儒首先确认了人的价值：

唯人则全具健顺五常之理。善者，人之独也。[66]

是故人也者，天地至盛之征也。[67]

天地之中人独贵，这是儒家的基本信念。它所体现的是一种人本主义的价值原则。明清诸儒的如上看法，大致承继了儒家的这一人本主义传统。当然，诸儒并未停留于这一简单的结论，他们力图进而对人所以为贵做出理论上的解释：“唯此好学、力行、知耻之心，则物之所绝无，而人之所独也；抑天之所未有，而二气五行之精者凝合为人而始有也。天地之生，人为贵，贵此而已。”[68]好学体现了理性的能力，力行是一种实践品格，知耻则展示了内在的道德意识。清儒从这些方面去寻找人之为贵的根据，基本上仍沿循了儒家的思路。

人初到世间，本来只是一种自然意义上的存在。作为一种自然的存在，它并不具有好学、力行、知耻等品格。要使人真正获得内在的价值，便必须经过一个从“天之天”（自然的存在）到“人之天”（人化的存在）的过程：“昔之为天之天者，今之为人之天也……入乎人者出乎天，天谓之往者人谓之来。”[69]这一过程，本质上表现为自然的人化。戴震对个体的人化过程做了较为具体的考察：“由血气之自然，而审察之以知其必然，是之谓理义。”[70]血气之自然即自然的本能，理义则表现为人文的规范。人之所以独为天下之贵，即在于能够通过理性的认识（知其必然）而超越血气之自然，达到人文的境界。

广义的自然兼指对象，就对象而言，从天之天到人之天的转化过程（自然的人化过程），主要表现为化自在之物为为我之物。先秦儒家的代表人物之一荀子，已注意到了自然人化的这一内涵，并对此做了具体的考察。然而，在宋明新儒学（理学）那里，自然的人化虽然被空前的突出，但这一过程同时又常常被狭隘地理解为人的自然本性的转化。对象由自在之物到为我之物的历史过程，基本上处于他们的视野之外。与宋儒不同，明清之际诸儒在这方面更多地上承了荀子的儒学传统，强调通过人的作用而变革对象，从而使之为我所用：“天之所无，犹将有之；天之所乱，犹将治之。”[71]在此，人之天显然获得了更广的意义。

当然，对象的人化（化自在之物为为我之物），并不意味着走向狭隘的人类中心。换言之，从天之天走向人之天，并不是天人关系的唯一原则：“人定而胜天，亦一理也，而不可立以为宗。”[72]从对象看，自然的人化总是以合乎自然之理为条件，而并非仅仅以人的意志强加于自然。就主体而言，从血气之自然到人文层面的理义，也并非单纯地表现为对人的天性之戕贼。在清儒看来，人固然不能停留在自然状态，但如果对人的自然属性完全采取虚无主义的态度，则将走向另一极端：“舍气禀气质，将以何者谓之人哉？”[73]因此，清儒在肯定自然（天）应当人化的同时，又一再反对无条件地蔑视、贬抑自然。王夫之指出：“人之生理在生气之中，原自盎然充满，条达荣茂。伐而绝之，使不得以畅茂，而又不施以琢磨之功，任其顽质，则天然之美既丧，而人事又废。”[74]人事诚然不可废，但人的天性之中本身又蕴含着向善的根据。如果将人的生理伐而绝之，则人化的过程便失去了出发点。戴震对此做了更深入的理论分析：

善，其必然也；性，其自然也；归于必然，适完其自然，此之谓自然之极致，天地人物之道于是乎尽。[75]

这里的必然即人文意义上的当然（善的德性）。自然的本性无疑应当提升到当然，但从自然（天）到当然（人）并不是以当然去消融或拒斥自然，而是在当然之中实现作为天然之美的自然潜能（完其自然）。正因如此，故归于必然同时即意味着达到一种安然无憾的境界：“就其自然，明之尽而无几微之失焉，是其必然也。如是而后无憾，如是而后安，是乃自然之极则。”[76]所谓如是而无憾，如是而安，便是指自然的人化并没有以扭曲人的天性为代价。

清儒的如上看法蕴含着一种基本的价值趋向，即肯定天与人的统一。历史地看，天人合一本是儒家的信念。不过，如前文一再提到的，在天人关系上，传统儒学更侧重于自然（天）的人化。魏晋时期，以援道入儒为形式，自然的原则一度受到普遍的注重，但随着儒学的理学化，人文的规范很快便压倒了自然的原则，而主体的“天然之美”则相应地受到了抑制。在这方面，清儒显然不同于宋明理学而更接近于魏晋时期的儒学，他们反对“以机巧丧其本心”[77]，并反复强调“自然之与必然，非二事也”[78]。而他们对自然与当然（必然）的论述，确实较好地体现了人文原则与自然原则的统一。就此而言，清儒在承继儒家天人合一之思路的同时，无疑又使之获得了新的内涵。