出任帝师
张居正成了首辅，可以大干一场，实现自己的抱负了，但许多棘手的事情却又摆在眼前。
要论好好教育小皇帝，张居正有教育经验，他曾经给隆庆皇帝当过老师。可是隆庆皇帝的老师是一个庞大的讲师团，并且都是牛哄哄的顶级人物，张居正只是这个讲师团中的一个，而且在这个讲师团里，按资历和地位，他只能排末尾。
现在才十岁的小万历继承了皇位登了基，小万历的母亲李太后开始为儿子的教育问题着急了。
冯保就推荐了张居正。
张居正有经验、有才华，这是客观原因；另一个主观上的原因是，这是政治盟友，所以冯保就推荐了张居正。此外，冯保对万历皇帝也十分忠诚。一次张居正抓了一只白鸟、采了白莲准备给万历玩，冯保却劝阻了，说皇帝还小，不能让皇帝过多接触这些，以免玩物丧志。张居正连连称赞。
在张居正教万历皇帝练书法之后没多久，小皇帝的字就写得非常好了。小皇帝爱上了书法这门艺术，很快就能写出斗大的字来，而且还很有水平。有一天，他很得意地在书法课上写了两个大字，并请张老师评点一下。结果张居正在夸了一番之后却话锋一转说：“一个皇帝，有一些爱好是可以的，但绝不应该在书法这些艺术领域上有太大的偏好，否则精力就不会放在励精图治与治理国家上了。陛下看当年的宋徽宗，书法独步天下，可是玩物丧志，最终丢掉了大好河山，做了亡国之君，前车之鉴啊！”
张居正说了这话之后，这位号称是“十岁天子”的小万历当时就做出了深刻的反思，并最终认为张老师的观点无疑是极有远见的，于是第二天就主动要求取消了书法课，也就不在书法这门艺术上多花心思了。
要好好培养小皇帝，在培养的过程中，还要让小皇帝不知不觉把绝大部分皇权让给张居正。要改革，仅有相权是远远不够用的；若想压服百官，必须百分之百代表皇帝。
张居正一点一点地教育万历怎么当皇帝。君臣要想常见面，就要坚持早朝制度。明代上朝的时间很早，在每天天亮之前。由于万历皇帝还小，张居正在这上面做了折中，说皇帝是小孩子，就不必天天早朝了，每一旬只要三、六、九日上朝，其余日子就不上了。
这样，就使外廷和皇帝始终有一个沟通机会。宦官的作用，在万历初年被大大削弱了。
万历的天分
小万历对各种奏疏都看得很仔细，有前后矛盾的、格式不统一的，都能看出来，亲自予以批驳。他亲笔拟的批复，有理有据，温文尔雅。
小万历处理事务颇近情理。先帝的遗孀恭妃派人把宫中的金壶偷偷拿回家去，被守门太监举报。万历批示道：“她家贫，赐给她一百金。但先帝赐她的器具，则不能拿出去。”文华殿角门的础柱突现“天下太平”四个字，擦都擦不掉，内阁认为是祥瑞，请小皇帝去看。万历去看了看，一脸的不高兴：“假的！”
为了更好地教育万历小皇帝，张居正定了一个课程表（《日讲仪注》），规定小皇帝除了上朝之外，其余每天上午都要来听课，除非大寒大暑或者风雨，全年一天不停。张居正说干就干，八月份就开日讲，到第二年元年新春正式开经筵。
张居正让讲读官弄了一本图文本的《帝鉴图说》，是讲历代帝王“善可为法者八十一事”“恶可为戒者三十六事”，呈给万历做课外读物。这本书像连环画一样，图文结合，通俗易懂，万历皇帝非常喜欢。
万历皇帝天资聪颖，触类旁通，看到《帝鉴图说》上说宋仁宗不喜欢珠宝，就脱口而出：“国之所宝，在于贤臣。珠玉之类，宝之何益！”这认识水平比他爹可是强了一百倍。张居正连忙跟进，进行荣辱教育：“明君就是要贵五谷而贱金玉。金玉虽贵，但饥不可食，寒不可衣，区区一点点为价却不低，徒费民财，不适于用。《书经》上说‘不作无益害有益，不贵异物贱用物’，就是这个意思。”
万历马上想了起来：“是啊，这宫里的女人们就是好化妆。朕在年节时赏她们东西，常常要节省一点，她们的话就多，什么‘能用万岁爷你多少啊’。朕就说了：‘你们可知道，如今国库里还有多少啊！’”
张居正不由感慨万千：“皇上，您只要能这么想，就是国家的至福啊！”
张居正还指导万历皇帝读太祖朱元璋写的《皇陵碑》。这是一篇歌谣体的自传，是明朝人忆苦思甜的最佳读本。万历看了一个晚上，第二天对张老师说：“先生给的《皇陵碑》，朕览之数遍，不胜感痛！”
张居正便启发他说：“自古以来的圣人，没有一个像咱们圣祖吃那么多苦的。那时候他四处漂泊，甚至到了无以糊口的地步。老爷子、老太太去世，竟然买不起棺材。这是上天要圣祖拯救苍生，才让他如此备尝艰辛的。圣祖自淮右起义，动机就是为了救民啊！登了大宝以后，他把所有缴获来的珍奇异宝都毁掉，穿的依然是旧衣服。三十年克勤克俭如一日，到了成仙的那一年，还要召集农村的老农与粮长，问他们民间疾苦。您知道这是为什么？这就是只有以‘天心’为自己的心，才能创造宏图大业，传到皇上您这儿。”
万历心服口服：“朕不敢不效仿祖宗，全赖先生辅导。”
合理建议
张居正在隆庆末年需要摆平的第二件事，就是处理好与李太后的关系。
李太后起自民间，从小生活在京郊通州，父亲李伟是个泥瓦匠，十分热爱劳动。一直到隆庆二年（1568），李贵妃封了皇妃，老人家才收起了瓦刀灰桶。嘉靖、隆庆两帝的没出息，让她深感痛心，所以决心把孩子培养成合格的帝王。
万历读书有时候偷懒，她就喝令罚跪，且下令不许三十岁以下的宫女在小皇帝身边伺候。每次上课完毕，她都要令万历把内容复述一遍，“以验其记否”。每逢上朝，到了五更时她就走进万历寝室，喊一声：“帝起！”然后让宫女扶起小皇帝，亲手打水给小皇帝洗脸，再把他扶上小轿送走。
李太后对张居正也是言听计从。她一向是一个虔诚的信神奉佛的女人，有一次曾准备用自己的私蓄修筑娘娘庙，后来听从了张居正的劝告，把这笔钱改用于修筑北京城外的桥梁。万历皇帝出疹子痊愈以后，李太后本来打算在宫内设坛拜谢菩萨的保佑，也由于张居正的反对而作罢。还有好几次，慈圣太后想在秋决前举行大赦，但是张居正坚持以为不可，李太后也只能被迫放弃原来的意图。