关于南朝宋武帝刘裕，要从头开始说起。
刘裕小名叫寄奴。因为家里太穷，他出生时差点被扔掉；幸亏有邻居（也是姨妈）的养活才勉强长大。他三十六岁前的人生是几乎不见于史书的。以零星的记载来看，他是个靠砍柴、种地、卖草鞋（卖草鞋这一点倒是很像另一个姓刘的）为生的贫困户。有的资料上说他“为补济家用而去赌博”，那真是鬼才信了。刘寄奴喜欢赌博，但肯定不是为了补贴家用—据我推测，应该纯粹是游手好闲，想一夜暴富。
不过跟绝大部分赌徒一样，刘裕也欠债了，而且欠的还是一个高官的钱。刁逵，时任骠骑咨议。刁逵找人把刘裕打了一顿。幸亏刁逵的同事、王导的孙子、骠骑长史王谧看不下去，帮忙还了钱，才让刘裕捡回一条命。不仅如此，老好人王谧还鼓励寄奴说：“卿当为一代英雄！”—也不知道他是不是开了上帝视角。
如果没有什么大的意外，刘裕这辈子应该都只能叫“寄奴”了，过着贫困的生活，勉强养活自己叫“兴弟”的闺女（从名字来看，寄奴夫妻二人虽然贫穷，但还是想生个男孩）。
东晋隆安三年（399年），东晋爆发了孙恩起义，让本就摇摇欲坠的东晋朝廷胆战心惊。这时候要先介绍一下当时的形势了，因为实在是有点乱。
自帝即位以来，内外乖异，石头以南皆为荆、江所据，以西皆豫州所专，京口及江北皆刘牢之及广陵相同雅之所制；朝廷所行，惟三吴而已。及孙恩作乱，八郡皆为恩有；畿内诸县，盗贼处处蜂起。恩党亦有潜伏在建康者，人情危惧。常虑窃发，于是内外戒严。加道子黄钺，元显为领中军将军，命徐州刺史谢琰兼督吴兴、义兴军事以讨恩；刘牢之亦发兵讨恩，拜表辄行。（《资治通鉴·晋纪》）
大概意思就是，晋安帝即位以来，长江中游由殷仲堪（后来被桓玄所杀，桓玄一统荆州）控制，只是名义上听建康（今江苏南京）朝廷的；豫州（时治今安徽和县）由谯王司马尚之控制，号称“西府”（在首都建康之西）；京口（今江苏镇江）以及长江以北部分地区由刘牢之及高雅之控制，号称“北府”。朝廷内又有权臣司马道子、司马元显父子二人，而且这父子还跟荆州的桓玄有矛盾。总之一句话，东晋如此之乱，要亡！
就是在这种乱世之中，贫困中年人刘寄奴参加了家乡军队，成了“北府兵”的一员。
初，彭城刘裕，生而母死，父翘侨居京口，家贫，将弃之。同郡刘怀敬之母，裕之从母也，生怀敬未期，走往救之，断怀敬乳而乳之。及长，勇健有大志。仅识文字，以卖履为业；好樗蒲，为乡闾所贱。刘牢之击孙恩，引裕参军事，使将数十人觇贼。遇贼数千人，即迎击之；从者皆死，裕坠岸下。贼临岸欲下，裕奋长刀仰斫杀数人，乃得登岸，仍大呼逐之。贼皆走，裕所杀伤甚众。刘敬宣怪裕久不返，引兵寻之；见裕独驱数千人，咸共叹息。因进击贼，大破之，斩获千余人。（《资治通鉴·晋纪》）
第一次上战场的他，靠着不要命以及蠢对手（无组织的流民军队），取得了惊人的胜利：一个人赶着几千人跑。靠着这次的战功，刘裕升了官，得以独自统领百人的部队。
孙恩起义军被赶回海里后不久，于隆安五年（401年）卷土重来，声势更为浩大。北府兵再次东征，刘裕负责守卫句章城（今浙江宁波鄞州区）。句章城池矮小，士兵又不到数百名，刘裕常常披坚执锐，身先士卒，每战都冲锋在前。孙恩觉得啃不下这块硬骨头，于是放弃句章城，转而北上攻打海盐（今浙江海盐）。刘裕跟踪追击，在海盐县城旧址筑起城池。起义军白天来攻城，城内兵力空虚，刘裕就挑选百人组成敢死队，都脱掉盔甲，手持短兵器，击鼓呐喊冲出城。起义军遭到震慑，士气大丧，丢盔卸甲逃散，大帅姚盛被斩。刘裕虽然连战连胜，但考虑到敌众我寡，兵力悬殊，于是假装弃城而逃，诱使起义军蜂拥进城。他乘其懈怠，设下埋伏，再次大败起义军。
孙恩知道海盐有刘裕，自己无法攻占，于是乃进向沪渎垒（今上海市青浦区东北）。刘裕领兵尾随，由于队友太蠢，收获了一次大败。不过刘裕靠着自己的机智与威猛的名声，吓退了敌军。
海盐令鲍陋遣子嗣之以吴兵一千，请为前驱。高祖曰：“贼兵甚精，吴人不习战。若前驱失利，必败我军，可在后为声援。”不从。是夜，高祖多设伏兵，兼置旗鼓，然一处不过数人。明日，贼率众万余迎战。前驱既交，诸伏皆出，举旗鸣鼓。贼谓四面有军，乃退。嗣之追奔，为贼所没。高祖且战且退，贼盛，所领死伤且尽。高祖虑不免，至向伏兵处，乃止，令左右脱取死人衣。贼谓当走反停，疑犹有伏。高祖因呼更战，气色甚猛；贼众以为然，乃引军去。高祖徐归，然后散兵稍集。（《宋书·武帝本纪》）
孙恩赢了一场后，摆脱了如附骨之疽的刘裕部队，轻松地攻破了沪渎垒；然后直接挥师从海上西进，直达建康北边的丹徒（京口辖区），准备进攻东晋的首都。
东晋朝廷危如累卵，举国一片惊惶，调集了所有的力量保卫京师。一向与执政的司马道子父子不和的桓玄，也上疏准备领兵来“保卫京师”，吓得朝廷连忙以诏书阻止了他。
北府主力本想在山阴（今浙江绍兴）阻击起义军；结果等大部队开到，孙恩已经领兵到了丹徒。刘牢之下令刘裕领兵自海盐火速支援京师。刘裕后发先至，竟然与孙恩的军队同时到达。
随后，刘裕以疲劳而人数处于劣势的军队，直击孙恩队本部，竟然“大破之”。而刘牢之领北府主力到来，掌西府军队的司马尚之也领精锐入援建康，孙恩不得不退走。
刘裕靠着如此耀眼的军功，被加封为建武将军、下邳太守，领军继续追击起义军。最终孙恩一败再败，跳入海中自杀。
至此，本来寒微落魄的刘寄奴，终于可以不那么憋屈了，最起码在老丈人面前可以挺起腰杆了（刘裕的妻子臧爱亲之父臧俊是郡功曹）。随后，摇摇欲坠的东晋政权发生了翻天覆地的变化，给了刘裕又一个机会。
402年，朝廷执政司马道子父子与荆州刺史桓玄彻底撕破脸皮，东晋持续了百年的“荆扬之争”再起。然而主动挑起争斗的执政方失败了。桓玄击败西府兵，又派说客何穆（刘牢之族舅）前往北府，劝说刘牢之。
汉初，说客蒯通劝韩信背叛刘邦，可以三足鼎立。韩信觉得刘邦对自己有知遇之恩，所以没有听从建议。最终“狡兔死，走狗烹”。数百年后，相似的说辞摆在了刘牢之的眼前。
自古戴震主之威、挟不赏之功而能自全者，谁邪？越之文种，秦之白起，汉之韩信，皆事明主，为之尽力；功成之日，犹不免诛夷，况为凶愚者之用乎！君如今日战胜则倾宗，战败则覆族，欲以此安归乎！不若翻然改图，则可以长保富贵矣。古人射钩、斩祛犹不害为辅佐，况玄与君无宿昔之怨乎！（《资治通鉴·晋纪》）
自古以来功高盖世的将军，有谁能够善终吗？文种、白起、韩信为明主效力；功成之日，都不免被诛杀，何况将军效力于昏庸的朝廷呢？今天您战胜荆州军，功高盖主，免不了韩信等人的结局：战胜了等待您的是宗族覆灭，战败则会被荆州势力夷灭三族。您想选择哪条路呢？不如投效荆州军，则可以成为开国功臣。春秋时的齐桓公与管仲有射钩之仇，晋文公和寺人披（勃鞮）有斩祛之怨，最后都能不计前嫌，何况荆州的桓玄与您没有宿怨呢？
刘牢之思虑再三，决定投靠桓玄。命运如此奇妙，桓玄、刘牢之乃至所有人都没有想到，因为这一决定，整个东晋将发生翻天覆地的变化，并爆发出震撼北方诸国的能量，最终影响了历史的走向。
号角横吹，穿云裂石，草木南州。
东晋安帝元兴元年（402年），刘裕三十九岁。
刘牢之倒向荆州军，使得双方力量瞬间改变。朝廷赖以为藩蔽的北府脱离掌控，投向荆州军。桓玄下令军队直扑建康，朝廷军队未战即溃，司马道子、司马元显父子二人被生擒；桓玄进入建康，拥立晋安帝。在这些风起云涌的事件中，作为皇帝的晋安帝，却没有丝毫动作，这是为什么呢？原因很简单，晋安帝司马德宗同他的前辈、广为人知的晋惠帝一样愚笨。不过惠帝尚能有“何不食肉糜”“此嵇侍中血”这类言行，而安帝傻得更厉害，从小到大不会说话，甚至无法辨别寒暑。所以无论是之前的司马道子父子，还是现在的桓玄，都放心地以晋安帝为傀儡。大权在握的桓玄随即以朝廷的名义封自己为“都督中外诸军事，丞相，录尚书事，扬州牧，领徐、荆、江三州刺史”。而北府所在地京口，即为徐州治所。桓玄刚刚掌握大权，就准备亲自掌控北府，将刘牢之调任为会稽内史。
刘牢之得知自己的任命后一下就慌了神，他知道自己赖以维生的只有北府兵权。于是他与刘裕商量，准备不受会稽内史的任命，领兵回江北的广陵（今江苏扬州），投奔自己的女婿高雅之，然后举兵反抗桓玄。刘裕却明白地看出了事情的关键所在，他对刘牢之说：
将军以劲卒数万，望风降服；彼新得志，威震天下，朝野人情皆已去矣，广陵岂可得至邪！裕当反服还京口耳。（《资治通鉴·晋纪》）
“当初你拥兵数万的时候，望风而降；现在桓玄名正言顺地以朝廷名号发布命令，北府众人怎么会再听你的呢？广陵是到不了的！我不跟你去广陵，而是回京口。”
刘牢之却不听刘裕的意见，反而召集军中将佐，询问众人是否愿意跟随自己去广陵。然而他刚刚说完，参军刘袭反驳道：“事不可者莫大于造反。将军反过王恭，反过司马道子父子，如今又要反桓玄。一人三反，还有什么资格领导我们呢？”说完直接反身出帐。其他将佐也纷纷自行离去。
