姚兴对归义侯乞伏乾归很不放心，因此趁他到长安晋见的机会，把他留了下来，任命他为主客尚书，封镇远将军，任命他的儿子乞伏炽磐为西夷校尉，统率部落人马。乞伏炽磐勇武，谋略并不次于其父乞伏乾归。

姚兴派中军将军广平公姚弼、后军将军敛成和镇远将军乞伏乾归，率领三万大军攻打南凉秃发辱檀。姚兴欺骗秃发傉檀，说他已经派兵攻打胡夏，为了防止胡夏向西逃窜，所以命令姚弼等派军拦截。秃发傉檀信以为真，姚弼等从金城顺利渡过黄河。

谋士姜继对姚弼说道：“秃发傉檀现在疏于防范，请让我率领轻骑五千人直抵姑藏城下，切断他们的外援，到时候他们将束手就擒。”姚弼没有同意。姚弼率大军挺进到漠口，昌松郡太守苏霸顽强抵抗，城破，姚弼斩苏霸。

昌松是姑藏的门户，它一被攻下，后秦军再没有什么阻碍，顺利抵达姑藏城下。秃发傉檀坚守城池，出奇兵击破后秦军，姚弼等撤退到西苑。这时候，姑藏城中的王钟集合了数千人，准备背叛秃发辱檀，投降姚弼。消息走漏，秃发傉檀有了防备，但他只想杀死几个骨干分子，饶恕其他人，前军将军伊力延侯劝他道：“现在大敌当前，如果对内部的反叛不进行严厉镇压，恐怕会起连锁反应，我建议把王钟等人全部活埋。”秃发傉檀同意了，王钟等叛乱分子五千人被活埋。

秃发傉檀又生一计，他命郡县把牛羊等牲口全部放到田野里，让它们自由活动。后秦后军将军敛成得到田地里有大量牲口的消息，大喜，派军前去抢夺。秃发傉檀看火候差不多了，命镇北大将军秃发俱延和镇军将军秃发敬归等率军出击，后秦军不备，被打得大败，被杀死七千多人。姚弼吸取教训，下令坚守营寨，拒不出城。南凉军发动攻击，无法攻克。

姚兴派卫大将军常山公姚显率两万精骑支援姚弼，大军行进到高平的时候，得到姚弼战败消息，他们加快速度，不日抵达姑藏城下。姚显派神射手孟钦等五人到姑藏凉风门挑战，这时候从姑藏城中出来一匹快马，马上端坐的是南凉材官将军宋益，孟钦等人就要拉弓放箭，但箭还没有射出来，宋益已经飞马到了他们面前。宋益挥动大刀，力斩孟钦等人。五员大将瞬间被杀，姚显大惊，感觉这仗没法打下去了，于是向秃发傉檀道歉，然后率军撤退。秃发傉檀不想过多得罪后秦，也派人向后秦表达了歉意。

乞伏炽磐率领部落两万多人在相对安全的嵻崀（kānglǎnɡ）山另建新城，避开后秦军可能的攻击。

乞伏炽磐到上邽（guī，今甘肃清水县）拜见后秦太原公姚懿，后秦叛将彭奚念趁机偷袭苑川（今甘肃榆中县附近），乞伏炽磐得到消息后立即回军，大战彭奚念，彭奚念不敌，逃回老巢枹罕（今甘肃临夏县附近），乞伏炽磐又率军攻破了枹罕。这时候乞伏乾归正跟随姚兴巡视平凉，乞伏炽磐便派人秘密通知了他，乞伏乾归不辞而别，回到了苑川，然后从苑川前往枹罕。他命乞伏炽磐镇守枹罕，然后把大本营向北迁到了度坚山。

义熙五年（409）二月，乞伏乾在度坚山宣布脱离后秦自立，称秦王，大赦，改年号。他封边氏为皇后，封世子乞伏炽磐为太子，兼都督中外诸军事、录尚书事；任命屋引破光为河州刺史，镇守枹罕；在世的原公卿大臣们都官复原职。至此，亡国已经八年的西秦再度复国。

乞伏乾归又任命焦遗为太子太师，同时参与朝廷政务。他对太子乞伏炽磐说道：“你要像侍奉我一样侍奉焦太师。”乞伏炽磐向焦遗叩头拜师。乞伏乾归又准备把女儿嫁给焦遗的儿子焦华，焦华诚惶诚恐地说：“公主身份高贵，嫁给我实在不般配，我不敢高攀。”乞伏乾归也不再勉强，只任命焦华为尚书民部郎。

乞伏乾归率军攻击后秦金城郡，顺利攻克，然后又攻打叛将越质屈机等领导的十多个部落，接连大胜。他把两万五千多人迁到了苑川，又把都城迁回这里。乞伏乾归势不可挡，继续率军攻打后秦的略阳郡、南安郡和陇西郡，全部攻克，把两万九千多户迁到了苑川和枹罕。之后又把鲜卑仆浑部落三千多户迁到度坚山，任命儿子乞伏敕勃为秦兴郡太守。

南凉视北凉为死对头，义熙六年（410）三月，秃发傉檀亲率五万精骑，对北凉发起了第三次攻击。两军在穷泉大战，南凉军大败，溃不成军，将士四散奔逃，秃发傉檀单人独骑逃回。北凉乘胜追击，北凉王沮渠蒙逊兵临姑藏城下，城内乱作一团，有一万多户直接出城投降了沮渠蒙逊。秃发傉檀派司隶校尉敬归和儿子敬佗为人质，请求和沮渠蒙逊和解，但敬归走到半路心中恐惧，又逃了回来，被北凉抓获。沮渠蒙逊掳走了八千多户百姓后撤兵。

