“庚子事变”后，无论是慈禧还是光绪帝，都性情大变。慈禧迷上了 “洋”字，并努力将自己洋化；光绪帝虽然获得了更多自由，但他却把自己封闭起来，躲在瀛台涵元殿。自珍妃死后，国难、亲仇以及郁郁不得志的积怨一并压在他的心头，他万念俱灰，连隆裕皇后也难得与他见上一面。

慈禧的翻译女官德龄离开清宫之前曾与光绪帝见过一面，光绪帝向她倾吐了自己的苦衷：“我没有机会把我的意思宣布于外，或有所作为，所以外间都不大知道我。我不过是替人做样子的，后来再有外人问你，只告诉他我现在所处地位实在的情形。我有意振兴中国，但你知道我不能做主，不能如我的志。”这是怎样的悲苦，怎样的无奈！

对慈禧来说，光绪帝只是她手中的一枚印章，她想往哪道圣旨上盖印都随她的意。光绪帝平日在瀛台藻韵楼里看书、写字、睡觉，日复一日，平淡无奇，似乎属于他的时刻永远不会到来。

光绪三十四年 （1908）八月初一，朝廷颁布 《钦定宪法大纲》。光绪帝得知这一消息后，仿佛看到了一道曙光，精神为之一振。他一时兴起，便在瀛台轻松地散步，眼前熟悉的景物仿佛如初见时让他心动。当天细雨蒙蒙，光绪帝放眼四周，发现景致分外可爱。南海水天一色，林木葱荫，山石花草，楼阁亭台，秀美宜人。翔鸾阁、待月轩、补桐书屋、藻韵楼等建筑殿阁嵯峨，各具风姿，以前他完全忽视了它们，从未用欣赏的眼光来看，原来他一直生活在人间仙境中。

时间过去了很久，光绪帝的衣服都快湿透了，他却全然不知。他感到有些累，来到藻韵楼东面的补桐书屋。进屋后，他准备笔墨，想写点什么来倾吐衷肠，却突然咳嗽起来，而且连续不断，一声比一声急促。侍候光绪帝的太监赶紧把这一情况向慈禧报告。

慈禧知道光绪帝生病后，第二天命瑾妃前去小心侍候，并传御医前往诊治。过了两三天，光绪帝的病情仍不见好转。慈禧亲自带两名御医来复诊，御医诊毕奏道：“皇上的病因元气已伤，动了肝风，所以气喘不住。倘若这个症状一直不止，还须预防昏厥。”另一名御医则诊断为热毒侵入肺腑，只需解热排毒即可。御医请方，慈禧不置可否。御医只得开了试用药方，一边用药，一边观察确诊。又过了几天，慈禧在养心殿召军机大臣议事，堂上议事之后，她向大臣们公布了光绪帝病重的消息。

过了几天，光绪帝的病情有了好转。据 《崇陵传信录》记载，十月初十，光绪帝准备率百官给慈禧贺寿。光绪帝从瀛台步行过来，入德昌门，值班的侍卫中有人透过门缝看到光绪帝正在为拜寿做准备工作。这个时候，从仪鸾殿传来慈禧的懿旨，大意是皇帝卧病在床，不用率百官行礼了。光绪帝听了，失声痛哭。

据说，过后江苏巡抚奉旨派名医陈莲舫入京。十月十七日，陈莲舫被军机大臣带去给光绪帝诊治，但他不能直接问光绪帝，要由慈禧代述病状，光绪帝只是点头或简短地回答一两个字。慈禧让陈莲舫诊脉，陈莲舫便跪在地上给光绪帝诊脉，行医多年，经验丰富的他几乎没有查出什么病象，只能佯装诊脉。一切都按慈禧代述的病状提出治疗方案，然后转给军机处。

但事实上，此时慈禧已抱病多日，因秘而不宣，宫内外的人大都不知情，故而她不可能代述光绪帝的病状。据宫内知情人猜测，当时慈禧的病情更严重，极有可能是她先离世，但结果却是瀛台涵元殿先传来噩耗。

