西太后在反对维新变法行动方面雷厉风行，结果也招致了南方各省一些人的愤恨。接下来，保皇会宣布建立，目的要辅助皇帝。上海租界里的报纸每天发表文章，对西太后进行诋毁攻击，肆无忌惮，荣禄也成为民众攻击的目标。如此的言论，很明显是逃跑的维新人士蛊惑所致。内容还涉及朝廷的行为意在排斥汉族的大臣，言说在不长的时间内，国内重要的职务都要被满族人占据，以此煽动汉族人的情绪。此时，全国各个省份都有排外情绪，倡导这样论调的人，看到西太后反对推行新政，对西方人充满仇恨，就开始用这样的论调取悦于国民和西太后。但凡具备这样主张的人，都居心叵测。

满族人御史会章上了一个奏折，在开头首先对朝廷严厉惩治维新派的业绩大加称颂，这样足足让西太后永刻荣誉史册，接下来的奏折上又说南方各省的情况，近来有传言说朝廷处斩的新党都是汉人，称皇上太后意欲牺牲汉民之利，提高满人之地位。我朝一向对满汉一视同仁，这一点大家都知道，然而康有为余党却以此为据，危及朝廷。末尾还说：“根据微臣的意见，应该选择忠心正直的汉族人给予特别的犒赏”，那么，人心就会平静下来，舆论就会改变论调。假如一个人犯了罪，并且已经得到了应有惩罚，可此人依然对国家忠心耿耿，这就需要对此人加以奖赏。之前几个月，有人上奏折对维新党人进行诋毁，反对新政的推行，那就应该得到升迁。在这份奏本的末尾还说，只要汉族大臣对朝廷忠诚并且爱戴超越满族大臣的人，非常难得。奏折所言其中很多对于国家非常有益，西太后肯定也极为认同。

于是，西太后马上下达谕旨告诫天下的官员，要用名教和纲常作为自己的责任，共同来维护对朝廷的忠诚，做政府工作要勤奋，还要倡导节俭，禁止奢侈。之前皇帝所罢免的官员，如许应骙，西太后都要恢复这些人的职务；皇帝启用的官员，则要全部罢免干净。这样的谕旨下达之后，没有一人敢上疏替这些人说话，只有甘肃藩司增厚出面保举翁同龢。西太后听说后马上大动肝火，立刻罢免了他的官职，自此再也没有人敢因此而上疏了。平定了北京城内的许多事情之后，西太后开始将眼光放到各省的事务上。当时，两江总督刘坤一以生病为由，请求辞职。西太后非常严厉地批评了他，说朝廷给了他优厚的待遇，绝对不能以小事推卸国家的要务职责，应该忠于职守，谨慎替朝廷选拔下属的官员，以此报答朝廷的恩惠。至于翁同龢，西太后对其尤其愤恨，尽管已经准许他辞职回家，但依然认为他有很大的罪责。另外，翁同龢一直以来和荣禄是仇敌，荣禄根本不会替他说好话，所以西太后就以皇帝的名义下谕旨痛斥翁同龢。

当时，翁同龢返回原籍江苏常熟县居住，直至光绪三十年（1904）病逝。但凡了解翁同龢的人，都对他充满了敬意和爱戴。翁同龢为人处世与其他人有明显的不同。中国的一些高官，既然已经离职在家，肯定就会把国家大事抛至脑后，一心追求安逸和享乐。翁同龢则不同，他性格坚强，根本不向敌对势力屈服，尽管此刻赋闲在家，依然在为国家大事操劳，忧国忧民的心思没有改变，还期望有朝一日能官复原职，继续辅佐皇帝推行新政。翁同龢属于地方官严格管控的人，因此他时常受到烦扰，每月必须要去知县衙门拜访三次，表面看起来非常谦虚恭敬，可内心非常窘迫。翁同龢每次都会跪在地上对知县说：“大人奉朝廷的谕旨秘密看管翁同龢的所作所为，因此特别来到县衙听候大人的处分，以便让大人履行朝廷的旨意。”知县此刻往往也非常为难，原因是翁同龢之前职位是军机大臣，掌控国家重要事务，还曾经做过皇帝的师傅，时下尽管已经被革职在家，可今后的事情很难预测。除了去拜访知县之外，翁同龢就依靠文学创作自娱自乐，他在家的信件，曾经一度刊刻并在民间流行，情怀非常淡雅，言辞超俗，读书人阅读后都佩服得五体投地。翁同龢虽然被罢免职务，但并没有被查抄家产，所以可以安享晚年。相比在朝廷上为国家事务操劳，此间倒也很快乐。过世之后，翁同龢的文章和品德流传很广，敬仰他的人越来越多。他的一张纸或几个字都被人们看作珍宝一样收藏。

由于皇帝之前推行维新变法新政，将科举制度废除了，西太后感觉国家内部的一些人士对此怨气很大，就准备下达谕旨恢复科举制度。如此，一些守旧的文人，纷纷赞颂西太后的美德。古时候的科举制度非常严密，试卷都是密封的，结果在维新变法被废除，如今又全部恢复。