在修养的工夫上，本章主要从“尽心见性”、“格合内外”和“外学多，内学一”三个不同侧面分别论述了方以智“打通内外”的工夫论。对方以智来说，这三种工夫都重要，并且皆遍见于其中晚年各著作中，无分主次。这三种工夫都是以仁心作为超越根据，都以“一在二中”和“内外合一”作为理论前提，以“打通内外”和“见性”为目的。其重点处稍有所不同，“尽心”和“格物”是从除去所执之私欲、私意处着眼，让仁心贯通于事事物物。“尽心”主要显明了仁心“虚”（“空”）而无滞的特性，而“格物”则又较突显了仁心“转物”的主宰性。相较前两种除“壳”去欲的力量皆来自“仁”本身而言，“学”的工夫又牵动了“外智”。在他看来，仁体就是“万物一体之量”，而非“核中之仁”或“寂体”，即仁心本来与事事物物不隔，事事物物皆仁心天理流行贯通。处明清之交的方以智认为仁心所贯的事事物物（即“全树全仁”之“树”）不再偏于伦理范域，而是“救世”、“技艺”、“使民安生”、“茶饭”等有关民族安危、百姓安生的“实事”、“实学”，这是他与王阳明“致良知于事事物物”的不同处，亦可以说这就是方以智在新的历史时期对阳明学的丰富与发展。
方以智“打通内外”的工夫论，明显受益于大程子的“识仁”说，以及《定性书》“以其心普万物而无心”和“性之无内外”的讲法。王阳明的“致良知”和王龙溪的“四无”说，亦盛著此义，此乃纵贯系统的工夫法门。虽然方以智有调和朱、王的愿望，但总是与朱子的“格物”工夫凑泊不上，无论是“尽心”、“格物”论，还是“外学多，内学一”论皆如此。例如，他训“格”为“至也，方也，正也，通也，感也”以及“八者非可执次第而言”的观点。尽管方以智强调“外学多”，但此“学”对象多为“质测”之经验知识，属于“外智”，而与“须用添个敬字方才牵扯得向身心上来”的朱子“格物穷理”不同。
在境界论上，方以智尤显天道“圆满周遍”、“不落有无”与“无思无虑”性。因为“不落有无，唯圣能之”，所以，“从心率性”、“游于物”、“自然”、“无心”、“万物一体”等就自然而然地成了他心中理想的圣人气象。这一切都是“打破内外”的工夫实践所臻内外一体而化的道德境界，亦源自他对“天无私覆，地无私载，日月无私照”之天道的真切体悟。方以智出于对“信不真、煅炼不熟，必流狂邪”以及“率性稍涉勉强，便云非性，势必公然纵恶乃为真耶”的担忧，并不高唱“率性”之境，亦不轻易以“履遗而不取，冠挂而不顾”许人，而是主张“无故不去琴瑟”，并以此对阳明后学“发狂”门风进行了批驳。
在方以智看来，“礼”不是一种异己的外在行为规范，“文、礼俱是从中发出”即是。他依“见性”为标准，将人分为“上根者”和“下根者”，或曰“圣人”与“众人”。对圣人而言，他们“见礼就是自己”；至于“不知无闷之潜体”的众人，则必须依礼而动、“以礼作刀”。他试图使圣人“率性”与众人依礼而动，在仁心上获得统一。但是，他基于众人之性仅为“潜体”的认同，势必出现“以四个礼字，作四把刀”与“上者，见礼即是自己”之他律与自律两种不同的说法。
[1] 《一贯问答·以明》，载《儒林》（第二辑），第301页。
[2] 《一贯问答·说学》，载《儒林》（第二辑），第296页。
[3] 同上书，第297页。
[4] 《一贯问答·孟子三乐》，载《儒林》（第二辑），第294页。
[5] 庞朴注释：《东西均·容遁》，第243页。
[6] 庞朴注释：《东西均·疑信》，第259页。
[7] 同上书，第260页。
[8] 《性故》。
[9] 《答退斋林子问》，见《王畿集》卷四，第82页。
[10] 庞朴注释：《东西均·公符》，第104页。
