光绪十三年（1887），皇帝已经十七岁，到了亲政的岁数，这是祖宗定下的章法，不可以更改。所以，西太后任用的官员都深感不安，担心皇帝亲政后自己的位置难以保存。所以，当西太后下诏准备让皇帝亲政后，很多官员纷纷上奏请求西太后延长垂帘听政的期限。到了1889年2月，即光绪十五年，皇帝大婚后（迎娶了西太后弟弟桂良的女儿做皇后），垂帘听政才暂时告休。

西太后这年55岁，近30年以来一直掌控着中国的大权，是真实的皇帝。退下来是西太后本身不愿意的事情，可当时形势很不利，和外国交涉困难非常大。处于那个位置非常难过，而且不管是谁都一样。因此，西太后准备将重任放下来安度晚年，于是就开始修筑颐和园，以此作为今后隐居的处所，从一位日理万机之人向娱乐闲坐之人转变。如今，光绪皇帝已经成年，再不亲政，肯定会招惹大量的非议。有人感觉，此时的西太后尽管在外表上不理朝政，可并没有失去权力。她人在颐和园，精神却都放在了紫禁城。这种说法有一定的可信度。不过，总体上说，西太后退下来到颐和园的时间共10年。期间，西太后除了敛财之外，并没有参与朝政，可也不是一点也没有过问政事。她在颐和园修养，依然依靠自己的势力对皇帝进行监视，对自己任用的官员加以保护。诸如李莲英一类的人，依然在朝廷里保存着权势。

西太后选自己的侄女做皇后用意非常深远。之前，她为同治皇帝选智勇双全的阿鲁特做皇后，结果时常和她对着干，最终到皇后死了才算消停。因此，西太后这次有了经验，她给光绪皇帝选皇后，都是利用自己的心腹，以此监视皇帝的行径，随时报告。皇后果然正如西太后希望的那样，表面上似乎与世无争，但性格和西太后非常相似。皇帝和皇后发生不愉快是家常便饭，这一点大家都清楚，可每次发生争执，皇后都会占上风。如此一来，皇帝很宠爱珍妃和瑾妃。皇帝亲政时，叶赫那拉氏家族里几位有势力的贵族提出，此时应该巩固自己家族的位置，请求西太后给予皇帝的父亲醇亲王更高的名号，基本上就是皇帝的名号。西太后没有答应这样的要求，其实是照顾了醇亲王的想法。从这件事可以发现，中国的政坛时刻都在暗流涌动。

河道总督吴大澂此时也上了奏本，他首先将醇亲王治理海军的大功说了一遍，随后称赞醇亲王忠心平和的品行，还说醇亲王是皇帝父亲，理应得到尊崇，符合以孝道治理国家的意图。在这个奏折中，吴大澂还引用了孟子的名言“圣人人伦之至”，还举了历史上的例子。在宋朝的濮仪（宋仁宗没有后代，去世后以濮王赵允让的儿子赵曙继位，即宋英宗。继位之后，宰相韩琦等一些官员提议讨论新皇帝生父的名分问题，因此引发了一场朝野党派的论战，历史上称“濮仪”）、王珪、司马光等一些人与欧阳修的观点有明显差异，宋高宗赞成欧阳修的提议。明世宗提起追封自己父亲皇帝的名号的想法，朝廷大臣就开始发生争执，乾隆皇帝亲笔书写予以批驳，同意加赏称号。清高宗的言论成为后代的金科玉律。所以，奏本上引用了上面的言论来证明自己观点的正确性。奏本末尾有这么几句，大意是：本年（1889）二月初三，在皇太后归政时期，想请求下谕旨召集大臣开会，商议醇亲王名号礼节问题，详细情况已经写在奏本上，希望皇太后下诏，向天下人宣示，以此向天下表示皇帝孝敬情怀，不要让臣民失望……

奏折上如此内容，肯定是在其他人的授意下写出来的。西太后正好借助这个奏折表示了自己的心意，抓住机会赐予醇亲王名分和恩惠。

1875年，醇亲王曾经上过奏折，他在奏折中猜疑有些无耻献媚和图谋不轨的人妄图借助西太后赏赐给自己的名分事件结党营私，还表达了自己的态度，表示不愿意接受这份名分，还奉劝西太后今后要防备一些无耻之人乘机献媚钻营，欺骗朝廷获取高官厚禄。这就是醇亲王原来奏折的意思。这些问题，现在尚不能说已经解决。后来，摄政王载沣参政之后被再次提及，结果不得而知。

西太后归政之后没多长时间，醇亲王得了重病，终于在光绪十六年（1890）过世。在前一年时，就有人上奏，期望西太后和皇帝亲自去探望病重的醇亲王，结果遭到西太后的痛斥。此类事件在西方也有，伊丽莎白也处理过同样事情。西太后尽管反对这样的做法，可依然时常到醇亲王府上去探望。醇亲王自始至终是西太后的心腹，待遇高于其他王爷很多。去世之后，西太后很痛心。醇亲王活着的时候时常做西太后的参谋，西太后为此非常思念其才干。醇亲王性情刚烈，曾经在中法作战期间的朝廷会议上说：“即便是将天下拱手交给洋鬼子，也不愿意让汉人得到。”这种言辞被人们永远铭记在脑海中难以忘怀。这些话传到广东人耳朵里，人们都非常痛恨，排满思想更加强烈。醇亲王去世后，西太后下达诏书，赞扬醇亲王管理水军、陆军非常到位（醇亲王管理的水军和陆军水准，在三年之后得以“验证”，中日作战就是铁证）。在这份谕旨中，还非常详细地说明了醇亲王葬礼如何办理，还用西太后的名义赏赐醇亲王陀罗经被，并赐予“皇帝父亲”的称谓。隆重的葬礼成全皇帝的孝敬心理，还说明不要太奢侈，以免损害醇亲王一生崇尚节俭的品德。西太后的这些指令，正如她日常主政那样公正无私，既预防了过分的做法，还可以让皇族的人了解醇亲王并没有得到过分的荣耀。依照乾隆朝的先例，醇亲王的府邸被下令分成两处，一处供奉醇亲王的列祖列宗，一处是光绪皇帝出生之处。