两宫皇太后一起执政的时候，南方的农民起义渐渐被镇压了。自1850年即道光末年，太平天国起义之后，农民军在国内造成了巨大破坏，老百姓被迫离开家园。现在国家安定，人民安居乐业。这段时间，正是西太后扩充自己势力、排斥东宫太后慈安的时期。中国很多的历史学家将评定战乱、拯救人民的大功算到了曾国藩总督身上，这很中肯。曾国藩、左宗棠等，都是勇士。中国儒学文化有其合理的地方，所以才在几千年之后还能出这样的人才，平定叛乱，拯救人民，这是儒学文化的动力。

曾国藩的名字应该说家喻户晓，他之所以能够成就大事业，很大程度在于西太后善于用人、赏罚公正。在国家平安无事的时候，朝廷聚集了很多人才，不过能够从这些人的言行举止中挑选真正的人才绝非易事。对于曾国藩的才干和忠心，西太后很信任，这也是曾国藩成功的原因之一。在西太后心目中，国内外的高级官员，除了荣禄外，无人能够和曾国藩相比。荣禄是满人的贵族，而曾国藩充其量不过是湖南的一个地主。中国历史学家非常详细地记录下了太平天国的事情，从中可以了解曾国藩的人品和性格。值得肯定的是，只要西太后掌控朝廷，曾国藩的地位就不会动摇。有几件与平定太平天国有联系的事情，可当时的奏折、诏书都没有提及，让人顿生疑心。

咸丰皇帝于1861年在热河驾崩，英法联军烧毁了圆明园。在合约签订之后，两宫皇太后开始垂帘听政。恭亲王是摄政大臣，他首先倡导依靠外国军队平定内乱。当时，长江流域被农民起义军占领，政府非常忧虑，所以不惜借助外国的军队，这难道不奇怪吗？不过，这正是当时中国政府的高明之处。原因是，长江流域属于通商地区，外国人很清楚这一点，所以英法两国早就想出兵干预太平天国运动。这里不再详细叙述“常胜军”的历史。常胜军于1862年在江苏和农民军开始作战。英国政府在1863年2月任命戈登到中国率领常胜军，协助中国政府平定战乱。此后，官军重振声势，曾国藩这才平定了战乱，中国才恢复太平。在清政府平定叛乱事件中，戈登功不可没。苏州于1863年12月被收复，南京在第二年7月被收复，直至洪秀全去世，战乱才平定。事件刚开始时，外国政府纷纷保持中立，到了后来都在协助清政府和农民军作战。西方人为了协助大清政府付出了许多生命代价，其中就包括战死在中国的法国海军提督，这是一份非常重的情谊。

收复南京之后，曾国藩给大清朝廷的奏折以及清朝廷下达的诏书中，都没有提及戈登的“丰功伟绩”。在奏折里，曾国藩按照中国的传统将功劳戴在去世的咸丰皇帝头上，感觉皇帝神圣无所不能及。如此的心理，不光在中国，日本也是这样。打败俄国之后，一些将领都归功于天皇，做法和中国如出一辙。在中国，所有为了国家而死的人，政府都会给予一定待遇，是活着的人无法比拟的。假如外国人有了功劳，那就更难以攀比。曾国藩智勇双全，可在此等事情上态度的变化让人感到心凉。戈登将军尽管协助官军平定叛乱，可也曾跟随英法联军进攻北京，并参与了烧毁圆明园的劣迹，所以，曾国藩奏折里对其功劳只字不提。

西太后听到收复南京的消息心里非常高兴，就以皇帝的名义下了一道诏书，从中可以领会其性格。诏书大意是：这次洪秀全在两广作乱，到现在已经15年了。他们占领南京也有12年。践踏十几个省份，致使几百座城市沦陷。这次能够平定战乱，铲除恶首，是领兵的大臣顶风冒雨、不畏艰苦的结果，应该给予特殊的待遇犒赏他们的功劳。钦差大臣、协办大学士、两江总督曾国藩……筹划缜密，智勇兼备，用人得当，调度有方。加赏曾国藩太子太保衔、一等侯爵，并且世代可以沿袭，另外赏赐双眼花翎。浙江巡抚曾国??荃……??吃苦耐劳，公而忘家。加赏曾国荃太子少保衔、一等伯爵，并且世代可以沿袭，另外赏赐双眼花翎。

其他的人都各有封赏。西太后随后又下一道指令，提议皇帝应该亲自到太庙和其他地方祭祀，感谢上苍、列祖列宗、山河神灵的保佑。

在上报朝廷的奏折中，曾国藩汇报了掘出伪天王洪秀全尸首一事。对于伪天王洪秀全，官军将士愤怒万分，都想得到他的尸体才甘心。到了6月27日，在天王宫殿里挖掘出了尸体，28日抬到了大营中，曾国藩与其弟曾国荃一起查看。另外还有曾经担任刑部秋审处的靳方锜、庞际云、孙尚绂等，包括各种文武官员，一起验尸。洪秀全信奉邪教，所以尸体不用棺椁，只用绣龙黄色绸缎包裹，包括裤脚用的也是龙缎。秃头无发，胡须还保存着，但已经白了。腿和肩膀上的肉还没有脱落。验尸完毕后开始践踏尸体，接下来是用火烧。有太平天国当官的女婢，是道州姓黄的女子，是用手埋的洪秀全尸首。曾国藩亲自审问她，她说洪秀全一直到死都没有见过自己。官军在4月27日攻城激烈，洪秀全服毒身死，秘密没有发丧。城内的农民军和城外的官军已经知晓，到十几天后才开始向外公布。