元至正十五年（宋龙凤元年）二月，红军统帅刘福通派人在砀山访得了韩林儿，迎到亳州，立为皇帝，号小明王，建国曰宋，建元龙凤。拆鹿邑太清宫材，治宫阙于亳。小明王尊母杨氏为皇太后，以杜遵道、盛文郁为丞相，刘福通、罗文素平章政事，福通弟刘六知枢密院事。军旗上写着鲜明的联语道：“虎贲三千，直抵幽燕之地；龙飞九五，重开大宋之天。”遵道得宠任事，福通不服气，暗地里派甲士挝杀遵道，自为丞相加太保，东系红军军政大权一归福通。
郭子兴原受亳都节制，子兴死后，小明王檄授子兴子天叙为都元帅，子兴部将张天祐为右副元帅，朱元璋为左副元帅，军中文移从此遵用龙凤年号。
虹县人邓愈年十六，从父兄起兵，父兄战死，愈代领其众，每战必挺身破敌，军中服其勇决。怀远人常遇春刚毅多智勇，膂力绝人，初从巨盗刘聚，聚抄掠无远志，遇春决心离开，愈归元璋为管军总管，遇春投元璋自请为先锋。
和州东南临大江，城小兵多，粮食大成问题。唯一可能的出路和发展，是渡江直取金陵。渡江必须舟楫，载运大军过江的舟楫不是三两日所能造就。元璋正在踌躇思虑，无法解决时，附近巢湖水军头目派人来要求归附。
庐州巢县人廖永安、永忠兄弟，俞廷玉、通海、通源、通渊父子，赵仲中、庸兄弟，合肥人张德胜、叶升，无为人张世杰，和州含山人华高等，各率众泊巢湖，连结水砦，以捍寇盗。红军左君弼据庐州、永安等战败，闻元璋兵盛，以水军千艘归附，元璋大喜，即亲往抚定其众。时元中丞蛮子海牙集楼船塞马肠河口，阻住出路。元璋率舟师出湖口，到和阳铜城闸，忽大雨水涨，从小港径出，大败蛮子海牙军于裕溪口，水军入大江，从归和阳，因定渡江之计。
六月初一，元璋率众渡江，乘风直抵牛渚，遂据采石，缘江诸垒一齐归附。诸将争取资粮，打算运回和州，慢慢享用。元璋和徐达商量，第一仗打得不坏，不如乘胜直取太平，把所有的船缆都切断，放船在急流中，断士卒归路，使其必进。又命李善长预备好戒饬军士榜文。初二日克太平路，执万户纳哈出。揭榜文于街，有一小卒违令，立斩以徇，军中肃然。当地耆儒李习、陶安等，率父老出迎，陶安见元璋师有纪律，实在难得，因进言：“方今四方鼎沸，豪杰并争，攻城屠邑，互相雄长，这一般人都不过志在子女玉帛，根本没有拨乱安民、救天下的志气。元帅率众渡江，神武不杀，以此顺天应人而行吊伐，天下统一不成问题。”元璋问以取金陵如何？陶安以为金陵是古代帝王之都，形势险要，又有长江天险，如以金陵作根基，出兵讨伐四方，是绝妙的战略。两人说得非常投机，就留陶安在幕府参议机密。改太平路为太平府，以李习知府事。置太平兴国翼元帅府，元璋自领元帅，以李善长为帅府都事，汪广洋为帅府令史，潘庭坚为帅府教授。籍乡民为兵，以税户宋成等为千户统领，居民蓄积尽数运入城内，准备固守。
太平在占领以后即被元兵包围，水路方面由元将蛮子海牙、右丞阿鲁灰以巨舟截采石江，闭姑熟口，断绝红军归路及和阳的交通，陆路由山寨民兵元帅陈野先、水军元帅康茂才以兵数万攻城。元璋分兵两路：一支由汤和率领正面迎战，一支由徐达、邓愈潜师由间道绕到元兵后路，从背面夹攻。元兵腹背受敌大败，野先被擒，蛮子海牙、阿鲁灰得到败讯，也不敢进攻，还军驻裕溪口。元璋释野先缚，令作书招降其部队，第二天其众皆降。分命徐达等取溧水、溧阳、句容、芜湖等地。