愤怒、悔恨、绝望环绕着刘牢之，而长子刘敬宣返回京口接家人也到期未还，刘牢之误以为他们均已遭遇不幸。多重打击之下，身经百战的刘牢之崩溃了。他曾经率领刘袭等人在淝水之战中为北府先锋，破前秦军队于洛涧；也曾经领兵北伐，收复诸州；甚至在邺城一度击败过当世战神慕容垂。可惜后来的他众叛亲离，并误以为儿子已死，在率亲信往广陵的路上自缢身亡。
晋室南渡以来，都督以“北”为号者，多次有不祥之事发生。故此，之前历任被授予镇北、平北将军的人，如桓冲、王坦之、刁彝、王恭等，都表让军号，来避开以“北”为号。而刘牢之在背叛王恭、投向当时的执政司马道子父子后，所得军号正是“镇北将军”—不知这一巧合是不是司马道子父子有意为之。
而返回京口的刘敬宣其实并没有遭遇不幸。回到军中的他见到的只有父亲的尸体。匆忙中，他只好按照父亲生前的计划，投奔广陵的高雅之；最后与高雅之一同先奔后秦，不久又投奔了南燕。
桓玄在逼死刘牢之，流放司马道子（后来暗示手下人将之毒杀），处死司马元显、司马尚之，又安抚住了起义军的余部卢循后，改年号为“隆安”，屯驻在姑孰（今安徽当涂），遥控朝政。
如果桓玄英明神武，那大局其实就此抵定，桓玄做出了父亲桓温都没达到的成就。然而他自执政以来，豪奢骄逸，朝令夕改，原荆州方面的官员经常侮辱朝廷大臣，甚至晋安帝的日常用品也被克扣。皇帝都不免挨饿受冻，诸臣所受的屈辱就可想而知了。
由于常年动**，三吴地区爆发了饥荒。起义军卢循虽然接受了桓玄的官职，但依然经常劫掠州郡。各地的富户经常是穿华服、抱金玉，闭门相守而饿死；贫民则加入起义军劫掠他县，或被劫掠，然后饿死。
在这种情况下，刘裕再次得到了起用。此时距离刘牢之自杀仅过了三个月。而刘裕的作战能力是毋庸置疑的，五月领军出征，到次年五月就将起义军卢循打成了“海盗”卢循，收复了失地。
在刘裕出征三吴的这一年，北府诸多旧将被桓玄铲除。如参军刘袭，吴兴太守高素，刘裕的老上级、冠军将军孙无终，皆被杀害。桓玄也晋爵成了楚王，并且接受了九锡之礼，不臣之心已经昭然若揭。
刘牢之的外甥何无忌从京口偷偷来找刘裕，劝刘裕于山阴起兵讨伐桓玄。但是刘裕与山阴地方大族的孔靖商量后认为，山阴离建康太远，起兵难以成功；并且桓玄毕竟还没篡位，若起兵更是名不正言不顺，不如回京口徐徐图之。
商议已定后，刘裕率军归朝述职；桓玄心腹桓谦私下问刘裕说：“楚王功高盖世，德望勋隆，大家都说皇上该让位给楚王，你觉得怎么样？”
欲使其灭亡，必先使其疯狂。刘裕谦卑地回答道：“楚王乃是桓宣武（桓温）的儿子，父子二人皆有大功；晋室微弱，人们早就希望有人取而代之了。楚王承运禅代，有何不可？！”刘裕此时相当于北府军方的代表，桓谦听后大喜过望，开心地说：“你说行，就是真的行啦！”
元兴二年（403年）年底，桓玄搞了一套禅让，登基为帝，改国号为楚；大封诸桓，令桓修镇京口，桓弘镇广陵；迁晋安帝于寻阳（今江西九江）。
值得一提的是，桓玄进入建康宫、登皇帝御座后，座位突然塌了—这一不祥兆头，令群臣大惊失色。这时殷仲文（桓玄姐夫）拍了一个厚颜无耻的马屁：“陛下圣德深厚，所以晋室御座根本不能承受啊！”桓玄听了之后哈哈大笑。
而禅让大典，作为北府军中实力派代表的刘裕却没有参加。他到建康后，以战场上的旧伤复发为由，返回京口。而北府的统帅桓修则留在建康等待参加典礼。趁着这个机会，刘裕秘密召集心腹，与妹夫臧熹、老部下檀道济兄弟、刘牢之外甥何无忌、何无忌的好友刘毅等人，又联络了在广陵任参军的弟弟刘道规、桓弘主簿孟昶、在历阳（今安徽和县）任参军的诸葛长民，约定等典礼结束，各地长官返回驻地后共同举事。
元兴三年（404年）二月，刘裕以打猎为由，出城后召集百人，反身杀回京口，斩杀桓修。桓修的心腹、时任司马的刁弘率军包围刘裕；刘裕却宣称寻阳的郭昶之已经起兵奉晋安帝返回建康，自己受密诏诛杀桓修。刁弘听后，信以为真，解散了部队。待刘毅等人带来了广陵也已经诛杀桓弘的消息后，刘裕立刻令人杀了刁弘，彻底掌握了京口军队。不过也有不顺利的地方：历阳的诸葛长民被刁逵发觉，抓起来准备送往建康；而都城建康方面的内应、刘毅的从兄刘迈，供出了刘裕等人的密谋。
刘迈此人，本来是上任荆州刺史殷仲堪的幕僚，当时还曾出言嘲讽过桓玄，但是在桓玄上任后，刘迈居然又投靠了过去，并且说：“射钩斩袪，加上我投靠您，这是三件化敌为友的美谈啊！”桓玄听了也很是开心。刘裕等人起事时，曾约刘迈一起，但是刘迈并不坚定。这一天正赶上桓玄问北府情况，刘迈心中有鬼，以为事情暴露，于是将刘裕等人在建康的部署全盘托出。桓玄因此除掉了刘裕的内应；又嫌弃刘迈没有更早告知自己，而将刘迈也杀了。
事情至此，刘裕已不能回头。他召集京口、广陵二地愿意跟随自己的共一千七百多人，誓师渡江，声言益州刺史毛璩已经从成都顺流而下击破了桓玄的大本营江陵（今湖北荆州）；此时江州，郭昶之已经重新拥立晋安帝；诸葛长民已据历阳，各路军队即将会集于建康，围剿桓玄。
然而事实上，刘裕只有这一千七百余人。
刘裕天锡神勇，雄略命世，不待借思汉之讴，未暇假从周之会。同盟二十七，愿从一百人。雷动朱方，风发竹里。龙骧虎步，独决神襟。长剑一呼，义声四合。**亡楚已成之业，复遗晋久绝之基。（朱敬则《宋武帝论》）
前进，目标建康！
按理来说，刘裕这点人马，在桓玄面前应该是不值一提的；但桓玄却非常害怕刘裕。手下人安慰桓玄说，刘裕等人兵微将寡，大兵一出，定然土崩瓦解，不必担心。桓玄却说：“刘裕这个人似一世之雄；刘毅胆大包天，明明家无余财，赌博的时候却敢一掷百万；何无忌又酷似他的舅舅刘牢之。这些人一起造反，怎么能没有威胁！”
事实证明，桓玄这次看人还是很准的。
刘裕渡江后第一战，亲自冲锋，手执长刀，阵斩桓玄军队里的著名勇将，即吴丘太守吴甫之；第二战，深入敌军包围，倚树而战，再次阵斩左卫将军皇甫敷。
桓玄的担忧成真了。他再次集结军队，令心腹桓谦、卞范之率领，屯扎在覆舟山西。刘裕下令羸弱的士卒多带旗帜，先行登山，自己与刘毅率主力尾随前进。桓谦手下士卒多为北府旧卒，一向佩服刘裕，又被刘裕所部署的疑兵迷惑；故两军刚一交战，刘裕领头发起冲锋后，桓谦军队瞬间溃散。
不过刘裕注定无法在建康抓到桓玄了，因为在令桓谦领军出击后，桓玄便携带亲信数千人，以及大量金银财宝，从建康南门溜之大吉。参军胡藩拉着桓玄的马绳劝谏他说：荆州士卒都受桓家厚恩，尚可一战。桓玄理都不理，反而加速赶往码头，逃往寻阳，挟持晋安帝去了。
江州刺史郭昶之没有像刘裕起兵时所宣称的那样拥立晋安帝、反抗桓玄，反而在桓玄到来后，将晋安帝交给了桓玄，自己与前将军何澹之领兵抵御紧随其后而来的追兵。
在一路西行、返回大本营江陵的路途中，桓玄既没有召集众人商议对策，也没有整顿军队，而是干了一件让人大跌眼镜的事—推卸责任。
他用出色的文采，给自己写了一本《起居注》，书里详细记述了他如何算无遗策、如何神机妙算；但是诸将违反他的旨意，不听令行事，所以导致大败。此书不出一月即撰写完成，桓玄令人将此书大力宣传，以体现自己的英明神武。
刘裕这边却没时间来搞宣传工作。重入建康后，百废待兴，而刘裕本人政治威望太低，即便立如此大功，仍然不能独掌朝政。刘裕自领徐州刺史、都督八州军事，刘毅为青州刺史。而核心官职扬州刺史，由刘裕的恩人王谧担任。从南燕归来的司马休之任荆州刺史，共同推晋安帝之父晋孝武帝的从兄、武陵王司马遵暂行皇帝事。
在军事的战场上，刘裕所向无前，在建康朝廷这政治的战场上，他却小心翼翼，尊宠诸士族高官。同为功臣的刘毅很看不起司徒王谧，经常以王谧曾担任桓玄的三公来嘲讽他，吓得王谧不敢在建康继续做官，跑到了曲阿（今江苏丹阳）。还是刘裕上表武陵王司马遵，将王谧请回了建康，又安抚了刘毅，才平息了新兴功臣与世家大族的这次纷争。
不过刘裕也不是对任何事都采取怀柔手段。太原王氏王坦之的儿子、尚书左仆射王愉密谋刺杀刘裕；事情败露后，刘裕没有将罪过仅归在王愉一个人身上，而是诛杀了王愉一族。
在恩威并施、整合了建康的力量后，刘裕令刘毅、刘道规、何无忌等人西上追击桓玄。经历一年的苦战，虽然曾一度失败，但是最终攻破了江陵，迎回了晋安帝，彻底解决了桓氏的势力。美中不足的是，在攻打荆州期间，益州刺史毛璩被部下谯纵所杀，益州成了独立的割据势力。
迎晋安帝回京后，朝廷改年号为“义熙”。刘裕以车骑将军，徐、青、兖三州刺史的身份出镇北府，返回了京口。
自此三年，刘裕都没有大动作。直到义熙三年（407年）十二月底，司徒、扬州刺史王谧去世。三年的权力侵蚀，使得当年共举义旗的兄弟们之间开始产生裂痕。豫州刺史刘毅等人不希望权力已经极大的刘裕再入朝领扬州刺史，坐镇朝廷，于是上表以名相谢安之孙、中领军谢混为扬州刺史。还有人上表说可以让刘裕领扬州刺史，但是不用入朝，在丹徒办公，建康的政务交给孟昶即可。
