尽管周恩来自己决心在重庆坚持到最后，但作为中共领导人，作为大后方中共组织的最高决策者和指挥者，为了准备应付国民党顽固派的更大迫害，他仍精心部署了一部分工作人员和党外进步人士的撤退。

当时需要撤退的人很多，《新华日报》原有工作人员200多人，就要撤退一半以上。除去南方局下属的一些工作人员及地下党员外，需要撤退的还有一些共产党外的进步人士。在那时险恶的环境中进行撤退，稍有不慎，就会发生意外。

因此，周恩来不仅对撤退工作进行了周密细致的部署，他还亲自审查名册，推敲每一个细节。对于就地疏散的人员，他要认真了解他们的经历、特长和短处，疏散的去向，可利用的社会关系，到达落脚点的证明，甚至遇到盘查时的答话，逐一询问，随时提出他所发现的漏洞和改进意见。对有条件通过社会关系在国民党统治区找到职业，甚至进入国民党军队、政府及其党部机关工作的，他还要对他们反复叮嘱，说明“长期埋伏，积蓄力量，以待时机”的重要意义，要求他们注意“三勤”（勤学、勤业、勤交友），教育他们在复杂的环境中要“同流而不合污”，“出污泥而不染”。

那些日子里，周恩来常常是通宵达旦地开会，有时连续开几个晚上。或者是上半夜改稿子，写文章，下半夜作审查撤退人员的工作。一个一个地审查下来，往往要忙到第二天清晨。这时，他简单洗一下脸，便又匆匆进城去会客了。

当时在《新华日报》和南方局文委工作的翻译家戈宝权回忆说，周恩来亲自布置疏散工作，“细致得不得了”。考虑到戈宝权搞翻译工作，需要接触外文报刊书籍，周恩来特地安排他撤退到香港去，并且嘱咐说：

“你买好了衣服，穿给我看看。”

戈宝权走之前，到曾家岩50号去，把买的一套衣衫穿给周恩来看。周恩来看后说好，又仔细地叮咛说：

“路上不要戴眼镜，以防人家看出你是个知识分子。”

作家沙汀在延安鲁迅艺术学院教过书，又随贺龙领导的八路军一二〇师到过抗日前线采访，到重庆后，担任南方局与文艺家之间的联络工作，属于上了国民党特务“黑名单”的人。当他决定撤回在川西的故乡安县去隐蔽后，到曾家岩50号去向南方局文化组长徐冰汇报。徐冰详细地问起了他在家乡的社会关系，特别是当地的政治情况，然后催促说：

“决定了，就赶快动身吧！因为你们老不动身，恩来同志这一向觉都睡不好啊！”

作家胡风本来不愿意撤走，他愤激地对周恩来说：

“国民党在政治上失败了，我们正应该在重庆和他顶，他如捕人，就会更加重他在政治上的失败！”

周恩来对他说，撤退固然是为了保存干部，但更重要的是还有一个积极意义，就是向国民党表示抗议。耐心地说服了胡风。

对胡风一家人的去向，周恩来也作了细心的考虑。胡风的妻子梅志想去延安，不仅因为想到革命环境去过新生活，还因为到了延安，他们的两个孩子就可以进托儿所，她也可以工作，胡风就不必为一家人的柴米油盐发愁了。但胡风因为与在延安担任中共中央文化工作委员会主任，主管中共全党文化工作的周扬曾有过不愉快的矛盾，心存顾虑（不久前周扬来函邀他到延安鲁迅艺术学院任教就被他拒绝了），便说一切都由周副主席安排吧。

周恩来同胡风谈话时，问他到延安去好不好，他说：

“当然好啊！”

但周恩来考虑了一下，仍说：

“还是到香港去吧。”

胡风下一次去曾家岩50号时，周恩来给了他一张七星岗莫斯科餐厅某职员去香港办货的假旅行证明，还吩咐他，到柳州后找何家槐，以取得沿途上的照应。到香港后听从廖承志的领导。

为了不让胡风把撤退看作是“逃跑”，坚定去香港的决心，周恩来还特地给他看了一张报道日本共产党被破获的报纸，要他到香港后，由廖承志安排到南洋去，在日本侨民中找找日本共产党的关系。胡风当时认为这是周恩来要他去香港的主要原因，是不能推辞的。后来到了香港，他才发现这并非是要他完成的特别任务。

临行前的一夜，胡风将一大包书送到周恩来那里去寄放。深夜，胡风已睡下了，周恩来才忙完了工作回来，轻轻地叫醒他，说：

“来晚了很抱歉。”

说着，周恩来交给胡风100元美钞和若干法币，还说：“可惜港币没有了。”

周恩来走的时候，同胡风握了握手，还轻轻地给他掖了掖被子。

为了打开一条由重庆经过上海到达新四军驻地的撤退路线，周恩来选派了洛辛、张锐等从事音乐工作的青年共产党员，和他们一起研究路线，研究如何摆脱敌人跟踪，如何在上海找到共产党的秘密联络点等具体问题。

这几个青年历尽艰险，经过三个多月的跋涉，终于到达新四军驻地。当报告他们安全到达的电报发来时，周恩来松了一口气，高兴地说：

“路总是人走出来的！”

最后一批撤往延安的人员有200多人，其中有南方局干部，有暴露了共产党员身份的地下工作干部，还有进步文化人。他们全部用十八集团军人员的军衔、符号、臂章，搭乘六辆卡车，组成一个车队。

出发前的晚上，周恩来细致地审查了准备工作，对沿途可能出现的情况和对付的办法，都一一作了详细交代，并要求每过一个检查站，都要来信告之，到达延安，即来电报。

把一切嘱咐完毕，已是深夜。周恩来要负责带队的廖似光第二天走之前再来一下。廖似光是从事组织工作和妇女工作的南方局干部，她的丈夫凯丰原是南方局常务委员，已奉命先期撤回延安。

第二天清早，车队要出发了。廖似光按照周恩来的吩咐，走到他的房间门前。想要敲门，又犹豫了。她不知周恩来昨晚何时才睡下，怕这时敲门会影响了他的休息。谁知她的脚步声刚停下来，屋里就响起了周恩来的招呼声：

“似光进来呀！”

廖似光推门进去，看见周恩来正在等着她，那注视着她的炯炯目光里没有一丝疲惫的神情。真不知周恩来是早已起来了，还是根本就没有睡下！

周恩来同她告别时，紧握着她的手坚定地说：

“你回到延安，转告毛主席，我们坚决和国民党顽固派斗争到底！”

廖似光忍不住眼泪夺眶而出，哽咽说：“一定遵嘱照办，请副主席多多保重！”

“沧海横流，方显出英雄本色。”

周恩来在这一场重大斗争中，始终屹立在第一线，成为陪都重庆漫天迷雾中一盏耀眼的明灯。

《新华日报》社长潘梓年回忆说：“在那时候，同志们也就经常这样说，‘在工作中有这样一个强有力的感觉——有恩来同志在！’”

南方局机要科长童小鹏回忆说：“当时我们坚持在红岩工作的同志都有一个共同的感觉：有恩来同志在，我们毫无畏惧！”