光绪二年，阿古柏主力全线溃败被灭，只有白彦虎部落，侥幸逃脱投靠了占据伊犁河谷的俄军，左宗棠的西征军，已经基本上控制了真个南疆地区。这时候伊，犁河谷的沙俄国人知道左宗棠的下一个目标肯定就是他们，于是他们一边加紧对清廷的施压，一边支持中亚其他国家的宗教势力，秘密潜入南疆地区煽动当地人，继续与左宗棠的征西军作对。中亚国家素有政教合一的传统，新疆地区的各族人民，因为中亚其他国家的往来较为频繁，因此在思想上也多少有些受其影响。左宗棠及及其下属的将士们，对于当地民众的思想、习俗确实是不甚了解，因此在治理过程中，自然是更为困难。

常言道，守业更比创业难，左宗棠的西征军，现在在南疆地区面临的就是这样一种困境，稳固南疆远比左宗棠之前想象得还要困难得多。可是，如果不将南疆地区彻底治理稳固，左宗棠也轻易不敢贸然出兵，强势收复伊犁。否则，一旦南疆地区叛乱再起，西征军必将腹背受敌。但同样的，如果迟迟不能尽快收复伊犁，那么西征军在新疆地区待的越久，左宗棠的后勤保障压力就越大，他现在真是进入了一种左右不是的两难境地。饶是如此，左宗棠依然还是忍住心性，加强治军，严格指示手下将士，大军所到之处必须军律严明、待民如子，坚决不能搅扰南疆百姓、不得横征暴敛，务必不能犯民秋毫！毕竟，只有民心所向，才能众望所归，这才是一个无坚不摧的稳固政权。

同时，左宗棠给远在上海的胡雪岩致信，言明了眼下西征军的困局，并希望胡雪岩再想办法筹集更多军费，言道：“西征之前，我原计划最多在两到三年内，收复南疆、伊犁等全部失地。然而，如今三年已过，南疆虽已平复，但伊犁仍在沙俄国人手中。新疆此地局势复杂多变，想要收复伊犁，其困难程度远比收复南疆更甚。因此我预计，想要从沙俄国人手中夺回伊犁，非有三五年时间不可。所以西征军所需军费，恐怕至少还需超二千万两左右。更可气者，而今朝廷内怯战者甚多，而又在蛊惑太后与沙俄国人和谈。再加上，朝廷内部本就腐败无比，朝廷以及朝廷摊派给各地省府原本答应拨给我西征军的军费，早已是一拖再拖、音讯了无，今后恐怕也是指望不上的。为兄别无他法，只能仰仗贤弟为我分忧了。”

光绪四年，经过左宗棠两年的用心治理，南疆已经在西征军的“仁政”治理下，使得已有万民归心的迹象。这时候，胡雪岩也从英国汇丰银行借款将近一千万两，为左宗棠解决了军费所需。除此之外，更令左宗棠高兴的是，沙俄国最近因为和土耳其国的矛盾加剧，两国已经彻底撕破脸，俄土战争已经爆发数月，且战争规模不断加大。

左宗棠认为自己已经准备充足，沙俄国却陷入内外交困，正是出兵收复伊犁的大好时机。而正当左宗棠摩拳擦掌，正欲下令出征之际，朝廷的数道圣旨接二连三的传到了他的手里，说是朝廷已派崇厚为钦差大臣，赶赴谈判，在谈判结果没有出来之前，命左宗棠不可轻举妄动。

负责在左宗棠身边帮办军务的满族将领金顺，眼看着如同紧箍咒般的数道勒令，使大军按兵不动的圣旨，愤愤不满道：“我大清江山，迟早都要败亡在这帮前怕狼后怕虎的懦夫手中！”

杨昌濬忙道：“金顺将军慎言。”

金顺无所谓道：“怕什么，别说是在这里，就算是在京城的朝堂上，该怎么说，我也要怎么说。”