义熙四年（408年）正月，朝廷的使者、尚书右丞皮沈来到京口，询问刘裕对这两份奏章的意见。
皮沈来到京口后，先见了刘裕的幕府参军刘穆之，陈述了两份奏章的内容。刘穆之听完后，假装内急，出厅后令人速报刘裕：“无论皮沈说什么，都不要答复。”刘裕虽然不明所以，但是出于对刘穆之的信任，在见完皮沈后，果真没有回答。
但是他立即召见了刘穆之，询问缘由。刘穆之说出了改变局势的一番谏言：“晋朝失政已久，肯定不能复兴了。您曾经光复皇室，功高震主；就算想永久当一个镇守在外的藩将，也是不可能的。刘毅、孟昶、诸葛长民等人当年虽然与您共举义旗，但是现在同为晋室大臣，他们与您势均力敌，早晚会互起摩擦，终至刀兵相见。扬州是朝廷所在，不能操控于别人手中。之前授予王谧，已经是从权；现在若是再让给别人，那这中枢的权柄就永远地失去了—所以这扬州刺史我们势在必得。但是现在朝廷方面根本没有这个意思，所以我们很难直接将扬州刺史要到手。您这么对皮沈说：‘扬州刺史的位置很关键，需要与朝廷诸位共同商议，所以我去建康与大家讨论吧。’等您到了京城，那其他人就谁也不敢当这扬州刺史了。”
刘穆之这说话的艺术，分析利弊，剖析形势，说中了刘裕的担忧，并且提供了解决方案，简直完美！
刘裕即日启程入京，到了建康，果然如愿兼领了扬州刺史。
再次入京的刘裕，第一件事便是令自己的弟弟刘道规以及从南燕归来的刘敬宣领兵溯江而上，讨伐益州的谯纵。但是由于缺乏粮草，外加军中暴发瘟疫，刘敬宣等人所率的军队死者大半，只好退兵。刘毅借机上表，请求从重处罚刘敬宣；这事被刘裕扛下，他主动揽下失利的责任，上表将自己的车骑将军降为中军将军。同时刘毅被升为卫将军。
屋漏偏逢连夜雨，西线失利之后，南燕皇帝慕容超也来趁火打劫，义熙五年（409年）二月，南燕军队两次入侵东晋，俘虏数千民众。东晋众朝臣本来想忍气吞声，但刘裕在三月抗表北伐，自淮水入泗水，五月即至下邳（今江苏睢宁附近）；然后转水军为步兵，步行前进至琅邪（今山东临沂）。这一路上都未曾遇见南燕军队，手下就有人向刘裕建议：为防止南燕方面坚壁清野，应该停止进军，等待粮草。刘裕却说：“南燕军队自恃强大，定然不会烧毁田地、坚壁清野；他们肯定想引我全军进入大岘山，使我军没有退路，然后再出击。我们只管进军即可。”回到了战场上的刘裕，依然是那个果敢、勇锐的统帅—这次他猜对了。
远在都城中的南燕皇帝慕容超，如果知道刘裕已经做好了直面南燕骑兵的准备，那他的自信可能会大打折扣。群臣有的建议焚烧粮食、坚壁清野，慕容超以有损国力为由拒绝了；有的建议以骑兵在大岘山外阻击—但是这样做不到全歼晋军，所以也被慕容超否决了。最终的战场被定在了临朐。
通过了大岘山的刘裕并没有见到燕军，喜形于色。他知道，燕军的覆灭只是时间的问题了。
两军在临朐南相遇，慕容超想象中的骑兵对步兵的屠杀并没有出现。刘裕以木车四千乘为左右翼，使得骑兵根本不能冲阵；又以檀韶、胡藩（没错，就是当初劝桓玄的那位）为别军，偷袭临朐城，抄了燕军的后路。前后夹击之下，燕军大败，主力尽灭。慕容超逃往广固（今山东青州西北）。晋军全军追击，在广固城外筑起长围；又因地取粮，令后方不必再通过漕运向前线输送粮草。
慕容超困守广固城中，令尚书郎张纲向后秦求救。但是在归来的途中，张纲与秦军使者皆被晋军擒获。
秦军使者对刘裕说：“秦、燕是友邦，现在秦军已派遣铁骑十万，屯驻在洛阳，如果晋军不退，那么秦军将长驱而入。”刘裕豪气干云地说：“告诉你们的皇帝姚兴，我灭燕之后，休息三年，便会取回长安、洛阳。如果你们现在就想死，那就快来！”
裕呼秦使者谓曰：“语汝姚兴：我克燕之后，息兵三年，当取关、洛。今能自送，便可速来！”（《资治通鉴·晋纪》）
刘穆之听闻秦军使者到来后，立刻来见刘裕—但还是晚了一步，使者已经走了。在听完刘裕的回答之后，刘穆之更是忍不住急了：“平常不论事情大小，您都会跟我商量，这次怎么就答复得这么快？！您口出大言，不仅不会吓唬住姚兴，反而会激怒他。要是广固还没攻下来，秦军又来了，岂不是功亏一篑？”刘裕哈哈大笑，对刘穆之解释道：“这是行伍之事，你不懂。兵贵神速，要是姚兴真能派兵，哪里还会先派人威吓？他们是在吹牛啊！”
这次刘裕又料对了，直到广固城破，也未见一兵一卒前来支援。
义熙六年（410年）二月，广固城破，刘裕斩南燕王公三千人，并下令毁掉广固城，然后送慕容超于建康处斩。
灭燕的兴奋还未过去，刚刚返回下邳的刘裕就接到了一则消息，他立即抛下军队，只带数十人，昼夜兼行，马不停蹄地直奔建康。
刘裕收到的消息很短，却触目惊心：卢循再反，何无忌战死。
建康朝廷已经乱成一团，京城戒严，甚至商议迁都，往下邳去依靠刘裕。后来听说卢循的军队在休整，才没有带晋安帝渡江。
刘裕抛下军队后，单船渡江，到京口后也并未休息停留，直奔建康。四月，刘裕入京—朝廷众人这才有了主心骨，宣布京城解严。由此可见，在面对征伐之事时，刘裕已经成了当仁不让的领袖。
刘毅很不服，他一直觉得刘裕只是运气好。之前卢循击败何无忌后，他由于生病，没有出征；但是朝廷众人似乎并不因为他还在豫州，就不害怕卢循。这让刘毅更想证明自己。
刘裕知道刘毅想要独自出战，赶快派随自己征南燕的刘毅之弟刘藩去姑孰劝说，并且带去了自己的一封信：“我从前多次与卢循的军队交手，不能轻视他；等北伐的军队归来，我们合兵出征。”
然而刘毅却对这封信有了不同的解读。“多次与卢循交手”，谁不知道你刘裕正是因为多次击败孙恩、卢循才崭露头角？“不能轻视”的意思就是，我刘毅如果单独出征就打不过卢循—听听这说的是人话吗？所以刘毅对弟弟刘藩说：“之前我让着刘裕，所以你就真以为我不如他吗？”这句话不仅是对刘藩所说，也是对朝廷众臣所说。
于是，刘毅也学刘裕征南燕的行为，抗表出征。他率领两万军队，从姑孰迎击卢循。
卢循刚刚击败了荆州刺史刘道规的军队，便迎来了豫州刺史刘毅的两万精兵。义熙六年五月，两军于桑落洲（今江西九江东北、安徽宿松县西南长江中）爆发战斗。结果证明了卢循之前屡次失败，不是因为卢循太弱，而是因为刘裕太强。
刘毅军队全军覆没，舟船全毁，辎重尽丧。刘毅在亲兵的掩护下步行逃离战场，奔回建康。
这一战后，建康群臣彻底慌了神，因为赖以支撑的江州何无忌、荆州刘道规、豫州刘毅分别败于卢循；而北府的军队刚刚征讨完南燕，返回建康的士兵伤兵满营，京城几乎无兵驻守。更有败兵为了掩饰失败，向建康城中人描述卢循军队有战士十余万，运粮草的车百里不绝。绝望情绪笼罩了建康的每一个人。
东晋朝廷为何如此惧怕卢循的军队？因为，这是一群狂热的“宗教分子”。
事情要从孙泰说起。孙家世奉五斗米教，孙泰以道术聚集了一大批次等士族出身的官员，他们皆以孙泰马首是瞻，甚至执政司马道子的儿子司马元显也很信奉他。孙泰的活动本质上是集结了东晋的一些次等士族，妄图夺取权力。这使得一些高门如琅邪王氏、太原王氏、陈郡谢氏感到了威胁。不久，会稽内史谢輶举报孙泰图谋不轨，司马道子将孙泰诛杀。但是孙泰的侄子孙恩却逃往海上，没有被抓捕归案。
后来司马元显执政，为了对抗桓玄，增加军事力量，发客为兵（即征发士族门阀名下的农民为士兵，受朝廷管辖），引起了三吴士族豪强的不满。孙恩趁机登陆会稽，以五斗米教的名义起义。无论是被司马元显侵犯了利益的地方士族，还是底层信奉五斗米教的教众都会集到了孙恩的旗下，一时之间有数十万人。义军们攻城略地，凡是不信奉五斗米教的，皆遭到诛杀，婴儿也不曾放过。甚至随军的家属，如果携带婴儿，不利于行军的，就将婴儿投入水中，宣称是“贺汝先登仙堂，我寻后就汝”。后来孙恩被刘裕连续击败，走投无路之下跳海自杀。义军余众推孙恩的妹夫卢循为领导，继续在三吴地区攻略郡县。当时赶上桓玄正与朝廷开战，双方便都对卢循采取怀柔政策，以广州刺史的名义安抚他。
双方心知肚明，一旦朝廷缓过来，肯定会再次爆发战争。所以趁刘裕远征，卢循从广州进军，一路先后击败何无忌、刘道规，现在又大破刘毅军，距离攻破建康只有一线之隔了。
如果卢循攻进了建康，那这些高门大族肯定会死无葬身之地，双方不存在和平的可能。这也是朝廷众臣如此恐慌的原因所在。
兵临城下，朝廷出现了分歧。孟昶、诸葛长民等人认为，应该奉皇帝渡江，往广陵暂避锋芒。刘裕认为，一旦出京，军队一定崩溃，就算到了广陵，那也是苟延残喘；只有在建康坚守，才有一线生机。孟昶屡次建议赶紧逃走，刘裕终于生气了，两人大吵起来。刘裕说：“如果城破，我自当横尸庙门，绝对不会苟且偷生！”孟昶也极为恼火，认为必败，不如现在就杀了自己，省得到时候被卢循羞辱。刘裕愤怒地质问说：“你既然不怕死，为何不先打一仗？到时候失败了再死也不迟！”然而孟昶回府之后，觉得走到这步田地，是因为自己曾大力支持刘裕征讨南燕，所以导致京城空虚，卢循再反。他羞愧难当，上遗表将罪过揽到了自己身上，然后仰药自杀。