这时候，南凉右卫将军折屈奇镇在石驴山造反，秃发傉檀感到姑藏太不安全了，于是把都城迁到乐都，留下大司农成功绪保卫姑藏。结果他前脚刚一出姑藏的门，后脚侯谌就立即关闭城门，占领了南城，自称凉州刺史，推举焦朗为大都督、龙翔大将军。不久，沮渠蒙逊率军攻陷姑藏，活捉了焦朗。他命弟弟沮渠孥为秦州刺史，镇守姑藏。

沮渠蒙逊又挥师进攻乐都，但打了一个月都无法攻克。秃发傉檀又派儿子秃发安周为人质，请求和解，沮渠蒙逊同意了。

秃发傉檀觉得很窝火，过了不久就决定复仇。他率五路兵马攻打北凉，结果又被打得大败，沮渠蒙逊再次包围了乐都。秃发傉檀派另一个儿子秃发染干做人质，请求和解，沮渠蒙逊回军。

北凉军刚走，乞伏炽磐率领的西秦军又到，秃发傉檀派太子秃发虎台在岭南迎战。两军大战，南凉军大败，西秦军俘获了牛马十余万头后凯旋。

义熙八年（412）六月，西秦发动内乱，首任南凉王乞伏国仁之子，振威将军乞伏公府杀死了叔叔乞伏乾归和乞伏乾归的十多个儿子，然后退守大夏。乞伏炽磐得到噩耗，派弟弟乞伏智达、振武将军乞伏木弈干率三千精兵讨伐乞伏公府，他自己率两万多户迁都枹罕。

乞伏智达攻破大夏，乞伏公府去投靠据守叠兰城的弟弟乞伏阿柴，乞伏智达又攻陷了城池，斩杀乞伏阿柴父子五人。乞伏智达命人剁下乞伏公府和他四个儿子的手脚后，再残忍杀死。

八月，乞伏炽磐继位，自称河南王，大赦，改年号。

南凉日渐衰败，唾契汗和乙弗等部落选择了背叛，秃发傉檀准备率军讨伐他们，孟恺劝道：“我们近年来庄稼歉收，民心不安，乞伏炽磐和沮渠蒙逊又对我们虎视眈眈，实在不宜远征。我们应该等待时机，再找机会。”秃发傉檀不听。他率七千精骑进攻，大破乙弗部落，俘获了马牛羊四十多万头。

乞伏炽磐得到秃发傉檀出兵的消息，立即率两万精骑围攻乐都，秃发虎台率军顽强抵抗。

义熙十年（414）五月，乞伏炽磐下令全力进攻乐都，南凉军抵挡不住。一天晚上，城池陷落，秃发虎台等人被活捉。乞伏炽磐命镇南将军乞伏谦屯为凉州刺史，镇守乐都，命平远将军乞伏捷虏率精骑五千，前去迎击秃发傉檀，然后把乞伏虎台和乐都的一万多户人家迁到了枹罕。

乐都陷落之际，南凉安西将军秃发樊尼逃出，飞奔到秃发傉檀处报告消息，秃发傉檀强忍悲痛，对属下说道：“现在，我们的妻儿全被乞伏炽磐抢走，城池也被占领，我们退无可退，不如利用这次俘获的乙弗部落的人马，再去攻打契汗部落，得胜后，我们聚集两个部落的财富，去赎回我们的妻儿。”

于是秃发傉檀率军西进，但这时已经军心涣散，士兵纷纷逃走，各谋生路，他派镇北将军段苟前去追捕，结果段苟也一去不回。此时的秃发傉檀已经众叛亲离，只有秃发樊尼和中军将军秃发纥勃、后军将军秃发洛肱、散骑侍郎阴利鹿跟随左右。秃发傉檀对他们说道：“我们待在一起，结果就是都得死，不如分散开来，或许还能有一线生机。秃发樊尼应该去投靠在北方的我们的部落，那里还有一万户左右的百姓，然后向沮渠蒙逊称臣，以待时机，纥勃和洛肱随樊尼一同前去。我老了，想见妻儿最后一面。”然后他们洒泪分别。阴利鹿随同秃发傉檀投降了西秦。

乞伏炽磐亲自到城外迎接秃发傉檀，给他极高的礼遇。义熙十年（414）七月，乞伏炽磐任命秃发傉檀为骠骑大将军，封左南公。

至此，五胡十六国中的南凉灭亡，共立国十八年，历任三位国君，即秃发乌孤、秃发利鹿孤和秃发傉檀。

为绝后患，一年多以后，乞伏炽磐派人用毒酒毒死了秃发傉檀。秃发傉檀死时年五十一岁，在位十三年。然后乞伏炽磐一不做二不休，又杀死了秃发虎台。

秃发傉檀的儿子秃发保周、秃发贺，弟弟秃发俱延的儿子秃发覆龙，哥哥秃发利鹿孤的孙子秃发副周，哥哥秃发乌孤的孙子秃发承钵，都辗转投靠了北魏。北魏皇帝拓跋嗣封秃发保周为张掖王，秃发覆龙为酒泉公，秃发贺为西平公，秃发副周为永平公，秃发承体为昌松公。

拓跋嗣很欣赏秃发贺，对他说道：“我们的祖先同源，现赐你姓源！”于是秃发贺以后就叫源贺了，他后来成为北魏的一员名将。