1519年8月10日，船队离开塞维利亚港，前往桑卢卡尔港（Sanlúcar），他们将在那里离开大陆。麦哲伦同他的岳父迪奥古·巴尔波查及妻子和襁褓中的儿子道别，转身奔向岸边等待的船只。

一、艰难的寻找

9月20日，船队正式启航进入大西洋。此前，老巴尔波查派人给他送来可靠消息：船队中的西班牙船长们领有特别任务，他们将不会唯麦哲伦之命是从。麦哲伦早已想好应对之策，那就是“绝对权威”原则。他规定：白天，所有船都必须依据旗帜的指示航行；夜晚，所有船必须跟从旗舰上的灯火指示行动。每天夜幕降临之前，所有船只都必须向旗舰靠拢，所有船长都必须亲自向海军上将致敬。任何违反规定的行为都要受到极其严厉的惩罚。

9月26日，船队到达加那利群岛的圣克鲁斯岛（Santa Cruz），这是最后一块熟悉的土地。离开圣克鲁斯岛，麦哲伦指挥旗舰改变了向西直航的既定航线，把船头转向西南，由于这一改变，西班牙船长们与麦哲伦发生了首次冲突。西班牙人的首领卡尔塔海纳要求麦哲伦解释改变航线的理由。麦哲伦决定借此机会树立自己的“绝对权威”。他冰冷地拒绝了卡尔塔海纳的要求，并向所有人宣布：他将独自指挥船队，任何人无权要求他做出解释。羞愤的卡尔塔海纳没有服软，他不再按照规定每天向麦哲伦致敬。

卡尔塔海纳公然违抗命令的行为并没有激起麦哲伦的反击，他展示出奇异的沉默。他不与任何船长交流，每天都独自伫立、思考。事实上，他酝酿着一次行动。很快，机会来了，一名船员犯了错，麦哲伦以征询惩罚意见为由召集4名船长来到旗舰。卡尔塔海纳也来了，他的目的不是要处理船员犯错的事情，而是再次向麦哲伦质问改变航线的原因。麦哲伦依旧保持沉默。卡尔塔海纳不依不饶地继续逼问，两人的对峙达到顶点，这或许正是麦哲伦想要的结果。他命令警卫将卡尔塔海纳逮捕，并告诉他：“你现在是我的阶下囚”，随即又宣布撤销他的全部职务。麦哲伦的态度坚决，行动果断，使其他西班牙人个个胆战心惊，这招杀鸡儆猴的手段取得成功。麦哲伦任命安东尼奥·德·科卡（Antonio de Coca）取代卡尔塔海纳为“圣安东尼奥号”的船长，船队又恢复了纪律。[5]不久，麦哲伦任命自己的表弟麦斯基塔取代科卡担任船长，完全控制了这艘最大的船只。

经过两个多月的航行，船队于11月29日抵近巴西海岸，这里是葡萄牙人的势力范围，但葡萄牙人还没有在这里建立殖民据点。当地的土著居民从四面八方向岸边聚拢，他们对船上的小商品很感兴趣。根据比加费塔的记载，船员们用船上极其廉价的小物品可以换得比之价值高出十倍、百倍的东西。一把小梳子可以换两只鹅；一面小镜子可以换十只鹦鹉；一个小铃铛可以换得一筐白薯。当他们离开巴西时，船队上已经装满了土著人的各种货物。

