对于刚刚垂帘听政的慈禧来说，直接威胁她统治的是江淮流域的太平天国和黄河流域的捻军，这些心腹大患一日不除，她的统治就一日不稳固。然而环视朝廷内外，那些满族大员不是颟顸无能，就是妄自尊大。从太平天国起义到两宫皇太后垂帘听政的十余年间，咸丰帝任命了十省四十三位团练大臣，其中一直尽心尽力效忠朝廷、屡受挫折却坚持围剿太平天国的最大功臣，是以曾国藩为首的汉族官员。

同治初年，曾国藩在前线捷报频传，不久便从太平军手中夺回安庆，之后的形势对慈禧愈加有利。左宗棠率军征战江西、浙江，很快把太平军赶出了浙江。三月，李鸿章率领淮军和湘军程学启(1)、郭松林(2)所部赶赴上海围剿太平军。随后，淮军在上海虹桥、徐家汇等地经过苦战，接连取胜，捕杀太平军三千余人。

慈禧大受鼓舞，继续重用曾国藩等人。她下旨让曾国藩节制江苏、浙江、江西、安徽四省军务，把江南的军事指挥大权完全交给他；紧接着又授曾国藩为协办大学士。圣眷之隆，可见一斑。

为了战区绿营及各地方武装更好地配合协同作战，慈禧听从曾国藩等人的建议，任命了一批汉人官员为封疆大吏。其中，左宗棠为浙江巡抚，郑元善(3)为河南巡抚，张曜(4)为河南布政使，李续宜(5)为安徽巡抚，严树森为湖北巡抚，沈葆桢(6)为江西巡抚，李鸿章为江苏巡抚，刘长佑(7)为广西巡抚，毛鸿宾为湖南巡抚，江忠义为贵州巡抚，丁宝桢(8)升任山东按察使，等等。上谕发出后，朝中许多满族王公大臣认为，两宫太后将清朝军政大权交到汉族官僚手中，使 “西至四川东至沿海”的半壁江山全掌控于曾国藩之手，实在是太冒险了。

在一大片因循守旧的声音中，慈禧还征调广西臬司蒋益澧率部到浙江助剿。另外，庐州一带，归多隆阿(9)剿办；宁国一带，归鲍超剿办；颍州一带，归李续宜戡定。各路大军，皆归大帅曾国藩节制。另外，还有淮上的漕运总督袁甲三、扬州的都兴阿、镇江的冯子材(10)，虽未经曾国藩调遣，但也由他统筹。

事实上，汉族官员无论是处理地方政务还是 “剿贼”作战，都非常拼命。比如李鸿章率淮军在虹桥作战时，他就坐在桥头督战，面对两万多气势汹汹的太平军，他不允许不及对手一半兵力的淮军后撤一步，撤过桥则斩。太平军用火炮轰击，火力非常猛。淮军 “春”字营的张遇春刚撤到桥边，正好撞到督战的李鸿章，只听李鸿章一声厉喝：“拿刀来，把他的头砍了！”吓得张遇春赶忙率众掉转方向，又跟太平军去拼命。李鸿章在上海站稳脚跟后，又率军南进，向太平军占领的地区发起反击，收复苏州、常州，攻克常熟、太仓、昆山等地。慈禧因此记住了李鸿章的大名。

慈禧重用汉臣，激励了在战场上厮杀的汉族将领，让他们死心塌地地为朝廷效力。在汉臣中，位高权重的曾国藩对慈禧更是感激涕零，他在攻占南京上游的安庆之后立即坐镇指挥，进攻太平天国的都城天京（即南京）。他采取了围城打援的战术，在南京城外挖掘长壕，切断南京和外界的一切通道，加上南京有湘军彭玉麟的水师和曾国荃(11)、杨岳斌所部联合围攻，南京变成一座困守的孤城。

此时，太平天国的忠王李秀成、侍王李世贤率部进入江西，攻陷瑞州。曾国藩发加急手谕，让鲍超火速赴援。鲍超日夜兼程奔赴瑞州，大军行进中前面悬红绫丈余，中间书一奇大的 “鲍”字，沿途太平军一见 “鲍”字旗帜，纷纷溃逃。鲍超连破太平军七十余营后，将太平军驱逐出江西，江西即报肃清。

曾国荃听说江西已平，心里很着急。他想得到攻克南京城的首功，但西有鲍超、南有左宗棠、东有李鸿章，三部都是虎狼之师，都可能与他抢功。于是，他与兄长曾国藩商量如何尽快克城。曾国藩担心他兵力不够，令他回湖南添募乡勇。同时稳住鲍超、李鸿章，令其暂时不要强攻南京，先肃清周边之敌。李鸿章知道曾国藩有私心，但出于对老师的尊敬以及自己仕途发展的考虑，他决定做个顺水人情，按曾氏兄弟的计划，对南京城围而不打，且一围就是两年之久。

