为了保全自己，曾国藩只能出此下策。

“大逆不道”、捅塌了大清半壁江山的洪秀全无疑是同治帝的头号敌人，同样也是曾国藩的头号敌人，更是死伤无数、血流成河的湘军的头号敌人。所以，湘军打进金陵城后的第一件事，就是要找洪秀全算总账，结果却令曾国藩和湘军将士大失所望。因为洪秀全已经死了。

据俘虏交代，早在湘军猛攻金陵城时，洪秀全就已经服毒自尽了，尸体埋在了天王府内。时间是清同治三年（1864年）四月二十七日。

活要见人死要见尸。

“将士积愤之余，皆欲得而甘心”。湘军不甘心就这样便宜了洪秀全，他们在天王府里挖地三尺，一定要把洪秀全的尸体找出来。折腾了十天，直到六月二十六日，湘军终于挖出了洪秀全的尸体。六月二十八日，曾国藩等验看了已经死了两个多月的洪秀全的尸体。此时，展现在众人面前的洪秀全“头秃无发，须尚存，已间白矣。左股右膀，肉尤未脱”，早没了天王的威仪，只有周身包裹着的绣龙黄缎尚能显示出一些与众不同。

曾国藩下令“验异戮尸，举烈火而焚之”[62]。

处理完洪秀全的事后，剩下的就是对付于六月十九日因伤被俘的李秀成了。

李秀成是太平天国后期最重要的军事将领之一，被洪秀全封为忠王，是湘军最大的死对头。就是因为这个李秀成的拼死抵抗，险使曾国荃功亏一篑，所以曾国荃对李秀成早就恼羞成怒，恨之入骨。与李秀成前后脚被俘的还有洪秀全的二哥、勇王洪仁达。如何处置这两个人，不是曾国藩所能擅自做主的，必须由朝廷来决定。曾国藩明白这个道理，自然也就不会漏这个空儿。在六月二十三日的奏折中，曾国藩请示朝廷，是将李秀成、洪仁达“槛送京师”还是“在金陵正法”，“咨请定夺”。最后还强调了一下“应否献俘”，等他亲自到金陵以后，视情况再“察酌具奏”。朝廷很快就做出了很具体的回复，让他把李秀成和洪仁达“着即槛送京师，讯明处决”。朝廷的这个决定基本符合湘军大多数人的想法。曾国藩自己也说“日来在事文武，皆请将李秀成槛送京师”，就连前来祝贺的洋人“亦以忠逆解京为快”。但是，曾国藩竟于七月初四、初六两日，分别将洪仁达、李秀成“凌迟处死”。曾国藩何以不等谕旨而擅杀“贼酋”呢？须知，这可是忤逆朝廷的大逆不道啊！

曾国藩在七月初七的上奏中，解释了为什么将洪仁达、李秀成就地正法的理由。

曾国藩说，除了洪秀全以外，其他人都没有“解京献俘”的必要。凭着“圣朝天威”，杀了洪仁达、李秀成之流就如同灭了两个小丑，根本不算什么了不起的事儿。曾国藩还臆测道，按照惯例，“元恶”解京后，一般都“诱以甘言，许以不死”。而李秀成一旦知道自己绝对没有逃跑的可能，在押解的途中来一个绝食而亡，或者“窜夺而逃”，都会遗留“巨患”。

七月二十日，曾国藩再一次就擅杀洪仁达、李秀成一事作出解释。

曾国藩说，经他了解，李秀成颇有手腕，在老百姓当中很有影响很有威望。最能说明问题的有两件事。一是金陵城破后，负伤的李秀成逃到了乡下，那里的老百姓“怜而匿之”。李秀成被俘后，老百姓为了报复，竟然将抓获李秀成的萧孚泗的亲兵王三清抓去杀死，然后投入水中以泄愤怒。太平军的降卒和周围的老百姓没有不认识李秀成的。在李秀成被俘当日，“观者如堵”。二是李秀成被打入囚笼的第二天，太平天国松王陈德风也被抓住了。一见到李秀成的面，陈德风便“长跪请安”。曾国藩说，我听到这两件事后，“恶其民心之未去，党羽之尚坚”，当时就决定要将李秀成就地正法。

其实，曾国藩的杀心早在六月二十五或二十六日，也就是请示朝廷的第三四天就下了。在六月二十六日给曾纪泽的信中，曾国藩就明确地说：“伪忠王曾亲讯一次，拟即在此杀之。”七月初四，曾国藩在写给曾国潢的家书中说：“伪忠王讯供未毕，拟即在此正法，不必解京……”也就是说，曾国藩根本就没有等谕旨下达后再处置李秀成的打算。

曾国藩决意要杀李秀成，营中的其他将士表示了不同的意见。一方面先是要求将李秀成解往京师。另一方面，当听李秀成说他可以帮助湘军收降江西、湖州等地的太平军时，又纷纷请求免除李秀成一死，“留作雉谋，以招余党”。曾国藩在杀李秀成的问题上表现得很决绝，他上奏同治帝道：“臣则力主速杀，免致疏虞，以贻后患。”[63]

