李鸿章说完后，左宗棠敏锐地观察到慈禧的脸上，微微露出一丝欣赏的神情，尽管已经察觉到大清真正的当家人比较认可李鸿章的建议，毫无出兵新疆的打算，但左宗棠还是忍不住站起身来，反驳道：“启禀太后，微臣并不认可李大人的看法，新疆南麓虽然偏远，但亦是我大清国土，我等先辈历经千难万险，付出无尽牺牲，才将其纳入我国版图，若是轻易放弃，岂非愧对列祖列宗？”
左宗棠很巧妙地利用先辈族人与列祖列宗来表达自己的主战态度，令慈禧也不好反驳。
李鸿章咳嗽了几声，正色道：“左大人啊，我刚才可从未说过，要放弃新疆南麓七城，只是鉴于我大清国眼下的困局，建议太后先选择暂时隐忍，等日后彻底平定了捻军叛乱之后，再缓缓图谋收复新疆南麓七城罢了。如果非要先置内地匪患不顾，而全力发兵新疆，岂非避重就轻之举呢？”
左宗棠则不以为然道：“李大人此话......未免有些危言耸听了，现在捻军虽然仍有遗祸，但是其主力已被消灭，剩余残兵虽有小虑，却算不得是大患。而尽快收复新疆南麓七城，也绝非避重就轻。试想，如果仅以南疆七城偏远荒僻为托词，而放任其沦陷的话，那么我大清边疆其余各地，恐怕都会被有野心的其他势力所觊觎窥探。如云贵边疆、外蒙边疆、东北边疆等等地方，都势必会有沦陷之风险。”
左李二人各持己见互相争执，谁也不肯妥协相让。慈禧尽管更加认可李鸿章的建议，但她不好在明面上，驳斥更加占据道义正确性的左宗棠。她暗暗递给奕?一个眼神，聪明伶俐的奕?立刻就会意了慈禧的意思。他果断站出来，打断了正在争论的左李二人，以领班军机大臣的身份，替慈禧担坐视国土沦陷之责，担怯战被骂之名，决断道：“本王也觉得李大人的建议更有道理，毕竟凡事都有轻重缓急之分嘛。”
在场众人中，只有左宗棠一人坚决主战，其他人大多都是支持李鸿章的看法，反对出兵新疆。就算有些本来内心支持左宗棠的人，但是在看到奕?也明确反对出兵新疆，慈禧虽没有明确表态，但其实也更加偏向于支持李鸿章后，这些人谁还敢明确站在左宗棠这边支持呢？
慈禧看到除了左宗棠之外的其余众臣，纷纷都表态支持李鸿章，她内心十分满意，但是表面上还故意摆出一副国土沦陷，痛心疾首的样子，故作无奈为难状道：“既然众位爱卿都支持李大人的建议，那出兵新疆之事，便容后再议吧。”
说罢，慈禧便挥了挥手，示意众臣可以请安告退了。
离开紫禁城后，左宗棠故意不急不缓地跟在李鸿章身后，李鸿章自然也看出了左宗棠有话要跟自己讲，于是也故意挑了一条偏僻的路径行走。待到四周无人后，李鸿章和左宗棠二人很有默契地挥手，屏退了各自的随从，只留下二人站在原地单独密聊。
李鸿章明知故问道：“季高兄似乎有话要跟我讲？”
左宗棠忍着脾气，尽量用一种心平气和的口吻对李鸿章说道：“少荃，你我之间，虽然相争多年，但我从来也没有特别记恨过你。因为，我一直记得你恩师对我说过关于对你的评价之语。”
李鸿章不禁好奇道：“哦，我恩师是怎么评价我的呢？”
左宗棠如实道：“涤生兄曾对我言，少荃此人虽然工于心计、贪权恋势，可他在大是大非的气节问题上，绝对可以信任并托付的。此外，涤生兄还特意嘱托我，他希望你我二人能互相理解、重修旧好，共同振我泱泱中华。”
李鸿章自然听出了左宗棠，是在用曾国藩的话来点拨自己，于是反问道：“季高兄，看来你是认为，我反对出兵新疆是因为与你的私怨，而故意反驳你的意见，却不是因为以国事为重了？”
左宗棠摇了摇头道：“我不知道你到底是怎么想的，但我真的没办法苟同你反对出兵的观点。我素来只知一句话，敢明犯中原大地者，虽远必诛！”
李鸿章仰头无奈笑着，然后转头看向左宗棠，意味深长地正色道：“呵呵，好一句犯我强汉者虽远必诛。难道季高兄觉得，以我大清现在这般病夫模样，还能如康熙爷在世时那会儿，四正四方、所向披靡吗？”
李鸿章的一句反问，让左宗棠瞬间无言以对，这一刻，他瞬间明白了两个道理，其一是面对两难抉择，无能为力的弱者，似乎真的没有什么最佳选择。其二是道不同不相为谋，志不同不相为友，看此生是没机会能与李鸿章愉快的合作谋事了。
