为了一个功名，成年累月地过着胆战心惊的日子，也真是让人受不了，最后，家人终于答应了吴起元，让他主动去衙门请求割除自己秀才这一功名，并听从处置。
那时候的吴起元的文名和才智在他们那个地方早已是相当响亮了，当地的县太爷，也早有耳闻，很是同情他的遭遇，再加上他的老师从中游走讲情，因此并没有对他进行处置，也没有革除他的秀才功名，还上报上级衙门准许他回原籍通州(今江苏省南通市辖区之一)进行考试。当时的通州知州是孙云锦。孙云锦，字海岑，安徽桐城人，是咸丰年间名满江淮的名士，也是非常爱才的一个人，见吴起元人才出众，更是出面为他调解，将此事上报给江苏学政，最后上报到了礼部，礼部同意吴起元重填履历，撤销控案，恢复通州原籍。1873年，吴起元被划归原籍通州，成为一名正言顺的秀才，这才算是真正有了功名。
作为冷籍家庭，他们家也终于可以扬眉吐气了，这也是多么不容易的事啊。冒籍这件事是吴起元对这个社会感受最为深切的一件事，也使他深感耻辱的一件事。使他更加真切地感受到世态的炎凉，社会的残酷，也使他更加地发奋努力，刻苦自勉。后来，他记述这件事道：
十八岁乡试被摈，自惭所为文陋劣，乃师无锡赵先生。先生故制艺老师，则令尽弃前所学，令读明人制艺，治王氏四书大全。初以为寂寞冷淡，棘棘不能人，临期为文，则先生尽涂乙之，而督之益亟，逾半年乙渐少，渐令读明季清初人制艺，治朱子或问语类，年余乃稍年余乃稍稍获褒语，如是者三年。(张謇《张謇全集》)
当时善良的人们都认为才子吴起元以后的道路必然是平坦的，想他一定会顺风顺水，一步一步地很快走向高位。
然而，科考的路对于农家出身的吴起元来说，并不是那么平坦的。虽然，他一开始科考的时候，走了一段平坦的路，然而，刚一摆平冒籍的事，又出现了非常坎坷的事。
在清朝，考生中了秀才之后，接着便是乡试，参加省里的考试，如果考中也就是中举了。然而，考生在每一次进行乡试之前，一定要进行学政巡回，府里还要进行岁试，程序很是繁琐。岁试一、二等才可以进行次年的科试，科试成绩好，才能够进行三年一次的乡试。
那一年，吴起元在科试当中得了第一等的十六名，可以进行乡试了，这是他第一次参加省里举行的乡试。他和他的宋先生一同去省里赴试，没想到却落榜了。这是他在科考路上遭遇到的第一次落败。他没想到凭自己的才学，居然会考得那么差！到底是自己没考好，还是怎么回事？他觉得他题都答得不错呀！
经过这一次打击之后，家人也知道了凭他们家的小天才走科举之路也不是那么容易的。可没想到的是接连的失败，连考连败。
吴起元从16岁中秀才到27岁之间，18岁、21岁、23岁、24岁、27岁前后五次赴江宁府应江南乡试，先后五次都名落孙山。这到底是怎么回事呢？
这主要是那时候社会太黑暗腐败了，吴起元先后接连考了五次都被当地有权有势人家的子弟给顶替了，因为中举可不像中个秀才那样的简单。中了秀才穷人还依旧是穷人，中了举就不一样了，那就等于踏上仕途，可以当官了，有钱了，所以考举人的秀才们竞争很是激烈。在当时那个腐败社会，有权有势人家的子弟当然是占了先，像吴起元这样的农家子弟就只有被淘汰掉的命运了。你看他不关键的考试很是优秀，大多第一，然而到了关键那一考，必定是落败。
一次次的落败，吴起元心里自然很是焦虑的，为了考试，给自己家里带来了多少的麻烦！自己家里本来是小康，可看看如今，日子是一天不如一天，父母也渐渐地老了，头发也花白了，身子也萎缩了，他每看及此，心里都是痛的……
他自然每日都在努力着，以不辜负父母，特别是父亲对自己的期望。可他是考一次累一次，累一次，也失败一次，他实在是非常非常厌倦了。学归学，他是很愿意多学些东西的，说不定什么时候就能报效国家。
那时候的张謇形象是这样的：外面总是穿着一领竹布长衫，内衣“狗嚼嚼”，破烂不堪；然而，脸庞清秀，天庭饱满，牙齿整齐，言谈举止颖悟不同一般。
他当时于日记中写道：“是日传各处新捷讯，风声鹤唳，纷纷不一……三场辛苦，徒结灯火之缘；千里往来，权了文章之债……三更，父自西亭归，得知通属只中三人……(九月二十日)”
然后便是一场大病，“是夕头胀目眩，汗出如浆。(二十一日)”
“夜则寒热大作，自此迁延床蓐寝不成寐，中宵辄呼号，一室为之不安。(二十四日)”
直到十月二十日，依旧是“手犹战战，字迹如婴儿学步”。
对于光绪二年(1876年)的那一次乡试，张謇于他的日记里是如此记的：“作四艺成。寒气逼人，骨冷欲折，以被裹体，傍烛不温。(八月十二日)”考完之后仍是“倦极如病”，“仍病咳，委顿愈甚。”九月十三日发榜之时“……知又落孙山矣……诸所钦服者皆被黜，余亦何憾？惟家中老亲以下，及菊师、海师、子师，诸知己尚遥遥盼望，是则不能揣摩风气迎合主司者，重贻两日之虚望也。”
张謇受够了乡试的折磨，也慢慢明白了科举考试到底是怎么一回事。那一次他说什么也不想再考了，得知自己又落败之后，把自己的考具都给砸碎了，说：“什么科举？我今生再也不考它了！”
心疼得家人又是抹泪，又是劝他。老父吴彭年还流着泪颤抖着骂他道：“你这个不肖子，你怎么把考具也给砸了？那可是我们家的**呀！”
张謇听到这话也蹲下痛哭，妻子徐氏和他抱在一起痛哭——张謇中秀才后很快和海门的徐氏结了婚。
光绪五年(1879年)，担任副主考的两江总督沈葆桢，于病床之上曾给他传话说：“做文章不能光学《班书》，需着重读《史记》。”
张謇很受感动，便努力攻读，来弥补自己的不足，下功夫钻研太史公的著作，同时还学习《管子》、《晏子》和历代各家名著，且大量阅读明、清地方志书，日积月累，博闻强记，打下了牢实的基础。