建文踪迹千古谜
建文四年（公元1402年）五月，朱棣北军打到扬州，而后分兵攻略长江北岸的高邮、通州、泰州等地，搜集船只准备渡江。
建文帝在一江之隔的南京城里急得像热锅上的蚂蚁，四月本来很有希望获胜的灵璧决战被他的瞎指挥搞没了，此时南军在南京城内虽然有十几万部队，但已经没有多少骑兵，与北军野战取胜几乎不可能。而要凭借南京城死守，也需要时间调集粮草和援兵。
于是，建文帝立即采纳方孝孺的建议，再次与北军和谈，争取时间。为了获得朱棣的信任，建文帝特意派出了他的姑姑，朱棣的姐姐庆成郡主(23)作为首席谈判代表，渡江前来。
朱棣此时收集船只也需要时间，而且姐弟俩关系挺好，所以也就顺便给了姐姐一个面子，开始第二次谈判。如果说在河北大名的第一次谈判，朱棣可能还有一点诚意的话，那么这次和姐姐在扬州谈判，他可是一点诚意都没有。
就在庆成郡主与朱棣见面痛哭一番之后，朱棣询问自己的两个弟弟，削藩之初被削的周王朱和齐王朱榑的近况。庆成郡主以实相告：“周王召还，未复爵；齐王仍拘囚。”(24)朱棣彻底愤怒了，把人当傻子耍也要有个限度，这建文帝连样子都懒得做一下，一张嘴就要和谈，凭什么。既然你不给脸，那就彻底撕破脸。朱棣拒绝和谈，郑重回复道：
凡所以来，为奸臣耳。皇考所分吾地且不能保，何望割也！但得奸臣之后，谒孝陵，朝天子求复典章之旧，免诸王之罪，即还北平，祗奉藩辅，岂有他望。此议盖奸臣欲缓我师，俟远方兵至耳！
建文帝得到庆成郡主带回的朱棣答复，再次问计策于方孝孺，方孝孺说道：“长江可当百万兵。江北船已遣人烧尽，北师岂能飞渡？”
北军确实不能飞渡长江，五月的几次试探性渡江也确实被南军主将盛庸打败，但是六月，“江防都督佥事陈瑄以舟师叛，附于王”(25)。统领南军水军的陈瑄釜底抽薪，率领水军反水，建文帝最后的指望长江天险也化为泡影。对陈瑄的策反工作，很有可能在朱棣南下之前就已经取得成功，这也是朱棣敢于千里跃进的重要原因。
六月初三，燕王朱棣从瓜州渡过长江，六月八日，兵抵龙潭，距南京三十里，千里奔袭的北军终于杀到南京城下。
这个时候，南京城里还有十几万的部队，战将也有盛庸、徐辉祖等数人，南京城墙高厚，易守难攻，朱棣并没有立即攻打南京，而是驻军龙潭，和建文帝继续“和谈”。
建文帝这下是真的慌了，削藩削到自己头上，他唯一的办法就只剩下和谈求朱棣退兵，同时下诏书。但是他几次提出割地，都被朱棣视为空话，根本不理会；朱棣提出的和谈条件：“但欲得奸臣耳，不知其他” ，建文帝扭扭捏捏，不愿杀齐泰、黄子澄。
通过不断地和使者谈，朱棣一边在收买建文帝身边的人，比如李景隆（一说李景隆早就被收买），作为内应；一边又通过使者跟建文帝打心理战，让他彻底绝望。
这个时候，方孝孺让建文帝处死李景隆。当然，站在建文帝的立场上，李景隆败掉了南军几十万主力，确实该死，也早就该死。但是这个时候他还是握有兵权的金川门守将，此时杀他不是逼他倒向朱棣阵营吗？果然，朱棣兵临金川门，李景隆不战而降，坚固的南京城防洞开，朱棣攻入南京。
南军主帅盛庸“以余众降”， (26)南军武将大都归降。真正和朱棣死磕到底的只有他的大舅哥徐辉祖，他率领禁卫军与朱棣北军进行巷战，几次试图把朱棣赶出南京，都没有成功，最终兵败被俘。当然，老婆和老丈人的面子还是要给，朱棣把他关了一段时间就放了，让他回到魏国公府邸紧闭，连爵位都没有削。“止勒归私第，革其禄米而已。”(27)一年后，自己在家中去世。
徐辉祖的弟弟、朱棣的小舅子徐增寿是徐达幺儿，他才是朱棣真正的潜伏者，结果南京开城前潜伏多年的小舅子，试图活捉建文帝，向朱棣表功，却暴露了“身份”，被建文帝亲手砍死。朱棣觉得自己对不起小舅子，后来增封小舅子的儿子为定国公，与魏国公平级，于是中山王徐达一门出了两位国公，并且一直延续到明朝灭亡。
城破后，建文帝不知所踪，光正史当中的说法就有两种。
第一种说法是“宫中火起，帝不知所终。燕王遣中使出帝后尸于火中，越八日壬申葬之”(28)。这种说法是当时的官方说法，简单说就是建文帝举火自焚殉国。但朱棣自己都不信，继位后曾多次派人寻找过建文帝就是证据。
第二种说法比较有意思。
或云帝由地道出亡。正统五年，有僧自云南至广西，诡称建文皇帝。恩州知府岑瑛闻于朝。按问，乃钧州人杨行祥，年已九十余，下狱，阅四月死。(29)
皇帝死因不明的有很多，但是这么正经八百写在正史上尚不多见。这种说法表明建文帝死在正统五年（公元1440年）。但是有问题，朱允炆的出生年，正史虽没有明确记录，但记载他成为皇太孙的时间——洪武二十五年（公元1392年），这一年朱允炆16岁。
很简单的一个数学题，正统五年（公元1440年），也就是48年后，朱允炆应该是64岁，又何来的九十岁之说？如果他是真的建文帝，年龄不对，而且目的不明。
正史的第二个说法也是莫名其妙、不知所云。
所以，建文帝真正的行踪，根本无人知晓。《明史纪事本末·建文逊位》一节中曾有朱元璋已经为朱允炆留下密道，准备好度牒、袈裟帮他出家的记载。对建文帝逊位后的行址记载十分详尽，基本可以当小说看。无论如何，建文帝朱允炆随着大火消失在了历史的长河里。他 “天资仁厚、亲贤好学” 是个三好学生式的皇帝，年轻、没有经历世事，缺乏决策力，更无毅力，最后把一把好牌打得稀烂，也怪不得别人。真正和朱棣死磕到底的，是建文帝手下的文臣。