但是，到了20世纪60年代末期这一“《经济学笔记》先行说”遭到了挑战。最先对此提出质疑的是日本的马克思主义经济学家们。他们在下面将要提到的拉宾论文发表以前，从学理上对《手稿》和《经济学笔记》的写作顺序以及理论层次的高低问题进行了讨论。这一讨论是由《第一手稿》的异化劳动理论与《穆勒评注》的视角差异问题所引起的。

一般认为，《第一手稿》的[异化劳动和私人所有]片断中所讨论的是资本和雇佣劳动之间的关系，即资本主义条件下的异化劳动；而在《穆勒评注》中，马克思所讨论的是货币、交换、分工等范畴，即社会交往在商品经济条件下的异化形式。虽然两个片断的主题都是私人所有（Privateigentum）和异化，但它们的内涵是不同的：[异化劳动和私人所有]片断中的私人所有主要是指资本主义的私人所有；而《穆勒评注》中的私人所有主要是指一般商品生产者的私人所有或者说“市民的私人所有”。[异化劳动和私人所有]片断的异化是指资本主义直接生产过程中的劳动异化；而《穆勒评注》中的异化则是指商品交换中的交往异化。两者无论在方法视角上还是在理论层次上都存在着明显的差别。那么，《第一手稿》与《穆勒评注》究竟孰高孰低，或者谁先谁后？这成了当时困扰日本学者的核心问题。

重田晃一很早就发现了这一问题的存在。他提出，马克思在《穆勒评注》中已经用“私人所有—价值—货币”等经济学范畴来分析“类”生活的异化形式，这一论述方式与《资本论》中马克思以“商品—货币—价值”的形式分析生产关系的物象化结构基本上是一致的，而与《第一手稿》中的异化劳动理论有差别。[17]但是，他却没能正视这两者之间的视角差别，而是笼统地提出两者既是统一的，又是互补的，即《手稿》中所缺少的那些经济学概念，譬如交换、价值、货币等在《穆勒评注》中得到了弥补。这是传统教科书体系惯常的做法，即当发现马克思本人存在着矛盾时，为了维护马克思的真理性，往往将明显的矛盾归结为马克思从两个不同角度对某个论题所作的统一论证。

细见英则正视了两者的差别和矛盾，认为这一差别反映了青年马克思的视角变化。马克思一开始是从商品交换关系（《穆勒评注》）出发来推导阶级对立关系（《第一手稿》）的，但是没有成功，于是再回到《第一手稿》的三大阶级对立关系，通过分析得出了阶级对立的原因在于异化劳动的结论。他写道：“在这里（《穆勒评注》——引用者），马克思从表象上是以三大阶级的分化为前提的，但是从逻辑上又是以基于自我劳动的私人所有出发的。……但是，由于马克思已经把市民社会表象为‘阶级社会’，那么经济学各种范畴的批判性展开当然就必须前进到对阶级关系必然性的说明。事实上，马克思在《穆勒评注》中，紧接着对‘货币’本质的研究，表明了要展开阶级分裂和阶级关系逻辑的取向。但是，以基于自我劳动的所有为出发点，从以交换和分工为中介的产品向价值和货币的发展、劳动向营利劳动的转变逻辑出发，一句话从商品交换=商品生产的逻辑出发，从这一逻辑中去展开阶级分裂和阶级关系逻辑无论如何是不可能的。于是，马克思又回到了其出发点，重塑市民社会批判=经济学批判的逻辑，——《经济学哲学手稿》。”[18]也就是说，马克思的思想呈现出了一个从《穆勒评注》到《第一手稿》的进程。因此，细见英提出，马克思《巴黎手稿》的写作顺序应该是从《穆勒评注》到《第一手稿》。

与细见英的主张相反，大岛清在1968年出版的《走向资本论的道路》一书中提出，马克思在《第一手稿》中由于无视商品交换关系，结果把劳动过程都还原为资本对工人的强制性剥夺过程；而在《穆勒评注》中，由于研究了货币、价值和商品交换概念，从而在对社会关系以及自我异化的理解上比《第一手稿》更为具体和充实[19]，因此《穆勒评注》高于《第一手稿》。几乎与此同时，中川弘在《〈经济学哲学手稿〉与〈穆勒评注〉》”一文中也指出，马克思在《德法年鉴》的两篇论文中就已经出现了两个视角：即《论犹太人问题》是“商品=货币关系基准”；《〈黑格尔法哲学批判〉导言》是“资本关系基准”。到了巴黎时期，这两个本来应该统一的视角仍然采取了分离的形式：即《穆勒评注》是“商品=货币关系基准”，而《手稿》则是“资本关系基准”，其中《穆勒评注》中的“商品=货币关系基准”是对《手稿》中“资本关系基准”的补充。

在作了上述区分以后，中川弘对细见英等人的观点进行了批判，明确地提出了《巴黎手稿》的写作顺序应该是从[异化劳动和私人所有]片断到《穆勒评注》的推断。值得注意的是，他在论证自己的这一推断时，采取了颇似下面将要提到的拉宾的文献学考证的手法，即他发现《政治经济学批判大纲》的卷末文献索引中，有关于《穆勒评注》写于1844年夏的记述，而在旧MEGA的Ⅰ-3卷中却说《第一手稿》写于1844年4月到5月，两者明显是矛盾的，如果《政治经济学批判大纲》卷末文献索引是正确的话，那么《穆勒评注》应该写于《第一手稿》之后；而且从文本上看，在《第一手稿》中没有出现穆勒的名字，也没有对穆勒著作的引文，但在《第二手稿》之后却出现了穆勒的名字，且在《第三手稿》中还出现了对穆勒的引文。因此，“我觉得，写作顺序可能与细见先生的相反，可以推定为第一手稿——《穆勒评注》——第二、三手稿，如果这一推定正确的话，细见先生立论的前提之一就崩溃了”[20]。这可能是世界上最早的“《第一手稿》先行说”。

就这样，在60年代日本学界基本上已经形成了“《穆勒评注》先行说”与“《第一手稿》先行说”之间的对立。双方各执己见，争持不下。直到拉宾论文的发表，这场论争才最终见了分晓。