蔡元培既是一个理想主义气质浓重的人，又是一个实干家。他不仅在北大，而且在我国整个现代教育史上，都已成为大学校长的楷模，更是一种象征与启示。

中山大学历史系教授袁伟时在接受《中国新闻周刊》记者采访时，这样评价蔡元培：“他曾经做官做到国民党的中常委，但他不是政治家，在政治上他曾被人利用；在学术上，他曾有过伦理学等方面的论述，但远远比不上他在教育事业上的成就：他将北大办成了中国第一所真正意义上的现代大学。”

蔡元培认为，要发展我国的教育事业，办好高等教育是关键。正如他所说：“自己的兴趣偏于高等教育，在高等教育方面多参加点意见。”他长时间任职校长，积累了丰富的大学教育实践经验，形成了系统、颇有创建性的大学教育思想。

确立办学原则——思想自由，兼容并包。他从大学应该是研究高深学问的学府这一理念出发，提出了“思想自由，兼容并包”这个办学原则。他认为，大学应该容纳不同学派，广泛吸收各种人才。如果抱残守缺，持一孔之见，守一家之言，是不可能成为真正高水平的大学。这个办学原则，主要体现在对待学说和教员两个方面，学说必须由人提倡、宣传和发展，教员又以研究、传授学问为己任。

明确大学的性质——研究高深学问之地。他认为，大学应当成为研究高深学问的学府，这是办学的指导思想，也是他教育思想的出发点。1912年5月16日，他以教育总长身份，出席北京大学开学典礼时就提出“大学为研究高深学问之地”。1917年1月9日，他就任校长的演说中，明确地向师生说明：“诸君来此求学，必有一宗旨，欲求宗旨之正大与否，必先知大学之性质。今人肆业专门学校，学成任事，此固势所必然。而在大学则不然，大学者，研究高深学问者也。”

当时，学生入学“仍抱科举时代思想，以大学为取得官吏资格之机关，而对于学问则没有什么兴趣”。他指出，这是北大“著名腐败的总因”。

因此，他提出，大学不能只从事教学，还必须开展科学研究。他要求大学教员，不是灌输固定知识，而是对学问有浓厚的研究兴趣，并能引起学生的研究兴趣；大学生也不是死记硬背教员的讲义，而是在教员的指导下，主动研究学问。

他极力主张“凡大学必有各种科学的研究所”。在《论大学应设各科研究所之理由》一文中，他列出三点理由：一是“大学无研究院，则教员易陷入抄发讲义不求进步之陋习”；二是设立研究所，为大学毕业生深造创造条件；三是使大学高年级学生得以在导师指导下，有从事科学研究的机会。

改善学科设置——沟通文理，废科设系。这个设置有个变化的过程。最初，他从“大学为研究学理的机关”出发，主张“要偏重文理两科”；他出任北大校长后，进一步主张“学术分校”，“学”为“学理”，“术”为“应用”。文、理是“学”，法、商、医、工、农皆为应用，为“术”。学与术关系密切，学为基本，术为枝干；最后他主张“沟通文理”，文理不能分科，文科的史学、文学均与科学有关，而哲学全以自然科学为基础。同样，理科各学科都与哲学有关，自然哲学，尤为自然科学的归纳。而且，由于学科之间的彼此交错，有些学科简直无法以文、理科来区分。

革新教学制度——选科制。在教学制度上，他主张采用选科制，这种制度有利于学生在专精之余，旁涉种种有关系的学科，从而扩大知识面，打破“专己守残之偏见”。对于实行选科制，他认为必须加强指导，防止学生纯粹从兴趣出发，忽视对基本理论、基本知识的学习。他强调，学生所选的学科必须经教员审定，学生只有相对的选择，无绝对的选择，除必修课以外的学科，才有选择权。

行政管理——教授治校。这是他大学行政管理的基本思想。教授治校，是为了建立民主的管理体制，防止校长主观专断，随意办事。之所以实行教授治校，更主要的是为了依靠真正懂得教育和学术的专家，来管理学校。这不仅彻底扭转了旧北大一切校务由校长等少数几个人决定的状况，而且大大调动了教授们的积极性和创造性，出现了民主办校的生动局面。

总之，他大学教育思想的基本特征是民主和科学，目的是要把大学办成高水平的教学科研中心，他不仅为我国近现代大学教育理论的形成打下了坚实基础，而且，许多真知灼见，至今仍对办好大学有一定的指导借鉴意义。