同治五年秋，北方的捻军越发势大，剿捻钦差大臣曾国藩,因剿捻不利而上奏朝廷，请派善战的左宗棠北上，负责剿灭流窜在陕甘宁作乱的西捻军，以分担自己在中原一带的剿捻压力。九月，朝廷正式下旨命左宗棠为钦差大臣，赴陕西督师陕甘宁三省官军剿灭西捻军。

与此同时，左宗棠倾注大量心血，督造组建的福州船政局已经初具雏形，他不太放心交给外人去管。而且，左宗棠明白无论自己以后是兴办洋务，还是统兵治乱都需要大量的财粮作为后盾，可是他对腐化严重的朝廷，已经十分失望，并不指望着，届时朝廷能够全力支持他做事。而在闽浙一带，这几年在左宗棠的治理下，当地发展蒸蒸日上，日后一定可以成为一处重要的财税重地，左宗棠不愿意轻易放弃，自己苦苦耕耘留在这里的利益。可是朝廷本就对湘军一派将领多有猜忌，如果抗旨不尊，恐怕少不得会受到一番口诛笔伐，以及各种制衡打压。

左宗棠思前想后，最终决定不带一兵一卒，只身一人奔险地，即刻前往陕西赴任剿捻统帅。他举荐自己的心腹爱将蒋益沣为浙江巡抚，代自己治理浙江，举荐自己的好友沈宝祯为福建巡抚，代自己继续督建福州船政局。蒋益沣、沈宝祯，再加上留守在闽浙数万湘军，左宗棠自信，即便自己不在闽浙，也依然能遥领此地，不被外人窃取得利。

当紫禁城内的慈禧，接到左宗棠的两封举荐信后，大为恼火，刚要下旨驳斥掉左宗棠的所有请求，却被一旁的奕?劝住。

奕?直言道：“太后，这左宗棠为人人秉性，可与曾国藩是完全不同的，他轻易不会向朝廷提出什么过分的请求，然而一旦他对朝廷有所求，那么态度就会相当坚决，轻易不容驳斥，否则，以他刚烈不羁的性格，指不定会做出什么事情来呢。”

慈禧拍着桌子骂道：“我就知道这帮湘蛮子，一个个都是身具反骨，如此居心叵测之人，不用也罢！”

奕?忙解释道：“太后言重了，无论曾国藩，还是左宗棠，他们都自持读书人身份，向来遵循儒家忠孝节义的观念，虽然不免有些小心思，但还不至于做出谋反的出格事情。当下，朝廷内忧外患，正是用人之际，左宗棠文武全，才身怀大能，这个人不可不用呀。”

慈禧发泄了一通脾气后，也逐渐冷静下来，他知道奕?说的很有道理，于是便问道：“那你说该怎么办吧？”

奕?道：“为今之计，肯定是先哄着来呗。目前我大清的主要目标还是以剿捻为紧要，暂且先答应了左宗棠的种种请求。等他到陕西赴任后，我们也不用动他举荐的那两个人，我们只需派遣李鸿章的同胞大哥李瀚章，为新任闽浙总督即可。李鸿章与左宗棠素来不合矛盾颇深，让李瀚章当闽浙总督，便相当于同时制衡了湘淮两系，一举兼得，岂不妙哉？”

听完奕?的建议，慈禧很满意地点了点头道：“你固然是个老狐狸，嘿嘿，准奏！就按你说的办吧。”

等到朝廷同意了左宗棠的全部请求后，他才心满意足地带着几十名亲卫随从离开福州，履新剿捻钦差。当左宗棠在路过湖南的时候，又奉旨在湖南紧急招募了三千名之前被曾国藩裁撤掉的湘军老兵，随他北上陕西平乱、重上战场。按照朝廷之前的部署，在陕甘宁一带的剿捻官兵，除了有三省本地各支八旗、绿营、团练外，还从四川、湖北各地调集了部分地方团练协从作战。各支军队互不统属，难以形成战斗合力，这样的军队成分要是能打胜仗也才怪了。

左宗棠刚刚走到半路，就接到消息称，西捻军已经把西安城团团围住，双方正在围绕西安城，展开激烈的厮杀争夺，如果如西安这个级别的陕西首府一旦丢失，那么陕西的朝廷军队就会面临全线溃败的风险。听闻这个消息后，左宗棠不敢怠慢，急令手下人以最快的速度行军，以尽快救援西安城。可是，左宗棠越着急，一路上走的就越不顺利。他刚刚走到湖北境内，原本已经被打压的完全不成气候，已经散落在湖北山林中当山贼、做土匪，轻易不敢露面的太平军残匪，在得知北方捻军起事后，在有心人的串联下，又很快组织起了一支超万人的队伍，为非作乱起来。

