葡萄牙人攻下果阿后，浩浩****的舰队开始向“远东”进发了。占领马六甲并进入远东，一方面将使葡萄牙人的触角伸向香料的源头，从而独占香料贸易；另一方面可以彻底击溃阿拉伯人的贸易竞争。正如阿尔布克尔克所说：“如果我们把马六甲的香料贸易夺走，开罗和麦加将彻底崩溃，而威尼斯商人如果不到葡萄牙来购买，他们就得不到香料。”[3]
一、占领马六甲城
马六甲城位于马六甲海峡北岸，扼印度洋与太平洋咽喉，是东南亚香料的主要中转站。在阿拉伯控制印度洋贸易的时代里，阿拉伯人正是从这里载着一船船的香料进入印度洋，最终送往欧洲的。
葡萄牙对马六甲觊觎已久。早在1508年，葡萄牙国王就批示要与马六甲建立商业联系，并派出了迪亚戈·洛佩斯·德·塞克伊拉率领船队出使马六甲。1509年9月11日，塞克伊拉抵达马六甲港内，这是葡萄牙人第一次进入远东地区。他们看到了这座巨大的港口里停泊着数不清的船只，既有马来人的舰只，也有阿拉伯人和中国人的船队。
马六甲苏丹从阿拉伯商人那里早已听过葡萄牙人在印度洋上不光彩的残暴行为。在塞克伊拉向马六甲苏丹呈上国书后。苏丹假意表现出极大的热情，在友好的氛围下隐藏着一个可怕的阴谋：将葡萄牙人一网打尽。[4]葡萄牙人放松了警惕，许多船员还进入马六甲城的集市里玩乐，只有几名船长和少数水手留在船上。越来越多的马来人以送货的名义攀上葡萄牙人的船只，不久，苏丹王宫的方向升起了“攻击”的信号烟柱。登上葡萄牙船的马六甲人和岸上埋伏的人立即行动起来，多数葡萄牙人被杀。庆幸的是，一位叫麦哲伦的水手依靠机智和勇猛逃出了马六甲人的围攻，未来还有更重要的事业等着他。
葡萄牙人遭受袭击的消息传到阿尔布克尔克耳中，此时他在印度的征服事业正春风得意。听到消息，他立即大整军备，要为葡萄牙人复仇。1511年，他率领18艘舰船开赴马六甲。对于印度人、缅甸人和爪哇人等，他好言抚慰，保证不侵犯他们的商业利益；对于阿拉伯商人则予以沉重打击。分化瓦解的伎俩是葡萄牙人能够以一小撮兵力统治马六甲130年的制胜法宝。[5]
葡萄牙人为了巩固对马六甲的统治在东南方的海滨建立了一个坚固的要塞。这个要塞三面环河，一面朝海，地势险要。墙厚2.44米，当时的大炮也轰不开，上面还有7个炮台。要塞里面有总督府、教堂、礼堂和医院，成为葡萄牙帝国在东方仅次于果阿的统治中心。这里的驻军不多，一般约300人，但却能够抵御上万敌人的进攻。
占领了马六甲等于掌握了“摇钱树”。从1513年起，葡萄牙人转运的香料开始主宰欧洲市场，拿丁香和肉豆蔻为例，每年经葡萄牙人直接转运的数量分别达30多吨和10吨。[6]葡萄牙人不仅由此控制了香料贸易，而且通过控制这里实质上控制了整个马六甲海峡，他们强迫进出海峡的船只必须到马六甲贸易，并派军舰日夜巡航，向商船征税。对于不从者，没收货物，甚至强迫船员为奴。在1544年以前，马六甲港口的税收每年达1.2万～1.5万杜卡特，自1547年起，税收提高到每年2.75万杜卡特，到1600年甚至高达8万杜卡特。
控制了马六甲，葡萄牙人实质上打通了远东航路，把传统的阿拉伯－印度海上贸易网与西太平洋贸易网连接起来。下一步，他们的目标就是直航香料的源头——马鲁古群岛以及马可·波罗描绘的东方世界了。
二、到达香料群岛
在占领了马六甲之后，葡萄牙实质上已经将传统的阿拉伯中转商踢出了香料贸易，但他们不会满足，他们的目的是占有全部。这正是初生的葡萄牙人资本主义的贪婪。正如学者王加丰所说：“无限扩张正是葡萄牙人的思维定势”，“近代殖民主义者从来不为自己设定什么扩张的边界，唯一的边界就是他们自己是否还有扩张的潜力。”[7]葡萄牙意图垄断从源头到销售的整个香料贸易，使欧洲人餐桌上的每个胡椒粒都经过葡萄牙人贪婪的手。
香料群岛一般泛指东印度群岛，包括从马来群岛到印度尼西亚的大部分岛屿。最著名的香料产地是摩鹿加群岛，又称马鲁古群岛。这一群岛位于印度尼西亚东部，赤道从中穿过，这里潮湿多雨、气候炎热，最适宜各种香料作物的生长。1511年11月，阿尔布克尔克派安东尼奥·德·阿布雷乌（António de Abreu）率领3艘船从马六甲出发去寻找马鲁古群岛中的班达岛（Banda）。班达岛是当时世界上唯一出产肉豆蔻种衣（mace）的地方。这种香料既可以食用，也可以用作药材，在欧洲市场上的价格极高。
船队在一位马来人的领航下，向东经过爪哇（Java Island）和小巽他群岛（Lesser Sunda Islands），然后向北驶向班达岛。船队在班达停留了一个月，阿布雷乌在获得了大量的肉豆蔻后，满载而归。其中一艘船的船长弗朗西斯科·谢兰（Francisco Serr?o）奉命继续在这一带探险。1512年，谢兰的船只遭遇风暴，船体损毁严重，他本人被附近希图岛（Hitu）上的居民救起，从此开启了他在东印度的传奇人生。谢兰被带到马鲁古群岛中的特尔纳特岛（Ternate）。由于精明能干，他很快适应了当地的生活，并取得了当地苏丹的信任。他极力劝说苏丹与葡萄牙开展贸易，建立友好关系。在他的斡旋下，特尔纳特成为葡萄牙在东南亚香料贸易的重要中转站。
1520年，葡萄牙人占领了帝汶（Timor）。1521年，他们在特尔纳特建立了据点。1522年葡萄牙人到达今天印度尼西亚的首都雅加达。1564年，他们通过武力和胁迫将特尔纳特变成葡萄牙的属地。[8]这样，从马六甲至香料群岛的航路建立起来了。通常来说，葡萄牙船队沿婆罗洲南岸航行，横渡爪哇海，到达泗水附近，从这里经西里伯斯南部至马鲁古群岛。[9]葡萄牙成功地控制了香料贸易的源头，终于实现了近一个世纪的海外扩张的最初梦想，财富从这里滚滚流向里斯本。