沿着南美海岸，他们于1520年1月10日到达了拉普拉塔河（Río de la Plata）河口，这条大河的入海口非常宽阔，以致早先到此的葡萄牙人都以为这可能是穿越新大陆的海峡。麦哲伦在葡萄牙的航海资料中看到过这个记录，而且，马丁·贝海姆那张神秘的地图上也在河口所在纬度附近标示了海峡。麦哲伦曾经反复宣称的“海峡的秘密”应该指的就是这里。他派三艘较轻便的船只溯河而上进行探察。然而，越来越窄的水路无情地掐灭了麦哲伦的希望之火，归来的船只报告说，这不过是一条宽阔的河流。这一消息对麦哲伦的打击是沉重的。船员们也似乎从“海军上将”闪烁的眼神中看出了某种令人不安的东西，他们觉察到，这位阴郁的葡萄牙人可能发现了自己的错误。然而，很快麦哲伦就恢复了镇定，他不动声色地带领着船队继续南行。此时，他不得不抛开马丁·贝海姆的地图和法利罗通过自负的计算得出的所有结论，独自寻找那可能存在的海峡。这位一向百折不挠的航海家一定确立了“不成功便成仁”的决心。

在往南航行中，每到一处海湾，麦哲伦都仔细勘察，但他不得不面对一次又一次的失望。2月24日，他们到达辽阔的圣马提阿斯湾（San Metias）。3月31日，船队进入南纬49度的圣胡利安湾（Puerto San Julian），严寒使他们无法继续南行。于是，麦哲伦决定在此停泊过冬，开春再起航。至此，船队已经航行超过半年，严寒已经夺去几名身体孱弱的船员的生命，几头大奶牛也早被船员们当了下酒菜。在这样的情况下，麦哲伦下达了一个更加令人绝望的命令：所有船员必须节食，以保证来年的航行。怨声载道的船员们表达了愤怒：他们当初被告知是前往香料群岛发财的，不是前往极地忍受酷寒和饥饿的。他们质问麦哲伦，他所说的秘密海峡究竟在哪里？为什么食物缺乏不返回？然而麦哲伦却只是冰冷地重复一句话：“大家都应该跟随我前进，谁也无权让我做出解释。”

二、闪击叛乱者

麦哲伦的态度彻底击溃了西班牙船员对他仅存的信任与服从。他们聚集到一直盼望着的西班牙船长们的周围。在南大西洋这个寒冷、阴郁的港湾里，在这个远离人类文明的新大陆的边缘地带，来自文明世界的一小撮人没有团结起来共同对抗可怕的风暴、刺骨的严寒、致命的饥饿和疾病，而是在一片平静冰冻的空气中酝酿起相互残杀的阴谋。

西班牙人的首领们主要包括“圣安东尼奥号”的两位前任船长胡安·德·卡尔塔海纳和安东尼奥·德·科卡，以及“康塞普逊号”船长贾斯帕·凯塞达和“维多利亚号”船长路易斯·德·门多萨。他们聚在一起，借助一支昏暗的蜡烛确定了行动方案。夜晚，一只小艇悄悄向船队中最大的“圣安东尼奥号”驶来。此时的“圣安东尼奥号”的船员正在熟睡，谁也不会料到在这个荒凉的、人类第一次踏足的海湾里会遭到同伴的袭击。卡尔塔海纳和科卡登上船后直奔船长室，将在睡梦中的麦斯基塔制服，戴上了准备好的镣铐[6]。舵手胡安·德·洛里亚加（Juan de Lorriaga）听到声响，立即冲出来，要求登船的西班牙人离开，凯塞达回答他：“我们不为一个蠢材卖命”，然后，他用匕首结束了洛里亚加的性命。[7]很快，船上的水手纷纷爬出船舱，所有人都意识到了这是一场叛乱。西班牙籍水手立即团结在西班牙船长周围，帮助他们制服了船上的所有葡萄牙人。控制了“圣安东尼奥号”后，西班牙船长们任命塞巴斯提安·埃尔卡诺（Juan Sebastián Elcano）为新任船长。

