1932年李四光重返北大授课时，北大师生正准备为李大钊举行公葬。当时的葬礼分为三种：国葬、公葬和民葬。国民党统治时期，对李大钊当然不能给予“国葬”；民葬，李家又无力承担，李大钊牺牲六年后才得以入土，原因正在于此；最后不得不采取公葬方式。北大同事想予发起厚葬，李四光立刻将10元钱捐出，还特地定制了一只大铜墨盒，在盒盖上刻上李大钊的名联“铁肩担道义，妙手著文章”作为铭记。这个墨盒，常在他的身边，几十年如一日，走到哪里带到哪里，只要安居下来，就把它端端正正放在办公桌上，借以“如对斯人”。

南京政府时期，他亲眼看到国民党的腐败和国民党对科学的不重视，看到爱国青年受到追捕迫害。作为一名正直的科学家，李四光坚持真理，伸张正义，从不肯向黑暗势力低头。

所谓南京国民政府，实际是蒋介石的独裁政府。它的前身是第一次国共合作时期，由孙中山先生奠定的广州国民政府。1927年4月12日，蒋介石发动反共政变，4月18日在南京另立国民党一党专政的统治机构，改称南京国民政府。7月15日，以汪精卫为首的武汉政府也宣布反共，与蒋介石一道形成“蒋汪合流”的统治集团，从而揭开第二次国内革命战争的序幕。

1931年，日本侵略军向辽宁、吉林、黑龙江三省发动全面进攻。次年，东北全部沦陷，爱新觉罗·溥仪在日本帝国主义扶植下成立傀儡政权，时称“满洲帝国”，亦即满洲国。这便是李四光创建中研院地质研究所的时代背景。

从1931年秋开始，李四光兼任北大地质系系主任和教授职务，直到1936年暑假还领着四年级毕业生上庐山实习。这期间，他经常奔波于南京与北京之间，除及时指导两地科研工作协调开展而外，还继续投入自身拟定的研究项目。

1933年6月18日，中研院总干事杨铨惨遭蒋介石的特务杀害，李四光非常愤怒和悲痛！

杨铨是蔡元培的得力助手，更是李四光的创业支柱，三人在共同的事业中结成密不可分的友谊。李四光所在的这座办公大楼，就是在杨铨亲自张罗下才拔地而起的。这些年来，李四光致力于学术，杨铨忙于管理，两人谁也离不开谁。这期间，杨铨还积极参加爱国民主运动，兼任“中国民权保障同盟会”总干事，被害之前正为营救被反动政府逮捕的进步人士而积极奔走。蒋介石非常憎恨这个组织，早想借机消灭，慑于发起组织者宋庆龄、蔡元培等人的崇高声望而不敢公开下手，就把打击目标锁定在杨铨身上。

其实，此前李四光已经知道杨铨曾收到多封国民党特务装有子弹的恐吓信，甚为杨铨的安全担心。这一次，蒋介石终于下了毒手。国民党特务为了掩人耳目，没在南京下手，而是在上海的海亚尔培路开了枪。

李四光接到蔡元培由上海发来的急电，马上赶到上海，参加了19日蔡元培主持的会议，并参加了20日的送殡仪式。

返回南京，李四光的心情依然难以平静。他将此前蒋介石的“四一二”大屠杀和日寇侵占东北的不抵抗态度等联系起来一并思考，更加认清了蒋家王朝的实质，对其专制政权不抱任何希望。

他要抗议！他要斗争！

他决定把自己最近确认而尚未命名的一个蜓科新属命名为“杨铨科”，以纪念这位勇敢的好友。他愤然提笔：“杨铨先生的惨死，凡是为科学事业忠心服务的人，都不能不为这种令人沮丧的境遇而感到痛心！”

他以此向全世界宣告：“各国古生物学者们，只要你们查索蜓科化石的谱系，都将看到在被黑暗笼罩着的30年代的中国，曾有一位热心为科学事业服务的人被杀害了！光荣将属于被害者！耻辱永远是属于刽子手的！”

杨铨遇难，但中央研究院不能少了总干事，蔡元培有意让李四光出任。李四光推辞说，自己有可能在年底去英国讲学，无法胜任。他特意推荐了丁文江，表示相信丁文江能干得很好。

事实上，杨铨遇刺身亡后，当时的大多数学者们“百感丛生，悲愤无状”。对研究院事业，他们有危机感的共识。对后继人选，他们也有唯丁文江是举的共识。李四光等老朋友积极劝说丁文江能允就总干事一职，初遭丁文江拒绝。

6月23日，丁文江赴美国参加第16届国际地质学会大会，会后在美访问。此间，代理总干事丁燮林与李四光、傅斯年等人联名致函丁文江，极力劝他出任总干事。他们在劝驾长函中，字斟句酌，如泣如诉，于公于私，于情于理，甚至用激将法迫“丁大哥”就位：“目下研究院之局面，自有其困难处，非振作一下不易保得住。不保得住，则以前所费之国帑，吾等所用之心血，皆付流水矣。环顾学术界人士，更无他人有此魄力。见义不赴，非所谓‘丁大哥’也。”

在信中还有几句话，显然出自李四光和傅斯年(历史语言所所长)之肺腑。他们了解丁氏是以学术为重的人，因此说：“地质、史语所皆在北极阁下建屋，地质所年底可成，史语所初春可成……兄可在其中开若干工作之室，参考资料、辅助人员，皆易接近。总干事一职，初任时自然甚忙；数月之后，必能腾出甚多时间，自己做工。此吾等就事实考量之言，绝非虚语也。”