光绪二十四年（1898）八月，即农历七月末，西太后已经秘密联合了守旧顽固势力，只不过谋划了方案，并没有发动对维新派的行动，也是准备等到了九月初，皇帝陪同西太后天津阅兵之后再动手。如此的宫廷内幕鲜为人知，估计西太后想到天津和荣禄密谋之后再开始行动，重新掌控天下大权。当时，南方很多省份都不满西太后的做法，西太后想先稳住这些人。在准备还没有完毕之前，西太后肯定不会冒然采取行动。光绪皇帝于八月初一在颐和园召见了袁世凯，谈话时间很长，言辞间都涉及国家的腐败和必须推行新政的内容。当时，袁世凯是直隶按察使，他得益于李鸿章的赏识，升迁速度非常快。对袁世凯不利的是，他是朝廷派往中国附属国朝鲜的常驻军统领。当时，日本干涉朝鲜的东学党政变，袁世凯就向李鸿章奏请增加朝鲜的驻军兵力。结果，日本以此为理由发起了甲午中日战争，袁世凯因此惹了一身的祸。皇帝发现袁世凯对新政的推行很支持，就对他充满了信任，感觉自己又要添加一位干将了。当时，皇帝发动政变已经骑虎难下，即便困难再大也难以停下。不久前康有为还建议皇帝凡事要自己决定，西太后为此还斥责皇帝，不要轻信康有为之言，说不应该袒护康有为。皇帝心里清楚，荣禄肯定会尽力向西太后效忠的。假如西太后此时宣布要重新执掌国家政权，那北京的所有满族大员肯定都会听从，即便是汉族大员也无人敢违抗。皇帝感觉能支持自己的只有两个人：广东人张荫桓，贵州人李端棻。要铲除反对势力，想把北洋新军掌控在手里，必须铲除荣禄。走这一步，万万不可以让西太后知晓。因此，康有为和侍御史杨深秀，军机处章京谭嗣同、林旭、杨锐、刘光第等人秘密帮助皇帝制订的计划是在天津都督府杀死荣禄，然后调遣一万新军昼夜进军北京城，将西太后围困于颐和园，拘押刚毅、裕禄、怀塔布、许应骙等反对者至刑部大牢。为此，皇帝召见袁世凯时特意问了一句：“假如派你去统领军队，你能对朕忠诚吗？”袁世凯答：“微臣一定会向皇上效忠，以此报答皇上的知遇之恩。只要微臣有三寸气在，一定时刻铭记报答皇上的大恩。”袁世凯的诚恳态度溢于言表，此举让皇帝感觉很宽慰，就特意下了一道谕旨：
现在练兵紧要，直隶按察使袁世凯，办事勤奋，校练认真，著开缺以侍郎候补，责成专办练兵事务，所有应办事宜，著随时具奏。当时时局艰难，修明武备，实为第一要务。袁世凯惟当勉益加勉，切实讲求训练，俾成劲旅，用副朝廷正饬戎行之至意。
皇帝此次召见袁世凯时，并没有命令他去铲除荣禄。袁世凯从仁寿殿退下来之后，西太后随后就召见了他，然后细心查问皇帝召见他的情景，随后叮嘱袁世凯：“你的分内之事就是整顿陆军，皇帝给你的谕旨还能说得过去，可皇帝如此下达谕旨，肯定是有些匆忙，哀家估计皇帝肯定有其他的用意。你等皇帝下一次召见之后，再来向哀家请示。”接下来，西太后派人将皇帝请过去，言说康有为在外边诋毁太后，非常放肆，对太后极不恭敬，要求皇帝缉拿康有为归案。当时，西太后已经感觉到康有为妄图消除自己的权势了，只不过没有给皇帝讲明。不过，处死荣禄，然后派军队包围颐和园的方案，当时太后还毫不知晓。西太后一如既往斥责皇帝，说他最近一段时间对自己的态度变得不恭敬，如此是违背孝道。皇帝被迫给西太后允诺，一定缉拿康有为归案。当天下午。西太后依然在昆明湖游玩。皇帝亲自草拟了一道谕旨，然后派心腹送出宫去。从谕旨的内容上看，皇帝的手笔还很幼稚：
谕，工部主事康有为，前命其督办官报局，此时闻尚未出京，实堪诧异。朕深念时艰，思得通达时务之人，与商治法。康有为素日讲求，是以召见一次（按：其实皇帝曾多次召见他），令其督办官报，诚以报馆为开民智之本，职任不为不重，现筹有的款，著康有为迅速前往上海，毋得迁延断望。
