左宗棠仔细分析了一下当前局势后，命令康国器领兵攻下并牢牢占据龙岩一带，这龙岩正好位于太平军两股残匪：李世贤所部和王海洋所部的中间位置，此地有数条河流交汇，水道可连接东西南北，是重要的水陆通道。只要占据此地，就能切断两股太平军残匪之间的联系，为以后将其分而歼之做好准备。所以，左宗棠又安排其他几位将领，各自领兵进驻闽西南外围的几座位于重要军事战略要地位置。
左宗棠着重交代康国器等将领，语重心长道：“你们成功拿下这些坚城要寨后，只需据城坚守即可，没有我的命令，不要主动出击。现在这两股太平军残匪，到底也不过是无胆的惊弓之鸟，只要我们不咄咄相逼，他们多半也不敢主动来攻打我们。”
康国器有些不明白左宗棠的这番布置，到底有何意图，疑惑问道：“大帅，末将这就不懂了，你只命令我们占据闽西南外围的坚城要寨，却又不准我们主动出击攻打敌人，这不是在故意给那些太平军残匪留下发展空间吗？”
左宗棠扫视了一眼其他众将，见众人皆有此疑惑，他微微一笑，解释道：“现在那些太平军残匪，所占据的地盘都在闽西南一带，那里都是崎岖的山区，都是易守难攻之地，我们主动出击，不但事倍功半，难以取得有效战绩，反倒会拖垮我们，不如以逸待劳，或有胜算”
左宗棠抿了一口茶，润了润嗓子后，接着讲道：“在闽西南山区内作战，对我们不利，但同样的，将近二十万人规模的太平军残匪，想要在那里生存发展，也同样困难重重。要知道，在闽西南的那片崎岖山区内，土地贫瘠、人丁稀少，耕地更是寥寥，利用那片贫瘠土地，养活二十万人马几乎就不可能。现在那些太平军残匪，不过是刚刚进入闽西南山区不久，暂时可能还感受不到生存危机。但是三个月后、半年后、一年后呢？他们还能吃得饱穿得暖吗？等到他们饥肠辘辘、衣不遮体之时，他们还能剩下多少士气，届时不就更容易对付了？”
负责坚守龙岩城的康国器，他所负责的区域战略位置最重要，任务也最艰巨，即便听完左宗棠的这通解释，也依然有些不放心，固执道：“可是......大帅，我们毕竟只有区区三万人马，对方可有将近二十万人呐。如果他们居安思危，意识到了我们想要拖垮他们的意图，索性破釜沉舟，提前开始大举进攻我们，又该怎么办？”
左宗棠不屑一笑，正色道：“围而不打，如同钝刀杀人，一时半会还不至于将其逼入绝路。那一群残兵败将，早已被吓破了胆，但凡他们还有一丝希望，就生不起破釜沉舟的死战决心。”
不过左宗棠还是做了两手准备，他对几名将领道：“我会尽快去没有匪患的闽东地区，招募五六万地方团练，分别派往你们几个负责驻守的坚城要寨，帮助你们守卫御敌。这样一来，我们将近十万雄兵力，凭借坚城险关抵御二十万残兵败将，应该也不算难。”
听到左宗棠这番几乎万无一失的安排，众将这才安心不少。
同治四年春，四月。在福建粮食种植主要以水稻为主，根据不同土地情况、天气状况，福建有三茬水稻播种周期。最早的一茬收割季节在五月底、六月初，而第二茬种植周期的收割季节在八月中旬至八月底，第三茬种植周期的收割季节在十月初。也就是说，每年的开春四月份，正值春耕不久，青黄不接之时，距离上一茬粮食收割，也过去了半年时间，是每年存粮最少的时候。因为战乱，社会动**不安，人心浮动无心劳作，福建去年整体的粮食产量就不算很好。左宗棠估计闽西南山区的粮食收成，只会更加糟糕，这时候躲藏在那里的大批太平军残匪肯，定已经或即将陷入饥荒危机之中。
据前线将士禀报，近来太平军小股残匪频频试探叩关，试图突破湘军的包围。这一情况，让左宗棠更加肯定了自己的判断，而且他也笃定，现在太平军残匪，肯定已经因为饥荒，而出现了人心不稳的迹象。综合种种判断，左宗棠果断下令，留三万人马继续围困着王海洋所部，集中六万人马全力攻打李世贤所部。左宗棠还特意令手下人大肆对外声张，他将亲自领兵攻打李世贤所部。这几年来，李世贤已多次败在左宗棠手下，尤其是当年祁门一战左宗棠，更是以少胜多重挫李世贤。因而，李世贤及他手下的嫡系将士，最忌惮害怕的对手就是左宗棠。左宗棠大肆声张，自己将会亲自领兵攻打李世贤，也是一种攻心之道，让敌人未战先怯，不敢生出强烈的抵抗之心。