左宗棠含笑着望着金顺，不发一语。

接着，金顺又冲左宗棠拱手道：“大帅，我知道你有顾虑。不过，我不怕，你就睁一只眼闭一只眼，让我带着三万大军，直接去把伊犁从沙俄国人手里夺回来。如果有功，我也不会独占，到时候，是咱们西征军全体将士的。如果朝廷怪罪，那大帅你就直接把我一个人推出去抵罪，我就不信，我堂堂镶黄旗铁帽子王之后，还真的会因守卫国土而获罪被诛！”

金顺本是朝廷派来制衡左宗棠的一名满族将领，不过几年下来，金顺已经完全被左宗棠的能力和民族气节所折服，对他一向言听计从，分外尊敬。

听到金顺如此说，左宗棠大受感动，他拍了拍金顺的肩头，正色道：“金将军的心意，我左宗棠心领了，不过与俄开战一事，确实是事关重大，我尽管对朝廷的怯战行为，也有所不满，可是若是真要与俄开战，也还是要提前知会朝廷的。金将军可别忘了，沙俄国领土广袤，除了新疆与我国接壤外，在东北地区亦与我们接壤。一旦和俄开战，必须要让朝廷提前在东北边界做足准备，防止沙俄国从东北一侧侵我大清。因此，先斩后奏，瞒着朝廷与俄宣战断，决不可取啊！”

听完左宗棠的顾虑，金顺羞愧地低下了头，叹气道：“哎，还是大帅考虑周全，我就是一个武夫，太过凭一腔热血行事了。”

随后，左宗棠上奏朝廷，言说崇厚此人虽然忠心，但他当年在天津办差事对“天津教案”一事处理的就不算恰当，因此可以看出，由他出使沙俄国谈判，结果恐会不甚理想。最后左宗棠在奏折中，举荐曾国藩次子曾纪泽为钦差大臣，代替崇厚继续与俄谈判。

同治四年底，崇厚擅自答应沙俄国不平等条约的谈判结果，传回大清之后，慈禧看到后很不满意，直骂崇厚无能，于是便让总理衙门授意曾纪泽谈判总纲后，便正式任命他为钦差大臣，取代崇厚继续赴俄谈判。同治五年，曾纪泽绕道西北面见左宗棠，二人秘密商谈了互相配合，边谈边打的策略，即“先之以议论，后之与兵戚”。

左宗棠对曾纪泽语重心长道：“劼刚贤侄，西北与沙俄圣彼得堡之间，相隔将近万里，彼此传信极为不便，因此，若是等到你的谈判结果传到西北，我再根据谈判结果决定用不用兵，恐会贻误军机。而且，我敢肯定，如果不让沙俄国人见识一下我们的必战之决心，他们也决不会妥协。因此，恕我这个做叔父的不厚道，等你今日离开西北军营后，我就会立即派人传信给朝廷，向朝廷表明，此战我是非打不可的决心。将在外，君令有所不受，朝廷节制不了我，他们也只能在东北备战预防沙俄入侵。一旦朝廷在东北有所防备，到时我就会立刻率大军夺取伊犁。”

这曾纪泽自然心向着左宗棠的，一来左宗棠及其部下本来就是其父曾国藩一手扶持起来的嫡系，二来是李鸿章自从当上淮军首领，为谋权位，别说曾家其他在朝堂为官之人了，恐怕就是曾国藩此刻若在世，李鸿章也不会放在眼里了。所以，无论从个人感情，还是政治保护的目的，曾纪泽都是始终站在左宗棠这边的。

曾纪泽傲然道：“叔父，你不必多言，我已明白你的意思。我既然敢在这个节骨眼，孤身入俄谈判，那便是报了必死决心去的。所以，无论我在那边谈得怎么样，你只管放心在这里用兵抗敌便是。你打的越好，把沙俄国人打的越惨，相信我反而越安全。”

