挫败载垣的阴谋之后，西太后的位置更加稳固了，她已经掌握了中国最高权力（这里只说西太后，东太后为人性情温和，对政治没兴趣）。

西太后初次听政的时候非常谨慎，不敢独揽大权，而是谨小慎微，这样方便从中得到政治经验。当时，大臣们都尽力辅佐，都是用新皇帝的名义下达各种诏书。因此，西太后此刻的权势还没有她归政光绪、退居幕后的时候显赫。西太后首次垂帘听政（同治元年到同治十二年，即1862—1873年），基本上是试验阶段，从表面上难以看出西太后的独揽大权。到了第二次垂帘听政（光绪元年到光绪十五年，即1875—1889年），诏书中开始出现西太后的名字，所有录用人和赏罚等一些事情，都由西太后做主，恩威并用，因此，大臣们都听从西太后的指令。第三次听政（光绪二十四年到光绪三十四年，即1898—1908年）时，西太后已经独揽大权，稳固的地位加之丰富的经验，天下没有人能够匹敌。她每天都要登宝殿，坐宝座，召见大臣，皇帝就像木偶一样坐在一旁，以至于大臣只知道坐在上面的西太后而不知道旁边还有皇帝。西太后掌握政权后，清楚女人摄政不合乎传统和民心。中国历史上著名的有吕后、武后，尽管才能过人，可到最后还是要遭到人们的嘲讽。西太后博览群书，非常清楚太后摄政的结果，但她太喜欢掌握大权了。莫非要重走历史的老路？叛逆的肃顺三人已经被彻底挫败，大臣和御史们都认为载垣三人是罪有应得。可是，恭亲王却非常焦虑，但凡咸丰皇帝晚年信任的人，他都会派人秘密盯梢。不过，恭亲王如此，根本不是从报复的心理出发。

西太后肚量宽阔。刚刚开始摄政时，只是处理了载垣等一些辅政的八位军机大臣，其他人没有问罪，这么做可以避免扩大打击面，所以得到了所有人的赞成，得到了大度的美名。有两个实例。有人举报，当初奉劝咸丰皇帝向热河逃亡的还有礼部尚书陈孚恩。当时，咸丰皇帝驾崩后，载垣一些人召见一名要员去热河，此人就是陈孚恩。西太后就罢免了陈孚恩的职位，尽管铁证如山，但并没有治罪。还有一个实例。协助载垣谋划的还有内务府大臣，他曾经奉劝咸丰皇帝不要回到京城，在热河办事比较方便。同样在铁证如山的情况下，西太后在1861年春天只是将此人罢免了职务。当时，北京的官员都想依附权势，借助当权者大兴报复之风，所以误入歧途，可朝廷丝毫没有大兴监狱的意思。西太后下了一道手谕，只处理首要罪犯，其他不过问。猜测西太后的心思，既然已经达到自己的目标，稳定了地位，宽容做事也无所不可。西太后心里清楚，载垣得不到北京要员的协助不敢这样大胆。可是，西太后尽管知晓很多人参与了这件事，假如不是很大的罪行，她还是愿意将铁剪刀藏在手套里。西太后的恩威并用，在京城人心目中得到了慈善圣母的美名。西太后性情本来就是严宽都有，得到这样的称赞也并不都是吹捧。因此，西太后处理完载垣等一些人之后，就警告大臣们必须各尽其责，公平执法，不要效法陈孚恩等一些人的坏习惯。

太后再一次下达指令说明，尽管没有饶恕犯罪的人，但是，假如有人胆敢隐藏这些人，不去揭发这些人的作为，就会和这些犯罪之人一样获罪。西太后的这些言辞是让一些没有揭发载垣一伙叛逆作为的王公大臣听的。西太后还说，朝廷清楚这些大臣并非图谋不轨，只不过是心中担忧，没有胆子和学识去告发他们。假如今后再遇到此类事件，了解情况的人必须马上上报，不得迟缓。西太后还向那些王公贵族交代说，让他们以载垣事件为戒，假如再发生类似事件，绝对不会饶恕，必会严惩不贷……

时下最迫切的事情就是新皇帝的年号需要定下来。“祺祥”是载垣等一些人选定的年号。西太后博览群书，清楚这两个字意思并不好，但又想让人们永远铭记载垣叛乱的事件，于是，“同治”就成为了新年号，目的是平息叛乱，以此求得国家的安定。假如从皇帝的角度考虑，无论用什么年号都没关系，从一些事情可以发现这一点。改变年号的诏书下达后，两位皇太后在当日又下了一道指令，说明了自己控制政权的理由。指令的语气，主要是想谋求众人的谅解，大意是：奉两宫皇太后的懿旨来垂帘听政，并非本人本意，只是感觉皇帝年幼，臣下不得不有所秉承，所以需要安抚大家的情绪，暂时摄政，等皇帝典学有成之后就会让其亲政。但凡我朝廷中大小臣子务必尽心尽力，大家共同治理国事。另外，在通告中还有让外国知晓的话，等等……

接下来，西太后又以皇帝的名义下了一道诏书，大意是：感谢两宫皇太后的热心，等皇帝亲政后，一定会勤奋谨慎处理国政，以此回报太后的恩惠。在旁殿，两宫皇太后还召见了群臣，免去了一些必要的大礼，皇帝叔父以及同辈四人都免去叩头礼数。经过商议，最终决定给予两宫皇太后显贵的尊称，每年从宫中财政里拿出十万两白银作为两宫皇太后的费用。尊称东宫皇太后为“慈安”，西宫皇太后为“慈禧”，今后凡是遇到大型典礼，都会在两宫皇太后尊号前加两个字。在西太后七十大寿的时候，其尊号有十六字之多。慈安太后的尊号也有十个字。两宫皇太后三十岁生日时，都加了两字；同治皇帝登基时又加了两个字；同治皇帝驾崩大礼之前，为了表达太后功绩，再次加了两个字；两宫太后四十大寿时加了两个字；西太后五十大寿时又加了两个字；光绪皇帝大婚之时又加了两个字；西太后六十大寿时再次加了两个字。西太后最完整的尊号，即“慈禧端佑康颐昭豫庄诚寿恭钦献崇熙皇太后”。