“快意”清洗
万历五年（1577）十一月初一，当夺情风波尚余尾声时，张居正就对官员队伍开始了“快意”的清洗。他以应对“星变”为理由，建议万历皇帝下诏京察。半个月后，吏部宣布查处五十一名官员，都是反对夺情一派的。南京操江都御史张岳，才名本来极高，只因反对夺情而以“才力不及”降调。
张居正对拥护夺情一派则尽力提拔。南京吏部尚书潘晟官声素不佳，因为支持夺情“立场坚定”，反而被擢升。张居正执政时的内阁组成，都是经过他精心筛选的，多是柔顺听命的“仆从”。万历皇帝给张四维的任命，甚至只是跟随张居正在内阁办事，形同秘书。
即便这样一个内阁，也并非与张居正同心同德。在高拱被逐后首先入阁的吕调阳，为人谨慎，凡事模棱两可。张居正始终不大看好吕调阳的能力，吕调阳内心也未见得服气张居正的一些做法。吕调阳入阁六年，无所作为，在阁办公时常怏怏不乐，仰望屋顶叹息而已。至万历六年（1578）中，吕调阳坚决上疏请辞，负气走了。
次辅张四维（1526—1585），字子维，号凤磐，蒲州风陵乡（今属山西芮城）人，嘉靖三十二年（1553）进士，授编修。张四维久守边陲，善谈兵事，熟悉边防事务。隆庆年间，他因促成与俺答议和而为内阁首辅高拱器重，历任翰林院学士、吏部左侍郎。
万历二年（1574）春，万历皇帝诏称病回家的张四维以原官——吏部侍郎兼学士，仍掌管詹事府事，充任《世庙实录》副总裁。
当时，正值张居正大力推行“一条鞭法”的关键时期，面对全国一片反对之声，他需要一个手腕强硬之人去执行。此时，他看中了张四维。
张四维因常居边陲，做事雷厉风行，与一般的文人不同，而且极力支持改革。因此，张居正向万历皇帝提议，安排张四维进内阁。在执行“一条鞭法”中，张四维果然力度大，“得盗即斩”，使“一条鞭法”赋税制度得以顺利执行。从此之后，张居正对他欣赏有加。张居正欣赏的是他的做事风格，与自己的铁腕政策颇为相投，但他能力有限，无法独当一面。
张四维有时做事仍不免不合张居正的意，累遭训斥，也常感极度郁闷。张居正对他亦逐渐产生反感。张四维曾经一度与冯保关系密切，张居正得知，予以呵斥，不准他擅自结交冯保。张四维心里越发怨恨，逐渐对张居正产生反抗情绪。张居正病逝后，张四维在加害、诬陷张居正家人上出了不少力。
吕调阳之后，马自强入阁。马自强有才华，有雄心，但他命中没有官运，只在万历六年（1578）干了几个月，就病逝了。马自强入阁任职虽然短，却不像其他阁僚那样对张居正只是唯唯。对张居正的不当做法，总是力图有所纠正，曰：“吾不能令千秋后居伴食之名。”
在马自强后入阁的是申时行，内阁在位时间极长，前后共计十三年。申时行老奸巨猾，见风使舵，与张居正也是离心离德。张居正得意时,他一味阿附；张居正一死，他就立刻迎合万历皇帝之意，将张居正实施的所有改革措施全部停掉，并配合万历皇帝对张居正实施加害。
万历六年（1578）二月二十九日，万历皇帝大婚礼毕，张居正认为万事妥当，便递上《乞归葬疏》，要请假回乡葬父。万历皇帝开始并不同意，后经张居正再次上疏，才予以批准，并令张居正于五月就要回来，并且把老母亲一起接到北京来。
万历皇帝还特意叮嘱张居正道：“长途保重，到家少要过恸，以朕为念，方是大孝。”万历皇帝又援前朝杨士奇、张熜例，赐给了张居正“帝赍忠良”银印一枚，嘱他如在途中发现朝政有问题，可随时密封奏报。
回乡葬父