与此同时，李鸿章继续以上海为依托，收复华东大片失地。在此之前，清廷曾同意江苏巡抚薛焕雇用美国人华尔的洋枪队，配合清军作战，由吴煦任洋枪队督带，杨坊与华尔为管带，实际上指挥权仍归华尔。因守卫上海有功，清廷赐给华尔官衔，并称洋枪队为 “常胜军”。华尔在与太平军的作战中毙命后，美、英、法侵略者互争 “常胜军”的领导权，在美国公使蒲安臣(12)的活动下，最终由美国人白齐文出任洋枪队统领。李鸿章到上海之初，采取 “借师助剿”的策略，一度请 “常胜军”协同作战。但到同治二年 （1863）初，白齐文与吴煦、杨坊产生矛盾，以致殴伤杨坊，抢走饷银。李鸿章借机将白齐文革职，还一并处置了吴煦、杨坊，后经与外方多次磋商，由英国人戈登出任 “常胜军”管带。

心有不甘的白齐文投靠了太平天国，他召集旧部，抢夺清军炮船，设法购买军火，并建议洪秀全放弃苏州、南京，采取全力北伐的策略，但未被采纳。

同治二年 （1863）秋，李鸿章率淮军和戈登的 “常胜军”进至苏州城下。几次进攻受阻后，他决定采纳戈登的 “智取”之计，即招降城中的纳王郜永宽，让他刺杀守城主将慕王谭绍光。计划进行得很顺利，太平天国第二重镇就此陷落。

但是，接下来发生的事情却大大出乎戈登的意料。李鸿章在营中设计杀死郜永宽等八名降将，并诛杀了城内已放下武器、毫无防备的太平军兵将，使招降的 “担保人”戈登颜面大失。事后，戈登携枪找李鸿章算账未果，发表声明说：如果清廷不将李鸿章解职，他就率 “常胜军”反攻淮军，交还太平军已占城池。李鸿章忙向慈禧呈上奏折，就此事百般辩解。慈禧并不完全相信李鸿章的解释，但她不仅未将他解职，反而奖赏了他，毕竟他攻下了太平天国的第二重镇，使南京城失去屏障，更加孤立无援。

为了显示公正，也为了尽快平息事端，慈禧对戈登给予万两赏银和记头功的奖赏，结果遭到戈登的拒绝。李鸿章也不再理会戈登，自率军队攻陷常州，证明没有 “常胜军”的协助，淮军依然可以打胜仗。戈登觉得无趣，卸任 “常胜军”管带，回英国去了。

苏州、常州两城被李鸿章攻克后，南京城的战况变得对清军非常有利。与此同时，浙江巡抚左宗棠率部自江西攻入浙江，于同治三年（1864）二月攻陷杭州，并基本占领浙江全省。曾国藩见拿下南京城的时机已经成熟，令曾国荃尽快扫除城外之敌，做好总攻的准备。

同治三年 （1864）四月二十七日，天王洪秀全病逝，幼天王洪天贵福继位。六月十六日，湘军轰塌南京太平门附近城墙二十余丈，蜂拥入城，其他方向的湘军也缘梯而入。洪天贵福在其他将领的护送下，乔装从南京城中逃出，城内太平军或战死，或自焚，十分惨烈。

同治三年 （1864）六月二十日，对慈禧和整个清廷来说是一个不同寻常的日子，以曾国荃为首的湘军攻克了南京，捷报送至北京，朝野上下一片欢腾。兴奋无比的慈禧颁诏嘉奖功臣：议政王奕訢主持朝廷军政大事，居首功，赏加三级军功；曾国藩着加恩赏加太子太保衔，赐封一等侯爵，世袭罔替，并赏带双眼花翎；各路统兵大员李鸿章、官文、左宗棠、曾国荃为一等伯爵；军机大臣、前敌将帅、各部、院、督抚均有重赏。

对太平军的大规模围剿结束了，但是太平军的残余势力依然存在。慈禧饬令闽浙总督左宗棠清剿南逃浙闽地区的太平军残部；赏郭嵩焘三品顶戴，令其署理广东巡抚，配合左宗棠形成夹击之势。同时，由于云南杜文秀(13)领导的回民起义声势越来越大，慈禧擢升云南布政使岑毓英(14)为巡抚，全力平乱。此外，更大的麻烦是捻军迅速集结，号称十万大军将进攻京城。

京城危急之际，慈禧想到的还是那些汉臣，她首推的统军人选自然是曾国藩，因此慈禧敕谕他统筹全局，制订围剿计划。

曾国藩建议采取 “追堵”之策，奏请科尔沁亲王僧格林沁统领清军主力追击，湘军、淮军以及袁甲三所部则在捻军的必经之地进行堵截。慈禧认为此计可行，加授僧格林沁为剿捻钦差大臣，节制调遣直、鲁、豫、鄂、皖五省兵马，建立防线进行堵截。但是，长江至黄河流域地域广阔，当清军建立起漫长防线围堵时，捻军便化整为零，展开游击战，清军稍有疏漏便被捻军钻空子；当清军追击时，捻军又展开运动战，从江淮跑到山东，又从山东跑往河南，清军十分被动，以致疲惫不堪。