左宗棠听完此话，开心的不得了，朗声道：“好，好，好样的，果然虎父无犬子哟。”

曾纪泽笃定道：“相信家父显灵，必然也会支持我俩此次的决定。”

此言一出，一向坚毅的左宗棠，竟然泪眼婆娑，使劲用衣袖擦拭着。

曾纪泽问道：“叔父，可是我提起家父让您不落忍了？”

左宗棠勉强一笑道：“哎，岁数大了，愈发矫情了。”

曾纪泽起身，拱手道：“请叔父放心，我一定不会给家父与您丢脸的。”

左宗棠亲自给曾纪泽斟了一碗壮行酒，敬道：“贤侄，你我今日一别，也许就是天人永诀，来来来，叔父敬你！”

曾纪泽咕噜噜一口气，把酒全部饮下，笑道：“哈哈哈，叔父言重了，贤侄可还没跟您喝够呢，等我从沙俄国回来，定会再找您再畅饮一番。”

左宗棠朗声道：“如此甚好，如此甚好啊。”

曾纪泽以为左宗棠所说的“天人永诀”是在担心自己的安危，其实曾纪泽并不知道，他眼前这个看似壮硕的叔父，其实已经到了迟暮之年了。左宗棠所说的唯恐“天人永诀”既是担心曾纪泽的安危，同时也是对自己生命即将枯竭的一种预感，因为最近些时日，左宗棠愈发觉得自己的身体每况愈下，心中暗道，或许大限将至了。

同治六年初，这年关刚过，左宗棠连派数人接连往京城呈送奏折，每一封奏折里，左宗棠都用决然的语气，提到了对俄开战的必然性。慈禧一边派人传旨令左宗棠，保持克制耐心等候曾纪泽对俄谈判的最后结果，一边命东北边疆做好备战准备，慈禧也看出来了，她现在已经阻止不了左宗棠在新疆对俄开战了，与其一味的钳制，不如放手一搏，也未尝不是一个没有办法的办法。

光绪六年二月，左宗棠兵分三路，大举向占据伊犁河谷的沙俄国驻军发动袭击，左宗棠不顾自己的老迈病躯，亲自坐镇中军进行协调指挥。二月到六月四五个月间，左宗棠的西征军气，势如虹连战连捷，将驻扎在伊犁的沙俄军队，几乎消灭了大半，整个伊犁河谷地区，也大半被左宗棠收复。只剩下少数沙俄军队，徘徊在伊犁地区的国境线周边勉强支撑。这时候，虽然战事还未完全结束，但清军的胜局已定。

而不甘自己在新疆失败，恼羞成怒的沙俄国人，虽然不敢在新疆，继续与左宗棠的西征军作战，但依然口出诳言，大放厥词，恐吓清廷言称，他们已从黑海调集了二十三艘铁甲舰，以及十万俄军，不日就会穿越印度洋和太平洋，从东海登陆攻打清廷。从沙俄国驻华大使听到这个消息后，慈禧吓得不轻，甚至都没有打听事情的真假，就急诏最善战的左宗棠火速回京，应对沙俄的东线进攻。

接到慈禧命他火速进京的诏书后，左宗棠不气反笑。

金顺不解的文道：“大帅，何以发笑呢？”

左宗棠解释道：“沙俄虽然地域广阔，但他东部苦寒，少有人烟，东部海港，冬日结冰，不适合做港口。而沙俄西部，从黑海出海的话，又要受到其他数国的钳制，因此，在西洋各国中，就属沙俄国的海上实力最弱。他们当下所谓军舰与增援部队的言论，无外乎是打心理战而已，而朝堂上下却都吓得不轻，你说说，这岂不可笑吗？”

左宗棠的一番言论，让在场众人顿时反应过来，嘴硬是一个失败者最后的倔强，沙俄现在似乎也只剩下了嘴硬，已经没有什么力量，可以再次负隅顽抗了。