[11] 《一贯问答·问忠信》，载《儒林》（第一辑），第277～278页。
[12] 庞朴注释：《东西均·容遁》，第236～237页。
[13] 庞朴注释：《东西均·公符》，第98页。
[14] 《孙武公集序》，载《浮山文集前编》卷二。
[15] 《旷达论》，《岭外稿》上，载《浮山文集前编》卷七。
[16] 张永义、邢益海校点：《药地炮庄·总论上》，第22页。
[17] 陈献章：《与林郡博》，《陈献章集》，孙通海点校，北京，中华书局，1987，第217页。
[18] 黄宗羲：《处士王东崕先生襞》，见《泰州学案一》，《明儒学案》卷三十二，第719页。
[19] 庞朴注释：《东西均·道艺》，第188页。
[20] 牟宗三：《从陆象山到刘蕺山》，上海，上海古籍出版社，2001，第211页。
[21] 《易余·三冒五衍》。
[22] 黄宗羲：《参政罗近溪先生汝芳》，见《泰州学案三》，《明儒学案》卷三十四，第762页。
[23] 牟宗三：《从陆象山到刘蕺山》，第204页。
[24] 《论虚谈大道，不讲实务之病》，见《曼寓草》中，《浮山文集前编》卷五。
[25] 《性故》。
[26] 庞朴注释：《东西均·尽心》，第71页。
[27] 黄宗羲：《参政罗近溪先生汝芳》，见《泰州学案三》，《明儒学案》卷三十四，第762页。
[28] 《易余·权衡经纬》。
[29] 杨时：《龟山语录》，见《龟山学案》，《宋元学案》，第949页。
[30] 牟宗三：《心体与性体》上，上海，上海古籍出版社，2001，第354页。
[31] 《一贯问答·问克己》，载《儒林》（第一辑），第280页。
[32] 陆九渊：《语录上》，《陆九渊集》，第409页。
[33] 庞朴注释：《东西均·反因》，第87页。
[34] 胡宏：《知言》，见《胡宏集》，第6页。
[35] 《易余·如之何》。
[36] 庞朴注释：《东西均·神迹》，第152～153页。
[37] 同上书，第152页。
[38] 庞朴注释：《东西均·道艺》，第183页。
[39] 杨时：《龟山语录》，见《龟山学案》，《宋元学案》，第949页。
[40] 王夫之说：“有即事以穷理，无立理以限事。”（见《续春秋左氏传博议》，《船山全书》第5册，长沙，岳麓书社，2010，第586页。）
[41] 陆九渊：《语录上》，《陆九渊集》，第400页。
[42] 同上书，第441页。
[43] 《一贯问答·问克己》，载《儒林》（第一辑），第280页。
[44] 《一贯问答·问格致》，载《儒林》（第一辑），第271页。
[45] 《一贯问答·问一贯》，载《儒林》（第一辑），第266页。
[46] 《一贯问答·说学》，载《儒林》（第二辑），第297页。
[47] 《一贯问答·问一贯》，载《儒林》（第一辑），第269页。
[48] 庞朴注释：《东西均·尽心》，第81页。
[49] 《一贯问答·问格致》，载《儒林》（第一辑），第274页。
[50] 《易余·正身》。
[51] 《易余·继善》。
[52] 胡宏：《知言》，见《胡宏集》，第6页。
[53] 《物理小识·总论》，总第745页。
[54] 张永义、邢益海校点：《药地炮庄》卷五，第320页。
[55] 《易余·权衡经纬》。
[56] 庞朴注释：《东西均·玆燚黈》，第284页。
[57] 庞朴注释：《东西均·食力》，第247页。
[58] 朱熹：《四书章句集注》，北京，中华书局，1983，第54页。
[59] 语出《论语·颜渊》，即“子曰：‘非礼勿视，非礼勿听，非礼勿言，非礼勿动。’”