周鸿祎在参加湖南卫视的一档娱乐节目时，看到马化腾的照片，鞠了一躬，微笑着说了句：你好，马总。可是当看到李彦宏的时候，他承认：当然，这个人是比较恨我。在众多的竞争对手中，他唯一承认真正跟他有仇怨的，就是百度。
于是，他在2013年10月份还发微博称，方舟子是被百度重金收买和利用的。这言论当然又会给他自己制造麻烦了。于是，方舟子起诉了他，理由是他侵犯了自己的名誉权。一纸诉状告到法院，索赔金额为20万元。
直到2014年1月末，北京市朝阳区法院才对该案作出裁决，判周鸿祎赔偿方舟子公证费1000元并支付案件受理费用1406元。方舟子没占到什么大便宜。
法院驳回了方舟子的其他诉讼请求，但是周鸿祎被判当庭向方舟子道歉。
真像当初朋友们告诫的一样，方舟子这个人一旦缠上谁，很难摆脱。
其实，在2010年，周鸿祎曾在微博中称赞过网络名人方舟子。那还是方舟子被所谓的“大铁锤”和“迷药”偷袭的时候，周鸿祎曾经有感而发，也许是从这件事情上看到了自己用360打假的影子。他直言道：“中国文化中缺少容纳偏执的基因，因为偏执的人不懂人情世故，一根筋，不知好歹。但是，如果一个像方舟子一样的人，即使偏执，即使一根筋，即使不受别人喜欢，如果他是在推动社会进步，如果他是在弘扬正气，那就应该给他鼓掌，让他接着干。反正我是坚决地支持他。”
可是现在，这个当初被周鸿祎坚决支持的“打假斗士”，怎么反过来打360的假了呢？
老周这时候才明白，当初自己全力褒扬并支持的那个“打假斗士”方舟子，可能本身就是一个应该“被打假”的对象。因为360就是做安全的，而360浏览器的推出上市，也是打着给大家一个安全的上网环境的旗号。因为360成立打假基金，就是冲着百度去的。
不过，方舟子此人可不完全针对周鸿祎一个人。他树敌多多，光是在2014年就有好几桩案子尘埃落定。他除了起诉周鸿祎造谣之外，还起诉了《法制周末》造谣说他“学术造假”，起诉“法制网”转载了《法制周末》的报道。而且更重要的是，他还起诉了崔永元。
但是这几件案子的审理结果，证明法院基本没把他太当回事儿。周鸿祎当庭道歉，不用公开道歉。《法制周末》不构成侵权，因为作为公众人物方舟子有公众影响力可以予以回应。而法制网只是转载，不构成侵权。至于崔永元，按方舟子本人的话，“法院总会找出奇葩理由判你败诉或者虽胜尤败。中国的法律还真就是个笑话。”对此，方舟子很不服气。
周鸿祎说方舟子被百度收买，百度在海淀法院起诉了360公司，法院判决360向百度道歉10天并赔偿5万元。周鸿祎毕竟没有任何证据。
而方舟子就不一样了，在《法制周末》和法制网两起案子的判决结果中，他都是被驳回诉讼请求并自己支付565元受理费的。所有案子加在一起，他不但没要到赔偿，反而还赔了一点。
也是在同一期湖南卫视的娱乐节目里，周鸿祎指着方舟子的照片说：然后他就开始骂我。不过他的对手也很多。俗话说，敌人的敌人就是朋友。所以，这些人都是朋友。老周圈了一下方舟子右侧的箭头指向的所有人。
2012年，方舟子曾经连发了十条微博，说360公司泄露用户隐私。他毕竟有一定人气和影响力，不过他是不会在乎当初周鸿祎曾经为他的影响力再度扩大而力挺过他的事实的。所以，一场360安全性能的大讨论就在网络上如火如荼地展开了。
为了澄清事实，为自己辩护，周鸿祎一改往日的讥讽口气，向用户和公众详细解释360对客户服务负责任的态度。他写道：360一向对用户的意见和批评都非常重视，因为用户的批评正是产品改进的机会。360建立了庞大的技术支持团队，在网络上听取用户的意见，帮助用户解决问题。如果用户在微博上批评360，360会第一时间跟用户取得联系，如果用户不能解决问题，技术支持人员会通过电话、短信、QQ等方式帮助用户解决问题，甚至登门解决电脑的问题。对于互联网公司来说，短信和电话等都是正常的客户服务方式。
应该说老周在处理方舟子的问题上，比以前有了更多的经验。以前的他，喜欢不按常规出牌，如果有人让他感觉恶心，他也用同样的方式去恶心别人，反而被人抓住了把柄，在道理上不占优势。也许他认为流氓就要用非流氓的手段对待，可是公众不知道事情的原委，只看你说话的态度。齐向东在这方面做得就比较得体。只要把事情的原委讲清楚，旁观者都能一眼看清这里面的恩怨纠结和孰是孰非。
所以，周鸿祎这次转变了说话方式和态度，站在义正词严的角度，认真地对方舟子的言论予以反驳，收到了比较好的效果。直到2014年，法院也没有让周鸿祎跟方舟子之间的案子有太不利于360的结果出现。
然而，面对来势汹汹的“打假斗士”方舟子的质疑，周鸿祎当时还是做出了必须正面痛击的决定。他一向的风格就是如此，从来没有从侧翼包抄过。只要是对手自己找上门来，休想让他怯战或不直接迎战。
所以，他立刻提出自己的想法，是“百度公司利用掌控的媒体资源和一些所谓的‘打假斗士’，抹黑360浏览器，试图以此遏制360搜索的发展。”
可以说，法院对于此案的了结，虽然又是以周鸿祎败诉而告终，但是也未尝不是让周鸿祎就此与方舟子了解纠缠的一个好办法。如果法院判决周鸿祎胜诉，方舟子一定会上诉，就成了周而复始的罗圈仗了。
但是，从法院的角度来讲，还是对老周在这件问题上的处理方式提出了意见。因为方舟子的质疑是建立在消费者意见和相关媒体报道的基础上，不仅是产品信誉问题，而且也关系到消费者隐私的安全。所以，周鸿祎的回应，应该主要围绕是否存在质疑中的问题这个话题，而不应该直接对方舟子本人进行人身攻击。而且周鸿祎没有就他的微博发言提供任何证据，因而构成侵权，应该承担相应的法律责任。