坊间传，是年十月二十一日晚，年仅三十八岁的光绪帝在南海瀛台涵元殿驾崩。那天早晨，御医周景焘曾入内请脉，据他所说，当时看见“光绪仰卧在**，瞪目指口，大概是想吃东西，而那时他身边一个太监宫女都没有，就连寝宫里的器皿也都被太监们拿走，只剩下一个玉鼎”。最为凄惨的是，光绪临终前没有一个亲属或大臣在身旁，等隆裕皇后入瀛台探视时，光绪帝早已死去多时。

《清史稿》对此事的记载极简略：“壬申，上疾甚。懿旨，醇亲王载沣之子溥仪在宫中教养，复命载沣监国为摄政王。癸酉，上疾大渐，崩于瀛台涵元殿，年三十有八。”光绪帝究竟死于何时，死因为何？《清室外纪》中说：“皇帝宾天之情形及其得病之由，外人无由详知。”光绪帝之死扑朔迷离，成为清宫一大谜团，种种议论在雅室高堂、乡间里坊不胫而走。综合各种议论和猜想，有关光绪帝的死因有以下几种说法：

其一，慈禧阴谋暗害之说。原国史馆总纂恽毓鼎的 《崇陵传信录》和徐珂编著的 《清稗类钞》都认为慈禧在病重期间，担心自己死后光绪帝重新掌权并继续推行新政，于己不利，“时太后泄泻数日矣。有谮上者，谓帝闻太后病，有喜色。太后怒曰：‘我不能先尔死！’”假如光绪帝真是慈禧害死的，那么害死他的原因只有一个：已经七十三岁的慈禧知道自己已病入膏肓，但十分担心自己死后遭到光绪帝清算，以前就有顺治帝清算摄政王多尔衮的先例，所以，她必须在死前安排好朝廷的新布局，预立一个跟她无冤无仇且能秉承其遗志的新帝。但光绪帝还健在，要立嗣皇显然不可能，除非光绪帝先她死去。既然皇帝有病，那就有可能找机会谋害他。

至于由谁去实施这一计划，人们做出两种假设：一是李莲英，二是袁世凯。李莲英是一个八面玲珑、对谁都能讨好的人，而且在 “西狩”时还获得了光绪帝的感激，他最能取得光绪帝的信任，下毒最方便。至于袁世凯，他曾经是光绪帝最倚信的人，但他在戊戌政变中最后投靠了慈禧，对维新派进行残酷镇压，他担心慈禧死后自己遭到光绪帝报复，所以收买光绪帝身边的内监宫女或近身侍卫帮他实施谋杀，这种猜测也不是不可能。而且，袁世凯还有其他方面的动机。他之所以对宪政改革如此热心，是因为他认为立宪能给他个人带来很多好处，一旦朝廷实行君主立宪，作为身兼多职、大权在握的朝中第一重臣，他极有可能被推选为最高领导人，而对他构成最大威胁的显然是光绪帝，所以必欲除之而后快。据老太监李长安回忆，光绪帝去世前一天，精神状态还很好，而且有人亲眼看到光绪帝站着和人说话。但是，在喝了一碗由袁世凯进献的药方熬的药后，很快就传出光绪帝病危的消息。

当然，仅凭袁世凯一个人来完成毒害光绪帝的计划是不可能的。要想在实施谋杀行动后不被追究弑君之罪，必须得到慈禧的支持配合，至少要经她同意。如果没有慈禧的幕后主使和策划，袁世凯怎敢明目张胆地在所进汤药中下毒？

恽毓鼎认为，慈禧最有可能指使亲信太监李莲英下毒手。恽毓鼎长期任内宫起居注官，他指出，慈禧宣布光绪病重和 “百日维新”后废立风波的做法一样。而曾在宫中担任女官的德龄在 《瀛台泣血记》等书中，明确地指出正是李莲英下毒害死了光绪帝。不过，光绪帝去世前两年她便已经离开皇宫，并没有掌握多少第一手资料。

