好在左宗棠的行军速度够快，终于赶在东捻军之前，占据了函谷关这一座险关要塞。双方在此交战，僵持了十余天后，西捻军战败弃西安，北逃而去的消息才传到了这里。与此同时，东捻军西进救援的意义已不大萌生退意，而李鸿章的一部淮军，则不失时机地堵到了这股东捻军的背后，使其进退不得。左宗棠原本打算联合淮军前后夹击，彻底消灭函谷关前的这股东捻军，可谁承想到，前来的淮军，根本就不听左宗棠的调遣，也根本就不理会他合击敌军的建议。不管左宗棠是攻是退，他们只是围而不打，这可把左宗棠气得不行。可无奈的是左宗棠，又哪里有什么第二选择，他一旦退出函谷关，这股东捻军势必通过函谷关，进而流窜至关内作乱，他只能选择硬攻硬打，要么将这股东捻军击退，要么将其彻底消灭。至于这股被围困的两万东捻军，他们其实也没有别的选择，前面的左宗棠虽然占据险关要寨，但是他手上的人马毕竟只有区区四五千人。而他们背后的淮军，却足有三万余人，两相比较之下，这股东捻军想要突围，最好的选择，只能是强攻占据函谷关的左宗棠。
这时候，左宗棠算是看透了，淮军之所以围而不打，逼迫自己与这股东捻军硬拼的险恶用心。其一是，他们分明是想要坐山观虎斗，来个螳螂捕蝉黄雀在后的戏码，坐等自己与这股东捻军拼的两败俱伤后，才肯出来捡个便宜。其二还有一个原因则是，李鸿章被朝廷任命为东路剿捻统帅后，便向朝廷上奏，建议在东路、西路两名剿捻统帅中，择出一人为剿捻主帅，剿捻主帅有权调用东西两路所有剿捻军队，以更好的相互配合，达到顺利剿灭东西所有捻军之最终目的。
李鸿章虽然没有在奏折中，表明自己有意争当剿捻主帅的目的，但是其意图，亦如司马昭之心路人皆知。朝廷自然也是明白不过的，但是考虑到左宗棠，无论是资历、能力还是战功，都不输于李鸿章，朝廷为了平衡湘淮两系势力，最好的办法，就是让他们在地位上保持势均力敌的态势。因此，迟迟没有下旨，表明要封谁为剿捻总统帅，依然让李鸿章和左宗棠各自保持现状，所以才形成了现在这种谁也不听谁的、谁也不配合谁的局面。
如果左宗棠在函谷关，败给了这路东捻军，而李鸿章的淮军，则力挽狂澜不但击败了左宗棠的这股东捻军，还顺便救下了左宗棠，这岂不是在向朝廷表明，他手下的淮军实力已经，远超左宗棠手下的湘军实力，表明了自己坚决想当剿捻总统帅的意思，逼迫朝廷不得不封他为剿捻总统帅？想清楚这些后，左宗棠对居心叵测、又阴险毒辣的李鸿章，简直恨得要死，但同时也有些无可奈何。
经过这几年，他与李鸿章之间的种种恩怨，左宗棠越来越觉得，论权谋算计，自己绝不是李鸿章的对手。这无关个人的能力，左宗棠对于李鸿章其人的评判，至死未变过，用一句话糙理不糙的俗语来概况，那便是：当一个要脸的人遇上一个不要脸的人，最后吃亏的只能是那个要脸的人。
左宗棠纵有雄才大略，可是面对李鸿章的阴谋算计，也是万般无奈，他又不能真的放敌人通过函谷关，进入关中地区，于是，也只能硬着头皮，只用他那区区四五千人马，在函谷关阻敌。
一连打了十几天，双方损失都不小，一时还是谁也奈何不了谁。已经取得西安大捷的刘松林，想要率兵前来函谷关支援，却被左宗棠拒绝。因为围攻西安城的敌军虽已撤逃，但是他们伤亡不大，并未伤筋动骨，随时都有可能杀一个回马枪。如果这时候，刘松林因为救援左宗棠，而导致西安城防守空虚，那么敌军必定趁机反扑，之前好不容易取得的战果，也就极有可能丢失。
又打了十几天后，缺乏后勤支援的这一股东捻军，已初现败迹，但同样的左宗棠这边的湘军也不好过，他手下的兵马已折损近半。这时候，左宗棠的血性再次被激发，他派人向堵在这股东捻军背后的淮军主将传话：如果函谷关被破，那么他这个剿捻西路统帅，必将自刎城头。到时候，朝廷追究责任，李鸿章位高权重，可能未必会受到什么波及，就犹未可知了。