刘裕北讨，众并不同，唯臣赞裕行计，致使强贼乘间，社稷危逼，臣之罪也。谨引咎以谢天下！（《资治通鉴·晋纪》）
孟昶的死，并没有动摇刘裕的决心。他下令募民为兵，赏赐等同于随自己从京口起兵讨伐桓玄的士卒，并且亲自引军驻扎在石头城（建康之西的要塞，紧邻长江）。许多市民来看热闹，刘裕好奇地问参军张邵，张邵回答说：“如果您没有回归建康，那这些人四散奔逃都来不及，怎么还有心情看热闹呢？”接着他又说道：“贼军到达后如果直接登陆，凭着锐气一鼓而下，我们就危险了；但是如果他们到达后在对岸集结，那就必定失败。”刘裕很赞同他的看法，于是登城遥望卢循军动向。
纵观刘裕一生，此战最为凶险。因为这一战的主动权不在他，而是在敌人手里。所以当他看见卢循军直奔新亭而来的时候，大惊失色—但是不知为何，后来卢循军逐渐奔向了对岸。刘裕放下心来，知道自己即将渡过难关。
卢循是随先头部队一起抵达建康的，他的姐夫徐道覆建议直接登陆新亭。但是卢循害怕刘裕，认为等大军集结后进攻，方才万无一失，于是回转西岸，等待大军的到来。徐道覆叹息说：“我早晚被卢循害死啊！如果我得以在英雄手下效力，平定天下易如反掌。”徐道覆的叹息不是没有理由的，此次卢循从广州出兵，乃至击败刘毅，徐道覆都有出谋划策的功劳。
所谓机不可失，时不再来。等卢循集结完军队，刘裕这边也已经布置完善。两军数次交锋，卢循军都不曾突破晋军防线；虽然一度登陆丹阳郡，但始终不能击破晋军，逼近建康。随着时间的推移，晋军越来越强，而卢循军锐气尽失，最终于七月返回江州的寻阳。
建康解严，刘裕立即下令让孙处、沈田子率军出海，直扑广州；并且下令说：“大军十二月之交必破卢循。你们先到广州，抄他们的后路，使他们退无可退。”
建康的危机解除了，但是卢循军返回寻阳后，很快溯江而上，攻打江陵，希望占据中游，以保持对建康的压力。与此同时，益州的谯纵派出桓氏余党桓谦，领兵从上游顺流而下、进攻江陵。
刘道规令从襄阳来支援的鲁宗之部队守城，自己领兵出战。时任天门太守的檀道济先登陷阵，一举冲破桓谦阵势，导致桓谦军队大败，桓谦本人也被杀死。随即他乘胜追击，击破卢循的部将苟林，江陵之围遂解。等徐道覆率三万后援赶到江陵时，已经只有自己一支孤军。所谓兵败如山倒，士气全无的军队再次被刘道规击破，徐道覆本人也逃回了卢循的本部。
十月，刘裕率领刘藩、刘敬宣、檀韶自建康出发，征讨卢循。正如刘裕对孙处等人所下的命令，甚至时间都惊人地一致：十二月，刘裕击破卢循全军。卢循、徐道覆分别逃跑—然而等待他们的，是已经被孙处、沈田子攻占的大本营，最终二人皆被诛杀。至此，持续了十二年的孙恩、卢循之乱被彻底平定。
义熙七年（411年）三月，刘裕登台辅，成为三公之一—太尉。
即使军功已经如此耀眼，并且已经成为太尉，刘裕却并未得以在一人之下，万人之上。因为不服他的人太多了。在那些士族高门看来，刘裕不过是另一个版本的孙恩罢了。甚至在刘裕拜太尉的典礼上，名相谢安的孙子谢混不仅迟到，而且衣冠不整，神色傲慢。
由于东晋特殊的门阀士族政治背景，许多人可能不明白刘裕与高门大族之间巨大的鸿沟。举一个可能不太恰当的例子，如果将东晋王朝比作一个由几大家族共同掌管的企业，那现在这个企业已经日薄西山；靠着业务能力过人但仅有初中学历的刘裕多次力挽狂澜，方才屹立不倒。刘裕虽然因此晋升总经理，但其余高管多数是各大股东的亲属，又有海归名校的学历背景，无论是处事思维、言谈举止，还是兴趣爱好，同为管理层的刘裕与其他高管都是格格不入的。
而本就独木难支的刘裕又迎来了一个噩耗：能力出众又值得信任的弟弟、荆州刺史刘道规病故。朝廷众人推任豫州刺史又同时领江州军队的刘毅出任荆州刺史。刘裕无理由拒绝，只能表示赞同。
刘毅赴任之时，带走了豫州、江州的部分军队，又请求故太尉郗鉴的曾孙郗僧施入治下，为南蛮校尉。而刘裕表示，郗僧施为丹阳尹，希望他可以留在扬州，不入刘毅幕府。
即使面对相当于首都市长的三品要职丹阳尹，郗僧施也决然地宁愿出任四品的南蛮校尉，往荆州任职—这些高门大族更喜欢虽然出身不佳，但是颇涉文雅的刘毅。
不知是否有意示威，刘毅在到任前，请求回京口祭祖。大家心知肚明，此时刘毅与刘裕的关系已经接近破裂。胡藩就对刘裕说：“您觉得刘毅能一直甘心在您之下吗？”史载，刘裕“默然”，过了很久才回答说：“你觉得呢？”胡藩就直言，与其与刘毅早晚兵戎相见，不如直接在接风宴上诛杀他，以绝后患。刘裕说：“当初我们共举义旗，现在他也没有任何过失，怎么能无故杀了他呢？”虽然接风宴差点变成鸿门宴，但是最终双方把酒言欢，尽兴而别。
刘裕、刘毅可能都有预感，这一面，似乎就是最后一面了；再次见面，便不是你死，就是我亡。曾经共同出生入死的袍泽，终于要拔刀相对。
是敌与是友，各自都没有了自由；位置已变，各有队友。
义熙八年（412年）五月，卫将军刘毅赴任江陵。到任后，他将重要职位全部换为自己的心腹；并且上书朝廷，请求让自己的弟弟，即兖州刺史刘藩为副职，辅佐自己。
首先拔刀的是刘裕。他答应了刘毅的请求，召兖州刺史刘藩入朝述职，然后宣布他与谢混、刘毅共同图谋不轨，当即收捕并处死谢混、刘藩；随后以宗室司马休之为荆州刺史；召豫州刺史诸葛长民入建康，名义上将建康托付给他，实际政务却都由刘穆之处理；同时以王镇恶为前锋，自己亲率四万军队为后援，出征江陵。
王镇恶一路上打着刘藩赴任的旗号进军，直抵江陵城。刘毅一直视军队为依靠，却在听说刘裕亲自前来后，瞬间崩溃。刘毅明白大势已去，自缢身亡。
义熙八年十一月，刘裕抵达江陵，亲自下令杀郗僧施，随即部署伐蜀事宜。由于担忧建康政局，刘裕需要返回都城。他提拔年轻有为的朱龄石为益州刺史，令其率两万军队溯江而上，征讨谯纵；并且留下一封书信，令其至白帝城再拆开阅读。
当年京口共举义旗的诸人，刘毅、孟昶、何无忌均已死亡，只剩诸葛长民尚在。想到自己平日里纵容家人、贪污腐败，于是诸葛长民私下询问刘穆之说：“众人皆云太尉要处置我，是怎么回事？”刘穆之安抚道：“太尉远征荆州，却将京城委托给您，若是要处置您，怎么会把这么重要的位置留给您呢？”诸葛长民这才稍稍放下心来。
但是他的弟弟诸葛黎民却不放心，劝说道：“刘毅的结局，也是我们的下场。不如趁刘裕未返，占据建康。”诸葛长民没有正面回答他，说道：“贫贱之时常常想要富贵，等到富贵了却经常危机重重。现在我想回老家当一个平民百姓，这个愿望恐怕不能实现了！”
这样的话语，似曾相识。当年秦朝丞相李斯失势下狱，也曾对儿子说：“吾欲与汝复牵黄犬，俱出上蔡东门逐狡兔，岂可得乎？”随后被夷三族。西晋时陆机临刑前也曾哀叹：“欲闻华亭鹤唳，可复得乎！”历史总是上演这种剧情，扑向权力之火的飞蛾，只有在火烧到身体的那一刻，才会觉得后悔，正如李白在《行路难·其三》中所写的：
吾观自古贤达人，功成不退皆殒身。
子胥既弃吴江上，屈原终投湘水滨。
陆机雄才岂自保？李斯税驾苦不早。
华亭鹤唳讵可闻？上蔡苍鹰何足道？
义熙九年（413年）二月，刘裕约定中的抵达日期已至，诸葛长民率百官准备迎接，却不见刘裕身影—后来得报才知道，刘裕轻舟回京，已入建康。诸葛长民慌忙返城拜会刘裕，心中忐忑的他却在东府见到了和颜悦色的刘裕。
刘裕屏退不相干人等，单独招待诸葛长民，从小时候说起，一直说到反桓玄后，自己军旅征伐中的各种秘密—诸葛长民这才放下心来，然后突然两眼一黑。
裕伏壮士丁旿于幕中，引长民进语，素所未尽皆说焉。长民悦，旿自后拉而杀之，舆尸付廷尉。（《晋书·诸葛长民列传》）
随后诸葛长民的弟弟黎民、幼民也全部被处死。建康士庶听闻诸葛氏覆灭，皆拍手称快。
进军益州的朱龄石也拍手称快。他遵照嘱托，到白帝城后打开刘裕所留书信，信中已将进军路线以及敌方应对一一道来。朱龄石遵令进军，果然绕开重兵，突袭成都得手，一举覆灭谯纵政权，夺回益州。
刘毅、诸葛长民伏诛，谯纵授首。刘裕对东晋的实际掌控进一步加强，然后他放了一个大招：下令进行“土断”。
何为“土断”？自西晋大乱以来，北方流民不断渡江往南方而来；东晋建立后，在沿江地区设置侨州、侨郡、侨县来进行户口登记。这些侨立的行政单位都是没有实际土地的，只是一个统计机构。流民们虽然在这些地方进行登记，但是实际居住于江南各地。发展好的，通过开荒等手段，成为自耕农，但不用交税，因为其户口属于“侨民”。这对需要正常服役、交税的江南本地人很不公平，所以经常有“侨民”与“旧民”的矛盾，毕竟民不患寡而患不均。而发展不好的“侨民”，往往沦为各士族的佃客、奴婢等，更是不用交税了，这对朝廷的统治极为不利。