这样，在这片依旧平静的海湾里，麦哲伦和西班牙人的力量对比发生了关键性的变化。4艘有战斗力的船只中有3艘已经牢牢控制在西班牙人手中[8]，麦哲伦似乎败局已定。但是，西班牙人并不打算直接诉诸武力，因为这样的话，他们回国后即使不会遭到国王和人民的责难，也将终生背负叛逃的恶名，对于视荣誉如生命的西班牙贵族是不能容忍的。当黎明从东方升起，阳光扫清海面上的雾霭后，停泊在这片遥远海湾里的5艘船只依旧平静地在海涛中轻轻摇晃。一艘来自旗舰的小艇像往常一样来到“圣安东尼奥号”船边，招呼几名水手一起上岸寻取淡水。一名西班牙水手探出头来告诉他们：这艘船不再服从麦哲伦的命令。小艇上的水手闻声立即调转船头返回旗舰。

得到叛乱消息的麦哲伦眉头紧蹙，这是他那惯常的冷漠面颊出现的罕见表情，身边的船员从这一变化中看出了事情的严重性。很快，一艘小艇来到旗舰，西班牙水手带来一封西班牙船长的信。信中，西班牙船长态度依旧谦恭，他们请求海军上将能与他们坐下来平心静气地谈判。摆在麦哲伦面前的道路似乎只有一条，接受西班牙船长们的建议，打开沉默之口，承认自己的误判。如果他这样妥协了，那他就不是麦哲伦。在他孤独多难的一生中，绝没有出现过“妥协”的字样。

他当即扣留了送信的小艇，然后把自己信任的人召集起来。大家从他坚毅的眼神中已经预知他的决定。麦哲伦把手放在船队警卫、他最信任的水手贡萨洛·戈梅斯·德·艾斯皮诺萨（Gonzalo Gomez de Espinosa）的肩膀上。艾斯皮诺萨重重地点了点头，他已经领会了海军上将的意图。5名水手跟随艾斯皮诺萨乘坐小艇向“维多利亚号”驶去，船长门多萨看到旗舰来人，立即指令全体船员进入战斗状态。艾斯皮诺萨态度谦恭地要求上船把和谈的信件交给门多萨。看着几名赤手空拳的水手，门多萨答应了他们的请求。艾斯皮诺萨登上船，手里拿着信，向门多萨船长递过去。就在门多萨低头展开信的那一瞬间，一把匕首穿过了他的喉咙。正在船上的水手为这突如其来的行动惊得目瞪口呆之时，杜阿尔特·巴尔波查率领着15名全副武装的水手也登上了“维多利亚号”，迅速接管了船只。缓过神的西班牙水手看着倒在地上死去的船长吓破了胆。就这样，通过一次闪电般的突袭，力量的天平再次向麦哲伦倾斜。

“维多利亚号”与“特立尼达号”、“圣迪亚戈号”一起驶向海湾的出海口，堵住西班牙人控制下的2艘船的出路。西班牙船员们站在“康塞普逊号”和“圣安东尼奥号”船舷上注视着3艘船上黑洞洞的炮口和立于船首的海军上将，丧失了战斗的勇气，失去支持的西班牙船长们也只得放下武器。

叛乱失败了，叛乱分子无助地等待着麦哲伦的审判，谁也不知道，麦哲伦这个沉默冷酷的人会给他们的命运做出怎样的安排。不过，胆大心细的麦哲伦并没有草率地收割手下败将的头颅，而是召开了一次非常郑重的审判。他要求把原告、被告、证人的每句话都记录在案，他自己则充当法官，这是国王赋予他的“公正裁决”权力。他一方面要维护自己的权威，严惩叛乱，另一方面又要保存船队的人员数量。因而，他没有将所有的叛乱分子全部判刑，虽然他可以这样做。麦哲伦深知：他们不是为了相互战斗而来到这片荒凉海域的，他要有足够的人手去探险和发现，对于叛乱者，只需杀一儆百。于是，凶狠捅死水手洛里亚加的凯塞达被宣布死刑。凯塞达的仆人，一同参与凶杀的路易斯·德·莫利诺（Luis de Molino）被选作刽子手，因为如果他不执行这项让他一生蒙下阴影的命令，他的头颅将与自己的主人一起被挂到桅杆上，警示他人。为了保住自己的脑袋，他砍掉了主人的脑袋。从这点来说，麦哲伦是不人道的，但是，在船上确实无法找到愿意执行这项命令的其他人选。叛乱的总头目卡尔塔海纳当然也难逃厄运，作为国王任命的与麦哲伦享有同等地位的皇家官员，麦哲伦无法判处死刑，不过，在这片远离人类文明的荒凉之地，有一种比死刑更可怕的惩罚——放逐。与卡尔塔海纳一同被放逐的还有一位鼓动叛乱的牧师。

