2000年，国家审计署统一组织了对国有以及国有控股的大中型企业的专项审计，结果发现，其中有68.46%的会计报表，无法真实反映财务状况和经营成果。

这次审计的企业总数是1290户，审计范围是1999年，主要内容是资产、负债和损益情况的审计。审计结果表明，资产质量不高、资产负债损益不实等多方面问题突出，发现大案要案线索78件，案件涉及金额6.13亿元，为国家挽回损失2.72亿元。针对存在的问题，审计部门提出了促进企业改革和经营管理的审计建议2946条。

审计发现，国有企业经营存在的主要问题：

一是资产质量不高，不良资产数额较大。1290户企业中，不良资产金额合计达743.28亿元，占总资产的11.01%；

二是会计信息失真现象仍然比较普遍；

三是国有资产流失严重，查出企业因为逃废银行债务、资金体外循环、改制运作不规范等问题，所造成的国有资产流失达228.8亿元。

针对这一现状，财政部于2001年5月出台了《企业国有资本与财务管理暂行办法》，重点规范持有国有资本的各类非金融企业，划清财政部门与企业之间的职责权限，实现国有资产与财务管理的有机结合。

该《办法》从出资人的角度，围绕国有资本的运动过程，规范了资产和财务管理行为。其中，在国有资本投入的管理方面，主要规范了国有资本的界定、价值确认、保全、产权变动、产权登记等内容。

《办法》规定，国家对企业注册的国有资本实行保全原则。持续经营的子公司发生资不抵债情况时，母公司对其未确认的股权投资损失，不能冲减所持有的国有资本。如果需要注入资本的，按照国家有关规定以及公司章程执行；国有资本在不同企业法人单位之间的转移，除了国家另有规定以外，都要实行有偿转让。

《办法》规定，企业高级管理人员经过批准，可以实行年薪制、股票期权制等分配制度；企业对外提供的各类担保，财政部门要逐笔备案登记，并且进行跟踪监督；企业对外投资纳入财务预算管理，并且明确投资项目决策者和实施者应该承担的责任。

在国有资本收益管理方面，《办法》主要明确了收益的构成、利润分配、亏损弥补、资产损失，以及产权转让收益、企业清算收益等内容。

国有资本收益，是指注册的国有资本分享的企业税后利润，以及法律法规规定的其他国有资本收益。《办法》规定，企业实现的年度净利润，必须按照规定进行分配。以前年度未分配利润，并入本年度进行分配；转让母公司国有资本所得收益，上缴主管财政机关。企业转让子公司股权所得收益与其对子公司股权投资的差额，作为投资损益处理。上市公司国有股减持所得收益，按照国务院规定执行。

《办法》还规定了资产财务管理的法律责任。明确了主管财政机关的处罚权、资产流失的法律责任、没有按照规定程序办理有关事项的法律责任、提供虚假财务会计报告的法律责任、中介机构违规执业以及主管财政机关违法行政的法律责任。

2001年1月初，国家审计署审计长李金华在全国审计工作会议上表示，经过审计监督，中国将力争在3年左右的时间内，使中央各部门在财务方面不再出现大的违法违纪问题。