义熙九年三月，刘裕上表朝廷实施“土断”，将流民、侨民全部变为政府的编户齐民，统一管理，史称“义熙土断”。这同司马元显的“发客为兵”有异曲同工之妙；不过不同的是，刘裕手里有强大的北府兵，抵抗激烈的豪强大户被尽数诛杀。
值得玩味的是，此次“土断”范围不包括侨置的徐、兖、青三州，而此三州正是北府兵的主要兵源地。
放眼望去，东晋境内各州长官，只有江陵司马休之、襄阳鲁宗之非刘裕心腹。这种情况没有持续太久。“土断”完成后，义熙十一年（415年）正月，太尉刘裕以司马休之、鲁宗之二人图谋不轨为由，再次亲征江陵。结果显而易见，司马休之、鲁宗之二人无力抵抗，纷纷逃往后秦。
刘裕终于到达了一个权臣的顶峰—“剑履上殿，入朝不趋，赞拜不名”。可是想要名正言顺地取代晋室，还需要一个巨大的功勋，这份功勋同时也是永嘉南渡以来几乎所有晋朝民众的梦想—光复中原。祖逖为这个梦想，曾经击楫中流而怒吼：“不能清中原而复济者，有如大江！”桓温为了这个梦想，曾经感叹过：“树犹如此，人何以堪！”
现在轮到刘裕了。
回首百年之前，永嘉五年（311年）四月，前赵石勒的军队击溃了晋朝中央军主力，“将士十余万人相践如山，无一人得免”，石勒随即向晋朝都城洛阳进军。
晋怀帝司马炽想要迁都以避锋芒。然而作为帝国首都，洛阳居然凑不齐逃跑的车马。司马炽叹息说：“如何曾无车舆？”
车辆呢？马匹呢？没有了，连续十年的战乱使得一切物资都极为稀缺。司马炽如果出皇宫看看，就不会发出叹息了，因为此时洛阳的民众已经到了“人相食”的地步。
然而更可怕的事情还没来。五月，匈奴人的军队在城外集结完毕。四处来救援的晋军连战十二场，全败，死伤三万余人。饥荒之后，战火也进入了洛阳，帝国的首都陷落。前赵的士兵幽禁了皇帝，然后洗劫了曾经的天下中心，劫掠官府，焚烧宫殿，发掘陵墓。上至王公贵族，下至平民百姓，死伤无数，“三川北虏乱如麻，四海南奔是永嘉”。
部分大臣逃了出来，用牛车载着怀帝十一岁的侄子司马邺逃往长安；后来听闻怀帝遇害，便拥立司马邺即位为帝，是为晋愍帝。
五年零十一个月，司马邺在担惊受怕中度过了两千多个日夜后，因为一碗粥，终于崩溃。
建兴四年（316年）十一月，前赵军队围困长安已经三个多月了，城中一斗米已经卖到了千金，再次出现了人相食的惨剧。司马邺喝了许久带有饼渣的粥来充饥，在见到这天呈上来的粥变为真正的清汤寡水后，终于绝望了。他哭着对一直坚持作战的领军将军麹允说：
今窘厄如此，外无救援，死于社稷，是朕事也。然念将士暴离斯酷，今欲因城未陷为羞死之事，庶令黎元免屠烂之苦。行矣遣书，朕意决矣。（《晋书·孝愍帝纪》）
何为羞死之事？投降。
同年十一月十一日，西晋的最后一位皇帝，十七岁的司马邺脱去上衣，口衔玉璧，投降于前赵将军刘曜，长安陷落。六天后，司马邺与群臣被送往前赵首都平阳（今山西临汾）。次日，前赵皇帝刘聪升殿，司马邺跪拜行礼，麹允伏地恸哭，自杀身亡。
建康，琅邪王司马睿，也就是后来的晋元帝，每天都会接见许多从北方逃难而来的公卿大臣。这一日，他如往常般接见南渡大臣，其中恰巧有一位是从长安来的，他便询问起近来北方的消息。对方越说越动情，渐渐地，回答的和问话的，都开始哭泣。年仅数岁的孩童司马绍看父亲哭得伤心，十分好奇原因，司马睿便将故都风华和永嘉之乱一五一十地细细讲来，然后抬起头问儿子说：“你说长安和太阳，哪个离我们更远啊？”司马绍回答道：“自然是太阳更远，我从来没听说过从太阳来的人，自然太阳更远啊！”司马睿觉得这个回答很有意思，连忧愁也消散了不少。
次日，司马睿会集群臣，也许是席间无聊，也许是想让自己的儿子出出风头，他当着众臣的面，再次问儿子司马绍说：“你说长安和太阳，哪个离我们更远啊？”司马绍这次回答说：“长安更远。”司马睿很是震惊，询问为何与昨天回答不一样。司马绍答：“我举目望去，可以看见太阳，可是却看不见长安啊！”[1]
“总为浮云能蔽日，长安不见使人愁。”
长安陷落整整一百年之后，义熙十二年（416年）四月，东晋举国戒严，进行军事动员。太尉刘裕下书以告民众：
吾倡大义，首自本州，克复皇祚，遂建勋烈。外夷勍敌，内清奸宄，皆邦人州党竭诚尽力之效也。情若风霜，义贯金石。今当奉辞西旆[2]，有事关、河。（《宋书·五帝本纪》）
“我自京口举义旗以来，外讨谯纵、慕容超，内灭桓玄、卢循等人，都是靠着诸位袍泽竭诚尽力方才成功。情若风霜，义贯金石。现在我准备向关中、河洛发兵，请诸位再次助我！”
八月，晋军前锋分四路，自建康出征；刘裕亲统大军为后继。
“想当年，金戈铁马，气吞万里如虎。”
与以往历次北伐于三四月出征不同的是，此次出军选在八月。从时间上来看，刘裕已经做好了长期作战的准备，希望军队可以在北方度过冬天，熟悉气候。后秦占据关中与河南大部，刘裕准备于冬季拿下河南地区，为次年进入关中做准备。
他更是吸取了桓温北伐失败的教训，鉴于陆路进军粮草运转困难，故只以偏师沿桓温当年北伐的路线进军；令沈田子、傅弘之军从襄阳出发，翻越豫西山脉、北上武关。主力分作四路：西路军由檀道济、王镇恶率领，从陆路行军，北上攻打许昌、洛阳；中路军由沈林子、刘遵考从彭城出征，以水军入汴水（这一路极为重要，若攻占汴水航道，疏通石门水口，则刘裕亲领的大军便可避免沿黄河进军，与北魏隔河相望）；东路军由冀州刺史王仲德总督，从南燕故地（今山东北部）向西进军，目的是拔除魏军设置在黄河南岸的据点，以及开通桓公故渎，沟通泗水入黄河的航道；刘裕亲率大军，从建康往彭城，为诸军后继。约定前锋诸军于洛阳会合，集结刘裕主力后，合兵西进关中。（遗憾的是由于史料未记载兵力，所以北伐军各路人数不明。）
而后秦方面呢？义熙十二年年初，后秦皇帝姚兴病故，未满三十岁的太子姚泓即位，随即爆发了一场政变，后秦大将军尹元等人被诛杀。姚泓将军队委托给叔父（东平公姚绍），平定了数次叛乱。但是兴起于陕北高原的匈奴铁弗部赫连勃勃，屡次南下攻击后秦，使得后秦军队疲于应对。正是在这种情况下，晋军前锋势如破竹，逐渐会集于洛阳。
驻守洛阳的后秦守将姚洸向长安求救。姚泓令越骑校尉阎生率骑兵三千、武卫将军姚益男率步兵一万支援洛阳，以并州牧姚懿为两军后援，同时派人向姻亲之国—北魏求救。
在晋军王仲德率领的部队向西行进的过程中，魏军位于黄河南岸的滑台守将尉建害怕晋军的强势，弃城逃往黄河北岸。王仲德听闻消息后，急入滑台，并宣称“本来想用布帛七万匹向魏国从滑台借路的，没想到魏国守将直接放弃滑台了”。北魏皇帝拓跋嗣听闻后，令安平公叔孙建自河内引军渡河，于滑台城下将尉建诛杀，并询问晋军为何入侵魏国。王仲德部下回答说：“太尉刘裕遣王将军入洛阳清扫晋朝祖宗陵寝，不是攻打魏国。魏国守将弃滑台而去，于是王将军领兵在此休息，马上就继续西进，不影响晋、魏两国的友好关系。”叔孙建又派使者前往彭城询问刘裕，刘裕写信说：“洛阳乃晋朝旧都，秦国已经占领很久了；晋朝的叛臣司马休之等人也逃入了秦国。所以现在我们借贵国的道路行军，不是想要与魏国为敌。”
二十四岁的北魏皇帝拓跋嗣很犹豫。一方面，他收到了舅子姚泓请求魏国发兵助秦的求救信；另一方面，晋军明确表示与魏国井水不犯河水。自己要不要掺和进去？他召集群臣，商议对策。
几乎所有大臣都说：“秦国有潼关天险，刘裕率领的多是水军，想要攻打潼关很困难。但他若是率水军渡过黄河，则无比容易。他声言伐秦，实际上肯定是要进攻我国。所以我们应该出兵，阻止晋军继续行进。”
年轻的博士祭酒崔浩却提出了不同的意见，他说：“晋朝想收复旧都已经很久了，现在姚兴已死，秦国经历了一系列内乱，刘裕趁机北伐，肯定是志在必得。若是我们出兵阻止晋军西进，那么刘裕愤怒之下，定然渡河进攻我国，这样一来我们就代替秦国承受了战争。现在柔然经常侵略我国北方边境，要是同时与刘裕开战，则国家将陷入南北同时作战的窘境。不如我们将西进的道路让给刘裕，如果刘裕北伐胜利，则必然感激我们；如果他北伐失利，我们则发兵断他归路，姚泓也会感激我们—此坐山观虎斗之计。况且刘裕就算得了关中，也必不能守。关中早晚都会为我国所有。放刘裕西进，不费一兵一卒，坐观成败，实乃上策。考虑国家大计，要从利益的角度考虑，怎么能顾及姻亲呢？”
崔浩，这位长相如“美妇人”的年轻博士祭酒，此时名声未显，所以建议并未得到采纳。虽然后世史家评价他说“夫崔浩之佐魏，料敌制胜，变化无穷，此其智之不可敌，虽子房无以远过也”，但足以与汉初张良比肩的智囊，显然生不逢时，还没有等到属于他的时代。
拓跋嗣采用了多数人的意见，令司徒长孙嵩督诸军，领振威将军娥清、冀州刺史阿薄干，率步骑兵十万屯驻于黄河北岸，监视晋军。