三、航向太平洋

叛乱被镇压了，船队又恢复了过去的平静。他们在圣胡利安海湾继续停泊，直到皑皑白雪的陆地上出现了些许春意。麦哲伦派轻快的“圣迪亚戈号”向南探航，其余人则上岸休整。他们在这片被上帝遗忘的土地上竟然意外地碰到了同类。这是一群处于文明之外的土著人，由于身材魁梧，长有一双大脚（patagao），他们称其为“巴塔哥尼亚人”（Patagonia）。南航的“圣迪亚戈号”被风暴卷到岸边，撞到了巨石上损坏了，幸好船员们全部幸存。2名水手奉命从陆地上返回报信，最终，所有船员都安然无恙地回到船队中。

1520年8月24日，在停泊了5个月后，麦哲伦命令船队继续南行。事实上，他们已经距离那条苦苦寻找的海峡只有3个纬度了。如果他们当初一鼓作气地继续航行三四天，就不必白白浪费5个月的时间等待了。然而，他们还将在这剩下的3个纬度里再浪费掉宝贵的2个月。2天后，他们到达“圣迪亚戈号”失事的圣克鲁斯河口。这里距离海峡仅剩2个纬度，如果他们继续南行，仅需2个昼夜。然而，麦哲伦再次命令船队驻泊休整。

1520年10月18日，船队在南美南端几个纬度的航程里耽搁了近7个月后，再次起程。10月21日，他们看到一个巨大的海湾。麦哲伦当然不敢肯定这是海峡还是大河口，他已经受过太多次命运的愚弄了。此时的麦哲伦已下定决心，如果这不是海峡，他就停止南航，转道向东，绕过好望角前往香料群岛或返回西班牙。他命令“圣安东尼奥号”与“康塞普逊号”向海湾深处探察。数天之后，归来的2艘船带来了好消息，他们虽然没有看到一望无际的大洋，但他们确信，那越来越宽的水路与始终如一的咸味的水流绝不可能是一条河。惊喜的麦哲伦虽然保持了平静的面容，但他的心脏早已剧烈地跳动起来。发现海峡的那天是“万圣节”，麦哲伦将其命名为“万圣海峡”[9]。他带领4艘船立即向纵深处航行。船队发现海峡的南侧在夜色中可以看到整夜不灭的火光，于是麦哲伦将其命名为“火地”（Land of Fire），他尚不知道这其实是一个巨大的岛屿，那些火光是土著人为了保存火种而昼夜燃烧的现象。

这条海峡并非如地球上许多著名的海峡那样有一条笔直的通道，它与其发现者麦哲伦多舛的人生一样，充满了激流、浅滩以及各种不得不做选择的岔道，有时水路突然变窄，似要合拢，然后又突然放宽，让人充满希望。对于这样一条阴森恐怖的海峡，只有极其出色的航海家才能顺利通过，麦哲伦这位善于驾驭苦难命运的人生舵手，成功地完成了挑战，征服了自然力抛给他的又一次艰险。当他们经过1个月的探察与航行终于看到浩瀚无边的“大南海”时，比加费塔记述道：“海军上将高兴地流下了眼泪。”麦哲伦穿过海峡发现的这片广阔大洋，正是巴尔博亚站在达连湾（Gulf of Darien）的山峰上看到的“大南海”。平静的海面直铺天际，与波涛汹涌的大西洋相比，它是如此的温顺，于是麦哲伦将之命名为“太平洋”。

