一晃两宫太后垂帘听政已十年有余，其间，慈禧对国事的了解越来越多，也越来越透彻，对皇权的渴望逐渐让她对议政王奕訢的意见和制约不耐烦起来。这十多年来，他们整顿吏治、平定匪患、兴办洋务，与西方资本主义国家通商发展经济，国家似乎出现了中兴局面。她不再需要奕訢事事过问，甚至开始反感他的独断专行，而奕訢也对慈禧太过贪权感到不满，两人的关系渐渐恶化。

过去，慈禧对奕訢的制约手段是恩威并施。同治四年 （1865）的一天，奕訢和往常一样进宫朝见太后，在完成例行的仪式及朝政汇报之后，慈禧拿出一份奏折，严肃地对他说： “有人参劾你！”奕訢一愣，接过奏折看了一遍后，很不以为然，自己主持朝政多年，可以说是政绩显著，因此对这份奏折并不放在心上，他貌似谦恭地问：“是哪位大臣上的奏折？”慈禧一直盯着奕訢，尽管他表现得很卑谦，但他脸上转瞬即逝的无所谓的表情让她非常不满意，她依然很严肃地答道：“是蔡寿祺！”奕訢脱口而出： “蔡寿祺不是好人！”在他看来，此人为重塑名声，不惜铤而走险，弹劾当朝亲王，真是胆大包天，利欲熏心。

蔡寿祺是翰林院的编修，入职多年都没升职，于是到处投机钻营。他曾以办团练 “剿贼”的名义跑到四川，希望能找到一条升官发财的路子。由于没有朝廷的委派诏书，他只得私刻关防、招募乡勇、大肆敛财。没想到熟悉团练的骆秉章去四川任总督时，一眼看穿了他的假把戏，命藩司刘蓉将他赶回江西原籍，他的发财梦就此破灭，而且他在朝中也颜面尽失。为了报这 “一箭之仇”，他投靠胜保，当了几年幕僚。胜保失势后，他利用安德海的关系重返京师，入宫做起了日讲官。从此，他与安德海来往密切，在入职不到一个月的时间内，连上两道奏疏。

慈禧自然明白，仅靠蔡寿祺的奏折来扳倒奕訢是不可能的，此时她并不想要奕訢下台，只是想从旁敲打他，叫他不要得意忘形。蔡寿祺在奏折中列了奕訢贪墨、骄盈、揽权、徇私的四大罪状，希望太后能让奕訢罢官引退，不再做议政王。慈禧本来是想试探奕訢，看看他什么态度，没想到他竟准备捉拿蔡寿祺问罪，慈禧便决定动真格了。她和慈安很生气，召见大学士周祖培和瑞常(1)、吏部尚书朱凤标(2)、内阁学士桑春荣(3)和殷兆镛(4)等人，两人哭着对这些大臣说：“奕訢培植私党专权，已无法委任国事，请你们商议治他的重罪。”

诸大臣见太后盛怒，都不敢答话。慈禧接着说：“诸位大臣应当以先帝为念，不要害怕议政王，议政王罪不可恕，你们应从速议罪！”

这帮大臣都已在官场中摸爬滚打多年，深知慈禧若真要治一个人的罪，何必跟臣子们商议！他们心知肚明，但仍表现出胆战心惊的样子，慈禧看到这种状况，知道他们至少与议政王不是一个阵营，气也就消了一半。在这些大臣中，周祖培资格最老，他一眼看穿了太后的真正用意，但又不能把话挑明，心里一权衡，就想到一个折中的办法。他伏地叩首说：“如果要弹劾议政王，须有充分的证据，请太后容许臣等退下以后再仔细探查，并请大学士倭仁跟臣等一起处理这件事。”慈禧厉声说道：“没真凭实据还不赶紧去查？不然还要你们这帮人干什么？难道要等到皇帝长大成人后，再一起处罚你们吗？”

从殿中退出后，几位大臣都因紧张而汗湿衣衫，他们不敢怠慢，立即着手去查。周祖培和倭仁也不敢迟延，立即着手办理。他们就蔡寿祺在奏折中所称恭亲王奕訢的四大罪状一一讯问蔡寿祺。所谓贪墨，是指收受贿赂。经查没有物证，蔡寿祺只就此一项指出薛焕、刘蓉二人曾贿赂奕訢，而且只是风闻，并无实据。另外三项指控更是含糊其词，实际与诬告无异。

案情扑朔迷离，可信证据极少，大臣们左右为难：如果据实回禀慈禧，那太后也同有诬告之罪；如果认定恭亲王有罪，就得捏造事实细节。更让大臣们焦虑的是，他们不知道慈禧要把这场戏唱到什么程度。最终，他们在复奏中用了极其谨慎的字眼叙述审讯的结果和处理意见：“阅原折内贪墨、骄盈、揽权、徇私各款，虽不能指出实据，恐未必尽出无因。况贪墨之事本属暧昧，非外人所能得见。至骄盈、揽权、徇私，必于召对办事时流露端倪，难逃圣明洞鉴。臣等伏思黜陟大权操之自上，应如何将恭亲王裁减事权，以保全懿亲之处，恭候宸断。”

