与同时代的大思想家顾炎武、黄宗羲、王夫之相比，方以智的不幸不仅表现在其晚年事迹隐晦不明，而且其著作至今亦难获全貌，更不用说对其思想的发掘了。方著于其中岁未成定型即遭大难，他在丙戌年（1646）《又寄尔公书》中说：“智弱冠灾木数十万言，皆词赋也。后稍稍有所进，著作古文，皆不以示人，考辨经史，不敢与人言论，以末世恶人学问也。矢死幸还，一切生平著作，所博记经史之疑，所收金石古文文字之原，所考天官与图律异记，所讯边事土情，俱灰烬矣。流离南海，时为门人姚端有所纂录，及入楚遁沅，又多亡失。”及披缁北归，晚年所作，仅有《炮庄》得友人资助才得以生前雕刻，大多至今仍为手抄本流行。《清史稿·遗逸传》称他“著书数十万言，惟《通雅》、《物理小识》二书盛行于世”，其实“盛行于世”实为誉辞，因为有清一代，鲜有称引者。时至今日，连其著作名称及数量亦难以获得清楚的认识，除了《清史稿》称其“著书数十万言”之外，也有学者认为方以智有“数百万言的著作”[1]，有的认为其“侥幸传世的几百万字的著述，且不说那些手抄本，即便少数刻本亦多为孤本，都甚难得见”[2]。
早在1957年，侯外庐先生就着手对方以智的著作进行搜集与整理，除《通雅》与《物理小识》外，据其所见，尚有24种著作，其中多为抄本。哲学著作除了《炮庄》“成都美学林排印不全”外，其余全为抄本[3]。1981年冒怀辛、金隆德先生分早、中、晚期对方以智重要的哲学著作进行了考辨和介绍[4]。其中于方以智著作考证最系统、最全面者，当属1985年出版的任道斌先生《方以智著述知见录》，该著“承北京图书馆、安徽博物馆、浙江图书馆、谢国桢先生、刘慎旃先生等提供宝贵资料，又屡引饶宗颐、郑德坤、余英时等先生论文资料”，分“诗词歌赋类”、“文集”和“画册、题跋及墨迹”三类，共考订方以智著述一百四十六种[5]。任先生详细地介绍了各著的存留现状、主要内容、写作时期、卷数和字数等，极大地方便了学术界对方以智著作的收集、整理与研究。后来，蒋国保先生《方以智哲学思想研究》专辟“方以智著作索考”一章，将其“多年来收集到的有关方以智著述”一百四十种，进行了分类、考辨。蒋先生的有些工作做得更为细致，如其将方以智的“传世的著作”与“佚著”分开，在“传世著作”中又分“博物及自然科学类”、“诗文类”、“哲学类”和“综合类”等，尤其是其中的“佚著考略”部分，读之足信。由于任、蒋二先生对于方著的闻见略有不同，二著相资为用则更妙。
在对方著的流存进行梳理的同时，一些学者开始对其中抄传的重要著述进行点校、出版。1962年，李学勤先生校点的《东西均》（后附《象环寤记》）出版；2001年，庞朴先生又将工作向前推进一步，由他注释的《东西均》亮相读者。尤令人惊喜的是：一直仅凭抄本流传的《一贯问答》于2005年正式出版[6]，注释者仍为庞朴先生。张永义教授和邢益海博士合作校点的《药地炮庄》以及张永义教授校注的《青原志略》由华夏出版社分别于2011年、2012年出版。在学者们的努力协作下，方以智的重要思想类著作渐渐地向读者展露原形，但欲深入、细致地研究其思想，仅凭上述著作还远远不够，希望《方以智全书》能够早日面世，以飨学界。
另外，方以智很多著述的成书时期，还难以确定。比如，目前还没有学者对方以智重要的哲学著作《易余》、《性故》和《一贯问答》等著的成书年月进行有说服力的考证[7]；就连有史料可查的《炮庄》成书之年月亦存在说法不一的情况，任道斌先生认为“此书当著于庚子（顺治十七年，1660），成于丙午（康熙五年，1666）”[8]，余英时先生初亦持大致相同的意见[9]，后来“参以密之语录‘痛念丈人，借庄托孤，乃与竹关，约期炮集’之语，则《炮庄》之构思更当上溯至高座寺时代（1654—1656）矣”[10]。再如《易余》，冒怀辛先生将《东西均》归为方以智中期著作，而将《易余》列入晚期[11]；蒋国保先生则认为“《易余》是作者出世前的作品，在写作时间上早于《东西均》”[12]。由此可见，目前学界对方以智著作的整理与研究，还处于刚刚起步阶段，尽管已经取得一定的成果，但相对于同时代的其他思想家而言，任重而道远。
[1] 任道斌：《方以智简论》，载《清史论丛》第四辑，第271页。
[2] 蒋国保：《方以智哲学思想研究》，第80页。
[3] 侯外庐：《方以智——中国的百科全书派大哲学家（上、下）》，载《历史研究》1957年第6、7期。全文收入侯外庐主编《中国思想通史》（第四卷下），北京，人民出版社，1960，第1123～1124页。
[4] 冒怀辛：《方以智》，载《中国古代著名哲学家评传·宋元明清部分》，第766～771页。
[5] 任道斌：《方以智著述知见录》，北京，书目文献出版社，1985，第1～74页。
[6] 方以智著，庞朴注释：《〈一贯问答〉注释》（上、下），分别载于《儒林》（第一辑、第二辑），由山东大学出版社分别于2005年和2006年出版。
[7] 蒋国保先生根椐文本内容断定“《一贯问答》完稿年月，既不可能早于1653年，也不可能晚于1655年，只能定于这三年间”。见《方以智〈一贯问答〉刍议》，载《安庆师范学院学报》（社会科学版）2000年第4期，第48页。
[8] 任道斌：《方以智著述知见录》，第41页。
[9] 余英时：《方以智晚节考》（增订版），第13页。
[10] 同上书，第157页。
[11] 冒怀辛：《方以智》，载《中国古代著名哲学家评传·宋元明清部分》，第769页。
[12] 蒋国保：《方以智哲学思想研究》，第94页。