进入太平洋，麦哲伦清楚香料群岛和富庶的中国就在彼岸，然而，此时他却必须再次面临重大的抉择。原来，船队中最大的一艘、携带着最多食物的“圣安东尼奥号”已叛逃回国。据后来得知，船上的西班牙人趁与其他船只分头勘探海峡航路时再次掀起叛乱，劫持该船后偷偷返航了。这意味着，船队失去了足够的食物和水手，以及一艘最好的航船。对于麦哲伦来说，找到海峡就意味着他已经发现了环球航路，如果现在返航，国王肯定会重新装备一支船队沿着发现的航路前往香料群岛，事实上，这也是最符合逻辑的想法。但是，他不想重复葡萄牙航海先驱迪亚士的命运。一生梦想前往印度的航海家迪亚士，为葡萄牙人发现了“好望角”，进入了印度洋，但在船员们的要求下，他返航了。可悲的是，前往印度的新船队直到10年后才启航，而指挥官已经换作了达·伽马，开辟新航路的荣耀也归到了达·伽马名下。数年后，迪亚士终于再次登上航船，本以为可以踏上印度的土地，却又悲剧性地葬身于好望角附近的风暴。作为葡萄牙人，麦哲伦对迪亚士的命运当然非常熟悉，这位百折不挠的人决定继续前行，航向他梦想的东方。只是他断然没有想到，这竟然是又一个悲剧的起点。

在麦哲伦海峡北部上岸休整后，1520年11月28日，麦哲伦指挥3艘船开始了他的太平洋之旅。他首先带领船队沿着南美大陆西海岸向北航行，28天后，转向西行。在航行中，麦哲伦发现2个巨大的星团在夜空中闪耀，仿佛装饰着灯火的云朵飘浮在暗黑的天际，为了纪念这一发现，后世人将之命名为“麦哲伦星云”（Magellanic clouds）。

太平洋太过平静，对于熟悉了风暴与巨浪的水手们来说，这似乎是天赐的美好，但慢慢地，他们就为这日复一日的宁静所烦恼。麦哲伦把太平洋估计的太小了，这个约占地球总面积1/3的大洋，东西宽度近2万千米，几乎相当于地球周长的一半，时间一天天过去，他们开始体会到绝望的感觉。比加费塔写道：“我们在3个月零20天的时间里没有吃到一点新鲜食物，我们吃的是面包干，后来连面包干也吃不到了，我们只能吃带有小虫子的面包碎屑，这种食物散发着像老鼠一样的臭气。我们喝的是已经发酵了多少天的黄浊混水……我们还吃了覆盖在横桁上的牛皮……还经常吃木头的锯末。大老鼠的价钱是半个杜卡特一只，但是，就是出这样的价钱还买不到。”[10]辘辘饥肠和坏血病夺去了许多船员的生命，而幸存下来的也已奄奄一息。

1521年3月6日，一名甲板上瞭望的水手高声喊叫着“陆地！”所有人都挣扎着跑到甲板上，那是一连串郁郁葱葱的岛屿。这是西太平洋的马里亚纳群岛（Mariana Islands），他们登上了群岛南部一个大型岛屿。岛上有汩汩的泉水、动听的鸟鸣，还有热情的土著。不过，土著人热情得过了头，他们登上船只，毫不客气地拿走任何有用的东西，完全把船员们当成了自家人。这并不难理解，因为他们尚处于原始民主制时期，没有私有观念。当他们要把旗舰上的小艇也划走时，麦哲伦下令反击。土著人根本不懂还击，利剑刺进他们的身体，他们竟然只是眼睁睁地看着，没有任何反抗，于是冲突实质上是一场屠杀。屠杀过后是放纵的掠夺。船上这群在浩瀚的大洋上饱受饥饿、疾病和寂寞折磨的水手纵情掠夺土著人的食物、水果以及女人。船队离开时，船员们给这个岛取名“强盗岛”（Ladrones Island），真不知道他们是指自己还是指的被他们屠杀、掠夺的土著人。