在北魏调动兵力的时候，义熙十二年十月，王仲德、沈林子、王镇恶、檀道济率领的西路、东路晋军已经会合，并且攻破洛阳，集结完毕。此时秦军的援兵阎生、姚益男部队刚刚出潼关，得到洛阳失守的消息后便就地驻扎，阻止晋军继续西进。
在彭城得到收复旧都洛阳消息的刘裕，派长史王弘回京，暗示朝廷准备九锡之礼。
什么是九锡之礼？“锡”通“赐”，所以九锡之礼其实就是九种由皇帝赏赐的物品。本来没有什么不同，但是渐渐地，这成了一道手续—篡位必备的手续。在刘裕之前，得九锡的人有王莽、曹操、司马懿、桓玄等人。可以说如果九锡之礼出现，那么就离改朝换代不远了。
刘裕北伐，虽然顺应了永嘉之乱以来的民心所向，但如果取得成功，那么也是他本人巨大的政治资本。所以刚刚攻下旧都洛阳，刘裕便暗示朝廷备九锡之礼，意图已经很明显了。
留守建康的刘穆之很惭愧，又有些惶恐。这件事本来就不应该由北伐军中回来的人提议。自己镇守后方，主持大局，居然没有主动为刘裕请九锡之礼，这是多大的失误啊！在这种情绪的影响下，刘穆之的身体开始出现问题。
前锋诸军也出现了问题。攻下洛阳的各部队迟迟等不到刘裕的到来，而前方是孱弱的秦军与近在咫尺的潼关。若是先入关中，攻下长安，成不世之功，荣华富贵不必说，青史留名都是肯定的！在这种巨大的**下，本就蠢蠢欲动的前锋诸军，得到了秦军内乱，姚懿部造反，与姚绍军激战并被消灭的消息。于是，义熙十三年（417年）正月，王镇恶率军扫清崤函道，直抵潼关。檀道济、沈林子见潼关有重兵，便渡河而北，试图从蒲坂进入关中。但是三路军队都遭到了秦军的顽强抵抗。檀道济、沈林子两军于黄河北岸战败；见无机可乘，便又渡河而南，与王镇恶会合。
由于脱离补给线过久，合军一处后，晋军粮草出现了问题。军心动摇，出现了弃辎重粮草、轻军回撤、会合大军的提议。沈林子坚决不退，说道：
相公志清六合，今许、洛已定，关右将平，事之济否，系于前锋。奈何沮乘胜之气，弃垂成之功乎！且大军尚远，贼众方盛，虽欲求还，岂可得乎！下官授命不顾，今日之事，当自为将军办之，未知二三君子将何面以见相公之旗鼓邪！（《资治通鉴·晋纪》）
“主公意欲扫清六合，如今河南已经平定，关中近在咫尺，事情成败，就在前锋诸军。为何说出如此丧气的话？！而且大军距离我们过远，秦军强大，是想撤军就能撤吗？我拼出性命，也要攻克潼关，不知道回去的人有何面目面见主公？！”
沈林子阻止退军后，众将一面写信给刘裕，希望大军速速前来支援；一面开始就地筹集粮草。靠着王镇恶以往流落在关中的经历，和其祖父前秦名相—王猛的名声，晋军征调到了部分粮草，得以继续与潼关的秦军对峙。
刘裕得知前锋诸军擅自行动的消息后，来不及等石门的汴水航道疏通，便急领大军，自淮、泗入黄河西进。
三月的河水冰凉，时不时有呼啸的风刮来，将行进中的船只吹往黄河北岸。等待他们的，是魏军的屠杀。刘裕顾不得与魏国的约定，令军队沿河用弓弩扫**。但是晋军的箭雨一来，魏军便仗着骑兵的优势远离河岸，等晋军的箭雨停止，便又来岸边进行骚扰，严重阻碍了晋军的行进速度。王镇恶等人的告急使者到来，求速发粮草。刘裕呼使者上船，打开北面窗户，指着岸上的魏军说：“我语令勿进，今轻佻深入，岸上如此，何由得遣军！”话虽如此，但若是任由北魏军队继续骚扰进军，则前锋诸部在潼关全军覆没是迟早的事情。
岸上耀武扬威的魏军，很快发现了些许异样：平坦的黄河北岸，立起了一根迎风飘**的白毦。
义熙十三年四月，刘裕令侍卫队长丁旿率亲从卫队七百人、车百乘，先登上岸。魏军见晋军人少，不解其意，皆远远观望。
将车辆背水摆为半圆形后，丁旿立起白毦。刘裕于船上望见后，令朱超石率两千士兵携带大盾、强弩以及大量断槊登岸。魏军见晋军登陆后居然胆敢布阵，于是开始集结，准备冲锋。朱超石令士兵以软弓小箭射击，魏军见晋军人少兵弱，立刻发起了进攻。魏军主帅长孙嵩听闻消息后，立即率三万骑兵赶来，围攻晋军营阵。
这时，弓弩已经不能阻止魏军的冲锋，携带的大量断槊发挥了威力。朱超石令士兵将断槊挂于强弩之上，以大锤击之，一槊往往能洞穿三四名魏军骑兵。骤然发生如此变化，魏军大溃。朱超石趁机率胡藩等人全军出击，阵斩魏军冀州刺史阿薄干。长孙嵩退回畔城，还是没能收拢败兵；又被晋军击破城池，死伤千人。此战过后，晋军并未乘胜追击，刘裕反而令人送酃酒[3]及江南特产来释放善意。
江南特产与魏军战败的军情一同传回平城（今山西大同），拓跋嗣方才后悔没有听从崔浩的言论，于是他下诏令长孙嵩放晋军西进，并且回礼厚报刘裕。一战立威的刘裕没有了掣肘，下令急速西进，支援前锋诸部。到达洛阳后，刘裕将粮草运往前线，大军却驻扎了下来。为何？潼关天险，又有后秦重军驻守，刘裕即使率主力进攻，也会顿兵于坚城之下。他分出参军戴延之等数股军队，探寻道路，意图绕过潼关。
机会一度出现过。后秦的征北将军、齐公姚恢以清君侧的名义，领军从安定南下长安。姚泓十分恐惧，令姚绍领军自潼关回援。姚绍回军后，火速击败姚恢；又折返回潼关，继续与晋军相持。但晋军并没有抓住这个时机。返回的秦军士气大振，没有再苦守天险；姚绍下令长史姚洽等人率军渡过黄河，意图从黄河北岸绕到晋军前锋与刘裕主力的衔接处，断绝粮道。然而这一行动对晋军的百战之师没有起到作用。沈林子发觉秦军意图后，主动出击，全歼秦军，使得姚绍的计划落空；同时沈林子将俘虏的三千秦军放回潼关，以示羞辱。之后，沈林子写信给刘裕说：“姚绍此人多次征战，从未失败，如今被我军击败，而国内又动**异常，恐怕命不久矣。”沈林子言中了。接回败卒后，姚绍羞愤发病以致吐血而亡，临终前令姚赞统率潼关秦军。与此同时，刘裕也收到了开辟新路的戴延之等人的消息：并没有可以翻越潼关的办法。无奈之下，刘裕率主力自洛阳出发，前往潼关；同时令沈林子率军翻越秦岭东部，会合自襄阳陆路进军的西线沈田子部，合兵从武关入关中。潼关之下，晋军云集，却依然无计可施。刘裕再次试图从黄河北岸的蒲坂入关，令朱超石强攻蒲坂，结果却大败而归。局面陷入了僵持，无功而返仿佛是必然的结局。
潼关地势之险要、景色之苍茫，谭嗣同的《潼关》或能体现一二：
终古高云簇此城，秋风吹散马蹄声。
河流大野犹嫌束，山入潼关不解平。
更危险的消息传来：齐郡太守王懿降魏，献计请魏军出兵袭击彭城，绝晋军归路。
王懿的书信传来，拓跋嗣心动了，正赶上崔浩在讲《尚书》《左传》，于是拓跋嗣问道：“刘裕西伐，军队已到潼关，你觉得战事将会如何发展？”崔浩回答说：“以前姚兴好虚名而无实用；现在姚泓懦弱，内乱不已，众叛亲离。而刘裕乘机讨伐，兵精将勇，有什么拿不下来的呢？”拓跋嗣见崔浩如此推崇刘裕，便问道：“你觉得刘裕比慕容垂如何？”崔浩毫不犹豫地回答道：“刘裕远胜慕容垂。慕容垂本来就是燕国皇族，起兵之时，燕国旧人归附他就像飞蛾扑向暗夜中的烛火，只要稍有才能，便可立下功业。而刘裕出身寒微，无所借力，却灭桓玄、擒慕容超、破卢循，自然远胜慕容垂。不过等他灭秦之后，必然回国篡位。长安与江南风俗不同，刘裕短时间内必然不能消化，而他又肯定将南返。所以我们只要养精蓄锐，等他回师之后，长安必然为我国所有。”
拓跋嗣却对王懿的提案念念不忘，问：“刘裕入关之后，必然是有进无退；此时我们出兵直捣彭城，刘裕岂不是陷入绝境？”崔浩冒着得罪众臣的风险，说：“如今我国西有赫连勃勃，北有柔然，陛下您是不能亲征的；而众将又不是韩信、白起那样的战神，司徒长孙嵩只有治国之能，却无统兵之才，都不是刘裕的对手。我认为，等刘裕南返后再出兵也不晚。”
也许是因为上次崔浩的神奇预言，拓跋嗣哈哈大笑后，采纳了他的建议，按兵不动。
在北魏君臣议论大势之时，晋军却动了。义熙十三年七月底，王镇恶谏言自己领军，从渭水行船，冒秦军矢石入关中。刘裕同意了这个大胆的计划。于是王镇恶下令造吃水极浅的艨艟小舰，士兵皆在船内，强行以水军突进。而秦军士兵长期在北方，很少见船，更不要说这种特制船，见船上居然没有摇橹的人，都啧啧称奇，居然以为是神迹，使得王镇恶顺利渡过渭水进入关中。不过王镇恶实际上是蒙对了时机，因为此时潼关已经空虚，部分秦军已经返回长安—因为长安居然出现了晋军。原来，是自襄阳翻山越岭而来的沈田子所率的晋军偏师建立了奇功。姚泓准备亲征潼关、面对刘裕，但是又怕沈田子率领的小股晋军偷袭背后，于是决定先歼灭沈田子部，再前往潼关。可惜计划美好，现实却残忍。面对姚泓大军，傅弘之提议撤退，沈田子却说：“兵贵用奇，不必在众，现在强弱悬殊，我们要是不趁他们立足未稳而主动出击，定然会全军覆没。”于是率领麾下直击秦军阵营。傅弘之无奈，只得跟上。秦军将他们重重包围，如此危难之际，沈田子奋臂大呼：“诸君冒死远来，正求今日之战，死生一决，封侯之业正在于此！”晋军在死地之下爆发出强大的战斗力，抛弃弓弩、长枪，以短刀踊跃争先。秦兵大败，姚泓奔回长安。这时从潼关赶来的沈林子部恰好来到，于是与沈田子、傅弘之合军追击秦军。