接到皇帝的密旨，康有为清楚事情已经非常紧迫了，所以第二天早起就乘坐第一班火车出了京城。到了塘沽，随后搭乘轮船赶赴上海（根据1899年第一号蓝皮书第410号函件记载，康有为后来在英国的庇护下逃出国门）。得到康有为出逃消息的西太后万分恼怒，马上致电荣禄捉拿康有为。但是，接到电报的荣禄并没有采取任何行动，其中原因让人难以理解（康有为尚未到达天津时，西太后的电报已经到达天津）。估计，当时的荣禄还不知道康有为准备设计谋处死他，要不也不会任凭他出逃吧。康有为对荣禄极其憎恶，将荣禄和西太后摆到一样憎恨的位置。说实话，当初荣禄也曾极力向皇帝举荐康有为，到了临终前，荣禄还时常说自己是“康党”，事情显得很有趣。西太后了解之后，还时常谈笑间戏问荣禄：“从你的好朋友那边得到了什么？那位奸臣没良心，他最终背叛了你。”
八月初二的早晨，皇帝召见维新党人士林旭，另外还召见了袁世凯。在皇帝面前，袁世凯努力表示自己对皇帝的忠心。结束召见之后，皇帝回宫，妄图在紫禁城实施蓄谋已久的计划，不准备在颐和园进行。究其原因，或许皇帝感觉颐和园里的宦官都是西太后心腹。此时的皇帝还踌躇满志，依然期待自己的计划能够变成现实。这一点，从皇帝次日的谕旨可以看出来：一道是下令新开办的学堂都要用外语给学生教学，还有一道是严饬地方官员，尤其是县令，必须廉洁奉公。
袁世凯在初五早晨向皇帝请命前往天津。在乾清宫，皇帝秘密召见了袁世凯，事先做了周密布置，严防此次召见的消息外泄。古老的大殿陈旧而昏暗，早晨的太阳光透射进来的很少，皇帝最后一次端坐在不久之后将要被西太后重新霸占的金龙宝座上面，向袁世凯诉说了自己定的秘密方案，下令袁世凯到天津去，要在都督府将荣禄处死，然后带兵昼夜返回北京城，包围颐和园并拘押西太后。皇帝交给袁世凯一支令箭，以此作为执行皇帝军令的依据。随后，皇帝又交给袁世凯一道谕旨，表明袁世凯办理钦差事务结束之后，即可升任直隶总督，让袁世凯来京城面见皇帝。袁世凯叩头谢恩，退朝之后没有向任何人泄露这次召见事宜，随后乘坐火车去了天津。此刻，西太后从颐和园转移到了西苑，早起八点还来到宫里祭祀蚕神，皇帝到瀛秀门前去迎接。
袁世凯中午抵达天津后，径直前往总督衙门。见到荣禄后，说：“皇上此次派我来杀你，但我却不愿谋害兄长，背叛太后。”闻听此言，荣禄说要立即回京，星夜求见太后。荣禄当即乘坐专车回了北京。荣禄在下午5点到达北京之后，随即就进入西苑，直接走进西太后的宫里。按照惯例，外省官员进北京城，假如不是奉皇帝或者西太后的谕旨召见是绝对不可以进宫的，而且宫廷门卫制度谨严，外人绝对不能随意进出。荣禄此刻顾不上禁令，根本不用禀告，径直就来到了西太后面前，然后就跪了下来说：“救命啊，老佛爷！”西太后就说：“你在紫禁城里有什么大事需要我去救命呢？这里没危险，宫廷里也不是你避难的场所。”接下来，荣禄就把皇帝秘密政变的方案详细地向西太后做了汇报。西太后听完，果断刚毅的性格马上就显露出来了，她马上开始采取行动，如此就是西太后能够在所有大变故中胜出的原因。西太后给荣禄下令，马上传唤自己亲信、守旧党大员们，即刻到西苑面见她。此刻，皇帝还在宫廷内。军机大臣、满族王公贵族有不少人去了西苑（庆亲王请假没有到西苑，此人遇到危机大事都会这么做）。各部尚书里边被皇帝罢免官职的只有两人：许应骙和怀塔布，二人此刻都跪在西太后面前，恳求西太后出面掌控朝廷大权，挽救大清王朝的危局，不要让清王朝发生异变。这些人很快商定，由荣禄的军队代替紫禁城的侍卫，命令荣禄即刻回到天津去等候西太后的诏书。到了半夜，西苑的会议才结束。第二天早上五点半，皇帝像往常一样来到中和殿，开始审阅礼部上报的祭文，估计是为秋季社稷坛祭祀做的方案。皇帝刚刚走出大殿，就有侍卫走过来跟他说，奉了西太后的命令，请皇帝去一个地方。就这样，皇帝就被引进西苑湖里的一个小岛——瀛台。接下来，皇帝被告知说，西太后很快就过来。此刻，西太后却以皇帝的名义下达了一道谕旨：
