翁同龢的奏本得到了皇帝的采纳，光绪皇帝就在这年农历四月二十八（即公历1898年6月16日）召见了康有为。翁同龢曾经给自己朋友廖寿丰说：“此次召见的结果可以决定我本人的去留。假如康有为能够迎合皇帝的意愿，我就可以留任，否则我只能辞职。”还说：“假如龙舟节依然例行赏赐，那就用不着担心，危险就消除了。”从中可以发现，翁同龢清楚自己已经得罪了西太后，唯恐自己也会面临张荫堂的处境。当时，张荫堂也曾因为政见不合而引起西太后不满，随后被罢免官职。康有为应召之后，光绪皇帝非常高兴。康有为就恳求皇帝保留张荫堂的职务，以至于到了后来变法实施过程中，张荫堂颇受光绪皇帝的器重。不过，西太后非常厌恶张荫堂，正在寻找铲除他的机会。翁同龢在当月请了几天病假，估计是他已经预料这几天会出现大变动，所以才请了假，回避几天。光绪皇帝在下达决心变法的谕旨之前，还特意来到颐和园向西太后做了禀告并进行了商议，还特别召见了荣禄。西太后给皇帝说：“只要在不违背大清祖宗法纪、不损害满洲势力的情况下推行新政条款，我是不会干涉的。”另外还说：“翁同龢必须铲除，不能再犹豫了。”“此人最近不断蛊惑人们排斥满族人，恐怕要危及朝廷。”荣禄向光绪皇帝举荐了一位维新人物：湖南巡抚陈宝箴之子。这件事似乎很风趣，荣禄在开始并不是极力反对变法的人，后来是因为形势所迫，以至于到后来势不两立，即便是前边自己举荐的人，他也被迫当作仇敌。走到这一步，荣禄并非是忽然间改变政治立场，真实原因是当时维新派已经将他们逼到了危险境地，而他们的所作所为太超乎人们的预料了。

殿试将在第二天公布，正如皇帝所说，这是旧科考制度下的最后一次科考。初始考定的状元是一位江苏人，西太后却换成了一位贵州人，足见西太后对翁同龢的憎恶，以至于牵涉到了翁同龢的故乡。为此，皇帝又下达了一道谕旨，勉励皇族子弟出国留洋，鼓励亲王、贝勒出国游历，去考察外国的政治制度。满族王公看到这阵势都非常震动，感觉“这样等于破坏了中国的礼数，将满洲人的势力推到危险境地”。这道谕旨下达后的次日，翁同龢的假期就到了，他回朝和军机处同僚去接受太后召见，等他接过一份上谕来看，竟然是罢免他职务的谕旨。这是光绪皇帝亲政后西太后首次公然干涉朝政，意图袒护满族人，也想保全皇帝。谕旨内容是：

谕，协办大学士、户部尚书翁同龢，近来办事都未允洽，以致众情不服，屡经有人参奏。且每于召对时，咨询之事，任意可否，喜怒无常，词色渐露，实属狂妄任性，断难胜枢机之任。未应查明完办，予以重惩，姑念其在毓庆宫行走有年，不加严谴。翁同龢著即开缺回籍，以示保全，特谕。

从另外一道谕旨中能够明显看出皇帝在西太后权势之下。谕旨中称：“凡是二品以上官员，受任之初，要亲自到太后那里谢恩。”这道谕旨有些奇怪，大约从中日甲午战争之后，西太后除了万寿日和有特别重要的军机大事外从来不召见大臣。另外，那天还有一道谕旨，内容是提拔荣禄做直隶总督。皇帝在次日召见了荣禄和康有为，指令荣禄训练天津陆军，还特意说：“朕希望你能够忠心协助推广新政。”皇帝让荣禄退下后，随后召见了康有为，时间长达几个小时。如此召见，朝廷档案记录只有这一次。其实，皇帝后来还类似召见了康有为很多次。

康有为非常憎恶西太后，可心里也害怕西太后，所以就在皇帝面前极力诋毁她，说：“西太后并非真正支持新政的推广，只不过是假装附和而已。”还说：“西太后生活奢侈，不顾国家民生，只顾娱乐。南方民心生变的原因就在于此。”康有为还攻击西太后的隐私，将其和武则天相比肩。他还奉劝光绪皇帝将西太后打入冷宫：“太后如果插手，将会是新政推行的最大障碍。”光绪皇帝被康有为的言辞所打动，因此将很多变法谕旨都让康有为起草。有人认为，康有为并非真正忠诚于皇帝，他就是妄图得到皇帝的信任，以此得到大权。假如真的铲除了西太后，柔弱的皇帝更加容易掌控，康有为就可以大权在握了。因此，康有为极力诋毁西太后和荣禄，并非全部出自忠心，而是他隐藏在背后的野心。康有为估计也清楚只要西太后一日控制朝廷，他的野心就难以实现，其地位也就更加难以巩固。