那么，擅杀李秀成的原因确如曾国藩所说吗？

据后人的一些回忆和学者的研究表明，曾国藩斗胆擅杀李秀成有着不可告人的难言之隐。

一，李秀成知道得太多，解京后恐其泄密，杀李秀成完全是为了灭口。一是“圣库”问题。金陵城里究竟存有多少金银财宝，李秀成是最知情者之一。湘军大肆掠夺，所获甚多，别人说不清楚，但李秀成却心知肚明。如果把李秀成解往京师，一旦朝廷追寻起“圣库”的事儿，那么湘军把金陵城劫掠一空的事儿就会暴露无遗，这与曾国藩信誓旦旦地说“圣库”仅仅是一个传说，根本就没有什么金银财宝的说法相悖，这样无疑会把曾国藩装进去，把曾氏兄弟和湘军的贪婪曝光于天下。丢人事儿小而欺君罪大，曾国藩绝对是吃罪不起的。二是军功问题。曾国藩在上奏的军情片中往往妙笔生花，洋洋洒洒，极尽渲染之能事，而事实上却与真正的战绩存在较大差异。以李秀成被俘一事为例。曾国藩上奏是萧孚泗搜擒了李秀成，而实际上根本就不是这么一回事。李秀成受伤后躲在方山乡下的民间。那里的老百姓因为争夺李秀成随身所携带的财物而发生争执，李秀成躲藏不过，被几个农民绑缚交给湘军的，而不是萧孚泗的功劳。此事一旦败露，曾国藩是无论如何也解释不清的。

二，李秀成是曾氏兄弟的死对头，尤以曾国荃最甚。前文说过，曾国荃围困金陵两年，攻打金陵城更是苦战三个月，损兵折将，几近崩溃，其主要的对手就是这个李秀成。对曾国荃来说，就是啖其肉寝其皮也难解心头之恨。有人回忆说，被俘后的李秀成被带到曾国荃面前时，曾国荃竟然穷凶极恶地扑上前去，以锥刺之，演出了一场“虐囚”的恶剧。若不是有人阻拦，曾国荃就要一刀一刀活剐了李秀成。这一点，就连曾国荃自己也没有回避，他在致李鸿章的信中直言：“李秀成擒获后，弟遍刺以锥，流血如注。”由此可见，不杀李秀成，连曾国荃这一关都过不去。

三，后世传闻，李秀成有贬清褒曾之意，曾国藩恐引起朝廷对他的无端猜忌。李秀成被俘后，曾国藩于六月二十五日亲临金陵讯问。李秀成也很配合，亲笔写下了数万言的“供词”。对李秀成的“详供”，曾国藩很重视很用心，花了很大的心思来研究、校勘。以七月初六日为例，头一天因“用心太过”而“疲乏殊甚，不甚成寐”的曾国藩，全天除围了一局棋、小睡两次和阅读了一些文件外，把其余的时间全部用来校勘李秀成四五万字的供词全文。曾国藩在当日的日记中记载：“本日仅校二万余字，前八页已于昨日校过，后十页尚未校也。”

曾国藩何以对李秀成的供词如此关注呢？因为他害怕在李氏的供词中，出现有损于曾氏兄弟和湘军的内容。所以，曾国藩不仅仅就是单纯地校勘，而且还要对供词进行删改，从而使李秀成的供词与曾国藩的奏报一致，不能允许出现任何于己不利的纰漏。

总之，不管是因为上述哪一条原因，李秀成都必死无疑而绝无活路。

也就是在七月初六当日下午的五点至七点之间，曾国藩下令将李秀成惨无人道地“凌迟处死”了，从而彻底根除了曾国藩的一个心腹大患。

曾国藩在没有得到朝廷批准的前提下就擅杀了李秀成等，实属犯了大逆不道的欺君之罪，但曾国藩并没有因此而惶恐，他杀李秀成的理由不仅很充分而且堂而皇之。他说：“初十日始奉将二酋解京之旨，扣算日期，臣处应于初六日接到批旨！乃驿站由安庆转递江宁，致迟四日之久。臣查军机处封面，乃兵部火票，皆注明递至江宁字样。不知驿站何处错误，应即文挨站查办！”[64]曾国藩把责任推得一干二净——由于驿站把朝廷的批旨送错了地方而耽误了时间，所以曾国藩自然不需要负什么责任了。由于没有及时接到批旨，所以朝廷关于在“洪秀全尸身觅获后，剉尸枭示，仍传首被害地方，以雪众愤”[65]的要求也无法落实了。曾国藩上奏道：“臣于六月二十八日验明洪逆正身，即行戮尸焚化，未将首级留传各省，是臣识见不到之咎。”[66]这里需要说明的是两个问题。一个是究竟哪个驿站把应该送递江宁的兵部火票送到了安庆？另一个是在没有接到朝廷谕旨的情况下，曾国藩仍然没有权力擅杀李秀成。但事已至此，说什么也没有了实际意义，毕竟克复了金陵，剿灭了太平天国，同治帝也不好再追究曾国藩什么了，只能认为曾国藩“所办甚是”。