九月，郭天叙、张天祐和陈野先率兵进攻集庆（金陵）。野先之降，非其本心，被逼写信招降部曲时，以为其众未必从命，不意全军归附，自悔失计，阴谋复兴元合。元璋察知其计，故意交还部队，让他和元集庆守将福寿勾通，攻城时，郭、张二帅攻东门，野先伪攻南门，城中坚守。二帅不知野先底细，以为一家。野先邀天叙喝酒，席间把他杀了，又诱擒天祐献于福寿，天祐亦被杀。回师追袭红军于溧阳，行经葛仙乡，地方民兵恨野先反复，使地方糜烂，设计把他杀死，从子兆先代领其众。郭、张二帅死后，子兴旧部都归元璋，元璋遂独领都元帅，半年来的三头局面到此结束。
元璋率大军渡江，马夫人率将士家属仍留和阳。郭、张二帅被诱杀以后，陈兆先屯方山，蛮子海牙则屯采石，水陆掎角，威胁太平。元璋乘时整顿军队，加强实力。龙凤二年（至正十六年）二月亲率常遇春等大败蛮子海牙军于采石，纵火焚其连舰，蛮子海牙仅以身免，江路始通。三月率诸将进攻集庆，水陆并进，至江宁镇，攻破陈兆先营，降其众三万六千人，释兆先以为元帅，令从征讨。进败元兵于蒋山，直抵城下。城破，福寿战死，得了军民五十余万，元将康茂才降。元璋入城，剀切告诉军民父老官吏说：“元朝政治混乱，战争四起，生民涂炭。我来是为民除乱，大家应该各安职业，不要疑心害怕。贤士吾礼用之，旧政有不便者吾急除之。做官吏的不要贪暴，使百姓吃苦。”简单的几句话，把城中人心定下来，恢复了秩序。改集庆路为应天府，置天兴建康翼统军大元帅府，以廖永安为统军元帅。以赵忠为兴国翼元帅，守太平。置上元、江宁二县。辟儒士夏煜、孙炎、杨宪等十余人，以次录用。亳都得到捷报后，升元璋为枢密院同佥，以帅府都事李善长为经历。不久又升元璋为江南等处行中书省平章，故元帅郭天叙弟天爵为右丞，李善长为左右司郎中，以下诸将都升元帅。元璋这年才二十九岁，已经是独当一面的人物、统领十万大军的统帅了。
元璋据应天后，他的势力，以应天为北境，西起滁州画一直线到芜湖，东起句容，南到溧阳，一块不等边形，横摆着的斗形地带。西线是斗底，东线是斗口。四面的形势，东边元将定定扼守镇江。东南张士诚已据平江（苏州），破常州，转掠浙西。东北面青衣军张明鉴据扬州。南面是元将八思尔不花驻徽州，别不华、杨仲英屯宁国。西面池州已为徐寿辉所据。东南外围则元将石抹宜孙守处州，其弟厚孙守婺州，宋伯颜不花守衢州，真是四面受敌。幸亏这时元兵正用全力对付小明王，前一年十二月元将答失八都鲁大败刘福通于太康，进围亳州，小明王奔安丰（今安徽寿县）。察罕帖木儿和红军转战河南，都无暇南顾。红军势力暂时消沉，张士诚又猖獗于东南，徐寿辉鸱张于襄汉，元兵左支右绌，已苦无法应付。龙凤二年（至正十六年）红军复振，遣兵分出略地，李武、崔德陷商州，破武关，进图关中。毛贵陷胶、莱、益都、滨州，山东郡邑多下。三年刘福通率众攻汴梁，分军三道：关先生、破头潘、冯长舅、沙刘二、王士诚趋晋冀；白不信、大刀敖、李喜喜趋关中；毛贵出山东北犯。第一路军分二路：一出绛州，一出沁州，逾太行，破辽、潞，陷冀宁，攻保定，陷完州，掠大同、兴和塞外诸部，至陷上都，转掠辽阳，抵高丽，从西北折回到东北，绕了一个大圈子。第二路军陷兴元，入凤翔，南入四川。