现在国事艰难，庶务待理。朕勤劳宵旰，日综万机，兢业之余，时虞丛脞。恭溯同治年间以来，慈禧端佑康颐昭豫庄诚寿恭钦献崇熙皇太后两次垂帘听政，办理朝政，宏济时艰，无不尽美尽善。因念宗社为重，两三吁恳慈恩训政，仰蒙俯如所请，此乃天下臣民之福。由今日始，在便殿办事。本月初八日，朕率王大臣在勤政殿行礼，一切应行礼仪，著各该衙门敬谨豫备。
西太后接下来又下了一道谕旨，“革去侍御史宋伯鲁的职位”，说“他的声名很恶劣，还引荐了奸党康有为、梁启超他们”。宋伯鲁之所以如此招西太后厌恶，原因是他最近上了一份奏折，内容弹劾西太后品行不良。不过，宋伯鲁并没有参加康有为等人的政变密谋，因此，西太后并没有对其痛下杀手。西太后在李莲英的陪同下来到瀛台，下令李莲英用自己的属下顶替了皇帝原来的宦官。皇帝之前的身边宦官，一部分被处死，另一部分被充军发配。有一个人曾经在西太后弟弟桂祥那边了解了部分当时的情况，他是这样叙述的：
西太后非常严厉地斥责皇帝说：“我早就决定要赦免你，暂时还替你保留着皇位，不过，今后将要对你严密监视。”有人开始严密监视皇帝言行举止，并随时向西太后汇报。西太后还说：“皇帝要维新变法，本来我是答应了的。可是，没想到的是，皇帝竟然这样愚昧糊涂，胆子也太大了，所造成现在的局面。”西太后责问皇帝：“你怎么会忘记我对你的恩情呢？从你五岁开始就把你接进宫来，还让你当皇帝，把你养大成人，然后还把国家大权交到你手里，这都是我对你的大恩。”西太后还对皇帝说：“你自己命苦却不愿意接受，被人教唆得像木偶。认不清形势，亲贵大臣竟然没有人愿意支持你，都请求我来执政。汉人大臣里边尽管有人支持你，可他们都是奸臣，我肯定会处理他们的。”珍妃（所有嫔妃里边唯一受到皇帝宠爱的人）跪在皇帝面前，恳求西太后饶恕皇帝的罪行，不要再斥责皇帝，并且还说“皇帝身为全国人民的君王，即便是太后也不可以随随便便废黜”。西太后听到这话非常恼火，下令“把珍妃囚禁到宫里的一个房间内”，到了1900年，即光绪二十六年义和团运动的时候，西太后找机会处死了珍妃，平息了自己多年对珍妃的怨气（八国联军侵入北京，西太后和朝廷准备出逃，西太后让人把珍妃推到井内）。西太后还下令她的侄女皇后留在皇帝身边，以此监视他的言谈举止，并随时向西太后汇报。皇帝除了皇后、宦官、侍从外，不能够召见任何人。但当着皇后的面，皇帝可以召见人。因此，皇帝毕生的事业，连同他谋划的变法政策，都变成了泡影。皇帝在瀛台被幽禁23个月之后，最后给自己弟弟的遗言不过是“要记住我一生的冤屈和苦闷，为我复仇”罢了。对于荣禄，皇帝反倒饶恕了他，评价他说“他向太后尽忠是应该的，这是他的职责所在。我既然想处死他，他自认不会对我忠诚”。西太后既然如此残酷地对待皇帝，可皇帝也并不怎么怨恨他。皇帝说：“我既然想谋杀太后，太后肯定要对我恼怒。”而袁世凯却不一样，他当时曾经信誓旦旦地保证要效忠皇上，但最后却背信弃义，卖主求荣。后来，袁世凯任直隶总督，皇帝被迫召见他，却不愿与之说话。这就是戊戌政变后来的情况。