皇帝再次下达谕旨，下令整顿驻防在京师的满族军队，此前军队的腐败状况在一定程度上得到了整治。皇帝还下令各个省份广开学堂，学习新学。其间，有一个名字叫文悌的御史，他上了奏本弹劾同僚宋伯鲁、杨深秀二人，言说他们因为和许应骙有隔阂，就上奏欺骗皇帝，引发皇帝和西太后之间的矛盾。这个奏本引得皇帝大动肝火，马上罢免了文悌的官职，还斥责他胡说八道，挑拨是非。文悌就恳求怀塔布去颐和园向西太后求情，西太后没有应允，估计是不想因为这点小事让皇帝为难。西太后就这样平静地观察着维新派的行动，目的想让他们放火自焚，自取灭亡。西太后任命自己的心腹裕禄进入了军机处，这样一来可以利用裕禄掌握国家政治局势的内部情况，裕禄上任后就联合刚毅开始极力反对维新。裕禄在1900年被任命为直隶总督，他协助刚毅剿灭入侵的洋人。当时的军机处的顽固分子有三个人：刚毅、王文韶、裕禄，这股势力极大地阻扰了新政的推行。不过，这股顽固势力想违抗皇帝的旨意，必须还要争取西太后的协助，和荣禄结盟。

就在此时，一名侍御史在奏折中写错了一个字，结果被皇帝责备了一顿（皇帝开始非常重视此类事件，为此很多新官员都很小心）。皇帝在几天之后又下达一道谕旨，废除殿试中大卷、白折（指旧时科举中用的书体，其体式与馆阁体相同）的体制，即以后殿试、朝考中不再考书法写字一科，这非常明显出自康有为的建议。六月初八，皇帝谕旨再次下达，传令全国统一设立官报局，康有为被任命为上海总局的总办。此类官报都由地方政府设立，其用意是让国民及时了解国内国外政治形势，开启老百姓的智慧。所有开办的经费和日常支出均由政府拨款。每出版一期，都需要向上交付皇帝审阅，军国大事都能够自由评判，不用顾忌。康有为在朝廷的命令下开始草拟官报开办的章程。六月二十三日，皇帝再次下达一道谕旨，命令“所有官吏必须实心办理新政，不能像之前那样墨守成规，敷衍塞责”，谕旨还强调：“总的来说，中国当前面临的问题在萎靡不振，头脑麻痹，积习太深，因此所有官员都需要努力振奋精神。陈宝箴担任湖南巡抚以后，一心整顿，结果有很多官员对其乱加指责，肆意刁难。如此，即便是士绅也会随声附和，此乃不顾大局的做法，蓄意阻扰新政的推行，必须严惩，绝不宽恕。”谕旨上还说：“当前正是危急之时，必须将之前的错误当作教训，今后做事要谨慎，不要再犯类似错误，如此才可以踏踏实实落实穷则变、变则通、通则久的真正意义。开办的所有事情，都是必须办理。朕反复清楚地重申此旨意，尔等做臣民的所有人也应该好好反省一下，努力去掉自身被蒙蔽、被遮掩的一些问题，上下同心，一心为国。如此一来，国家的安定，国力的增强，就有了希望。”

光绪皇帝还下谕旨，下令开设水师学堂，准备为将来重振海军打基础。另外，在北京设立铁路局、矿务局，准备筹办全国各地的路矿。还增设译书局，出版国外政经科学著作。另外，皇帝的另一道谕旨尤其让京城的人们吃惊，即“核准荣禄的奏折请求，朕要在九月初五这天，乘坐火车陪同太后赴天津城检阅军队”。荣禄尽管对推行新政充满怨言，可在整顿陆军方面表现得非常积极。京城里的那些守旧派人士，听到西太后和皇帝要冒险乘坐火车去天津，而且还要放下帝王皇家的尊贵身份，都非常吃惊。值得肯定的是，西太后非常高兴，言谈之余说自己从未坐过火车，第一次坐，肯定非常有趣。皇帝还有一道谕旨说，“撤销所有多余、不够恪尽职守的官员”。其实，官员们吃着国家的俸禄却没有实心实意为国家做事，这样的弊端已经延续了很长时间了，有许许多多的人就是依靠这样的机会来谋取锦衣玉食的。如今要被撤销，很多人愤怒万分，感觉这么做“极大地违背了祖宗的章法”，他们都非常迫切地恳求西太后能保全职务，让皇帝收回这样的命令。可是，两天以后，皇帝的又一道谕旨更加让人们吃惊：礼部尚书许应骙、西太后的亲信怀塔布一同被罢免了职务，原因是因为他们扣压了礼部翰林王照的一份上疏。