一部又陷宁夏，掠灵武诸边地。第三路军陷东平、济宁、东昌、益都、广平、顺德、济南，北陷蓟州，犯漷州，略柳林以逼大都。福通则陷大名、曹、濮、卫辉，出没河南北。四年五月，攻下汴梁，迎小明王以为都城。红军所至无不摧破，元州郡长吏闻红军来，往往不战而遁。五六年中，红军长驱深入，来回地兜圈子，元军用全力抵抗和进攻，无力顾到朱元璋，使得这个新进最后起的红军小头目，得以从容巩固地盘，扩充实力，得以个别消灭群雄，开辟疆土。而且在地理上，朱元璋和元朝大军中间恰好隔着，东边是张士诚，北面是小明王，西边是徐寿辉，这三个卫星使他无从受到元军的主力攻击，等到红军主力已被元朝消灭的时候，朱元璋已经广土众民，拥有最强大的实力，可以和元军一决雌雄了。
在这斗形地带所受到最大的威胁，东边镇江如为张士诚所据，则可以直捣应天，危及根本。南边的宁国如为徐寿辉所占，则后方又失去屏障。元璋在应天经营甫定，即遣徐达攻克镇江，分兵下金坛、丹阳等县。向东伸出一触角。到六月又派邓愈攻陷广德，堵住徐寿辉的来路。在出师时严申军令，毋焚掠，毋杀掳，犯令者处以军法。破镇江时，号令严肃，城中晏然，不知有兵。改镇江路为江淮府，置淮兴镇江翼元帅府，以徐达、汤和为统军元帅。置秦淮翼元帅府，以俞通海为元帅。改广德路为广兴府，置广兴翼行军元帅府，以邓愈、邵成为元帅。分遣诸将攻克长兴、常州，自将攻克宁国，得军士十余万，降其将朱亮祖。又克江阴、常熟、徽州、池州、扬州。在龙凤三年（至正十七年）这一年中，把四周敌人的军略据点悉数占领，成为向外发展的前哨阵地。从江阴到长兴画一条直线，构成堵住张士诚西犯的防线。宁国、徽州则是向浙东进展的门户。西线主守，东线主攻，北线和友军接境，形势已和一年前大不相同了。
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元璋深知自己的知识太差，对于实际政治尤其隔膜。所以对于知识分子，特别看重，虚心听从他们的劝告，完成自己的教育。每克一地，必访求当地的贤才，罗致于自己幕府中，初起略地定远时得毛骐典文书机密，下滁州得范常，克太平用宋思颜。从渡江的幕府人才，有郭景祥、李梦庚、杨元果、阮洪道、汪河、乐韶风等。下集庆，王濂来归。克镇江，礼聘秦从龙、陈遇。下徽州，召朱升。从龙之来，元璋亲到龙江迎接，事无大小，都和他商量，呼为先生而不名。陈遇画策帷幄，宠礼之隆，诸臣莫比。两人都不受官职，自处于宾师之间，元璋也不敢强以名位。朱升告诉元璋三句话：“高筑墙，广积粮，缓称王。”奠定了元璋后来的帝业。
从兴军以来，农村壮丁大部分被逼从军，农田荒芜，又不断被战争所**，粮食收成减少。各处军队的给养多由掠夺，名为寨粮，元璋的部队也不能例外。生产日少，消费日多，百姓被掠夺而饿死沟壑，军队还是吃不饱肚子。扬州的青军甚至演出吃人的惨剧。元璋听了朱升的劝告，龙凤四年（至正十八年）二月以康茂才为都水营田使，专负责修筑堤防，经营水利，恢复农田生产，供给军需。又分命诸将部兵屯田龙江等处，以生产的多少定其赏罚。几年内就成绩显著，仓库充实。军食既足，就明令禁止征收寨粮，民心归附，足食足兵，两件事都做到了。这年十一月，又立管领民兵万户府，把所定郡县，简拔民间武勇之材，编缉为户，由民兵万户府管领。农时则耕，闲时则加以军事训练，有事则征调入伍，事定后，有功的一体升擢，无功的仍还为民户。实行寓兵于农的制度，使作战力量和生产力量合而为一。
