咸丰帝尚未入土，他苦心设计的新朝政权架构便被慈安、慈禧两宫太后彻底摧毁。幼帝载淳和两宫太后接管了朝政大权，但此时的清朝就像一座千疮百孔的大厦，摇摇欲坠。要收拾这个 “烂摊子”，实在不是容易之事。

咸丰十一年 （1861）十月底，幼帝载淳在太和殿重行即位礼，受王公大臣朝贺；同时颁布谕令，宣布改年号 “祺祥”为 “同治”，寓意两宫太后临朝共理朝政。以次年 （1862）为同治元年，颁告天下。

俗话说，一朝天子一朝臣。慈禧在垂帘听政的第一年，行事小心谨慎，深藏不露，从不明目张胆地揽权，以免被怀疑有篡权的野心。与此同时，她努力学习如何处理国事，拉拢重臣，以获得更多的拥护与支持。

同治元年二月十二日，同治帝在弘德殿入学读书，特简礼部尚书、前大学士祁寯藻，管理工部事务的前大学士翁心存，工部尚书倭仁，及翰林院编修李鸿藻授读。

祁寯藻是嘉庆年间进士，官至体仁阁大学士、首席军机大臣，先后做过道光、咸丰帝的老师。他最突出的是书法，深厚遒健，自成一体，为清代中晚期著名书法家，有 “一时之最，人共宝之”“楷书称首”的美誉。翁心存是道光朝进士，官至内阁学士、兵部尚书、体仁阁大学士。他死后，由儿子翁同龢继续担任帝师。倭仁也是道光朝进士，官至文渊阁大学士，是著名的理学大师。李鸿藻出身于名宦世家，累代仕进通显，咸丰二年 （1852）会试及第。他禀赋聪颖，读书刻苦，十几岁时便钻研经训、博览群书，因此百家之言无所不见，才华为世瞩目。

这几位帝师都是赤胆忠心的博学老臣，且各有专长。慈禧一下子延请了四位帝师，是希望通过名师的教诲，使儿子成为像康熙帝那样博学睿智的皇帝，她的用心良苦可见一斑。另外，她想借此名义拉拢这些朝廷老臣，利用他们的影响力，为她主政出谋划策。

“辛酉政变”的最大功臣恭亲王奕訢被授为议政王后，两宫太后又颁旨封赏恭亲王。但奕訢坚辞不受，他深知功高盖主遭妒、位尊至极必衰的道理。不过，慈禧此举是出自真心，垂帘听政犹如在迷宫中摸索，她需要理政经验丰富的奕訢为她献策。

慈禧明白，当务之急是重振朝纲，实施自己的听政计划，让朝中大臣都诚服于己。虽说是两宫垂帘听政，但慈安太后是一个清心寡欲、与世无争之人，她的主要精力都放在了后宫的规整上。每当议政王奕訢请她发表意见，她总是推说：“妇道人家原不懂什么朝政大事，只请六爷忠心为国，替皇上办事，遇事奏明一声便了。”所以久而久之，朝中大事便都由慈禧和奕訢做主。

“辛酉政变”后，慈禧命内阁颁布上谕，对于听政一事，“着王大臣、大学士、六部、九卿、翰詹科道，将如何酌古准今、折衷定义之处，即行妥议以闻”。大臣们一议再议、一改再改，经过半个月的反复斟酌，一份史无前例的垂帘章程终于成形，对两宫太后垂帘一事做出规定。

同治元年十一月初一，两宫太后垂帘仪式在养心殿举行。养心殿从雍正帝开始就成为皇帝处理日常政务之所，批阅奏章，召见、引见臣下，均在此进行。

为了显示两宫太后听政与历代皇帝处理朝政没有区别，慈禧决定召见、引见臣下的地点不变，依然在养心殿，只是在殿中挂起薄薄的帘子。在东暖阁召见时，在东大墙前的栏杆上罩上黄幔；在明间引见时，则用八扇黄色纱屏相隔。当时，绝大多数三品以下官员都见不到太后的真容，但他们的命运却牢牢攥在这个看不见的女人手中。