按照惯例，首辅因故离职，次辅可相机主政，但万历皇帝给内阁发了一个帖子，说“有大事毋得专决，驰驿之江陵，听张先生处分”。吕调阳知道小皇帝这是信不过自己，郁闷之极。张居正走后，恰逢辽东有所谓长定堡大捷奏报，万历皇帝将之归功于张居正，遂甩开内阁，派太监使者快马至江陵，请张居正亲自制定封赏条理。
这次张居正的还乡团的阵容极为壮观，兵部特派一千骑禁军作为随从。除了千骑虎贲之师外，戚继光还从蓟镇前线调来一队鸟铳手，执新式火器随行，以壮行色。张居正最后考虑还是不要太过张扬，只留下了六名鸟铳手。
张居正所乘坐的轿子，是为此行特制的大轿，须三十二名轿夫抬扛。轿子前部是会客室，后部是卧室，外部有走廊相通。两名小童在轿上随时伺候，焚香摇扇。
张居正所过州县，都由地方当局呈献美食，且驱使民夫将道路平整，两旁罗列兵器，气势极盛。真定（今河北正定县）知府钱普一向善于媚上，此次特地找来了一大批江南厨师随队伺候，据说江南名厨因而被他搜罗一空。
四月十六日，葬礼隆重举行。张文明的棺木被安葬在荆州西门外的太晖山。这是万历皇帝敕赐给张家的一块坟地，与已故湘献王朱柏的王陵毗邻。皇帝特地派司礼监太监魏朝和工部主事徐应聘负责丧葬事宜，礼部主事曹诰专程前来谕祭，尚宝司少卿郑钦、锦衣卫指挥佥事史继书负责一路护送。湖广巡抚陈瑞等一大批地方官员也来参加张文明的葬礼。葬礼完毕后，张居正怕老母在路上受不了炎热之苦，就上疏请求推迟归期，拟在九月天凉之后，再行返京。万历皇帝哪里肯依，发动内阁部院各级官员上疏催请，他本人也下圣旨，让太监魏朝留在江陵照顾张母，令张居正务必于五月以内回来；又差遣锦衣卫指挥佥事翟汝敬星夜赶往江陵，负责催促。张居正只得于五月二十一日起程返回。
奇怪为人
在回家及返回京城时，张居正都顺路看望了高拱。其实张居正与高拱的关系十分微妙。张居正联手冯保排挤高拱，可是又让公车为他送行，然后与冯保一度想把他往死里整，此时又去看望他。这正是张居正为人奇怪之处。
他对人的行为一直如此奇怪：在严嵩与徐阶互掐时，两人都是他的老师，他和两人都亲近，不分敌友；徐阶与高拱互掐时，一个老师，一个同事，他也没什么反应；严嵩辞职回家后，他还提出一些优待条件，甚至安排严嵩死后的葬礼；高拱打击徐阶，他为徐阶说情，后来还为徐阶翻案。其实徐阶不往死里打击严嵩还有一个重要原因：为了迷惑严嵩，徐阶把孙女嫁给严嵩的孙子，算亲家，所以张居正施援手也可以理解。
诟病之处
在亲近小人方面，张首辅与凡夫俗子无异。有人送给张居正一副对联：“上相太师一德辅三朝，功光日月；状元榜眼二难登两第，学冠天人。”上联说的是张居正辅佐嘉靖、隆庆、万历三代皇帝，下联说的是他两个儿子分别得中状元、榜眼。张居正辅三朝显然是夸大，儿子的荣耀也大有问题，至于“日月、天人”就更离谱了。但这样肉麻的吹捧，张居正也能欣然接受，悬于家之厅堂。
在张居正执政晚期，被人诟病的还有一个问题，就是为亲属谋私与纵容奴仆。
万历初年，小皇帝还是一个孩子，受“大伴”冯保、李太后、张居正的管束。但是在万历皇帝大婚以后，权力结构有所变化。李太后按祖制要退出乾清宫，不能再干政。万历六年（1578）二月，皇帝大婚后，万历皇帝性格中贪财好色、怠惰嬉游的一面有所爆发，而张居正也对是否能把万历皇帝培养成一代圣君逐渐失去了信心。婚后第四天，万历皇帝便首次下了求财诏书，要户部和光禄寺各拿十万两来给自己用。尝到甜头后，万历皇帝趁张居正回乡葬父，又要一部一寺上贡银钱。