同治皇帝的葬礼过去后，其金棺椁也选择良辰吉日安放了，至于他将来子嗣的问题，也伴随着吴可读事件进行了解释和允诺。这样一来，国家局面渐渐平静下来，两宫皇太后依然按照之前的惯例垂帘听政。很快，光绪皇帝渐渐长大了，而且和慈安的关系非常好，当时的宫里人都感觉到了。究其原因，无外乎慈安太后性情温和，不似西太后那样冷面严肃，所以小皇帝才敬爱慈安太后。光绪小时候活泼好动，时常跑到东宫去玩耍，不和西太后接近，此举让西太后心情不爽，感觉小皇帝内心倾向慈安太后，心里难以承受，并且，此时有人在西太后耳边进谗言，说慈安太后暗地蛊惑小皇帝反对西太后。这样一来，两宫皇太后之间的隔阂不断加大。

西太后对小皇帝和慈安太后亲近感到恼火，还担心慈安如此一来会得到皇帝的喜欢，因此，西太后严密监视着小皇帝的一举一动。西太后非常清楚慈安的性情，了解她并非自己的对手，可真要联合皇帝的话，就会蛊惑皇帝跟自己作对，那么自己的处境就危险了。随着皇帝的渐渐长大，西太后的防备心理也不断加深。之前，乾隆皇帝曾经有个妃子非常奢侈，并且还喜好游玩，结果遭到了母后的冷落，到后来被赐死。西太后非常担心自己将来也遭遇这样的下场，所以才加强戒备。后来发生了一件事，导致两宫皇太后之间发生了很大的争执。光绪六年（1880），两宫皇太后去东陵祭祀，当时皇帝刚刚九岁。恭亲王认为，慈安皇后应该在西太后前面进入祭祀，慈安也是这样的想法，因此两人在咸丰皇帝的灵柩前开始了激烈的争吵。慈安认为，西太后在咸丰皇帝在世时只是一名嫔妃，到咸丰皇帝驾崩之后才升级成为了太后。既然身为嫔妃，那祭祀时理所当然排在自己后面。慈安还准备将左边更加尊贵的位置留给已经过世的咸丰皇后。咸丰皇后尽管去世在咸丰驾崩之前，可在名义上依然是咸丰皇帝的正牌皇后。西太后感觉此事肯定是恭亲王挑拨，所以坚决不退让。最终，祭祀依然按照西太后的想法进行。这次在祖宗陵墓前，当着众大臣的面发生争执，西太后感觉非常有失大体，并且也是对先人的诋毁和不尊重。此事非常明显是有预谋的，所以对慈安太后更加抵触。（到皇陵来祭祀的活动中，此类争执事件经常发生，这能够引起人们的注意。其实，后宫妇女长时间在宫内，倍受压抑，往往都会借此机会发泄。宣统元年即1909年时，同治、光绪的嫔妃和隆裕太后也是因西太后的安葬爆发了巨大争执，以至于不肯回宫，准备永远留在陵墓，最终在王公大臣的劝说下才回京。）

此时，作为步军统领的荣禄有保护銮驾的责任。回京之后，荣禄也因为一件事情让西太后生气了。西太后本来非常宠信荣禄，可这次并没有饶恕他。当初，咸丰皇帝驾崩在热河之后，西太后在挫败载垣集团、同治皇帝驾崩后新皇帝继位一系列事情上都得到了荣禄的协助，所以非常宠信荣禄，让他做内务总管，可以随便进入宫内。光绪六年（1880），荣禄与同治皇帝的一个嫔妃出现了暧昧事件，光绪皇帝的老师翁同龢将此事告诉了西太后。当时，宫内都在传说，西太后在这个嫔妃的屋内看到了荣禄，这个罪名非常大。荣禄因为这件事情被罢免了职务，此后的7年间总是赋闲在家。性情刚毅的西太后在这方面很公正，即便是自己的心腹，犯法也不会饶恕。可事情过后不久，西太后就蒙生了悔意，荣禄如此忠诚的奴仆，是没有人能够替代的。智勇双全的荣禄非常忠诚于西太后，西太后对他也非常依赖。如今失去了，尽管不习惯，可罪行非常大，根本不可以立即起用，不然就会在朝廷上有失尊严。并且，对于荣禄不能轻易放过的问题，主要原因就是要推翻自己当初的决定。可是，西太后总感觉此事有点蹊跷，猜疑是慈安在背后谋害荣禄。

1881年3月间，两宫皇太后又因为总管李莲英的骄横发生争执。慈安感觉，李莲英是西太后的心腹，眼里只有西太后，根本没把自己放在眼里，瞧不起自己，于是其他宦官也开始学习李莲英的做法。另一个原因是，李莲英权势很大，很多人称呼他“九千岁”，位置仅次于万岁爷。两宫皇太后为此发生激烈争论，几乎无法调解。有人猜疑因为西太后无法容忍这次的怒火，最终导致了慈安太后的死，还有传闻说慈安太后是中毒而死。在中国宫廷，产生这样吓人的传闻很正常，尽管无法让人信服，可也不是凭空捏造。值得肯定的是，但凡遭到西太后猜疑的人，或者威胁到她权力的人，都没有长寿。这不得不让人起疑心，不可能都属于巧合。不然，人们绝对不会相信这样的传闻。起初并没有有关慈安太后生病的消息，忽然间就过世了，确实非常奇怪。依照当时的朝廷谕旨，慈安太后过世时间是三月初三。大丧的期限，按照惯例从27个月减为27日。