垂帘听政伊始，慈禧就向朝廷大小官员明确了她的权力：朝中一切用人行政事宜，均须据实直陈，封章密奏。各级官员应各抒己见，切不可以空言塞责。

按照这一规定，各省和各路军营一切关于行政事务的疏章必须先呈报太后御览，然后再发还军机大臣悉心详议。也就是说，即使是奕訢处理政务，也必须先获得两宫太后，尤其是慈禧的允准；而太后也如同历代皇帝一样，拥有皇帝的一切权力。

十月十四日，江南道监察御史徐启文呈上一份奏折，内中建议：“将列圣实录、宝训择其简明切要者，恭纂一编；将汉唐以来，母后临朝的各事实，择其可法可戒者，不假修饰，据史直书，汇为一册，恭录进呈。”这个建议正中慈禧下怀。她当即谕令南书房、上书房、翰林院着手编辑，遴选史实，简明注释，以备御览。

经过大臣们五个多月的努力，这本书终于编辑完成。呈送御览时，慈禧大喜，特赐名为 《治平宝鉴》，并经常让大臣们隔帘为她讲解，从中学到更多的统治之术。

听政，对慈禧来说是一件极具挑战的事情，因为她所面对的是千疮百孔的政局、纷繁复杂的朝政、瞬息万变的军机。尽管她在陪伴咸丰帝时，通过各级上书、奏报，对天下大势有了比较清晰的认识，但要独立处理军国大事，还需要具备一定的胆识和智慧。万事有主有次，此时摆在慈禧面前最棘手的问题就是官场的腐败与官员的无能。因此，她做了三件事：第一，恢复科举，考试选拔新人；同时对朝中大员进行调整。第二，重新拟订 “剿贼”计划，对 “剿贼”官员进行考评与奖惩，整肃军中纪律。第三，制定有关夷务的政策，完善相应机构。

她对军机处进行 “大换血”，并确立了恭亲王的核心地位。值得一提的是，她将准备以户部侍郎衔调往山西的荣禄留在京师，让他担任京师步兵统领，守护京城和皇宫的安全。曾国藩出祁门后，慈禧任命他为兵部尚书，授予他节制四省的大权和征讨太平天国的一切权力。左宗棠、李鸿章均授侍郎衔，分别统领湘军和淮军与太平军、捻军作战。同时，慈禧认识到，官吏投机钻营、贿赂公行、骄横不法，不思为国分忧解难。在外敌入侵、农民起义日甚一日之时，朝中缺少带兵之良将、治国之能臣，因此，治本之道当为整顿吏治。

同治元年 （1862），恰逢三年一次对官员进行考核的京察和大计。按照清朝的例制，京察时三品以下官员由吏部和都察院负责考核，三品以上官员及总督、巡抚等大员则先自陈政事得失，最后由皇帝敕裁，按照 “称职”“勤职”“供职”三个等级，对官员实行奖惩。大计是考核道、府及州县官员，一般由各级官员依隶属关系逐级考查，做出评断，最后交由各省督抚核其事状，注考造册，送吏部复核。

这种考察制度的目的在于奖优罚劣，使各级官员时时恪尽职守、效忠朝廷。京察与大计涉及官员的奖惩，故而贿赂徇庇的事早已司空见惯。“长官往往博宽大之名，每届京察，只黜退数人，虚应故事，余概优容，而被劾者，又不免冤抑。”