淮军将领接到左宗棠的传信后也有些惶恐，心道，这左宗棠性情刚烈，也是早有耳闻的，如果他还真一气之下，做出自刎函谷关城头的举动来，到时朝廷追责、湘军问罪，自己还真就容易被李鸿章踢出去当了替罪羊。
略作权衡后，这名淮军将领，终于还是为了自身利益考量，很快便下令部队协助湘军，从背后袭击攻打函谷关的东捻军。有了三万淮军相助，本就已经不堪一击的这股东捻军，终于再也坚持不住，彻底崩溃了，全军覆没在了函谷关前。
好不容易取得函谷关大捷，可左宗棠此时却没有多少喜悦可言，原本所带的五千人马折损大半，现在只剩下了两千人。他一边命令，在此苦战一月的手下将士，就地休整一段时间后，再西进入关，一边又派人回湖北、湖南，重新招募一些兵员，顺便再采办一些物资来与自己汇合。等到这边休整完毕，新招募来的五千将士也已前来汇合，时间又已经过了一月有余。
函谷关虽然对于陕西关内来说，战略位置极其重要，但是却属于河南的管辖范围，是东部剿捻统帅李鸿章所负责的辖区。因此，左宗棠即便再不情愿，也还是不得已把函谷关交接给了李鸿章的淮军。
左宗棠心道，好在还有潼关，可以据险而守防止东捻军西窜作乱。
从函谷关到潼关南北两边，皆是高山峻岭，只有中间狭窄的黄河河道，两侧地势稍平便于行军。左宗棠带着手下人马，离开函谷关时正值春季，正值北方最为干旱少雨的时节。可谁承想，今年偏偏就在这个干旱时节，却下了一场大雨，正在狭窄山道中间行军的左宗棠，不幸的遭遇了山洪，好不容易才从湖南采办回来的大批物资，就这样稀里糊涂的被山洪冲走大半，左宗棠气得咬牙跺脚，可也只能认栽了。
北方初春的天气，本就比较寒冷，初春的雨水淋，在人身上更如钢针刺骨般，更何况，左宗棠以及他手下的将士，都是地地道道的南方人，他们自然不习惯这样的气候。刚到潼关，大半军士就因为这场雨水，浇淋而病倒，左宗棠又不得不下令，部队再次停在潼关休整。几天后，病倒的军士还没好，瘟疫又开始在军中蔓延开来，短短不到十天，就有二百士兵，因为感染瘟疫而命丧于此。左宗棠虽然十分担心陕甘宁的剿捻局势，内心焦急无比，但他对自己部队眼下所处的困境，也是无可奈何，如果不顾瘟疫贸然进关，恐怕还会将瘟疫感染到整个关内。左宗棠不得已，只得下令军队在潼关驻扎下来，只等军中所有感染瘟疫的士兵全部好转才能入关。
这一等就等了足足三个月，等到左宗棠费尽周折，好不容易才带着这七千人马赶到陕西西安时，已是同治六年六月，距离他从福建福州出发已经过去了整整九个月的时间。尽管半年前，刘松林率领十三营湘军初到陕西，就取得了西安大捷，可是等左宗棠赶到西安后，才发现，其实除了西安城被收复外，整个陕甘宁三省的整体剿捻形势，并没有因为之前的西安大捷，而有任何好转，甚至还有持续恶化的趋势。陕甘宁三省地域广阔，却又异常贫瘠，地势多以干旱少雨的高原山区为主，不但本地的财力、物力，难以养活太多兵员，后勤补给因为路线曲长复杂，导致这有限物资的运输也出现了诸多困难。再加上西捻军都是本地失去土地无以为生的农民为主，他们熟悉地形，流窜抢劫作乱，很少会在一城一地持续待过长时间。等清军得到他们正在那里作乱的消息，然后再组织兵力扑过去时，对方早已将当地洗劫一空，跑得没了身影，不轻易留给清军反应调度的围剿机会。
了解到了西北地区的剿捻形势后，左宗棠在心里暗道，看来在此戡乱平叛，还是要从源头入手，以改善治理本地吏治、消减本地百姓赋税负担、恢复发展本地生产，剿抚并重方能有所成效啊。
在心里已经有了初步的剿捻计划后，左宗棠认为西北难养重兵，因此不易抽取此地赋税作为剿捻军费，他随即命手下亲信赶紧去杭州，把自己的“财神爷”胡雪岩给请过来，让他负责想办法筹集军费。左宗棠刚要给手下众将布置各自的驻防区域，前方勘察敌情士兵，快马回报：西捻军势力最大的一部人马张宗禹部，突然闯过黄河防线，往东杀过去了。