得知消息的潼关秦军率先后撤，却正好赶上王镇恶从水路强突入关。随即，王镇恶于渭桥登陆，面对仍在长安的数万秦军，王镇恶激励士兵说：
吾属并家在江南，此为长安北门，去家万里，舟楫、衣粮皆已随流。今进战而胜，则功名俱显；不胜，则骸骨不返，无它歧矣。卿等勉之！（《资治通鉴·晋纪》）
随即他亲自率军冲锋。夫战，勇气也！穷途末路的秦军已经无力抵抗，不战而溃。姚泓见大势已去，决定投降，十一岁的儿子姚佛念说：“即使投降也会被晋军杀死，不如自杀。”姚泓默然不应。见到如此反应，姚佛念登上城墙，一跃而下。最终，姚泓率妻子、群臣到王镇恶军营请降，后秦灭亡。
在刘曜破长安、掳愍帝的百年后，晋军收复长安。
义熙十三年九月，太尉刘裕入长安，下令将后秦诸公卿尽数处死，送姚泓到建康处斩。此外，刘裕还下令将长安的珍宝珠玉遍赐将士，率北伐众将士拜谒汉高祖刘邦的陵寝，大会文武于未央宫。
长安、洛阳皆已收复，刘裕准备迁都洛阳，来经略北方。王仲德劝谏道：“这种大事必然导致朝廷震动。如今大军征战在外已经一年多，将士们都思念家乡，迁都之议恐怕不行。”刘裕又退一步，准备留在长安，整顿军队，为彻底稳定关中与讨伐北魏做准备。但是他接到了自京口举义旗以来最大的噩耗：刘穆之病故。
刘裕极度震惊和悲哀。他知道，自己一生的功业到此为止了。
对刘裕来讲，刘穆之是一个特殊的存在。自京口举义旗之后，刘穆之便进入刘裕幕府。此后，讨桓玄、征南燕，以及历次征伐，只要刘裕出征，或者“事无大小，一决穆之”，或者由刘穆之“总摄内外”，为刘裕调度军需物资。他实在是刘裕最重要的下属、当仁不让的二把手。
前文讲过，刘裕虽然已经位极人臣，但是东晋朝廷的士族门阀们，内心里是看不起他的。刘裕一直有着深深的自卑，而刘穆之从一举一动开始教起，使得刘裕的所作所为尽量符合当时士族的礼仪。刘裕的字写得极为难看，刘穆之便告诉他：“写字虽然是小事，但您身居高位，所写之字定然会流传甚广，需要稍加留意。”刘裕却依然写不好。但是由于害怕别人嘲笑，就更想改变字迹；刘穆之建议说：“既然练不好，那写字的时候便写大一点。字大，可以隐藏一些缺点，而且显得有气势。”自此之后，刘裕批复公文的时候，一张纸通常就只写六七个字，嘲笑的声音也渐渐少了。后来刘裕回忆起来这些事情的时候说：“穆之死，人轻易我。”
刘穆之的去世，不光从政治上给刘裕带来了巨大的打击，更大的影响可能来自心理。义熙十三年，刘裕已经五十四岁了，而刘穆之去世的时候是五十八岁。两人年纪相差不大，而刘裕此时最大的儿子—世子刘义符，年仅十一岁。自己的位置十分尴尬，退一步为守藩之将，不说朝廷答应与否，多年南征北战的将士也肯定不会答应的。只有进一步登基称帝，方才符合整个北府军团的利益。可是此时功绩已足，但若要称帝，还需一些部署。刘穆之突然病故，要是自己再不幸身亡，则根本无人可以继承事业，也无人可以托付。在多种因素的影响下，刘裕决定撤军。陆游有一首《读史》，就写到了这件事：
萧相守关成汉业，穆之一死宋班师。
赫连拓跋非难取，天意从来未易知。
刘裕留次子刘义真为都督雍、梁、秦州诸军事，安西将军，领雍、东秦二州刺史；以长史王修辅佐，王镇恶、沈田子、毛德租、傅弘之领兵协助。
东秦州，这一行政区划的命令下来，陇右流亡到此的汉人们都明白了刘裕的意思，短时间内不会再西进了。但是紧接着，长安的民众听闻大军即将东还的消息，彻底慌了神。
三秦父老闻裕将还，诣门流涕诉曰：“残民不沾王化，于今百年，始睹衣冠，人人相贺。长安十陵是公家坟墓，咸阳宫殿是公家室宅，舍此欲何之乎！”（《资治通鉴·晋纪》）
众多民众到军营哭诉：“我们在胡人的统治下，百年未见汉人衣冠，所以朝廷军队到来之时，人人称贺。长安的陵寝是朝廷祖宗之坟墓，长安的宫殿是朝廷当年的宅邸，如今舍弃这些却要去哪里呢？”刘裕听闻后，甚是痛心。但局势如此，不得已而东还，于是下书告诉民众说：
受命朝廷，不得擅留。诚多诸君怀本之志，今以次息与文武贤才共镇此境，勉与之居。（《资治通鉴·晋纪》）
借口而已。谁人不知，此时刘裕要是往西，朝廷是决然不敢往东的。崔浩的话，一语成谶：“刘裕之平祸乱，司马德宗之曹操也！”
义熙十三年十二月，在关中停留三个月后，太尉刘裕自长安出发，由洛水入黄河，从疏通开的汴渠东归。
祖宗遗愤，雪于一旦，最终，也毁于一旦。
《史记·刺客列传》中记载了一个故事：智伯的门客豫让屡次刺杀赵襄子，乃至“漆身为厉，吞碳为哑”，妻子都认不出来他，可是刺杀还是失败了。赵襄子问他说：“你曾经在范氏、中行氏手下做事，后来他们都被灭掉，你不曾为他们报仇，反而投靠了智伯。如今我灭掉智伯，你为何却三番五次来刺杀我呢？”豫让回答说：“我侍奉范氏、中行氏的时候，他们以普通人待我，我就以普通人的标准来报答他们；而智伯以国士的待遇来对待我，我便以国士的标准来报答他。”赵襄子喟然叹息说：“你这么对待智伯，名声已成；我多次赦免你，也已经仁至义尽，今天不会再放过你了。”豫让死前，请求以剑击赵襄子的衣服；赵襄子很敬佩他，于是使人持自己的衣服，让豫让刺杀。
豫让拔剑三跃而击之，曰：“吾可以下报智伯矣！”遂伏剑自杀。（《史记·刺客列传》）
国士遇我，国士报之。
而东晋朝廷，更准确地说应该是刘裕，对关中士民弃如敝屣的做法，所换来的只能是人心离散。
义熙十四年（418年）正月，刘裕离开关中一个月后，夏主赫连勃**兵南下长安，“关中民降之者属路”，镇守长安的晋军更是起了内讧。
沈田子与王镇恶领军出拒夏兵，但是宣称敌人众多，然后拥兵不前。还记得沈田子入关中时候的表现吗？率军先进，执短兵奋击；而短短数月后，如何又畏敌不前了呢？因为他愤愤不平。击破姚泓主力的是他，最终先入长安、功劳最高的却是王镇恶。而且王镇恶本来就是“北人”南渡而来，沈田子认为王镇恶“抢功”，心底一直不平。军中有谣言说：“镇恶欲尽杀南人，以数十人送义真南还，因据关中反。”
沈田子于是请王镇恶至傅弘之营垒商量进军事宜，然后趁机于幕中直接将王镇恶诛杀，宣称是受太尉刘裕密令。随后，他率数十人返长安拜见刘义真，声言王镇恶造反已被诛杀。但长史王修却下令逮捕沈田子，数以专戮之罪而斩。刘裕东返的一个多月后，关中将军便只剩傅弘之一人。
但是内斗并未停止。无论如何早熟，刘义真毕竟只有十一岁，赐予左右随从的礼物经常没有节制。王修作为辅佐的文官之首，出于尽职的责任，经常阻止刘义真，因此得罪了刘义真周围的侍从。他们共同向刘义真进谗言说：“王镇恶想要造反，沈田子杀了他，而王修又杀了沈田子—这说明王修也是要造反！”于是在王镇恶、沈田子相继死亡的九个月后，刘义真下令处死王修。
长安彻底大乱，人人自危。大夏国主赫连勃勃亲自领军至咸阳，逼近长安。刘裕听闻后，令朱龄石为都督、右将军、雍州刺史，督关中诸军事，代刘义真镇长安；同时令刘义真火速东归，出潼关后方可徐行。
与朱龄石办完交接的刘义真没有听从建议轻车出发，而是令左右大肆搜刮了长安的宝货和大量女子，缓缓从长安东归。傅弘之劝谏他说：“今多将辎重，一日行不过十里；夏军近在咫尺，又多是骑兵，追上来根本无法抵御。应该抛弃辎重，轻车速返。”刘义真居然不明白局面有多危急，仍然拒绝了傅弘之的建议。
不久，夏军追兵果然到来。傅弘之主动断后，且战且退，至青泥（今陕西蓝田南），晋军终于全军崩溃，四散而逃。傅弘之被擒，刘义真孤身藏在草里，方才躲过一劫。中兵参军段宏单骑寻到刘义真。还是孩童的刘义真哭着说：“烦请段中兵砍下我的头东归，使家父断了救我的念想吧！”段宏想到威震天下的百战之师，如今四散奔逃，也悲从中来，泪如雨下；但还是拉起刘义真，安慰他说：“大丈夫不经历如此事，如何知道军国大事之艰难呢？”最终，留守的晋军只有二人逃出生天。
在刘义真哭泣的时候，傅弘之在叫骂。赫连勃勃试图劝降这位身经百战的将军。但是傅弘之丝毫不为所动，最终被**绑在十一月呼啸的北风里，叫骂的声音也由洪亮而至渐不可闻，最终归于寂静。傅弘之殒命，时年四十二岁。
朱超石也在哭泣。他受命来巡视关中，协助兄长朱龄石。但是刘义真走前的大肆搜刮，彻底激怒了长安民众，群起而逐之，二人只得逃出长安；又于路上被夏军追兵寻到，重重围了起来。朱龄石见已经走投无路，劝弟弟道：“你我兄弟二人俱死于他乡，家中老母怎么办？你孤身一人方便逃跑，从小路归家；我死节于此，就没有什么可担心的了。”朱超石望着从参军起，二十多年来提携帮助自己的兄长，无论如何也不能抛下他独自逃走。他哭着对朱龄石说：“人谁无死，我今天实在不忍弃兄长而去！”兄弟相拥哭泣，而夏军也终于攻破了军营。兄弟二人死时，朱龄石年四十岁，朱超石三十七岁。