对这一年的官员考核，慈禧已打定主意要严加整顿，而第一个撞到枪口上的是刚卸任兵部侍郎的庆英。庆英因在兵部动用公款而被议罪，兵部拟给他降两级处分。庆英想通过奕訢在两宫太后前说情，于是趁着夜色来到恭王府。奕訢推测庆英夜间来访，必与降职一事有关，坚辞不受其礼，只是苦心劝导庆英安分守己，接受朝廷安排。庆英听后干脆长跪不起，恳求奕訢为他开脱。奕訢顿时恼了，声色俱厉地将庆英赶了出去。第二天，奕訢把庆英所为汇报给两宫太后，同时把庆英贿送的钱物上交。慈禧对庆英之举非常气恼，命内阁发出上谕，公布事情始末，给予庆英严厉制裁，由降两级改为革职。随后，慈禧诏谕各级官员，严惩贪污受贿行为。她还处置了直隶顺天府知府蒋大镛等行贿受贿的府县官员，并明令各地 “随时严查，按律惩办”。

接着，慈禧处置了两江总督何桂清。何桂清早在咸丰十年 （1860）就任两江总督时，正值太平军全力进攻浙江，眼看常州将要失守，何桂清惊慌失措。有几百名当地百姓手持灯笼，在总督府衙门外排队下跪，请求何桂清守城。但何桂清贪生怕死，先将家眷转移，然后下令向拦阻他出逃的百姓开枪，当场打死打伤十余人。咸丰帝谕令将他革职拿问，刑部郎中余光倬根据 《大清律》向朝廷请拟斩立决。朝中高官多与何桂清有故交，出面为他说情，希望缓刑。随后，由于英法联军侵犯北京，咸丰帝自顾不暇，此案被搁置。何桂清乘机逃往上海，利用官场盘根错节的关系，找人说情并做伪证，将他当时弃城逃走说成是去办理公事。慈禧最担心战区形势恶化，如果不刹住这种临阵脱逃的风气，战局将失控，何况何桂清出逃时还枪杀百姓，影响极为恶劣。抓住这个 “典型”杀一儆百，已成必然，于是慈禧判何桂清斩监候，秋后处决。一个从一品的封疆大员被杀头，十分少见，慈禧由此树立了自己的权威，使朝廷内外对她有了敬畏之心。

随后，慈禧又把矛头指向了满人将领胜保。胜保久经沙场，却是个遇险即逃的 “常败将军”。在 “辛酉政变”中，他全力配合慈禧的计划，为政变立下汗马功劳。但是，他到陕西督军时依然采取能打就打，打不赢就逃的策略。每攻下一座城池，他就纵兵抢掠，并向地方官索取犒军费，当地行政长官都对他恨之入骨，他的这些行径也遭到军中和朝廷众多大臣的非议。慈禧只得将他革职拿问，交刑部治罪，最终胜保自尽，在京的家产一律查抄。

通过庆英、何桂清、胜保数案，慈禧以恩威并施的政治手段整饬纲纪，从而在清廷树立了绝对权威，站稳了脚跟。

此外，在官员任用上，慈禧不分满汉，奖惩分明。如潘祖荫以才华出众、耿介敢言蜚声朝野。咸丰八年 （1858）至咸丰十年 （1860）左宗棠因与樊燮一事官司缠身时，潘祖荫积极上书为左宗棠辩白，他十分推崇左宗棠的才能，其中 “天下不可一日无湖南，湖南不可一日无左宗棠”的名句就是出自他之口。慈禧垂帘听政伊始，曾经诏求谏言，潘祖荫上书请皇帝勤圣学、求人才、整军务、裕仓储，敬请免民赋以纾民力。慈禧批阅后颇为欣赏，认准他是一个不可多得的人才，京察时将他升为光禄寺卿。

同时，她嘉奖在镇压太平天国运动中捐躯的官员，尤其是汉人官员。湖北巡抚胡林翼自太湖回援湖北，收复黄州、德安等地，死守鄂皖、鄂赣边界，遏制太平军经河南北伐的企图，因积劳成疾而得了咯血症，最后病死于任上。慈禧下令赠授总督，谥文忠。

这些措施对于改变官员尸位素餐的现状、提高行政效率、巩固慈禧的朝中威望等，有着积极作用。