满怀心事的左宗棠，再度回到西安时，此时，他的全部心神和精力，已经完全不在了剿捻一事上，让他心心念念的只剩下了新疆的危局。他写信给曾国藩详细阐述了自己坚持出兵新疆的理由，在信中，左宗棠还特别提到，新疆叛军贼头阿古柏并不可怕，真正可怕的是在背后支持阿古柏的沙俄国人，他们狼子野心已经昭然若揭，其目的绝不仅仅只是南疆七城，而是整个新疆全境。左宗棠希望曾国藩能够帮自己，尽量在奕?和慈禧面前多多支持其攻疆的建议。
可是令左宗棠没想到的是，曾国藩别说在太后面前帮自己说话了，就连曾国藩自己也不赞同攻疆的建议，反对大动干戈的尽量打仗。并且，曾国藩还在回信中告诉左宗棠，如果今后，沙俄国真的强势介入新疆，那么为了国家整体稳定大局，割去那处偏远土地给沙俄国，也未尝不可。曾国藩的回信，让左宗棠大为失望，坚决主张用兵新疆的他，现在是不折不扣的少数派，想要力排众议，达成自己力主出兵新疆的目的，恐怕会相当困难。不过，无论怎样困难重重，左宗棠都不会轻言放弃。
左宗棠刚刚回到西安不久，负责从闽浙一带筹集钱粮给左宗棠供应军费的胡雪岩，也亲自押送着一批物资来到了西安城。听到左宗棠在第一时间就召见自己，胡雪岩以为现在西捻军已经基本覆灭，估计左宗棠是想告诉自己，今后可以减少往西北这里的物资输送了。
可胡雪岩没想到左宗棠见到他后，说的第一句话，便是安排任务道：“今后你往西北运送的各种物资，不但不要减少，还要再增加一倍。”
凡是左宗棠指派的任务，胡雪岩几乎没有问过为什么，就会不打折扣的坚决执行，但让他再多筹集一倍物资送到西北，对他来说，困难实在太大，不由得出声问道：“啊？大帅，西捻军主力不是已经被消灭了吗？”
左宗棠也深知胡雪岩的难处，无奈道：“内敌虽灭，外辱仍存，现在新疆那边又起祸乱，将来若是朝廷决定出兵新疆，必然会从西北派兵，事先多准备一些物资装备，以备不时之需，总归是没错的。”
由于新疆实在太过偏远，南疆七城被沙俄国支持的贼人窃取，并自立汗国之事，胡雪岩还未曾听说，所以便小心问道：“大帅，新疆那边的叛乱，很严重吗？”
左宗棠微微点了点头道：“现在新疆那边的局势，还不至于失控，不过以后，可就不好说了。哦，对了，除了多筹集钱粮等物资外，你还要加大力度从洋人那里购买火枪火炮，今后，若你再跟英法德等欧洲洋人接触的时候，多多打探一下这几个国家对沙俄国的态度。”
胡雪岩聪明无比，一下就从左宗棠的话里，听出新疆叛乱多半是沙俄国人在背后支持，他连连点头应承道：“放心吧，大帅，小人会用心打探的。”
左宗棠知道胡雪岩一点就透，自然也不必刻意交代他注意保密之类的废话，若是这个还用左宗棠来教的话，那么此人早就没什么大用处了。
同治九年，天津发生当地民众由于一直以来，受当地洋人压迫已久，因为法国修道院仁慈堂“埋尸婴儿案”一时引发当地民众众怒，发生了怒烧洋人教堂的事情。西洋各国以此为借口，派遣军舰陈兵大沽口威胁索赔，战事一触即发。闻听到此事后，左宗棠第一时间就给朝廷发去了自己愿意站出来领兵抗击洋人的奏折。不过还是不出左宗棠所料想的那样，懦弱的朝廷统治者，果断拒绝了自己的主动请战，转头就派一向主和的曾国藩，去天津与洋人交涉。面对洋人的咄咄相逼，曾国藩一让再让，但最后的处理结果还是不尽如人意。朝廷无奈又派遣同样持主和态度，但为人更圆滑的李鸿章去接替曾国藩，继续与各国洋人交涉。
李鸿章到达天津后，杀了几个火烧洋人教堂的主谋，流放了天津本地几名官员，又赔了洋人几十万两银子后，以法国为首的各国洋人这才退兵。尽管“天津教案”最后的结果，仍是以大清的屈服而换来洋人的退兵，但朝廷依然因为李鸿章劝退洋人有功，而对他大力嘉奖，而曾国藩则因为在与洋人的交涉中深感备受屈辱，一气之下竟一病不起，已是病入膏肓、命不久矣之状。