同治四年 （1865）四月二十四日，僧格林沁率一万一千余多人追击东路捻军赖文光、张宗禹部，追至山东曹州菏泽县高楼寨时，陷入捻军伏击圈，全部被歼，僧格林沁被击毙。

满蒙第一战将僧格林沁之死，震动朝野。慈禧无奈地环视朝堂，发现可用之将才实在寥寥无几。在满蒙大臣中，稍有才能的陕甘总督都兴阿拟调回辽东任盛京将军；英桂在河南表现不错，拟调往浙闽。可是，保卫京畿是重中之重，慈禧思来想去，决定任命曾国藩为直隶总督、钦差大臣，督办直隶、山东、河南军务，以李鸿章署理两江总督。

但曾国藩在剿灭太平军后已遣散大部分湘军，剿捻的主力为李鸿章部属，有令难行，曾国藩身心疲累，便向慈禧推荐了李鸿章。慈禧对李鸿章这个名字早有耳闻，只是一直未曾谋面。同治六年 （1867）冬，慈禧改调曾国藩为两江总督，而以李鸿章署理钦差大臣，代替曾国藩剿捻。从此以后，慈禧与李鸿章逐渐形成了相互倚重的 “铁杆”关系。在剿捻过程中，李鸿章的策略绝大部分与曾国藩相同，依然是堵截和追击，不同的是，李鸿章没有让捻军牵着自己的鼻子走，而是你打你的，我打我的。不管捻军分兵运动作战也好，集中兵力重点突破也罢，他只管 “先固守局而后进兵”，让捻军自己往口袋里钻。

李鸿章首先实施第一步计划，即集中兵力打击捻军主力。当时捻军已分为东捻和西捻，李鸿章始终抓住最强的一股——赖文光、任化邦统率的东捻，逼迫他们决战。李鸿章手下有几名令捻军闻风丧胆的战将，如程学启、刘铭传(15)、张树珊(16)、吴长庆(17)、潘鼎新(18)等人，全都骁勇善战。这年年底，东捻进入山东富庶地区筹集粮草，李鸿章马上指挥清军分三路追击：提督刘铭传为中路，潘鼎新为北路，总兵董凤高、沈宏富为南路。三路清军连同山东巡抚丁宝桢所辖之地方清军，兜地而进。东捻发现清军的围歼意图后，不惜代价突围进入江苏，刘铭传部紧随其后，紧追不舍。同时，李鸿章将另两路撤至运河防线，等待捻军再次北进。

结果正如李鸿章所料，赖文光、任化邦率捻军主力在江苏赣榆一战受挫后又掉头向北，最后在北阳河、弥河之间陷入清军重围。捻军战死两万余人，另有万余人被俘，主将赖文光被擒获，几天后被杀。

同治七年 （1868），以张宗禹为首的西捻军进逼京师。慈禧急命议政王奕訢会同神机营王大臣办理巡防事宜，钦差大臣、陕甘总督左宗棠统领直隶境内各路清军防堵，钦差大臣、两江总督李鸿章督率所属各部急赴京畿围剿，署理闽浙总督兼江西巡抚李旭督派义勇军劲旅助剿，盛京将军都兴阿坐镇天津，以防西捻攻城。

四月底，左宗棠、李鸿章、赵向东在德州举行三方会议，议定楚军和淮军 “坚壁清野，分地设防”，战斗力最强的义勇军则为 “游击之师”，追杀西捻。鉴于西捻马队强悍、行动迅速，李鸿章下令修筑减河长墙八十余里，利用运河、黄河等河流限制骑兵行动，从而围困西捻。

几个月来，张宗禹带领西捻东奔西窜，四处碰壁。到了七月，大雨倾盆，河水泛滥。李鸿章、赵向东发现了战机，把西捻军限制在黄河和马颊河之间，圈起来打。张宗禹的马队因大雨而行动受阻，机动性大大削弱。他们从不敢在一个地方久驻，可是河水猛涨，道路泥泞，他们还是被困在了东昌。李鸿章、赵向东派重兵合围，全歼张宗禹的主力马队七千余人，张宗禹投河自尽，余部数万人作鸟兽散。

李鸿章为慈禧除去了心头大患，战功卓著，被任命为湖广总督、协办大学士，跃升至与曾国藩平起平坐的地位。李鸿章第一次入朝觐见，被特赐在紫禁城骑马。待到觐见时，李鸿章才隐隐约约一睹慈禧真容，慈禧因帘布遮挡未看清李鸿章的长相，但看得出他比其他人高大，所以后来她就给李鸿章取了个绰号，叫 “李大架子”。