荆州刺史司马休之是司马懿六弟司马进的玄孙，在平定王恭叛乱之时立下战功，后来桓玄谋乱，司马休之拒不合作，逃到了南燕。刘裕灭桓玄后，司马休之回到东晋，任荆州刺史，后迁并州刺史，在刘裕灭了前荆州刺史刘毅后，又回任荆州刺史。司马休之在荆州刺史的任上干得风生水起，深得民心，实力逐渐壮大，这引起了刘裕的忌惮。刘裕准备找碴解决司马休之，铲除皇室的最后支柱。

刘裕从司马休之的长子谯王司马文思身上找到了突破口。司马文思留在首府建康，遥控指挥谯国事务，他为人凶暴，喜欢结交江湖人士，滥杀无辜，还特别喜欢打猎，经常在夜晚焚烧别人家的坟墓取乐，多次被弹劾，平日里刘裕就特别讨厌他。义熙十年（414）三月，司马文思又被弹劾擅自处死谯国的官员，刘裕大怒，让司马德宗下诏——其实也是刘裕自己找人起草的诏书——杀死了司马文思的狐朋狗友们。刘裕趁机给司马休之下了个套，他命人把司马文思押送到了他父亲司马休之那里，说让司马休之亲自处决这个儿子，司马休之肯定不舍得动手，到时候，他就有讨伐司马休之的借口了。

果不其然，司马休之只是上书朝廷要求罢黜司马文思的王位，并没有杀司马文思，这正中刘裕的下怀。他派人逮捕了在建康的司马休之的次子司马文宝和侄子司马文祖，强迫二人自杀，又做了军事部署，准备出兵讨伐司马休之。

义熙十一年（415）正月二十七日，刘裕率军从建康出发，兵发荆州，命自己同父异母的弟弟中军将军刘道怜兼留府事，命丹阳尹刘穆之兼右仆射。刘裕特别交代刘道怜，让他把大小事务都交由刘穆之处理，自己只做个挂名的，然后任命刘钟为领石头戍事，镇守冶亭。

司马休之也整兵备战，就在这个时候，他得到了两个消息，一个坏，一个好。坏消息是司马张裕和南平郡太守檀范之逃向了建康，好消息是雍州刺史鲁宗之起兵响应自己。鲁宗之是刘毅的部属，他怕日后受到清算，于是和儿子晋陵郡太守鲁轨一同起兵反抗刘裕。

刘裕准备策反司马休之的录事参军韩延之，给他去了一封密函，让他认清形势，反水司马休之。但韩延之很忠心，拒绝背叛司马休之。刘裕的父亲名字叫刘翘，为了表示决心，韩延之把自己的名字改为韩显宗，把儿子的名字改为韩翘。

刘裕派参军檀道济、朱超石（朱龄石的弟弟）率军进攻襄阳。此时鲁轨进攻江夏郡，斩杀了太守刘虏之，刘裕便派他的女婿振威将军徐逵之率参军蒯恩、王允之、沈渊子等为先锋，进攻江夏口。两军大战，鲁轨军大胜，斩徐逵之、王允之和沈渊子。蒯恩率军死守阵地，鲁轨军攻克不了，于是撤退。

刘裕此时在马头（今湖北公安县）扎营，他得到徐逵之等人战死的消息后，暴跳如雷，于三月二十九日亲率各军向北渡过了长江。鲁轨、司马文思率领四万大军，在悬崖峭壁上修筑好防御工事，直插云天，挡住刘裕军的道路。刘裕的将士们看着高耸入云的阵地，犯愁了，有几个人试着爬了爬，根本上不去。刘裕大怒，身披铠甲，准备亲自攀爬，将士们一看这可使不得，纷纷过来劝告，但根本劝不住，刘裕火气越来越大。太尉主簿谢晦（谢安二哥谢据的曾孙）上前一把就抱住了刘裕，刘裕拔出佩剑，指着谢晦说道：“再不松手，我要杀了你！”谢晦还是不松手，他说道：“天下可以没有我谢晦，不能没有您！”刘裕听了谢晦的话，把手中的剑放下，也不再去攀爬了。

建武将军胡藩非常勇猛，刘裕命他带头攀爬，胡藩用锋利的小刀在岩石上凿开一个个小洞，小洞也仅仅能放下脚指头，他一边凿洞，一边攀爬，历经千辛万苦，终于爬上悬崖峭壁。受到胡藩的鼓励，将士们攀爬的越来越多，他们在峭壁顶集结后发起攻击，鲁轨等人不敌，后退。刘裕命全军发起猛攻，拿下了江陵。司马休之和鲁宗之向北狂逃，鲁轨守防石城。刘裕命阆中侯赵伦之、太尉参军沈林子攻打石城，派武陵内史王镇恶率水军追击司马休之等人。

赵伦子和沈林子率军攻破了石城，司马休之和鲁宗之前来救援，然而已经迟了，只好和鲁轨一同逃奔襄阳，但鲁宗之的参军李应之这时候却紧闭城门，不让他们入城。

五月十二日，司马休之、鲁宗之、鲁轨、司马文思、新蔡王司马道赐、梁州刺史马敬和南阳郡太守鲁范等人一同前去投奔后秦，王镇恶追到后秦边界后回军。姚兴任命司马休之为扬州刺史。

司马德宗下诏加封刘裕为太傅、扬州牧，允许他“剑履上殿，入朝不趋，赞拜不名”。刘裕辞谢了太傅、扬州牧的职务。

刘裕消灭了朝中所有像样的政治对手，已经没有人再有实力和他对抗了，他篡位的步伐已经势不可挡。