高校经营性资产监督管理的主要目标是规避高校经营风险，促进高校科技成果转化，确保国有资产的保值增值。然而，在资产的发展和运营过程中，高校经营性资产监督管理还存在诸多问题，主要表现在以下几个方面。

（一）划转不彻底

高校要依法组建国有独资性质的资产经营有限公司或从现有校办企业中选择一个产权清晰、管理规范的独资企业，将学校所有经营性资产划转到高校资产公司，由其代表学校持有对企业投资所形成的股权，高校以投入到高校资产公司的财产承担有限责任。设立资产公司的目的是有效分离学校资产和企业资产的界限，规避高校的经济、法律及财务风险等。然而时隔几十年，各高校对于政策的落实程度参差不齐，相当一部分高校对于经营性资产的划转不彻底，有的甚至没有组建资产公司，致使高校经营性资产存在“多头管理”的现象。这种划转不彻底存在两种情况：一种情况是没有将所有的经营性资产进行划转，部分经营性资产在学校事业性资产中经营；另一种情况是对已经划转的资产，没有进行清查核资，企业中存在事业性资产。

（二）产权不明晰

划转不彻底，导致资产产权不明晰。具体表现在一些高校在非经营性资产变更为经营性资产的过程中，尤其是在利用学校校名、专利权等科技成果转化形成的无形资产对外投资时未进行严格的资产评估、不按有关规定办理资产的审批手续、产权登记工作在未进行清查的基础上开展、资产的性质与产权关系模糊，等等。另外，资产公司无偿占有学校资源，对学校投入的人员、房屋、水电物业及设备等资源无偿占用的现象更是普遍存在。这种产权不明晰，最终导致高校国有资产的隐性流失。

（三）内部监督管理不到位

经营性资产管理机构不健全，职责划分不清楚。资产划转不彻底，导致经营性资产管理机构比较分散，资产公司、后勤集团、财务处及资产管理部门甚至其他一些管理部门或者院系都可能存在经营性资产。另外，高校经营性资产作为国有资产的一个重要组成部分，学校内部审计等监督管理部门对其营运效果负有审查和监督的责任，必要时可以要求相关部门或负责人进行整改，但是大部分高校的内部审计部门由于自身专业能力有限，其内部审计职能部门仅对非经营性资产进行监督就已经力不从心了，对经营性资产的监督更是遥不可及。

（四）科技成果转化效果不明显

高校资产经营公司的主要任务之一是促进高新技术成果的转化，孵化科技企业。但是由于经营性资产的多头管理现象，应当承担主要责任的经营性资产公司没有起到应有的作用。同时，高校缺少对经营性资产的转化激励机制，导致科技成果转化效果不明显。

（五）过程管理缺失导致国有资产经营回报率低

高校以事业法人身份直接兴办了众多企业，用学校资产开展多种经营活动，但大多数资产经营回报率低，有些甚至给学校带来巨额债务。很多高校企业名义上是国有企业，实际上成为经营者的私人企业；有的企业实际经营盈利，而账面却连续亏损，现金流入私人口袋，“损公肥私”，学校为各类债务买单；有些经营者利用国有资产进行投资合作，如果对方经营较好，有分红收益，经营者根本不将收益入账，而国有资产所占股份被私人享有；有些经营者利用学校招牌，到处骗取资金，不仅给学校带来债务，还给学校造成许多不利的社会影响。产生以上问题，有经营的原因，更重要的是因为过程管理缺失，缺乏对经营者以及经营活动重要环节的有效监督。