其二，饥饿而死之说。很多人不相信垂垂老矣的慈禧会为了朝政大权谋害光绪帝，因为在 “西狩”回京之后，光绪帝就把自己幽禁起来，根本没有治理朝政的心思；况且慈禧要重立嗣子也不那么容易。清宫太监孙耀庭在回忆录 《清宫琐谈》中说，光绪帝实则死于饥饿。他当时在涵元殿看到光绪帝胸腹塌陷，肩胛暴突，肋骨支离，眉宇紧蹙，张着嘴巴，青白的脸和手臂泛着冷光……光绪帝本无大病，诸医开方皆以平和之剂为药，然而，在瀛台服侍的太监们在光绪帝死前就已得到光绪帝驾崩的消息。当时，“在瀛台侍疾者共六名，其中二人饿死，剩下几人食不果腹，因饿失血者又凡三人”。光绪帝死前在**召唤医生周某，他两眼瞪大，四次用手指口。周某知道光绪帝很饿，但实在没有吃的，就连他本人也三天没有进食了。后来，光绪帝便渐无声息。不久，醇亲王入见，周某报告说皇帝已经脉绝，醇亲王用镜子试皇帝气息，确信其已死亡，于是匆匆离去。过了一会儿，隆裕皇后赶来探视，随后便把皇帝驾崩的消息公之于世。

其三，不明怪病致亡之说。《清德宗实录》中记载：“十月初一日，光绪诣仪鸾殿，问慈禧皇太后安，自癸酉至戊辰 ‘皆如之’。”也就是说，十月初一，光绪帝还能正常地前往仪鸾殿向慈禧请安，几天都是如此。御医施焕和张彭年也在十月初三的脉案中写道：“窃思痛未加剧，似宜暂停药饵，以舒胃气。”根据御医的记载，光绪在十月初三病情不但没有加重，反而有所好转。此脉案谈及光绪帝已经可以停药调理。

名医杜钟骏在 《德宗请脉记》一书中记录，十月十七日，即光绪帝去世前几天，他还曾召见大臣们。军机章京许宝蘅的 《巢云簃随笔》也可佐证光绪帝的身体尚不至病入膏肓的地步，许宝蘅在日记中写道：“十月十八日六时入直值班。皇上以不能坐，未召军机，本传日本侯爵锅岛直大等觐见亦撤去。”依许宝蘅的说法，光绪帝虽然不能坐立，但至少可以下床活动，还能安排召见日本侯爵。但是从十月十八日晚上开始，光绪帝的病情突然恶化，匆忙进宫为光绪帝把脉的杜钟骏写道：“虚虚实实，恐有猝脱。”御医张仲元等人诊得：“皇上脉如丝欲绝。肢冷，气险，二目上翻，神识已迷，牙齿紧闭，势已将脱。谨拟生脉饮，以尽血忱：人参一钱、麦冬三钱、五味子一钱，水煎灌服。”御医屈桂庭在 《诊治光绪皇帝秘记》一书中则披露：“光绪三十四年 （1908）十月十八日最后一次给光绪帝诊病时，发现光绪帝本已逐渐好转的病情突然恶化，他在**乱滚，大叫肚子痛，而且脸颊发暗，舌头又黑又黄。这不是他所得之病的应有症状。”

在这些证据中留下的疑问是，为何十月十八日光绪帝的病情会突然加重。按照医生们的诊断，他所患的慢性疾病出现这样的病变概率是极小的，而且他死后的外征表现也与他所患疾病不符。所以，结论只能是其他原因致亡。

由于缺少史料记载和实证，光绪帝的死亡之谜很长时间都未能解开。

直到21世纪初，光绪帝的坟墓被打开，他的死因才有了实证。为了解开 “光绪之死”这一历史谜案，有关部门成立了一个研究小组。他们通过检测光绪帝的头发、遗骨和衣服，发现光绪帝体内的砒霜总量明显大于致死量。几年后，“清光绪帝死因”专题研究课题组又对光绪帝的尸骨和头发进行检验，最终得出结论：光绪帝突然 “驾崩”系急性胃肠性砒霜中毒所致。

至此，光绪帝的死因之谜终于解开，但是，究竟是谁下了毒，动机和目的是什么，仍然是一个谜。