光绪二十四年（1898）初，军机处官员包括恭亲王、礼亲王（其子迎娶了荣禄的女儿，和荣禄成了儿女亲家）、刚毅（此人是顽固派头领，是挑动义和团动乱的人物之一。此人的一句话一直让中国的青年人铭记在心：“开办学堂，不过能让汉人的智慧和见识增强，让我大清朝廷增加危险。只要发现能读书识字的人必须铲除，斩草除根，不可以放掉一个。”）、廖寿恒、翁同龢。这一年，西太后依然在颐和园居住，且有两个人相伴，一位是荣禄的夫人，另一位是继嗣的公主。据说，这段时间，西太后在颐和园内有时划船，有时看戏，有时写字画画解闷，日子过得非常清闲自如。不过，宫廷内部的一些事，到时候都会由刚毅、礼亲王二人向西太后汇报。西太后偶尔也去宫内居住一两天，而皇帝也会在每月抽出五六次机会去颐和园向西太后问安。表面上，皇帝和西太后的相处非常融洽，每逢遇到国家大事，皇帝一定会向西太后禀报，西太后下达谕旨。西太后的神色平和而喜悦，可有时候也会对皇帝发脾气，尤其是对待手下人非常不好。所有这些，都是李莲英让宦官给西太后说的，中间故意夸大事实，以便自己从中牟利。时间一长，皇帝也清楚了西太后的性情。西太后每次回宫的时候，皇帝肯定会在大门口跪着迎接，小心翼翼地按照礼数行事，丝毫不敢怠慢。假如皇帝要去颐和园请安，肯定会跪在门外等候西太后传令，绝对不敢直接走进西太后的卧室。所有这些，都是大总管李莲英一手操持，他时常让皇帝在西太后门外跪很长时间，有时甚至能达到半个小时才让进去，故意不给皇帝传令。皇帝每次去颐和园，也会像一些大臣一样必须给宦官们送银子贿赂。有一些狠毒的宦官根本不把皇帝放在眼里，对其态度还不如另外一些满族贵族大臣。在外面，皇帝的地位非常尊贵，可外人真不知道皇帝在宫中是这种情况。因此，了解内情的人都认为他并非天子。所以，光绪二十四年（1898）变革的时候，皇帝决心之果断让宫廷所有的人无不惊讶，众人这才知道皇帝的性情并不懦弱，他也有叶赫那拉氏的血统。

翁同龢是大臣里面皇帝最信任的人，也是皇帝的师傅。在中国和日本作战正激烈之时，皇帝罢免了军机处的其他人，翁同龢进入军机处。光绪二十年（1894）之时，身为皇帝师傅的翁同龢，因为在皇帝5岁时进入宫中而成为南方维新党在北京的领袖人物。翁同龢是江苏人，而江苏正是近代文学最兴盛的地方。翁同龢学问很深，属于当时的泰斗级别，他没有把浅薄而顽固的满族王公大臣放在眼里。同样，汉族官员里守旧迂腐的人，翁同龢同样瞧不起。当时的朝廷内部分为了两派，北派有两位领袖，徐桐和李鸿藻。徐桐学问很深，尽管是汉人，可思想和满族人非常接近，曾经做过同治皇帝的师傅。李鸿藻是直隶人，曾经和翁同龢一同进入军机处工作。南派的大臣中也有两位领袖，其中之一就有翁同龢，另一位叫潘祖荫，也是江苏人，二人学问相差无几。朝廷中的两派此长彼消，关系举足轻重，最终成为戊戌变法的主要诱因，也成为西太后重新执掌大权的主要因素。后来的义和团动乱，根源也在这里。

这四个人20年来在北京都身居高位，并且还时常在一起争论问题，成为北京城里官员们茶余饭后的谈资。不过，这四人名气很大，且廉洁奉公，后来的一些官员有许多都出自他们四人门下。相对来说，依附翁同龢和潘祖荫门下的人比较多，所以，徐桐和李鸿藻非常妒忌。光绪二十五年（1899）的殿试，李鸿藻是主考官，潘祖荫是副主考。潘祖荫想让江苏人得状元，遭到李鸿藻的拒绝。结果，李鸿藻将状元给了直隶的一个人。潘祖荫感觉这是李鸿藻心怀私心，所以更加嫉恨他。

俄国人在光绪六年（1880）占领伊犁，当时徐桐和翁同龢都是尚书，翁同龢力主对俄作战，徐桐也赞成。到了朝廷上决议之时，翁同龢就将主张同俄国作战的想法提了出来，感觉徐桐肯定会支持自己。令他没有想到的是，徐桐忽然改变了之前的主张，孤立了翁同龢，此举造成双方的矛盾更深，以至于后来发展成了仇敌。翁同龢和荣禄也有隔阂，原因是翁同龢曾经在光绪六年（1880）揭发过荣禄的私事，致使荣禄被罢免职务，所以遭到荣禄的记恨。荣禄是满族人，所以和北派的关系搞得很好。

