西太后刚刚执政的时候比较温和，还能听从恭亲王的劝告，联合慈安太后任命恭亲王担任摄政王职务，并下令，摄政王世世代代能够沿袭王位。恭亲王极力回绝这次任命，两宫皇太后就极力坚持，最终在恭亲王再三恳求下，两宫皇太后收回了任命。其实，有两宫皇太后辅政，根本用不着其他人再来辅佐。西太后一直挂念着恭亲王在热河曾经协助自己的大恩，就加封恭亲王女儿为大公主，还特许可以用黄色轿子，所以恭亲王一度权势很大。在西太后开始执政时，因为许多事情还比较生疏，且北京城里派别林立难以掌控，又不擅长外交事务，担心局面不好控制，所以恭亲王就成为了西太后的亲信。恭亲王摄政时间比较长，历经很多大事，犹如西太后的左膀右臂。时间一长，西太后渐渐熟悉了朝中的国家大事处理方法，刚毅的性情渐渐显露出来，她不喜欢别人干涉自己的事情。西太后非常聪慧，加之博览群书，在用人做事方面非常得民心。对之前信任的大臣，慢慢开始疏远，西太后开始独揽朝政。

西太后性情本来如此，可恭亲王本身不甘心退居幕后，其性情野心和西太后难分上下。西太后慢慢对恭亲王开始疏远冷遇，恭亲王渐渐感觉到难以容忍，所以，二人的关系再也不像之前那样亲密了。接下来，西太后就鼓励慈安遇到一点事情就给恭亲王“小鞋子”穿，和谐相处的境况难以恢复到从前。恭亲王在用人时，无论升迁还是罢免，都不会和西太后商议，自己一人决定。各个省份的大事，恭亲王都一人操作。后宫和朝堂之间的矛盾慢慢滋生起来，开始互相掣肘。

当时，人们都感觉恭亲王如此对待两宫皇太后有些过分。恭亲王感觉自己已经掌握了大权，开始操控所有，骄横是难免的。

西太后在一次召见恭亲王时，恭亲王居然对她们说：你们之所以有今天的地位，都是因为有我。西太后绝对不会容忍这样的话。西太后召见大臣的时候，都会坐到大殿的宝座上，面前还要隔着黄色的帘子，被召见的人是不会看到太后的。召见时，人要分开进入。恭亲王借助议政的理由，时常先进朝堂。宝座周围就有殿前的宦官，出现大臣失态，宦官都能看到。没有总管宣旨，无论什么人都不能擅自进入。但是，恭亲王多次没等宦官们宣旨就直接进入大内，感觉自己能够超越这些宫禁制度。

执政时间一长，西太后渐渐感觉到恭亲王和制度背离，妄图蔑视君王。大臣的奏折要经过西太后问询后才可以回答。有时候，西太后已经说完，恭亲王就假装没听见，要求西太后重复一遍。西太后说完话，恭亲王回答时常用大嗓门，骄横的态度让西太后难以容忍。

在宫廷之外，恭亲王和国内外的官员自由来往，恣意妄为，根本没有拿西太后的旨意当回事。西太后密令宦官监视恭亲王，随时汇报他的行踪。西太后渐渐失去了对恭亲王的信任，这一切从情理上讲都很正常。

西太后感觉到恭亲王的权势非常大，经常妄图超越自己的权威，因此就决定警告他一下，让他清楚国家体制是不可以随便超越的。人事方面的权力，必须要西太后决断。假如不是西太后的意思，立即就会被罢免。

西太后开始寻找机会，准备报复恭亲王。到执政的第四年，即1865年4月，机会终于来了。这天，恭亲王在回答西太后的问话时，竟然不守规矩地擅自站了起来，这种做法绝对违反了朝廷制度。朝廷制度规定：被召见的大臣，绝对不可以忽然站起身，这项规定主要是避免大臣有非常举动而威胁到皇帝安全。宦官向西太后做了禀报，西太后大声说：“恭亲王忽然起身，唯恐有其他用心，这样对两位太后有危险。”侍卫们听到喊声进入大殿，将恭亲王拉了出去。西太后随后下令，大意是：恭亲王侵扰朝廷皇权，轻举妄动，罢免其摄政王、军机大臣以及其他宫廷所有职位，撤销其总理衙门的职务。

诏书中另外还附加说明：恭亲王辜负了朝廷的恩惠，妄加用权，随意用私人，所以被罢免所有职务……

一个月后，国内外的一些有关处理恭亲王事件的言论传到西太后耳朵里，她感觉凭借自己的地位，不应该让人们随便议论，于是就以自己和东太后的名义下达一道指令，对这件事情做了解释，目的是维护自己，掩盖了当时的行为。

从当时的实际情况来分析，这次处罚恭亲王在某种程度上说不是坏事。七天之后，西太后又以两宫皇太后的名义下达一道诏书，大意是：如今恭亲王能够领悟其中含义，且能悔过自新，朝廷内外臣民，取舍进退，都大公无私，没有丝毫成见。何况恭亲王是朝廷亲信重臣，才干过人，辅佐朝政，不可以中途改变，让其在家贪图安逸。恭亲王继续在军机大臣职位上做事。不用另外商议，以此表示对其栽培。希望恭亲王能够不要忘记那天悔过的心思，一心辅佐朝政，努力报答朝廷恩惠，不要心存疑虑，以此推诿，让朝廷失望。

同治四年（1865）秋天，举行了咸丰皇帝的葬礼。当时，修建陵墓达四年，埋葬咸丰的同时，还把孝德皇后也随葬了。孝德皇后在咸丰皇帝登基前一个月去世，其灵柩暂时安放在城西大约11千米的一个庙宇里，距离现在已经15年时间了，就是为了能和咸丰皇帝合葬。修筑陵墓和出殡的所有费用加起来数字巨大。当时，筹集款项困难很大。南方各个省份因为农民战乱，军费开支巨大，很难再担负这笔开支。皇帝的陵墓费用需要数千万两白银。地方政府无法承担这笔钱，内务府和各部官员被迫捐献承担。

先帝大葬之日，小皇帝和两宫皇太后都来到了东陵，恭亲王也一路随从，他另外还要负责修筑皇陵的任务，还有筹集款项的事宜。此时，西太后对恭亲王并没有过多的苛责。皇帝的棺椁用梓木做成之后，还要涂抹厚厚的漆，上面还要写“佛”字。放到陵墓中之后，底座还装饰了很多的珠宝。陵墓是用上等的石料修筑。之前，皇帝葬礼需要嫔妃和宦官来殉葬，现如今都使用木头和纸张做成的人来代替。让这些假人跪在棺椁前边，点起巨大的蜡烛，接下来，和尚们开始念经。金圭、玉笏、成串的珍珠，都放到了棺椁上面，其他所有贵重的摆设都放在陵墓中。所有这些仪式结束后，随后就关闭陵墓大门。第二天，两宫皇太后下了诏书，对恭亲王一些人进行了嘉奖。可是，四年之后，恭亲王和东太后密谋铲除了西太后的宠信安德海，此举极大地伤了西太后的心。