慈禧看到倭仁的奏折后，立马以同治皇帝的名义亲笔书写上谕，谕中充分表达了她对皇权旁落的担忧，她为了自己，也为了儿子，为了清王朝的稳固，必须防患于未然。这道懿旨使大臣们明白：太后只是想收回恭亲王奕訢的权力，并没有置他于死地的意思。但慈禧为了掩盖自己的真实意图，随后又下了一道懿旨，准备推举惇亲王奕讠宗来接替恭亲王奕訢。

奕讠宗是道光帝第五子，过继给惇恪亲王绵恺。他生性惇厚，经常一身普通老百姓的打扮。现在让他来替代奕訢，这明显是一场假戏，大臣们心知肚明，所以都不愿表态。奕讠宗没有揣测太后的心思，只就事论事上奏折替六弟奕訢辩白和求情。他在奏折中提到：有关于恭亲王的事情，实属暧昧，仅仅以语言和行为上的小过错，就骤然予以严惩，无以昭示天下。恭亲王做议政王以来，办理事务，没有听说有什么大的劣迹，唯有皇太后和皇帝召对时，在言词语气上有一些不恭，这终究不是臣民共见共闻的；而蔡寿祺所参劾的内容又没有真凭实据，若一味坚持罢斥奕訢，恐难以服人。这道折子出自皇亲中最年长的亲王，在皇亲中影响很大，加之奏折内容是针对谕旨直陈意见，因而慈禧尽管心中不悦，但实在没有借口直接对奕訢 “动手”。无奈之余，她只得下令将惇亲王的奏折和蔡寿祺的奏折一并发给诸位王公大臣和内阁人员，召开会议讨论。

慈禧的态度让大臣们愈加摸不着头脑。其实，这个 “哑谜”并不难解，太后想削减奕訢的权力，她需要利用倭仁与奕訢的不和，让他们找出奕訢的过错。与倭仁意见相同的许多守旧派大臣也想借机抑制奕訢一派的势力，他们按懿旨再查，多少发现了奕訢的一些毛病。

比如，在两宫太后下发指示时，奕訢总提高嗓音回复，而当慈禧说完某件事之后，他却佯装没有听清楚，要求慈禧重新说一遍。

再如，他经常绕过两宫太后直接与地方官员通信，自行决断任免之事，有时不经通传就擅自闯进后宫。

收集到这些事实后，同治四年 （1865）四月十四日，王公大臣再次开会讨论奕訢的去留，概括起来，大致有两种声音：一种是以倭仁为代表，认为奕訢的四个罪名虽暂无实据，但决非空穴来风，所以恭亲王不能再用。一种是以醇郡王、文祥、王拯等人为代表，坚持不能在没有实据的情况下罢斥奕訢。经过一番争论，最后，醇郡王的意见得到了大多数人的支持。

面对王公大臣们的质疑，慈禧采取了去其根本、留其枝叶的折中办法，于四月十六日颁发上谕，大意是说，议政王确有很多地方做得不对，念及他有大功于朝廷，给他一个处分以示告诫。错归错，但还可以留用，谕令恭亲王仍在内廷行走，管理总理各国事务衙门，免去议政王和军机大臣的职务。就这样，历时三十九天的一场权力风波，以革去恭亲王的议政王头衔落下了帷幕。这是慈禧扔掉 “拐杖”，独立处理朝政的第一步。

一周以后，慈禧又以两宫太后的名义颁布一诏：“本日恭亲王因谢恩召见，伏地痛哭，无以自容。当经面加训诫，该王深自引咎，颇知愧悔，衷怀良用恻然。自垂帘以来，特简恭亲王在军机处议政，已历数年，受恩既渥，委任亦专，其与朝廷休戚相关，非在廷诸臣可比。特因位高速谤，稍不自检，即蹈愆尤。所期望于该王者甚厚，斯责备该王也不得不严。今恭亲王既能领悟此意，改过自新，朝廷于内外臣工，用舍进退，本皆廓然大公，毫无成见，况恭亲王为亲信重臣，才堪佐理，朝廷相待，岂肯初终易辙，转令其自耽安逸耶。恭亲王着仍在军机大臣上行走，毋庸复议政名目，以示裁抑。”

事实上，慈禧与奕訢之间的权力斗争并没有结束，此后她又进一步对奕訢领导的洋务进行打击和限制，使之 “事无巨细，愈加夤畏之心，深自敛抑”。奕訢因为在同治八年 （1869）与慈安太后一起谋划杀掉了慈禧的亲信安德海，再次招致慈禧的厌恶，两人的第二次、第三次交锋也在暗流涌动中展开。