朝内两派存在矛盾的时间已经很长了。1894年，即光绪二十年，翁同龢与李鸿藻一起来到军机处工作，导致暗斗更加激烈，以至于扩大到宫廷里边。北派有西太后的袒护，而皇帝则对南派偏爱有加。当时，很多大臣都被冠以“本党”、“翁党”的称谓，后来则直观地改称“太后党”和“皇帝党”。其中，“太后党”也有一个别名叫“老母党”，“皇帝党”的别名叫“小孩班”。潘祖荫和李鸿藻在光绪二十三年（1897）先后得病去世。随着李鸿藻的离世，徐桐就将矛盾的焦点对准了光绪皇帝，还一度将皇帝称作汉奸。徐桐曾经是同治皇帝的老师，还在西太后面前有着非同一般的势力，皇帝对其恨之入骨，想将徐桐逐出军机处。在光绪十三年至光绪二十四年，即1887—1898年，皇帝只召见过徐桐一次。徐桐与刚毅关系不错，而刚毅则对汉人充满了敌意，并且不管是南方人还是北方人。宫廷里边矛盾重重，其实都是刚毅挑拨的原因。1897年，刚毅请求皇帝下达谕旨，加紧对满洲军的训练。皇帝说：“我感觉你似乎认为满洲军队擅长作战。我告诉你，他们没有一点用途。”刚毅碰了一鼻子灰，找机会就将这些话转告给西太后，还给很多满族贵族都说了，言辞间还添油加醋，说皇帝是满族的仇敌，将很多重要职位都给了汉人。那些王公大臣听了，很快就对皇帝心生怨气。

朝廷内的矛盾不仅影响了内部工作，而且还让外交工作困难加大。西太后属下的宗亲贵族、满族大员们都力主和俄国结盟，皇帝、翁同龢以及南派一些人则主张和日本友好，认为日本国在明治维新之后国力不断增强，中国应该效法。作为主管外交事务的重臣，李鸿章此刻在朝廷中的影响已经今非昔比。从甲午中日作战之后，李鸿章的言辞在国民面前遇冷，而李鸿章则主张和俄国结盟。亲贵中领袖人物恭亲王见多识广，处事干练，即便是西太后有时候也不得不向他请教，满族贵族里只有恭亲王和汉人能够相处，还和南派关系很好，比较欣赏翁同龢的文采。已经在家里赋闲14年之久的恭亲王和中日甲午战争没有丝毫关联，后来才和翁同龢一同进入军机处。当时曾经发生了一件外人都无从知晓的事件，翁同龢因为对某些问题的看法而得罪了西太后，心中非常不踏实，就妄图通过领差去俄国祝贺其国王加冕而回避西太后。大约在1895年，即光绪二十一年，翁同龢在毓庆宫的相关职务被一道谕旨罢免，导致翁同龢失去了向皇帝秘密进言的机会，而这样一来，翁同龢的宿敌就可以随时进宫中伤他。甲午中日战争后，恭亲王主政军机处，可他于1898年在心肺上得了重病，皇帝陪同西太后亲自到恭亲王府邸探视三次，还传令御医前去医治，但最终没能挽回恭亲王的性命。恭亲王在四月初十病逝，西太后为此降谕旨：

谕，朕钦奉慈禧端佑康颐昭豫庄诚寿恭钦献崇熙皇太后懿旨：恭亲王奕??，谊笃亲贤，久襄密勿。溯自同治初元，予与孝贞显皇后垂帘听政，其时东南未靖，国事多艰，恭亲王翊赞谟猷，削平大难，论功行赏，特命以亲王世袭罔替。三十余年，恪恭奉职，殚竭忠忱。其间养疾家居，旋复起膺机要，朝夕从事，力任其难。二月之杪，旧疾举发，予率皇帝节次亲临探视。方冀安心调理，可即就痊。不意本月初十日，遽尔长逝。时事方殷，失此良弼。予怀震哀，曷可胜言！本日临邸奠醊，追维畴昔，眷念勋劳，恭亲王著赐谥曰“忠”，入祀贤良祠，守卫园寝，添设丁户，四时祭祀，官为经理。伊孙溥伟著即日承袭亲王，用示笃念宗亲，怆怀贤辅至意。

仔细阅读这份谕旨，从中可以发现，尽管西太后已经不再垂帘听政，可军政大权依然掌控在手中。光绪皇帝也下达了一道谕旨，充其量只不过是西太后谕旨的附庸。西太后后来还下达了一道谕旨，勉励群臣学习恭亲王对朝廷的忠诚。在谕旨的末尾有句重要的话，言说恭亲王的遗折中曾经劝告皇帝“凡事都要谨遵太后谕旨行事”，还说“应该整顿吏治、整练陆军”等。恭亲王的过世给朝廷造成了很大的影响，让宗室亲贵丧失了一位经验丰富的领导者，这里说的是皇族内部。就国事来说，很多满族贵族宗室们愚昧无知，不仅排斥汉人，还敌视西方，唯有恭亲王能够利用威信遏制他们。在道光皇帝的儿子里唯一健在的就是恭亲王，因此更加显示其地位的尊贵。恭亲王才干过人，为国家立下了汗马功劳。朝廷中能够反抗西太后指令的只有恭亲王，这一点其他王公大臣都难以做到。假如恭亲王健在，庚子年间的义和团运动肯定不会发生。皇帝事事都需要跟恭亲王商议决定，如今他去世了，这才贸然信服康有为的言辞，最终发生了戊戌变法。恭亲王并不顽固守旧，主要是康有为所提倡的政策一多半都是恭亲王难以接受的，所以他要排斥。翁同龢丧失了自己能够倚重的人。恭亲王在世时，的确非常实诚地袒护翁同龢。恭亲王过世不长时间，翁同龢就向皇帝举荐了康有为，还说康有为有超越自己十倍的才能，妄图让皇帝信任康有为，以此协助南派对抗满族亲贵大臣，对抗自己的宿敌刚毅、徐桐二人。可令他没有想到的是，康有为得到皇帝重用之后就谋划对抗西太后。实际上，翁同龢举荐康有为就是想巩固自己的地位、扩充自己的权势而已。