人事调整

对上的问题解决了，余下的就是对下的问题了。对于高拱的被驱逐，百官中多有不服气者。张居正对自己联冯保驱高拱的事情做了大量的撇清，反复向人解释，自己对高拱被逐“冒死为之营诉”。

然后就是清理门户。隆庆六年（1572）六月，张居正对南北两京四品以上官员进行考察；七月，对所有京官进行考察。这就是威力很大的“京察”。两次大扫除，张居正共斥退吏部员外郎穆文熙等三十余人，并将吏科都给事中韩楫等五十余人调离京城。之后，张居正从庶吉士中补充了一些人进来，重建了言官队伍。

后来，张居正又贬斥了一批尚书、巡抚级别的高官。

内阁里，高仪死了，张居正不能“独相”。吕调阳是个忠厚长者，因此张居正推荐礼部尚书吕调阳入内阁。

吏部尚书由当时资望最高的杨博担任；礼部尚书空缺，由陆树声补上；兵部调来抗倭名将谭纶；户部用了王国光；刑部用了王之诰；工部朱衡与左都御史葛礼光留任。这些人，都是素有清望的大臣。其中王之诰是张居正的亲家，但从不依附张居正，颇得舆论推崇。

张居正的这次清洗，既是为将来万历新政革除弊政打下基础，也是张居正为建立自己的权力体系而采取的措施。