留守关中的晋兵全军覆没，一大批身经百战的将帅身死。赫连勃勃于长安城外积晋军人头为“京观”，号曰“骷髅台”。此番景象，不由得令人想起张元幹《贺新郎·送胡邦衡待制赴新州》中所写的：
梦绕神州路。怅秋风、连营画角，故宫离黍。底事昆仑倾砥柱，九地黄流乱注。
刘裕在遥望。他已经知道了刘义真逃归的消息，也愤怒于赫连勃勃的残暴，但是他所能做的只有慨然流涕而已，因为，他有更重要的事要去了结。
是时候了，刘裕此时的功绩已然是晋代第一。上自西晋开国时灭吴的王浑，下至东晋权臣桓温，无论战绩还是声望，都难以望刘裕之项背。义熙十四年六月，刘裕在屡次“辞让”后，终于接受了宋公、九锡之命，以谶语“昌明之后尚有二帝”[4]，使中书侍郎王韶之鸩杀安帝司马德宗，立司马德文为帝，改年号为“元熙”。
彗星出天津，入太微，经北斗，络紫微。这异常的天象使得拓跋嗣惊惧，他召群儒、术士询问，可最终还是崔浩作出了预言：
夫灾异之兴，皆象人事，人苟无衅，又何畏焉？昔王莽将篡汉，彗星出入，正与今同。国家主尊臣卑，民无异望，晋室陵夷，危亡不远；彗之为异，其刘裕将篡之应乎！（《资治通鉴·晋纪》）
元熙元年（419年）七月，刘裕晋爵为宋王；八月，移镇寿阳（今安徽寿县）。只差最后一步了，但是如何走完最后一步，是个技术活儿。
元熙二年（420年）正月，刘裕于寿阳大会文武，会上他说道：“自桓玄篡位后，我首倡大义，起兵京口，兴复帝室，南征北伐，平定四海，如今功成名就，已经受九锡，但是我已经老啦。人物忌盛，盛则不能久安。我现在想奉还爵位，归京师养老，诸位觉得如何？”群臣皆称宋王功德，希望宋王继续为朝廷效力。
酒宴之后，中书令傅亮出门归家，却又突然折回，求见刘裕。开门之后，傅亮试探地说：“我准备先行回京。”刘裕却不遮掩，直问：“需要几人？”傅亮请数十人随同返京。再次出门的傅亮仰望夜空，恰见长星竟天，拍着大腿感叹说：“我常不信天文，今日天象却应验了啊！”
傅亮至建康数日之后，朝廷下诏令宋王刘裕入京。
六月，傅亮草拟了诏书，让晋恭帝司马德文签署，禅位给宋王刘裕。司马德文欣然签署，并说道：“桓玄造反的时候，晋室本已无天下；靠着刘裕，方才又延续二十余年。今日之事，本所甘心。”
刘裕自石头城，以皇帝乘舆入建康，于南郊祭天，即帝位，改国号为宋，年号“永初”。
新的时代开始了。永初元年（420年），中国正式进入了南北朝时期。
晋朝已经成为过去时，名为“宋”的王朝诞生于长江南岸的建康城中。一夜之间，从洛阳到日南，都向这个新兴的政权表示效忠。后来的人们回顾这一年的时候，才发现这是南朝历史上最鼎盛的时代。
但是，祸乱之源从建立时就已经埋下。
司马德文变成了零陵王，他很害怕。他的宗族以兴复晋朝为旗号，在北魏的支持下，在河南对抗宋朝。自己只要还活着，就会被视为一面旗帜。所以他只敢吃妻子褚灵媛在床前做的食物，生怕食物离开视线之内就会被人下毒。这种日子并没有过多久，永初二年（421年）九月，有兵士逾墙而进—这不是第一次暗杀了，最后的晋臣在之前就已经死了。
刘裕的心腹张邵之兄张伟，受命领毒酒一瓮，鸩杀司马德文。路上，他叹息道：“鸩君以求生，不如死。”于道上自己饮下了毒酒。
晋室厚待、依靠士族，士族的权力于东晋达到了历史的顶峰—门阀政治。但是当新朝冉冉升起的时候，高门如王、谢，也争先恐后地向刘裕表示效忠，朝廷众臣最多也就是在晋帝退位之时洒下几滴眼泪。司马德文如果知道有人愿意为自己去死，可能会有一丝安慰，毕竟就连褚妃所生的男丁，都被自己的大舅子杀死了，怎么还奢望有人忠于自己呢？
在褚妃去别室见兄长的时候，司马德文见到了不知道是第几波来暗杀自己的兵士。无所谓了，他已经知道自己的结局，在兵士端上毒酒后，一向信佛的他说：“佛教，自杀者不复得人身。”于是兵士以被子捂死了这位最后的晋朝皇帝，司马德文时年三十五岁。褚妃于十五年后去世，二人最终合葬于冲平陵。
胡三省在注《资治通鉴》的时候评论此事说：“自是之后，禅让之君，罕得全矣。”刘裕虽然有许多理由杀掉司马德文，但是毕竟还有一句话叫作：始作俑者，其无后乎！
登基才两年的刘裕没有机会想报应这种事情，他的心思都放在如何布局上面。自己已经五十八岁，最大的儿子、太子刘义符十五岁，而自刘穆之死后，自己并无可以绝对信任之人。
永初二年，在建康，司徒、庐陵王刘义真，司空、扬州刺史徐羡之，尚书仆射傅亮，领军将军谢晦组成了权力核心。
在地方，太尉、长沙王刘道怜镇京口；镇北将军、南兖州刺史檀道济镇广陵；荆州刺史、宜都王刘义隆镇江陵；南豫州刺史、彭城王刘义康镇历阳；卫将军、江州刺史王弘镇镇寻阳。
从这些布置中，能看出刘裕可以说是煞费苦心。徐羡之，东海徐氏，祖上无显官，从京口起兵就跟随刘裕，北伐时作为刘穆之的副手；傅亮，北地傅氏，从龙之臣，刘裕九锡诏书、晋恭帝禅让诏书皆由他起草；谢晦，江左一流高门的陈郡谢氏，刘裕的重要谋士，禁军的最高统帅。三位权力中枢的大臣出身不同，方便互相制约。镇京口的刘道怜，为刘裕的同父异母弟；虽然值得信任，但是为人贪鄙，才具不足。檀道济，靠军功上位，数次从征，又曾为太子刘义符的属官，所以用他镇广陵，方便控御江北。王弘，出自一流高门琅邪王氏：曾祖王导，晋丞相；祖王洽，晋中领军；父王珣，晋司徒；家世显赫无比，本人更是时望所系，所以不能让他留在朝中，而是任其为江州刺史。
至于三个稍微大点的儿子，十五岁的刘义真在朝为司徒；稍小一点的刘义隆镇地理位置十分重要的荆州，配以长史王昙首（王弘幼弟）、司马王华这二位俱出自琅邪王氏的属官；十三岁的刘义康镇历阳，军政皆决于长史刘湛。
朝堂上的钩心斗角、尔虞我诈其实并不适合刘裕，在做出以上这些自以为万无一失的安排后，刘裕决定亲征北魏。
以燕、代戎幄，岐、梁重梗，将誓六师，屠桑干而境北狄，三事大夫顾相谓曰：“待夫振旅凯入，乘辕南返，请具银绳琼检，告报东岳。”（《宋略·总论》）
然而他永远也不能完成这一目标了。永初三年（422年）三月，刘裕病重。
谢晦首先进言：“皇太子才能不足，陛下应该三思。”刘裕令谢晦观刘义真如何，谢晦言道：“德轻于才，非人主也。”很直白。尚未在朝中合作，司徒与中领军便有了矛盾。在这个时刻，刘裕病情居然好转，随即任命刘义真为南豫州刺史；而让原南豫州刺史刘义康代替病重的刘道怜，改镇京口。
事实证明，这只是刘裕的回光返照，一个多月后，永初三年五月：
帝疾甚，召太子诫之曰：“檀道济虽有干略，而无远志，非如兄韶有难御之气也。徐羡之、傅亮，当无异图。谢晦数从征伐，颇识机变；若有同异，必此人也。”又为手诏曰：“后世若有幼主，朝事一委宰相，母后不烦临朝。”司空徐羡之、中书令傅亮、领军将军谢晦、镇北将军檀道济同被顾命。癸亥，帝殂于西殿。（《资治通鉴·宋纪》）
十六岁的太子刘义符即位。而在遥远的北魏都城平城，魏国皇帝拓跋嗣立长子拓跋焘为太子。
风流总被，雨打风吹去。斜阳草树，寻常巷陌，人道寄奴曾住。想当年，金戈铁马，气吞万里如虎。（辛弃疾《永遇乐·京口北固亭怀古》）
属于刘裕一枝独秀的时代过去了。
元嘉草草，封狼居胥，赢得仓皇北顾。四十三年，望中犹记，烽火扬州路。可堪回首，佛狸祠下，一片神鸦社鼓。（辛弃疾《永遇乐·京口北固亭怀古》）
双雄对峙的时代即将来临。
最后选两个我觉得比较客观的对刘裕的评价吧。
宋祖以匹夫挺剑，首创大业，旬月之间，重安晋鼎，居半州之地，驱一郡之卒，斩谯纵于庸蜀，擒姚泓于崤函，克慕容超于青州，枭卢循于岭外，戎旗所指，无往不捷。观其豁达宏远，则汉高之风；制胜胸襟，则光武之匹。惜其祚短，志未可量也。
——虞世南
北府兵将领刘裕，以其赫赫功业代晋建宋，历史由此进入南朝。刘裕代晋的意义，不只是改朝换代而已，也标志着门阀与皇帝“共天下”的局面结束。
——阎步克
[1] 此故事出自《世说新语·夙惠》。原文：晋明帝数岁，坐元帝膝上。有人从长安来，元帝问洛下消息，潸然流涕。明帝问何以致泣，具以东渡意告之。因问明帝：“汝意谓长安何如日远？”答曰：“日远。不闻人从日边来，居然可知。”元帝异之。明日，集群臣宴会，告以此意，便重问之。乃答曰：“日近。”元帝失色，曰：“尔何故异昨日之言邪？”答曰：“举目见日，不见长安。”原文说的是有人自长安来，晋元帝询问“洛下消息”，可见这件事应发生于洛阳陷落后，而非长安陷落后。为行文方便，本文稍加改动。
[2] “旆”音“pèi”，泛指军旗。《诗经》说：“织文鸟章，白旆央央。”军队的旗帜飘扬，鲜艳又明亮。
[3] “酃”音“líng”，颜色微绿，所谓“灯红酒绿”，便是形容此酒。
[4] “昌明之后尚有二帝”为晋中后期谶语，类似的谶语还有“晋祚尽昌明”。晋孝武帝司马曜，字昌明，是司马德宗、司马德文的父亲。谶语的意思即孝武帝之后晋朝还会有两位皇帝—刘裕为了应谶，故意在废司马德宗后，立司马德文为帝。