光绪皇帝以国事为重，一心想变法，迫切希望将国家治理好。但戊戌政变之后，皇帝只剩下了一个空名声，所有的维新条款都被取消了，改革变法彻底失败了。当初，西太后感觉皇帝已经长大成人，就停止了自己的垂帘听政，让皇帝亲政。令她没想到的是，皇帝竟然启用新上任的官员，开始快速变法维新，有将国家搞乱的可能。大臣们请求西太后再次垂帘听政，也实属天意。西太后此刻只得重振雄心，于是，同治皇帝去世时发动辛酉政变的情景再次出现在世人面前。结果天意该如此，军政大权再次落入西太后手里。至于西太后采取什么样的手段来促成这样的结果，那就没有追究的必要了。当初，同治皇帝年纪轻轻地就去世了，多半是由于西太后专政的原因。因此，此次西太后再一次垂帘听政，那还有什么值得新奇的呢？

皇帝已经丧失了所有的权力，心中只剩下满腔的忧患。西太后如今依然步步紧逼，每天叫嚷要废黜皇帝，其实是真心想在宗亲内部寻找一个年幼平庸的孩子来坐皇位。不过，如此一来，南方督抚很多人对此表示强烈抗议，欧洲的一些国家也准备干涉，西太后只得谨慎行事。当时，国内外都在盛传皇帝难以自保，再也没有权力处理国家大事了。皇帝在宫中跟幽禁差不了多少，不过还需要每天去上朝，召见大臣，跟木偶差不多。八月初八，朝廷大臣聚集在一起，皇帝向西太后跪行三拜九叩的大礼，恳求西太后管理国事。下午，荣禄带领一支人马护送皇帝到月坛祭拜，自此，皇帝就变成了地位很高的祭司。那时候，皇帝在眨眼间被剥夺了所有的尊贵和威望，还要被幽禁在寂寞冷清的西苑瀛台，他的心情应该如何？

斥责完皇帝后，西太后就开始处理国政。尽管已经退出朝政很多年了，可重新掌控朝廷之后，西太后精力依然不减当年，还想努力重振朝纲，以此平息国内外的议论。西太后首先罢免了对光绪皇帝忠诚的大臣，然后提拔忠于自己的人。她下达谕旨，警告宗室王公大臣：“如果有人对太后不忠，就消除他的爵位”，正如之前处理载垣一样。西太后坐镇不乱的能力超群，在平息争斗方面也有过人的本领，戊戌政变就是最明显的例证。没多长时间，西太后宣布将贝勒载澍终身监禁（到宣统皇帝继位时，载澍才被摄政王重新启用，并且，同日还罢免了袁世凯的职位），原因是载澍曾经协助光绪皇帝维新变法。载澍的夫人本来是桂祥之女、西太后的侄女，维新变法开始时，载澍就向皇帝提议断绝西太后干涉朝政的路子。结果，他的夫人向西太后告密，载澍就受到了处理。

戊戌政变以后，北京城的舆论对维新变法持有不同的观点。不过，官员们多数都是唯利是图，非常无耻，他们关心的根本不是国家大事，遇到事情就含糊其辞，都想明哲保身，因此都附和西太后的意愿。而且，西太后了解毕士马克（现在译俾斯麦）转移舆论的手法，首先在宦官里面散布一些信息，很快就会在官员里出现了，最后变成了“皇帝竟然要阴谋加害西太后，实在是不孝顺。皇帝还要让外国洋人来帮助，这严重违背了祖宗法纪”。如此一来，即便是非常开明的人士也难以替皇帝辩护。当时的舆论就认定，光绪皇帝根本没有治理国家的本领，西太后掌控朝廷是顺理成章的事情。这种论调让外国使馆的洋人也信服。在光绪皇帝加紧维新变法的时候，洋人都在不停地歌颂他，都感觉一个新的中国即将出现。变法失败了，也没有感觉到丝毫的遗憾。但是，形势很快发生了急剧的变化。当时，外交形势瞬息万变，确实让人感觉惊异。光绪皇帝维新改革，外国人本来是热切盼望的，西太后也是许可的，可如今呢？眨眼间已经物是人非。1898年6月，英国的使者宣读了光绪皇帝变法的谕旨以后，感觉中国很快要觉悟了。10月之后，维新变法失败了，康有为出逃上海，英国领事用军舰护送他去了英国的殖民地。可是，没有多长时间，形势又发生了变化，变成“西太后其实是为了保护自己才被迫废除了维新条款，并且，西太后感觉西方制度不合乎祖宗法制”。在两个月的时间内，克劳得·麦克当罗得告沙礼士侯（现在译作克劳德·麦克唐纳，在历史上曾经三次出任英国首相）说：“中国的西太后64岁大寿时，在大殿召见了七位太太（外交使节夫人），还用精妙的言辞让她们感动。”随后，西太后领着七位太太进宫，用非常高的礼数接待了她们。皇帝也参加了，还和这些太太们握手。这样的言论就是让洋人看的，如此外国人就没有不同意见了。