王照上的奏本内容是恳请皇帝陪同西太后出国游历。首先应该去日本，然后依次去往欧美的一些国家，所有这些让守旧派听起来都倍感吃惊、不知所措。推行新政的诏书迅速而有力，让一些顽固的大臣被迫联合起来到颐和园求救于西太后，恳请西太后重新掌控朝政。西太后叮嘱他们要忍耐一段时间，不要心急。从这些话里可以感受到，维新派的危机快来了，只是还没有启动。

本来就清楚自己前途难料、困难重重的康有为发现西太后居然没有任何举动，就误认为西太后此刻心态难定，可以乘此机会加紧推行变法新政。于是，康有为就奉劝皇帝说：“西太后答应推行新政，并非出自本意，其实是在暗地里反对变法维新。中国要想自立自强，西太后就是最大的阻碍，是西太后导致了今天的政治腐败。国家每天都必须要拿出巨大的费用让西太后享乐的原因是什么呢？”他劝解光绪皇帝“不要心存疑虑，应该大胆果断，首先调兵包围颐和园，然后将西太后拘押到紫禁城，最后将其囚禁在西苑的小岛上面，让西太后在那里度过余生。接下来，皇帝要再下一道谕旨，罗列西太后的罪状，并强调今后永远不许西太后掌控国家大权”。上面的这些话，是康有为在皇宫的一个密室里向皇帝面奏的，但还是被一名宦官偷听到了，这名宦官随后就向西太后做了汇报。这个宦官是李莲英的属下，职责是专门监听皇帝的谈话。当时，有人曾经提出了探监密探的事，并且还列举了很多可信的证据。分不清形势的光绪皇帝听信了康有为的言辞，不过暂时还不想发起政变，准备到天津检阅军队之后再办理这件事。皇帝心里清楚，要想发起政变，一个最大的前提就是军队必须要听从自己的命令，而时下直隶的新军都在荣禄手中掌握。荣禄是西太后的心腹，只要他手中一天有兵权，康有为的政变计划就一天不能执行。西太后做事向来相当机警沉稳，其权势也根深蒂固，如今皇帝想拉拢几个新上任的官员和西太后对抗，结果可想而知。西太后暗暗开始了布置，表面异常平静，皇帝就感觉西太后此时尚未拿定主意，正是自己大显身手的好机会。其实，皇帝的处境已经非常危险了。当时，推行新政维新变法的诏书非常多：首先下令北京城要修建新马路，其次要整顿国防，接下来还下令八旗子弟如果愿意出京城，随意。七月二十七日，皇帝再次下达谕旨，即为推行新政维新变法的最后一道谕旨：

国家振兴庶政，兼采西法。牧民之政，中外所同，而西人考究较勤，故可补我所未及。今士大夫囿于成见者，谓彼中全无条教，不知西国政令教学，千端万绪，主于为民开其智慧，延人寿命，凡生人应得之利益，务令推广无遗。朕夙夜孜孜，改图新法，岂为崇尚新奇，乃眷怀赤子，皆上天之所畀，祖宗之所遗，非悉令其康乐和亲。朕躬未为尽职，另以各国交迫，尤非取人之所长，不能全我之所有。朕用心之苦，而黎庶犹有未知，咎在不肖官吏与守旧大夫，不能广宣朕意，乃至胥动浮言，使小民遥惑惊恐。山陬海澨之民，有不获闻新政者，朕实为饮恨。今将改行新法之意，布告天下，使百姓咸喻朕意，共知其法之可恃，上下同心，以成新政，以强中国，朕不胜厚望。著查照四月二十三日以后，所有关于新政之谕旨，各省督抚均迅速照录，刊刻誊黄，切实开导。著各省州县教官详切宣讲，务令家喻户晓。各省藩臬道府，饬令上疏言事，毋得隐默顾忌。其州县官应由督抚代递者，即由督抚将原封呈递，不得稍有阻格。总期民隐尽得上达，督抚无从营私作弊为要。此次谕旨，并著悬挂各省督抚衙门大堂，俾众共观，庶无壅隔。

读其诏书内容，看到后来的变故，不仅使人感慨万千。自此之后，西太后就再次掌控了大权和朝政，短暂的皇帝执政期就成为了历史。