果不其然，当左宗棠的大军压入李世贤所部的藏身盘踞地后，李世贤的第一选择，不是果断迎战，而是立刻怯逃。未战便先自落下风，李世贤岂有不败之理？左宗棠带着六万人马，进入闽西南山区后如入无人之境，一路追打李世贤半月有余，知道将其十万大军彻底消灭殆尽，方才满意收兵。李世贤本人也着实是命大，他手下几乎全军覆，没他却带着几十名亲信，险而又险的躲过了左宗棠的大军搜捕，逃入了王海洋的藏身地盘。不过，李世贤的气运也终是有限，他虽然躲过了左宗棠的搜捕，却在投靠王海洋后，只因为埋怨了王海洋几句，为何见死不救的牢骚话，便被王海洋记恨斩杀，最终惨死在了自己人的手里。
灭掉李世贤的十万残军后，接下来，左宗棠自然又将矛头对准了王海洋。王海洋无论是人数，还是能力，都还不如之前的李世贤，那李世贤都已全军覆没，他又怎敢与左宗棠正面交锋，第一时间就一路向西溃逃，直奔粤东而去。负责在粤东闽西交界一带，封堵太平军残匪的清军将领，一时大意竟被王海洋钻孔，逃出了左宗棠布置下的包围圈。这可把左宗棠气得不轻，不但上折弹劾了这名清军将领，还同时上折数落了一番广东巡抚、督军的诸般不是。
接到左宗棠的弹劾后，慈禧和奕?商议后，决定又任命左宗棠为钦差大臣，令他负责督师广东军务，闽浙、两广所有兵马可任他调度使用，务必尽快消灭两广地区的所有太平军残匪。尽管接到朝廷的新任命后，左宗棠所能统帅、调度的兵马大增，对两广地区的太平军残匪，已成绝对的优势。但是左宗棠深知，穷寇莫追的道理，他没有听从朝廷的剿匪方针，寻求速战速决。而是利用兵力上的绝对优势，不断缓慢的压缩包围圈，以求将散落两广各地的数股太平军残匪，集中起来方便消灭。
经过半年时间的努力，最终如左宗棠计划，以王海洋为首的太平军残匪，被压缩包围在了广东惠州、潮州交界一带。同年十一月底，左宗棠将自己的中军大帐，摆到了潮州府的大埔县，在距离敌军不到二十里的地方，督战最后的总攻。十二月中旬，太平军残匪的最大头目王海洋，在战斗中中弹身亡。同治五年正月，清军在黄沙峰与仅剩的六万太平军残匪，展开了最后的决战，最终，以斩敌一万俘敌五万的战绩取得完胜。至此，全国各地再无任何一股人数超过万人规模的太平军残余势力，黄沙峰一战也标志着，祸乱大清十余年的太平军匪患，基本已被彻底肃清，再无任何东山再起的可能。
先收浙江、再安福建、后平两广，左宗棠自离开曾国藩亲自领兵以来，几乎是战无不胜，攻无不克，因为战功卓越，黄沙峰一战后，朝廷在第一时间就降旨嘉奖左宗棠，赏戴双眼花翎，一时风头无两。而就在左宗棠战功赫赫，春风得意之际，曾国藩虽然也在一直被朝廷加官进爵，但他实际上却过得不尽如人意。
同治三年，攻破天京城后曾国藩，便新生解散湘军的念头，同治四年，经过深思熟虑后，曾国藩正式裁撤掉了他手下的二十万湘军将士。经过这番裁撤，整个湘军只剩下了左宗棠麾下的数万军队，以及曾国藩手下最能打的鲍超“铤字营”所部一万多人。也是在同年，河南、山东、安徽又爆发了规模极大的捻军叛乱，随后不久，陕甘宁地区的捻军，也趁势揭竿而起，北方数省几十万捻军，东西呼应作乱，局势几近失控。朝廷在北方虽然还有大量的八旗、绿营官兵拱卫京津要地可以征用剿捻，然而那些八旗绿营官兵，一如之前的江南大营和江北大营一般不堪重用，连番战败，丢地失城、损兵折将无数。无奈朝廷只能再次启用曾国藩为钦差大臣，命他北上督师剿捻。可是，曾国藩手下已无自己创建的湘军可用，他所督之师，说到底还是那些腐化严重、不堪重用的八旗、绿营兵。
再加上曾国藩虽然擅长组建军队、善用人才，但他本人却不长于军事，因此他所督帅的剿捻之师，自然又是一败再败，毫无战斗能力。