当这支太平军残匪得到左宗棠正在借道湖北北上、欲剿捻消息的时候，不但没有选择退避三舍，反倒主动在左宗棠的必经之路上，对其进行疯狂的阻击。左宗棠不想与这支不成气候的太平军残匪过多纠缠，他一面命令手下湘军，尽快摆脱敌军，一边向刚刚上任湖北巡抚的曾国荃求援。可是，湖北本地刚刚抽调一部分兵力，去往陕甘宁剿捻，眼下，一时也组织不起太多兵力相助左宗棠。再加上曾国荃初到湖北，对于这里的一些基本情况，还不是很了解，即便想帮左宗棠，暂时也是有心无力。

而左宗棠手下的三千湘军老兵虽然善战，可是毕竟敌众我寡，再加上，这些太平军残匪近期来深藏此地山中，对本地地形非常了解，他们占据着人数优势、地利优势，让左宗棠一时也无可奈何。更让左宗棠头疼的是，随着他被这支太平军残匪拖的时间越长，原本在河南南部作乱的东捻军，看到湖北这种局势，也挥兵南犯湖北，然后，很快就整合了之前在湖北的太平军残匪，形成了一股人数达到四五万之众的乱匪大军，最终导致整个湖北境内的匪患，已不亚于正在闹捻军的北方数省。

见此情况，四顾不暇的曾国荃，冲左宗棠发牢骚道：“之前，我早就多次劝过我大哥，让他别急着裁撤湘军，可他偏不听。这下好了，手里没兵、没枪、还没粮，一遇到稍微棘手的战事，就处处被动。他在中原剿捻不利不说，就连我们两个现在在湖北，竟也被那群原以不成气候的长毛贼残兵败将，逼得如此狼狈不堪！可悲，真是可悲啊。”

左宗棠也略显无奈的叹了口气，正色道：“现在再讲这些，还有什么意义吗？还是先想想办法解决眼前的难题吧。”

二人仔细捋了一下各自所能调用的全部兵力后，发现湖北府库还算丰盈，不缺钱粮兵器，唯一缺的就是有战斗力的兵源。捋清了现在的湖北局势后，左宗棠索性告诉曾国荃，湖北境内的匪患让他暂时别管，先让自己带兵来全力对付他们。至于曾国荃，左宗棠则让他一边火速派人回湖南招揽湘军老兵，一边在湖北境内大力招揽团练新兵。然后，以那些能征善战的湘军老兵为骨架，结合新招收的湖北团练新兵，组建“新军”。这样在老带新的基本框架下，“新军”即便是刚刚组建完成，也能迅速形成一定的战斗力。

就这样，左宗棠、曾国荃这两个成名已久的湘军大帅，又再度联手合作，左宗棠虽然与曾国藩因为脾气秉性差异巨大，经常因为见解不同，而爆发激烈的争吵，但是他和曾国荃的关系却从来不受此影响。相反，左宗棠和曾国荃的脾气相近、行事风格也有些相似，曾国荃也一向很佩服左宗棠的能力，因此，这二人倒是颇为惺惺相惜，关系一向不错。彼此合作起来，自然也不会有什么猜忌隔阂。

在同治五年冬，因为曾国藩在东路剿捻不利，朝廷撤销了他的剿捻统帅之职，让李鸿章率领淮军北上中原，接替曾国藩出任东路剿捻统帅。李洪章带领他的十万淮军抵达中原后，曾国藩自然不愿意，再把自己手中仅存的湘军，再交由李鸿章指挥，于是他便以救援湖北为由，命手下湘军将领刘松山，带领十三营湘军人马驰援湖北，相助正在此地苦战的左宗棠。

得到刘松山所率十三营湘军旧部的相助后，左宗棠自然是如虎添翼，这时曾国荃负责组建的“新军”也已编练完成，能够投入战场了。更令左宗棠高兴的是，由于北方战事吃紧，湘军中最能打的鲍超及其“铤字营”，也被朝廷从广东调来给他任用。手中兵强马壮后，左宗棠率军一鼓作气，一战便将侵犯湖北的东捻军消灭大半，至于剩下的那些残匪，左宗棠现在也无心去管，交给了湖北巡抚曾国荃，带领他新组建的新军去剿灭即可。左宗棠自己则率领着自己数千楚勇、刘松山的十三营湘军、鲍超的“铤字营”兵分三路火速北上救援岌岌可危的陕西。

同治五年年底，兵马人数最多的刘松山所率十三营湘军，率先抵达西安城下，与围城的西捻军展开激战。已被围困在西安城内三月有余的朝廷官军，看到援救到来，也终于提起了士气，与其里应外合，出城攻打捻军。在清廷军队的内外夹击下，很快，围困西安城的西捻军，便全线溃败，渡渭水北上逃窜而去。

至于左宗棠原本计划，本事率军从樊城经汉水，再北至陕西，可是刚到樊城，他便接到东捻军，意欲经函谷关而出，支援西捻军的消息，左宗棠临机决断，马上率军赶往函谷关，阻击救援陕西西捻军的东捻军。