外围的威胁解除，内部的生产问题有了办法，元璋的眼光立刻转移到浙东西的谷仓。先命李文忠进取皖南青阳、石棣、太平、旌德诸县，巩固了后方的防务，再会合邓愈、胡大海两支军队，由徽州昱岭关，进攻建德路，一鼓攻克，改建德路为严州府，先头部队东达浦江，构成侧面包围婺州的形势。十二月元璋亲率军十万出徽州进攻婺州，大败元处州援兵于城下，婺州降，改为宁越府，置中书分省，于省门建二旒大黄旗，上面写着：“山河奄有中华地，日月重开大宋天。”下揭二牌：“九天日月开黄道，宋国江山复宝图。”辟儒士范祖干、许元、叶瓒玉、胡翰、汪仲山等十三人分直讲经史。立郡学，延儒士叶仪、宋濂为五经师，戴良为学正，吴沈、徐原为训导。丧乱之余，学校久废，元璋在这个两百年来的理学中心，号为“小邹鲁”的地方，复兴儒学，不但表示他在政治上的远见，同时也是收拾人心——尤其是士大夫——的最好办法。由此也可看出这个划时代的巨人，红军的头目，这时已开始反叛，倾向儒家，虽然中书分省省门的标语还是复宋。
宁越既下，分兵取浙东未下诸路，龙凤五年（至正十九年）正月克诸暨，五月汴都升元璋为仪同三司江南等处行中书省左丞相。六月自宁越还应天，留胡大海守宁越。八月元察罕帖木儿攻陷汴梁，刘福通奉小明王退保安丰。浙东驻军先后克衢州、处州，元璋的领土，遂成北邻张士诚、西邻陈友谅、东邻方国珍、南邻陈有定的局面。士诚最富，友谅最强，国珍和有定都龌龊自保。因之在整个战略上，又改采东南取守势，西北线取攻势的策略。以士诚和友谅比较，士诚迟疑顾虑，友谅轻佻猛鸷，士诚保守，友谅进取，以此，在西北的攻势又分轻重，对士诚是以守为攻，扼住江阴、常州、长兴几个据点，使士诚不能西迈一步。对友谅则以攻为守，使友谅兵力分散，不能集中攻击。
浙东虽已大部平定，可是浙东的几家豪族，尤其是原来在元将石抹宜孙幕府的名士刘基、叶琛、章溢等，有重名，得民心，都避不肯出，元璋遣使致书礼聘，总制孙炎又陈书开谕，基等不得已，和宋濂于龙凤六年（1360）三月应征到应天，元璋大喜，筑礼贤馆以处基等。这几个人，在思想方面继承宋儒的传统，和明教和红军无渊源。在社会地位方面，是浙东的豪绅巨室，声望笼罩一方。他们遵礼法，重保守，在行动上的表现是团结土著，保卫地方。元璋千方百计把他们拉拢到手，固然地方问题是解决了，“山越清宁”。可是他们的思想和主张都自成一系统，和红军格格不相入。被逼出山以后，也就改变作风，利用元璋的雄厚军力，拥之建立新朝，以保持几千年来的传统的秩序、习惯和文化，保持巨室豪绅的利益。结果，自然和出自明教红军的诸将，成地主与流氓、儒生和武弁相持之局。元璋也利用巨室豪绅之护持，儒术之粉饰，建立他的万年基业。在红军实力尚存、对元仍须利用红军拥护的时期，他是红军的别部，不免两面敷衍。一到小明王军力完全被元军消灭以后，他就完全倾向儒生，剥去宗教的外套，自命为旧秩序之恢复者和旧文化的护法人了。从这时以后，他深受这几人的影响，和红军的关系逐渐疏远，和儒家日益接近。